单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4961	2025-01-26	Genome Restructuring around Innate Immune Genes in Monocytes in Alcohol-associated Hepatitis 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.07.607014 PMID:39211112	研究论文	本文研究了酒精性肝炎（AH）患者单核细胞中基因组结构的变化及其对先天免疫基因表达的影响	首次使用Hi-C技术结合scRNA-seq数据，揭示了AH患者单核细胞中染色质结构的变化及其对炎症基因表达的影响	样本量较小，仅包括4名AH患者和4名健康对照	探讨酒精性肝炎患者单核细胞中基因组结构的变化及其对炎症基因表达的调控机制	酒精性肝炎患者的单核细胞	基因组学	酒精性肝炎	Hi-C技术, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	4名AH患者和4名健康对照的单核细胞
4962	2025-01-26	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	本研究通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	首次结合代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学和多重成像技术，对术前肝脏活检进行多参数分析，以预测胰腺癌患者的转移结果	样本量相对较小（49例胰腺癌患者和19例对照患者），需要更大规模的研究验证结果	预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	49例局部胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	代谢组数据、转录组数据、成像数据	49例胰腺癌患者和19例对照患者
4963	2025-01-26	Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae170 PMID:39659592	研究论文	本研究提出了一种通过负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗体-抗原结合预测的准确性	利用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行去噪，改进了抗原结合预测的准确性	样本间数据大小和噪声结构的差异可能影响模型的普适性	提高LIBRA-seq数据中抗体-抗原特异性预测的准确性	单细胞B细胞受体测序数据	生物信息学	NA	LIBRA-seq	负二项混合模型	单细胞测序数据	9个供体的LIBRA-seq实验数据
4964	2025-01-26	Single-cell RNA sequencing elucidates cellular plasticity in esophageal small cell carcinoma following chemotherapy treatment 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1477705 PMID:39850495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了食管小细胞癌患者在化疗前后的细胞可塑性及肿瘤微环境的变化	首次在单细胞水平上揭示了食管小细胞癌化疗后的细胞可塑性变化及肿瘤微环境的动态交互	研究仅基于单一患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨化疗对食管小细胞癌细胞可塑性及肿瘤微环境的影响	食管小细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1名患者的化疗前后样本
4965	2025-01-26	Correlation between circulating innate lymphoid cell precursors and thymic function 2022-Feb-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.103732 PMID:35118353	研究论文	本文探讨了胸腺在固有淋巴细胞（ILC）前体细胞分化中的作用及其在不同外周组织中的补充作用	研究发现胸腺在不同外周组织中补充ILC池的作用，并揭示了年龄对ILC前体细胞丰度的影响	研究未明确胸腺在组织ILC池稳态中的具体贡献机制	研究胸腺在固有淋巴细胞前体细胞分化中的作用及其与年龄相关的免疫功能差异	固有淋巴细胞前体细胞及胸腺功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和无胸腺裸鼠的血液样本
4966	2025-01-25	Zinc ions facilitate metabolic bioenergetic recovery post spinal cord injury by activating microglial mitophagy through the STAT3-FOXO3a-SOD2 pathway 2025-Feb-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.045 PMID:39613048	研究论文	本研究探讨了锌离子通过激活小胶质细胞线粒体自噬，促进脊髓损伤后代谢能量恢复的机制	揭示了锌离子通过STAT3-FOXO3a-SOD2轴调控线粒体基因表达，改善小胶质细胞能量稳态的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索锌离子在脊髓损伤后小胶质细胞代谢恢复中的作用	脊髓损伤后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4967	2025-01-25	Single-cell analysis of human peripheral blood reveals high immune response activity in successful ageing individuals 2025-Feb, Mechanisms of ageing and development IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.mad.2024.112011 PMID:39622417	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）外周血的免疫系统动态调控及其分子机制	揭示了成功老龄化个体中CD8效应记忆T细胞和终末分化B细胞的富集，以及CD56 NK细胞中Fc-γ受体信号通路的激活，这些发现可能作为健康老龄化的生物标志物	样本量相对较小，仅包括7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照	研究老龄化过程中免疫系统的动态调控及其分子机制	成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）的外周血单核细胞	生物信息学	老年病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	87,215个外周血单核细胞，来自7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照
4968	2025-01-25	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞RNA测序技术，解析了急性髓性白血病（AML）的复杂细胞景观，并构建了一个基于七种关键细胞因子相关基因的预后风险评分模型	通过单细胞RNA测序揭示了AML的细胞异质性，并首次构建了一个基于细胞因子相关基因的预后风险评分模型，该模型在多个独立AML患者队列中验证了其强大的预后能力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	解析AML的细胞异质性并开发一个临床适用的预后风险评分模型	AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	RNA测序数据	多个独立AML患者队列
4969	2025-01-25	Heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations in prostate cancer: Implications for prognosis and immunotherapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102255 PMID:39721245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群的多样性及其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	首次系统性地描述了前列腺癌中CAF的四个主要亚群，并构建了反映这些亚群临床相关性的预后模型	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	阐明癌症相关成纤维细胞在前列腺癌肿瘤微环境中的多重作用，特别是其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	前列腺癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	前列腺癌样本
4970	2025-01-25	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-Jan-24, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	研究论文	本研究通过机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次结合机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，识别出VCAN作为糖尿病肾病的共同诊断标志物	未提及样本量及具体实验验证过程	探索糖尿病肾病的诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小管和肾小球	机器学习	糖尿病肾病	单细胞转录组分析, 孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
4971	2025-01-25	Novel photocrosslinking chemical probes utilized for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Jan-20, RSC chemical biology IF:4.2Q2 DOI:10.1039/d4cb00262h PMID:39845105	研究论文	本文介绍了一种名为CrossSeq的新技术，利用光交联荧光探针和共聚焦显微镜激活，在固定细胞上标记用户定义的感兴趣区域，用于多重空间转录组分析	开发了CrossSeq技术，结合光交联荧光探针和共聚焦显微镜，提高了空间转录组分析的分辨率和多重性	目前的技术在标记的空间分辨率、可测序的RNA数量以及在同一组织景观中分离空间上不同的细胞方面仍存在限制	解决现有空间转录组分析技术在空间分辨率和多重性方面的限制	固定细胞和MDA-MB-231-LM2转移性癌症迁移模型	空间转录组学	癌症	光交联荧光探针、共聚焦显微镜、流式细胞术	NA	RNA表达数据	NA
4972	2025-01-25	Bulk and single-cell transcriptome revealed the metabolic heterogeneity in human glioma 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41241 PMID:39844970	研究论文	本文通过整合分析多个数据集，揭示了人类胶质瘤中的代谢异质性，并开发了一种基于四种关键代谢途径的分类系统	开发了一种新的胶质瘤分类系统，揭示了代谢异质性，并提供了单细胞转录组数据的新见解	未明确说明样本的具体数量及来源	揭示胶质瘤的代谢异质性，开发基于代谢途径的分类系统	人类胶质瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组分析、空间转录组分析	ConsensusClusterPlus、CellChat、stLearn	转录组数据	未明确说明
4973	2025-01-25	Clinical and immunological outcomes after randomized trial of baked milk oral immunotherapy for milk allergy 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184301 PMID:39782691	研究论文	本研究评估了烘焙牛奶口服免疫疗法（BMOIT）在牛奶过敏儿童中的安全性和有效性，并探讨了其免疫学相关变化	首次通过随机试验评估BMOIT在减少不良反应的同时诱导脱敏的效果，并识别了成功的BMOIT的免疫学相关性	样本量较小（30名儿童），且研究仅针对3-18岁的牛奶过敏儿童	确定BMOIT是否能减少不良反应并诱导脱敏，并识别成功的BMOIT的免疫学相关性	3-18岁的牛奶过敏儿童	免疫学	牛奶过敏	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	免疫学数据、临床数据	30名3-18岁的牛奶过敏儿童
4974	2025-01-25	Targeting the NLRP3 inflammasome abrogates cardiotoxicity of immune checkpoint blockers 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010127 PMID:39773567	研究论文	本研究探讨了通过抑制NLRP3炎性小体来减轻免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心脏毒性，并保持或增强其抗肿瘤免疫效果	首次提出通过抑制NLRP3炎性小体来同时减轻心脏毒性和增强抗肿瘤免疫效果，为临床治疗提供了新策略	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	寻找有效减轻心脏毒性并保持或增强抗肿瘤免疫效果的方法	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠	免疫治疗	心血管疾病	MCC950抑制NLRP3炎性小体活性，超声心动图，免疫荧光，流式细胞术，逆转录定量PCR，RNA测序	NA	RNA测序数据，免疫细胞数据，炎症因子数据	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠
4975	2025-01-25	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	本研究通过构建一个全面的转录和表观遗传图谱，预测了九种CD8 T细胞分化状态的转录因子活性，揭示了新的调控机制，并通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序验证了特定转录因子的作用	发现了新的TEX特异性转录因子如ZSCAN20、JDP2和ZFP324，并揭示了它们在肿瘤控制中的重要作用，同时鉴定了多状态转录因子如HIC1和GFI1	研究主要集中于CD8 T细胞，未涉及其他类型的T细胞或免疫细胞	精确编程T细胞状态以改善病毒感染和癌症中的免疫反应	CD8 T细胞的分化状态	生物信息学	癌症	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组数据、表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
4976	2025-01-25	Spatial transcriptomics of healthy and fibrotic human liver at single-cell resolution 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55325-4 PMID:39747812	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，研究了健康和纤维化人类肝脏在单细胞分辨率下的空间转录组学	首次在单细胞分辨率下描述了人类肝脏的空间组织，揭示了肝细胞的区域分布、巨噬细胞和间充质细胞亚群的空间解析，以及肝细胞多倍体与基因表达的关系	研究主要集中于肝脏，未涉及其他器官或疾病模型	研究健康和纤维化人类肝脏在单细胞分辨率下的空间转录组学，以揭示疾病驱动的细胞和空间重塑	健康和纤维化的人类肝脏	数字病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及健康和纤维化肝脏样本
4977	2025-01-25	Omics based technology application in poultry meat research 2025-Jan, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104643 PMID:39662255	研究论文	本文探讨了组学技术在禽肉研究中的应用，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学，旨在全面了解禽肉质量及其相关复杂性状	本文通过整合多种组学技术和生物信息学方法，深入探讨了禽肉质量问题的分子机制，特别是鸡胸肌病变的分子基础	本文主要关注禽肉研究，未涉及其他肉类或更广泛的食品科学领域	研究目的是通过组学技术提高禽肉质量和成分的理解，以改善禽肉产品的质量	研究对象为禽肉，特别是鸡胸肉及其相关病变	生物信息学	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、质谱分析	NA	分子数据	NA
4978	2025-01-25	Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103851 PMID:39744231	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和大数据分析，研究了内皮MerTK在升主动脉瘤和夹层（AAAD）进展中的作用	首次揭示了内皮MerTK在AAAD中的关键作用及其通过内皮功能障碍和平滑肌细胞表型改变促进AAAD发展的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨内皮MerTK在升主动脉瘤和夹层（AAAD）进展中的作用	升主动脉瘤和夹层（AAAD）患者样本及内皮细胞MerTK缺陷小鼠模型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA测序大数据分析	小鼠模型	RNA测序数据	约600,000次交叉分析的人类AAAD样本及小鼠模型
4979	2025-01-25	Altered Atlas of Exercise-Responsive MicroRNAs Revealing miR-29a-3p Attacks Armored and Cold Tumors and Boosts Anti-B7-H3 Therapy 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0590 PMID:39845707	研究论文	本研究揭示了运动响应性microRNA miR-29a-3p在乳腺癌及多种癌症中的肿瘤抑制作用，并开发了基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	首次发现miR-29a-3p作为运动响应性microRNA，通过抑制B7-H3表达攻击装甲和冷肿瘤，并开发了基于miR-29a-3p的脂质体疗法	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索运动响应性microRNA在癌症中的作用机制，并开发基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	乳腺癌及多种癌症类型	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	RNA测序数据、细胞实验数据	多个独立公共和内部队列、体外实验涉及多种细胞类型、小鼠模型
4980	2025-01-25	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的起源、分类及其动态变化，探讨了微胶质细胞极化途径及针对活化微胶质细胞的治疗药物	明确了调控促炎和抗炎微胶质细胞的信号通路，并基于这些通路开发了药物和细胞替代疗法等策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临诸多挑战	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及治疗策略	微胶质细胞及其在创伤性脑损伤中的作用	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA