单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4961	2025-01-24	Comprehensive Analysis of Programmed Cell Death-Related Genes in Diagnosis and Synovitis During Osteoarthritis Development: Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491203 PMID:39839184	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎（OA）发展和滑膜炎中的诊断作用	首次系统探讨了程序性细胞死亡（PCD）相关基因与OA滑膜炎的关系，并构建了基于Hub PCD-DEGs的诊断模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	探讨PCD相关基因在OA滑膜炎中的作用及其作为诊断标志物或治疗靶点的潜力	OA患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	RNA测序，qRT-PCR	机器学习算法，诊断模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的OA滑膜样本
4962	2025-01-24	Analysis and Validation of Autophagy-Related Gene Biomarkers and Immune Cell Infiltration Characteristic in Bronchopulmonary Dysplasia by Integrating Bioinformatics and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S495132 PMID:39839185	研究论文	本文通过整合生物信息学和机器学习方法，分析和验证了支气管肺发育不良（BPD）中自噬相关基因（ARGs）的生物标志物及免疫细胞浸润特征	首次结合生物信息学和机器学习算法筛选并验证了BPD中的关键基因，并建立了预测BPD风险的列线图模型	研究主要依赖于公开的基因表达数据，实验验证仅限于高氧大鼠模型，未涉及人类样本	筛选和验证BPD中的特征基因，探索其作为治疗靶点的潜力	支气管肺发育不良（BPD）	生物信息学	肺发育不良	基因表达分析、单细胞测序、免疫组化	Lasso、MCC、Degree、MCODE	基因表达数据	GSE8586数据集中的样本及高氧大鼠模型
4963	2024-12-11	Improved tool for scRNA-seq analysis 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02040-x PMID:39653731	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4964	2025-01-24	Comparative analysis of rhesus macaque and human placental organoids highlights evolutionary differences in placentation 2024-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.11.617873 PMID:39416122	研究论文	本研究通过比较恒河猴和人类胎盘类器官，揭示了胎盘在进化过程中的差异	开发了恒河猴胎盘类器官模型，并首次进行了恒河猴与人类胎盘类器官的单细胞RNA测序比较分析	研究主要关注恒河猴和人类，未涉及其他灵长类动物，可能限制了进化差异的全面理解	探索恒河猴与人类胎盘在基因表达和细胞分化轨迹上的异同	恒河猴和人类的胎盘类器官	生物医学	NA	单细胞RNA测序	类器官模型	RNA测序数据	恒河猴和人类胎盘类器官样本
4965	2025-01-24	Unveiling contact-mediated cellular crosstalk 2024-Oct, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010 PMID:38906738	综述	本文探讨了细胞间相互作用在复杂生物功能中的作用及其在疾病状态中的影响，并介绍了单细胞测序、空间转录组学等新技术在理解细胞间通讯中的应用	结合单细胞测序、空间转录组学和生物工程技术，提供了对细胞间通讯影响的深入理解，并开发了计算方法来解析细胞接触如何调控细胞反应	NA	探索细胞间相互作用在生物过程中的调控机制及其在疾病中的作用	细胞间相互作用及其对基因表达和细胞反应的影响	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
4966	2025-01-24	Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705 PMID:39264810	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了人类胸腺和血液中先天样T细胞与传统T细胞的转录组特征，揭示了它们在效应程序和发展路径上的差异	揭示了人类先天样T细胞与传统T细胞在转录组特征上的差异，并发现了跨物种间的特异性区别，如人类缺乏类型2 T细胞	研究主要基于人类和小鼠模型，可能不适用于其他物种	探索先天样T细胞与传统T细胞的转录组特征及其发展路径	人类胸腺和血液中的先天样T细胞与传统T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	RNA测序数据，流式细胞数据	人类胸腺和血液样本
4967	2025-01-24	Molecular and spatial signatures of human and rat corpus cavernosum physiopathological processes at single-cell resolution 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114760 PMID:39299236	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序，全面描绘了人类和大鼠海绵体在正常和疾病状态下的空间细胞景观	首次在分子水平上揭示了人类和大鼠海绵体的空间异质性，并发现了不同区域机械力信号富集分数的差异及其与成纤维细胞亚型空间分布的相关性	研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内复杂的生理和病理过程	理解海绵体的分子解剖和勃起调控机制	人类和大鼠的海绵体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	RNA测序数据	人类和大鼠的海绵体样本
4968	2025-01-24	Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038744 PMID:39093811	综述	本研究结合生物信息学工具和机器学习方法，探索了动脉粥样硬化的关键基因及其分子网络机制，并进行了药物预测	通过整合多种数据集，利用Lasso回归和随机森林算法筛选出5个关键基因，并首次将这些基因与铁死亡相关基因的表达差异联系起来	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索动脉粥样硬化的关键基因及其分子机制，并进行药物预测	动脉粥样硬化相关基因和分子网络	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序技术	Lasso回归, 随机森林	基因表达数据	GSE20129和GSE90074数据集
4969	2025-01-24	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本文探讨了皮肤炎症中上皮细胞与17型免疫之间的代谢协调如何维持慢性皮肤炎症	揭示了HIF1α在IL-17信号下游驱动银屑病上皮重塑的作用，并发现糖酵解自主推动上皮病理并增强乳酸产生，进而增强γδ T17细胞反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用有限	研究皮肤炎症中上皮细胞与免疫细胞之间的代谢协调机制	银屑病皮肤炎症中的上皮细胞和17型免疫细胞	免疫学	银屑病	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫荧光	NA	转录组数据、图像数据	人类银屑病病变样本和小鼠皮肤炎症模型
4970	2025-01-24	The brain microvasculature is a primary mediator of interferon-α neurotoxicity in human cerebral interferonopathies 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.017 PMID:38878770	研究论文	本文研究了Aicardi-Goutières综合征（AGS）中脑微血管在干扰素-α（IFN-α）神经毒性中的主要作用	首次确认脑是AGS中神经毒性IFN-α的主要来源，并发现脑内皮细胞中的IFNAR信号传导导致类似AGS的脑小血管疾病	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨AGS中IFN-α神经毒性的主要来源和作用机制	Aicardi-Goutières综合征（AGS）患者和小鼠模型	神经科学	自身炎症性疾病	单细胞RNA测序，磁共振成像（MRI），单分子ELISA	小鼠模型	基因表达数据，影像数据	小鼠模型和人类样本
4971	2025-01-24	Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies 2024-Mar-29, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae012 PMID:38252648	研究论文	本文研究了细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种的结构	通过比较缺乏胞间连丝连接的成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体中的类病毒变异体积累，揭示了细胞间通讯和初始种群组成对准种结构的影响	研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系，未涵盖其他类病毒或病毒	探讨细胞间通讯和初始种群组成对类病毒准种结构的影响	马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系（PSTVd-I）及其变异体	病毒学	NA	测序技术	NA	RNA序列数据	成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体
4972	2025-01-24	Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications 2024-Jan-22, Advanced materials technologies IF:6.4Q1 DOI:10.1002/admt.202301155 PMID:38645306	研究论文	本文介绍了一种磁化水凝胶珠的简单方法，以提高单细胞基因组学中的分池方法的自动化程度	开发了磁化水凝胶珠的方法，提高了纯化过程的产量和洗涤效率，并实现了分池方法的自动化	未提及具体的技术局限或实验中的挑战	提高单细胞基因组学中分池方法的自动化程度	水凝胶珠	基因组学	NA	BAG-Seq工作流程	NA	基因组数据	NA
4973	2025-01-24	Spatiotemporal modulation of growth factors directs the generation of multilineage mouse embryonic stem cell-derived mammary organoids 2024-Jan-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.003 PMID:38159568	研究论文	本文通过定向分化小鼠胚胎干细胞（mESCs），报告了多谱系ESC来源的乳腺类器官（MEMOs）的生成	通过顺序激活BMP4和PTHrP并抑制HH信号，诱导真皮间充质转化为乳腺特异性间充质，生成多谱系乳腺类器官	NA	研究乳腺类器官的生成及其在再生医学和疾病建模中的应用	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4974	2025-01-24	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulation in murine bone development 2024-Jan-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.11.029 PMID:38141609	研究论文	本文研究了YAP和TAZ在小鼠骨骼发育过程中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及机械调节	揭示了YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中协调成骨前体细胞动员与血管生成及机械调节的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨YAP和TAZ在骨骼发育中的作用机制	小鼠胚胎骨骼发育中的成骨前体细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎骨骼样本
4975	2025-01-24	The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1497312 PMID:39839650	研究论文	本研究探讨了溶酶体相关基因（LAGs）在肺腺癌（LUAD）中的预后和肿瘤微环境影响	构建了一个包含七个关键LAGs的风险特征，用于预测LUAD患者的预后状态，并通过单细胞测序和体外实验验证了CTSH在LUAD中的功能	研究主要依赖于公开的RNA-seq数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的预后和肿瘤微环境影响	肺腺癌（LUAD）患者	生物信息学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO的肺腺癌RNA-seq数据
4976	2025-01-24	Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1469955 PMID:39839668	研究论文	本文介绍了一种用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的醋酸-甲醇高盐解离方法（ACME HS），并与其他方法进行了比较	首次将醋酸-甲醇解离方法优化应用于人类内分泌组织样本，并引入高盐洗涤缓冲液以稳定RNA并防止RNase再激活	NA	开发一种适用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的解离方法，以保留细胞形态和RNA完整性	冷冻人体组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组数据	41个组织样本
4977	2025-01-24	Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050 PMID:39840076	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索了三种自身免疫性疾病（多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎）之间的共享基因特征和机制	结合单细胞RNA测序技术，识别了三种自身免疫性疾病之间的共享基因，并提出了潜在的早期诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究三种自身免疫性疾病之间的共享基因特征，寻找早期诊断的生物标志物	多发性硬化症（MS）、系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的MS、SLE和RA患者数据，以及小鼠模型和临床样本
4978	2025-01-24	Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development 2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2307451120 PMID:37523539	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNAseq）数据集生成预测性细胞类型特异性split-GAL4试剂的高效管道（scMarco），用于发育过程中的细胞类型特异性标记	利用现有的发育单细胞RNA测序数据集选择split-GAL4的基因对，提供了一种高效且预测性的管道（scMarco），基于原生基因调控元件在发育的任何时间生成细胞类型特异性的split-GAL4系	需要大量时间和资源筛选增强子表达模式的组合	生成细胞类型特异性工具，用于发育过程中不同细胞类型的靶向操作	发育中的视觉系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
4979	2025-01-24	Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis 2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546848 PMID:37425692	研究论文	本文利用高复杂度单细胞空间转录组学和解剖学方法，研究了人类胰腺癌中多细胞邻域和细胞间相互作用的重塑，特别是与特定恶性亚型和新辅助化疗/放疗相关的重塑	开发了SCOTIA（空间约束最优运输交互分析），这是一种包含空间距离和配体-受体基因表达成本函数的最优运输模型，用于揭示治疗响应中的配体-受体相互作用变化	研究结果需要进一步验证，特别是在其他类型的癌症和疾病中的应用	研究胰腺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用的重塑及其对治疗响应的影响	人类胰腺癌中的多细胞邻域和细胞间相互作用	数字病理学	胰腺癌	高复杂度单细胞空间转录组学	最优运输模型（SCOTIA）	单细胞空间转录组数据	NA
4980	2025-01-23	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	研究论文	本文提出了一种自适应归一化程序，用于在噪声数据矩阵中检测和恢复低秩信号，特别是在异方差噪声情况下	提出了一种基于Dyson方程的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵中行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确提及具体局限性	解决在异方差噪声情况下低秩信号的检测和恢复问题	噪声数据矩阵中的低秩信号	机器学习	NA	随机矩阵理论	NA	矩阵数据	NA