单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-09-05	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	通过整合单细胞测序和空间转录组数据，构建甲状腺癌进展的图谱并识别与预后相关的成纤维细胞亚群	首次结合单细胞测序、空间转录组和bulk RNA测序技术，系统性定义甲状腺癌中基质细胞亚群及肿瘤-基质互作，并发现仅存在于恶性样本中的myCAF亚群与肿瘤侵袭和进展相关	NA	解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组和肿瘤-基质互作机制	甲状腺癌组织样本（涵盖不同组织学类型和突变谱系）	数字病理	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组, bulk RNA测序	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	NA
482	2025-09-05	SEMA3C regulates tumor-associated macrophage phenotype and influences lung cancer cell migration and invasion through VNN1 2025 Jan-Dec, Human & experimental toxicology IF:2.7Q3 DOI:10.1177/09603271251376577 PMID:40901786	研究论文	本文探讨了SEMA3C通过VNN1调控肿瘤相关巨噬细胞表型并影响肺癌细胞迁移和侵袭的机制	首次揭示SEMA3C通过VNN1介导的癌症相关成纤维细胞与巨噬细胞互作调控TAM极化的新机制	研究主要基于体外实验和单细胞数据分析，缺乏体内实验验证	研究肿瘤相关巨噬细胞在肺腺癌细胞侵袭迁移中的作用机制	肺腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境	肺癌	单细胞测序、Western blot、Transwell实验、免疫荧光染色	NA	单细胞测序数据、实验数据	基于GSE131907数据集和体外实验样本
483	2025-09-05	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	本研究通过活体光片荧光显微镜技术揭示果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间模式及其免疫微环境特征	首次在果蝇脂肪体中发现可重复的空间免疫应答模式，并证明该模式与血流微生物定位相关但非由其引起，揭示了组织空间分区化免疫活动的进化保守性	研究局限于果蝇模型系统，尚未在高等生物中直接验证空间组织的保守性	探究组织空间免疫应答的动态调控机制与生物学逻辑	果蝇幼虫脂肪体（功能类似肝脏的器官）	生物医学成像	感染性疾病	活体光片荧光显微镜、空间转录组学	NA	显微成像数据、基因表达数据	果蝇幼虫整体样本（未明确具体数量）
484	2025-09-05	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中识别最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction新指标，提升对密切关联细胞类型的标记基因选择能力	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最大分类准确度识别捕获细胞类型身份的最小必要且充分标记基因组合	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq数据图谱
485	2025-09-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用	首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群（F_A和F_B），并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在疾病活动中起主导作用	基于公共数据库的回顾性分析，IL-13处理模型可能无法完全模拟体内复杂环境	解析EoE疾病中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的贡献	嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织和IL-13处理的成纤维细胞培养模型	单细胞生物学	嗜酸性粒细胞性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞培养模型	NA	基因表达数据	公共数据集GSE201153中的EoE食管活检样本
486	2025-09-05	Human Motor Neurons Elicit Pathological Hallmarks of ALS and Reveal Potential Biomarkers of the Disease in Response to Prolonged IFNγ Exposure 2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1787-23.2024 PMID:38413232	研究论文	研究通过长时间IFNγ暴露诱导人源运动神经元出现ALS病理特征并揭示潜在生物标志物	首次证明IFNγ单独暴露可直接引发TDP-43细胞质聚集和p53通路激活，无需遗传突变或神经胶质细胞参与	研究基于体外诱导多能干细胞模型，需进一步体内验证	探究炎症因子IFNγ在肌萎缩侧索硬化症发病机制中的作用	人诱导多能干细胞来源的脊髓运动神经元	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	单细胞转录组分析，电生理功能检测	NA	转录组数据，电生理数据	NA
487	2025-09-05	Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival 2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024 PMID:38423763	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示斑马鱼Rohon-Beard神经元分为三个亚类，并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用	首次在斑马鱼幼虫中通过scRNA-seq鉴定出三种Rohon-Beard神经元亚类，并发现Fgf通路缺陷可导致轴突退化和细胞死亡，且该表型可通过Sarm1缺失挽救	研究聚焦斑马鱼幼虫阶段，哺乳动物系统的直接适用性需进一步验证	探究Rohon-Beard神经元的分子分类及其维持机制	斑马鱼幼虫的Rohon-Beard神经元	神经科学	周围神经病变	scRNA-seq, 药理学抑制, 遗传学操作	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元（未注明具体数量）
488	2025-09-05	Single-cell analysis of Rohon-Beard neurons implicates Fgf signaling in axon maintenance and cell survival 2023-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.26.554953 PMID:37693470	研究论文	通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元，揭示其分为三个亚类并证实Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用	首次在单细胞水平定义Rohon-Beard神经元的三个分子亚类，并发现Fgf通路抑制可导致轴突缺陷和细胞死亡，同时验证Sarm1缺失可缓解药物神经毒性	研究聚焦斑马鱼幼虫阶段，哺乳动物系统的直接适用性需进一步验证	探究外周感觉神经元的分子分类机制及Fgf信号通路的功能	斑马鱼幼虫期的Rohon-Beard神经元	神经科学	周围神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、药理学抑制、遗传学操作	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元单细胞样本
489	2025-09-05	Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar 2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.) DOI:10.1261/rna.078154.120 PMID:33906975	研究论文	提出基于纳米孔和Illumina平台的混合测序方法及ScNapBar软件，解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配准确性问题	开发了ScNapBar软件，采用UMI或朴素贝叶斯概率方法进行条形码分配，显著提高低测序饱和度下的准确率	NA	解决纳米孔平台单细胞测序中因高错误率导致的细胞条形码分配难题	单细胞转录组	生物信息学	NA	Nanopore测序, Illumina测序, 单细胞RNA-seq	Naïve Bayes	测序数据	模拟和真实纳米孔数据集，以及具有活跃/沉默无义介导RNA降解通路的细胞池
490	2025-09-05	Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development 2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-021-00590-w PMID:34045724	研究论文	本研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路在哺乳动物早期发育全能性窗口期中的关键作用	首次利用2CLC模型筛选出视黄酸作为全能性细胞强效诱导剂，并揭示其在胚胎中调控全能性细胞的关键作用	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，人类临床应用潜力仍需进一步验证	探索调控哺乳动物早期发育全能性程序的信号通路	小鼠胚胎干细胞（ES细胞）和2细胞样细胞（2CLCs）	发育生物学	NA	小分子筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠胚胎干细胞培养体系中的自发2CLCs群体
491	2025-09-04	Single-cell RNA sequencing reveals immune regulatory mechanisms and molecular therapeutic strategies in the microenvironment of multiple myeloma 2025-Sep-03, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003306 PMID:40899849	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示多发性骨髓瘤微环境中的免疫调控机制并探索分子治疗策略	整合scRNA-seq、孟德尔随机化和分子对接技术，首次系统解析MM微环境中免疫细胞与肿瘤细胞的互作网络并发现新的治疗靶点	未明确说明样本量及临床队列验证的局限性	探究多发性骨髓瘤微环境中的分子与细胞互作机制，发现治疗靶点	多发性骨髓瘤肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞	生物信息学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, 孟德尔随机化, GSVA, 分子对接	Seurat聚类分析, 细胞互作分析	单细胞转录组数据	NA
492	2025-09-03	Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies 2025-Oct, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05116-8 PMID:40522564	研究论文	通过整合多组学数据解析脑膜瘤预后，重点关注巨噬细胞多样性、免疫-CNV相互作用及SPP1靶向治疗策略	首次结合DNA甲基化和单细胞转录组数据对脑膜瘤进行分子分型，揭示SPP1在巨噬细胞功能调控中的关键作用及治疗潜力	研究基于302对样本，仍需更大规模验证；SPP1靶向治疗的临床转化需进一步实验	建立脑膜瘤的预后分层模型并探索免疫微环境调控机制	302对脑膜瘤样本及其多组学数据	生物信息学	脑膜瘤	DNA甲基化测序、bulk RNA-seq、scRNA-seq、SCISSOR、scRank	多组学整合聚类	基因组学数据、转录组数据	302对脑膜瘤样本
493	2025-09-03	A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity 2025-Oct, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.06.007 PMID:40541706	研究论文	通过单细胞和bulk RNA测序揭示TNBC的预后基因特征、亚型特异性药物敏感性及肿瘤异质性	整合多组学方法识别出与化疗耐药相关的可塑性上皮亚群和220个共有差异表达基因，并构建四基因预后特征	NA	研究TNBC的细胞异质性、耐药机制及预后生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 表观基因组分析, 突变分析	无监督聚类	RNA测序数据	来自GSE176078和TCGA-BRCA数据集的样本
494	2025-09-03	Corrigendum to "Identification and validation of synergistic drug strategies targeting macrophage polarization in triple-negative breast cancer via single-cell transcriptomics and deep learning" [Translational Oncology 2025 Jun 26;59:102457] 2025-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102474 PMID:40818872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
495	2025-09-03	Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation 2025-Sep-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854 PMID:40499413	研究论文	本研究探讨了细颗粒物通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化激活STC2介导的线粒体自噬从而加剧哮喘的分子机制	首次揭示PM通过m6A甲基化调控STC2-mitophagy轴加重哮喘的机制，并发现季节性PM暴露与患者血清METTL3/STC2水平的相关性	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自外周血样本，缺乏直接的组织机制验证	阐明细颗粒物加剧哮喘的分子机制	哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），m6A甲基化分析	NA	基因表达数据，血清蛋白浓度数据	小鼠模型和人类哮喘患者季节性外周血样本
496	2025-09-03	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Sep-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	本研究揭示长链非编码RNA TRAF3IP2-AS1缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移的机制	首次发现TRAF3IP2-AS1通过竞争性结合IGF2BP2降低MLKL mRNA稳定性，并通过干扰PPM1B泛素化促进RIPK3磷酸化，从而双向调控坏死性凋亡	NA	探究胰腺癌肝转移的分子机制及潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本、类器官模型、转基因小鼠模型	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	NA	基因组数据、图像数据	患者来源样本及多种实验模型
497	2025-09-03	EML4-ALK Rearrangement Creates a Distinctive Myeloid Cell-Dominant Immunosuppressive Microenvironment in Lung Cancer 2025-Sep-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0532 PMID:40627846	研究论文	本研究探讨了EML4-ALK重排阳性肺腺癌中独特的髓系细胞主导的免疫抑制微环境特征及其治疗策略	首次揭示ALK+肺腺癌通过高表达IL6和MDSC趋化因子形成髓系主导的免疫抑制微环境，并证实IL6R抑制剂联合免疫检查点抑制剂的有效性	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究ALK+肺腺癌对免疫治疗不响应的机制并开发新的联合治疗策略	ALK融合基因阳性肺腺癌组织及小鼠模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序，肿瘤浸润白细胞分析	小鼠肺腺癌模型	基因表达数据，细胞数量数据	ALK+与ALK-肺腺癌组织的对比分析
498	2025-09-03	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	研究类风湿关节炎患者来源的抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	首次揭示抗PAD4抗体通过特异性结合单核细胞触发炎症级联反应，促进T细胞活化和滑膜成纤维细胞炎症表型	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型和体外实验，人类体内直接证据尚待完善	阐明抗PAD4自身抗体在类风湿关节炎发病机制中的作用途径	类风湿关节炎患者来源的抗PAD4单克隆抗体、CIA小鼠模型、人类单核细胞和滑膜成纤维细胞	免疫病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养、单克隆抗体技术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞实验数据	使用类风湿关节炎患者来源的抗体、人类外周血单核细胞和滑膜细胞，以及CIA小鼠模型
499	2025-09-03	Multiparametric Profiling of Circulating Immune Cells Identifies an Expansion of CD25high Switched Memory B Cells in Osteoarthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43186 PMID:40229860	研究论文	通过多参数流式细胞术和单细胞RNA测序，识别骨关节炎患者循环免疫细胞中CD25高表达转换记忆B细胞的扩增	首次在单细胞分辨率下鉴定骨关节炎相关的循环免疫细胞特征，并发现CD25hiCXCR5hiCD27+IgD- B细胞亚群作为潜在早期生物标志物	样本量较小（健康供体21人，OA患者17人，DMT患者10人），需进一步验证	识别骨关节炎的循环免疫细胞生物标志物	人类外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	骨关节炎	飞行时间质谱流式细胞术（29标志物面板），单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质表达数据，单细胞转录组数据	21名健康供体、17名OA患者、10名退行性半月板撕裂（DMT）患者
500	2025-09-03	Single-cell RNA sequencing of pig lung transplantation reveals macrophage ferroptosis in lung ischemia-reperfusion injury 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	研究论文	本研究通过猪肺移植模型和单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的关键作用	首次建立猪原位单肺移植模型模拟长时间冷缺血再灌注损伤，并利用单细胞测序发现巨噬细胞铁死亡通路的显著富集	研究样本量有限，且仅为初步机制探索，需要进一步验证	开发大型动物模型研究肺缺血再灌注损伤的病理生理机制	猪肺移植模型中的肺泡巨噬细胞	单细胞测序分析	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、透射电子显微镜	NA	单细胞转录组数据、显微镜图像数据	猪肺移植模型（具体数量未明确说明）