单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4961	2024-12-25	Cell and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics 2024-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.26.559616 PMID:38260527	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径	首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和糖基化途径表达的层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式	研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类组织和细胞类型	探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同组织和细胞类型中的特异性	人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因和糖基化途径	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型
4962	2024-12-25	Cell-Specific Targeting of the Endothelium in the Cardiorenal Syndrome 2024, Cardiorenal medicine IF:2.4Q2 DOI:10.1159/000537764 PMID:38342088	研究论文	本文探讨了针对心血管肾综合征中内皮细胞的靶向治疗策略	本文提出了基于病毒载体的细胞特异性内皮细胞靶向治疗，以避免非靶向效应，改善治疗抵抗，并减少疾病进展的残留风险	NA	开发针对心血管肾综合征的新型靶向治疗策略	内皮细胞在心血管和肾脏疾病中的作用	NA	心血管疾病	测序和空间转录组学	NA	NA	NA
4963	2024-12-25	Integrative multi-omics analysis reveals a novel subtype of hepatocellular carcinoma with biological and clinical relevance 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517312 PMID:39712016	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了一种新的肝细胞癌亚型，并构建了预测模型	本研究通过整合多种组学数据，包括bulk RNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、空间转录组测序和基因组测序，发现了一种新的肝细胞癌亚型XPO1+Epithelial，并构建了肿瘤纯度和肿瘤微环境相关的预后风险模型	本研究主要基于实验室数据和公共数据集，样本量和临床验证可能存在局限性	本研究的目的是通过多组学分析揭示肝细胞癌的新亚型，并构建预后预测模型	本研究的对象是肝细胞癌患者及其肿瘤样本	数字病理学	肝癌	多组学分析（bulk RNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、空间转录组测序、基因组测序）	NA	多组学数据（RNA、蛋白质、基因组、单细胞RNA、空间转录组）	实验室数据和公共数据集中的肝细胞癌样本
4964	2024-12-25	Exploring the heterogeneity of osteosarcoma cell characteristics and metabolic states and their association with clinical prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1507476 PMID:39712023	研究论文	本研究探讨了骨肉瘤细胞特征和代谢状态的异质性及其与临床预后的关联	本研究通过单细胞RNA测序和代谢途径分析，揭示了骨肉瘤细胞的异质性，并开发了一个包含风险特征的预测模型，为骨肉瘤的靶向治疗和预后评估提供了新的视角	本研究的样本量较小，且仅基于公开数据库的数据，可能影响结果的普适性	阐明骨肉瘤的分子机制和代谢特征及其与患者预后的关系	骨肉瘤细胞的特征和代谢状态及其与临床预后的关联	数字病理学	骨肉瘤	RNA测序，单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA）	风险特征模型	基因表达数据	9个样本的单细胞测序数据，多个公共数据库中的骨肉瘤样本和健康对照样本
4965	2024-12-25	Effects of PGK1 on immunoinfiltration by integrated single-cell and bulk RNA-sequencing analysis in sepsis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1449975 PMID:39712033	研究论文	本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，探讨了磷酸甘油酸激酶1（PGK1）在脓毒症中的免疫浸润作用	首次揭示了PGK1在脓毒症中的显著上调及其作为诊断标志物的潜力，并探讨了其在免疫相关通路和细胞类型中的作用	研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证	探讨PGK1在脓毒症中的作用及其作为诊断标志物的潜力	PGK1在脓毒症患者中的表达及其对免疫浸润的影响	NA	脓毒症	RNA测序	NA	RNA	多个数据集中的脓毒症患者样本
4966	2024-12-25	Exploring the impact of deubiquitination on melanoma prognosis through single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1509049 PMID:39712483	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索去泛素化对黑色素瘤预后的影响，并构建了一个新的预后模型	首次通过单细胞RNA测序数据分析去泛素化相关基因在黑色素瘤中的作用，并构建了一个有效的预后模型	需要进一步的临床验证以确认模型的适用性	研究去泛素化在黑色素瘤中的作用，并开发新的预后模型	黑色素瘤细胞和患者的预后	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	随机生存森林和岭回归	RNA测序数据	使用了来自TCGA队列和外部验证队列的数据
4967	2024-12-25	Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing to Explore the Molecular Mechanisms Related to Skin Photoaging 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496328 PMID:39713718	研究论文	本研究通过单细胞测序和转录组测序探索皮肤光老化的分子机制	发现了三个关键基因（Atp2b1、Plekho2和Tspan13）在光老化过程中的重要作用，并验证了这些基因在免疫细胞浸润和代谢途径中的关键作用	NA	揭示皮肤光老化的分子机制	光老化患者的基因表达谱和免疫细胞浸润情况	数字病理学	皮肤老化	单细胞测序、转录组测序、RT-qPCR、免疫荧光标记、Western blotting	LASSO回归	基因表达数据	来自GEO数据库的光老化患者基因表达数据
4968	2024-12-25	Construction and clinical application of a risk model based on N6-methyladenosine regulators for colorectal cancer 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18719 PMID:39717046	研究论文	本研究基于N6-甲基腺苷（m6A）调控因子构建了一个结直肠癌（CRC）的风险模型，并探讨了其在临床中的应用	首次基于m6A调控因子构建了CRC的风险评分模型，并验证了其在区分高风险和低风险患者中的有效性	研究主要基于现有数据集，缺乏大规模的临床验证	开发一个基于m6A调控因子的风险模型，用于预测结直肠癌患者的预后	结直肠癌患者的m6A调控因子表达及其与预后的关系	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	LASSO Cox回归模型	RNA序列数据	AC-ICAM和GSE33113数据集中的结直肠癌样本，以及GSE146771单细胞RNA-seq数据集
4969	2024-12-25	Neuron stress-related genes serve as new biomarkers in hypothalamic tissue following high fat diet 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1443880 PMID:39717104	研究论文	研究探讨了高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中神经应激相关基因的表达变化及其作为新生物标志物的潜力	首次揭示了高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中神经应激相关基因的表达变化，并发现Bmi1基因作为关键基因反映肥胖的病理生理机制	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和人类应用仍需进一步验证	探讨高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中基因表达变化，寻找新的生物标志物	高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中的神经应激相关基因	数字病理学	肥胖症	单细胞测序 RNA-seq 蛋白质印迹免疫荧光染色	LASSO模型	基因表达数据	高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型
4970	2024-12-25	Vascular Smooth Muscle Cells Transdifferentiate into Chondrocyte-Like Cells and Facilitate Meniscal Fibrocartilage Regeneration 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0555 PMID:39717465	研究论文	本文研究了血管平滑肌细胞向类软骨细胞的转分化及其在半月板纤维软骨再生中的作用	首次发现血管平滑肌细胞可以转分化为纤维软骨细胞，并参与自发性的半月板再生；低强度脉冲超声刺激可以增强这种转分化过程	研究主要在动物模型中进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	探索有效的半月板纤维软骨再生策略	血管平滑肌细胞、半月板纤维软骨、低强度脉冲超声刺激	NA	NA	低强度脉冲超声（LIPUS）、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用了平滑肌细胞系追踪转基因小鼠和比格犬的半月板缺损模型
4971	2024-12-25	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal Molecular Mechanisms and Causal Relationships of Immune-Related Biomarkers in Periodontitis 2024, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9983323 PMID:39717623	研究论文	本研究利用机器学习和孟德尔随机化方法，揭示了牙周炎中免疫相关生物标志物的分子机制和因果关系	本研究整合了机器学习、孟德尔随机化和单细胞测序，提供了一种新颖的方法来增强对牙周炎中免疫动态和基因相互作用的理解	研究受限于数据集的人口统计和样本量，可能影响结果的普遍性	探讨牙周炎的分子机制并识别关键的免疫相关生物标志物	牙周炎中的免疫相关生物标志物及其分子机制	机器学习	牙周疾病	机器学习算法、孟德尔随机化、单细胞测序	XGBoost	基因表达数据	682个差异表达基因，19个核心基因
4972	2024-12-25	Single-Cell RNA Sequencing Reveals That C5AR1 in Follicle Monocyte Cells Could Predict the Development of POI 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S490996 PMID:39717665	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了卵泡单核细胞中的C5AR1基因在预测早发性卵巢功能不全（POI）发展中的潜在作用	首次揭示了C5AR1基因在卵泡单核细胞中的高表达，并发现其在预测POI发展中的潜在作用	样本量较小，仅包括9名接受IVF或ICSI治疗的女性	探讨早发性卵巢功能不全（POI）患者的卵泡微环境，并识别潜在的治疗靶点	早发性卵巢功能不全（POI）患者的卵泡微环境	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名接受IVF或ICSI治疗的女性
4973	2024-12-25	Integration of Microarray Data and Single-Cell Sequencing Analysis to Explore Key Genes Associated with Macrophage Infiltration in Heart Failure 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S475633 PMID:39717663	研究论文	本文整合了微阵列数据和单细胞测序分析，探索与心力衰竭中巨噬细胞浸润相关的关键基因	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合机器学习算法，识别出具有诊断价值的巨噬细胞相关基因，并进行了体内验证	本文的局限性在于其依赖于现有的测序数据和机器学习算法，可能存在数据偏差和算法局限性	探索心力衰竭中巨噬细胞的机制及其相关的关键基因	心力衰竭中的巨噬细胞及其相关基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
4974	2024-12-25	Innovative strategies to optimise colorectal cancer immunotherapy through molecular mechanism insights 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1509658 PMID:39717768	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析结直肠癌患者的肿瘤微环境，识别关键细胞类型和分子通路，以优化免疫治疗策略	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了结直肠癌中的关键细胞亚型，并验证了DLX2基因作为潜在治疗靶点的可行性	研究样本量较小，仅包括4名患者的13个组织样本，可能影响结果的普适性	通过分子机制研究优化结直肠癌的免疫治疗策略	结直肠癌患者的肿瘤微环境和分子机制	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	4名患者的13个组织样本
4975	2024-12-24	Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159 PMID:39681052	研究论文	本文比较了三种酶（Trypsin、TrypLE 和 Liberase）在分离小鼠新生表皮细胞以进行单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）中的效果	首次系统比较了不同酶在分离小鼠新生表皮细胞中的效果，并揭示了酶选择对细胞群体恢复的显著影响	本文仅比较了三种酶的效果，未探讨其他可能的分离方法	优化小鼠新生表皮细胞的单细胞 RNA 测序分离方法	小鼠新生表皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
4976	2024-12-24	Exploring the Role of Ccn3 in Type III Cell of Mice Taste Buds 2025-Jan, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.16291 PMID:39709613	研究论文	研究探讨了Ccn3在鼠味蕾III型细胞中的表达和功能	首次通过单细胞RNA测序发现Ccn3在鼠味蕾III型细胞中高表达，并通过多种实验方法验证了其表达模式	Ccn3敲除对味觉反应没有显著影响，其具体功能仍需进一步研究	探索Ccn3在鼠味蕾细胞中的表达和功能	鼠味蕾的III型细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）、原位杂交、免疫组织化学（IHC）	NA	RNA	鼠味蕾细胞
4977	2024-12-24	Chondroitin sulfate proteoglycan 4 increases invasion of recessive dystrophic epidermolysis bullosa-associated cutaneous squamous cell carcinoma by modifying transforming growth factor-β signalling 2024-Dec-23, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae295 PMID:39018437	研究论文	研究评估了硫酸软骨素蛋白聚糖4（CSPG4）在隐性营养不良性大疱性表皮松解症相关皮肤鳞状细胞癌（RDEB cSCC）中的表达和功能，发现CSPG4通过调节转化生长因子-β信号传导增强肿瘤的侵袭性	首次揭示了CSPG4在RDEB cSCC中的表达及其通过SMAD3磷酸化增强膜近端TGF-β信号传导的机制	研究主要基于体外实验和已发表的单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	评估CSPG4在RDEB cSCC中的表达和功能，探索其作为治疗靶点的潜力	隐性营养不良性大疱性表皮松解症相关皮肤鳞状细胞癌（RDEB cSCC）细胞系	NA	皮肤鳞状细胞癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	细胞	多个RDEB cSCC细胞系及RDEB cSCC和非RDEB cSCC肿瘤样本
4978	2024-12-24	scEGOT: single-cell trajectory inference framework based on entropic Gaussian mixture optimal transport 2024-Dec-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05988-z PMID:39710672	研究论文	本文介绍了一种名为scEGOT的单细胞轨迹推断框架，基于熵高斯混合最优传输理论，用于推断细胞分化轨迹	scEGOT框架具有高解释性和低计算成本，能够应用于单细胞RNA-seq数据并扩展到其他单细胞数据类型如scATAC-seq	NA	研究细胞分化机制并推断细胞分化轨迹	人类原始生殖细胞样细胞（PGCLC）诱导系统	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成模型	单细胞数据	NA
4979	2024-12-24	Elevation of ANXA1 associated with potential protective mechanism against ferroptosis and immune cell infiltration in age-related macular degeneration 2024-Dec-23, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-02163-1 PMID:39710756	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因及其与免疫细胞浸润在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	本研究首次揭示了ANXA1在AMD中通过抑制铁死亡和调节免疫细胞浸润发挥潜在保护作用	本研究主要基于数据集分析和细胞模型验证，未来需要进一步在临床样本中验证ANXA1的作用	探讨铁死亡相关基因及其与免疫细胞浸润在AMD中的作用机制	年龄相关性黄斑变性（AMD）患者及正常对照的基因表达和免疫细胞浸润情况	数字病理学	老年性疾病	RT-qPCR, 免疫荧光, CIBERSORT	NA	基因表达数据, 单细胞数据	来自Gene Expression Omnibus的数据集, 细胞模型和小鼠模型
4980	2024-12-24	A novel human pluripotent stem cell gene activation system identifies IGFBP2 as a mediator in the production of haematopoietic progenitors in vitro 2024-Dec-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94884 PMID:39714446	研究论文	开发了一种新的可诱导CRISPR介导的激活策略（iCRISPRa），用于驱动多个人类多能干细胞中内源性转录因子的表达，以促进体外造血祖细胞的分化	首次使用iCRISPRa系统激活内源性转录因子，并发现IGFBP2在造血祖细胞发育中的关键作用	研究主要集中在体外实验，尚未验证该系统在体内环境中的有效性	探索从诱导多能干细胞（iPSCs）中生成功能性细胞的方法，并研究造血祖细胞分化的机制	人类多能干细胞（iPSCs）及其向造血祖细胞的分化过程	干细胞生物学	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA	九个候选转录因子