单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4961	2025-01-19	Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281898 PMID:36827401	研究论文	本文描述了一种从SARS-CoV-2感染的上皮细胞中制备非传染性单细胞RNA测序（scRNAseq）样本的方法	提出了一种在BSL2设施中安全进行scRNAseq分析的方法，使更多研究人员能够进行SARS-CoV-2细胞的分子分析	需要进一步验证该方法在其他类型细胞和病毒中的适用性	开发一种安全的方法，用于在较低生物安全级别的实验室中研究SARS-CoV-2感染的细胞	SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和分化在气液界面上的人肺上皮细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA数据	非洲绿猴肾上皮细胞和人肺上皮细胞
4962	2025-01-19	Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957 PMID:34825218	研究论文	本文描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的协议	提出了一种无需细胞分选即可从小鼠小脑肿瘤中快速分离髓系细胞的方法，以减少细胞损伤	未提及样本量或实验结果的局限性	开发一种用于单细胞RNA测序的髓系细胞分离协议	小鼠脑肿瘤中的髓系细胞	单细胞RNA测序	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未明确提及样本量
4963	2025-01-19	Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism 2021-10-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424 PMID:34755135	研究论文	本研究通过多组学方法评估多发性硬化症（MS）中的代谢变化，特别关注芳香族氨基酸代谢的转变	首次大规模评估MS患者与健康对照之间的代谢组差异，并结合单细胞RNA测序数据探讨代谢变化与细胞基因表达的关系	研究样本量相对较大，但仍需进一步扩大样本以验证结果的普遍性	探讨多发性硬化症患者的代谢变化及其与疾病残疾程度的关系	多发性硬化症患者（PwMS）和健康对照（HC）	代谢组学	多发性硬化症	代谢组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢组数据，单细胞RNA测序数据	多发性硬化症患者样本637个，健康对照样本317个
4964	2025-01-19	Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers 2021-05-17, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-021-00269-2 PMID:34001262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠快肌纤维的基因表达模式	引入了全细胞流式分选方法进行单细胞RNA测序，扩展了已知的纤维类型特异性基因库	在763个肌纤维中，仅有171个细胞达到最优质量，样本利用率较低	探索全细胞流式分选方法在单肌纤维类型中的应用，以生成深度表达模式	小鼠快肌纤维（flexor digitorum brevis muscle）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	763个完整和碎片化的肌纤维
4965	2025-01-19	Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets 2020-04-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15821-9 PMID:32321923	研究论文	本文研究了下一代测序中的读取污染问题，特别是在GTEx和其他RNA-seq数据集中的污染情况	揭示了GTEx数据集中48种组织中26种存在胰腺富集基因的变异共表达簇，并发现样本污染与同日测序的样本密切相关	研究主要依赖于GTEx数据集，可能无法完全代表所有RNA-seq数据的污染情况	了解导致RNA-seq数据污染的因素及其对分析的影响	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集
4966	2025-01-19	Transcriptional characterisation of human lung cells identifies novel mesenchymal lineage markers 2020-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00746-2019 PMID:31619469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，鉴定了人类胎儿肺组织中的多种间充质细胞系，并提供了新的间充质细胞系标记物	鉴定了人类胎儿肺组织中的多种间充质细胞系，并提供了新的间充质细胞系标记物，特别是与气道和血管平滑肌细胞相关的标记物	研究仅限于胎儿肺组织，未涉及成人肺组织或其他物种	研究人类肺组织中间充质细胞的多样性和特异性	人类胎儿肺组织	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序、免疫组织化学、原位杂交	NA	RNA测序数据	胎儿人类肺组织样本
4967	2025-01-18	Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation 2024-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01932-8 PMID:39169233	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了乳腺癌基因工程小鼠模型中的基因编辑现象，揭示了肿瘤如何通过编辑基因表达来逃避免疫监视，并探讨了抑制DNA甲基化如何逆转这一过程	首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑现象，并发现抑制DNA甲基化可以逆转肿瘤对免疫基因的抑制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探讨肿瘤如何通过基因编辑逃避免疫监视，并寻找逆转这一过程的方法	乳腺癌基因工程小鼠模型中的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型（GEMM）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及乳腺癌和黑色素瘤的植入肿瘤
4968	2025-01-18	Macrophages preserve endothelial cell specialization in the adrenal gland to modulate aldosterone secretion and blood pressure 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114395 PMID:38941187	研究论文	本文探讨了巨噬细胞在肾上腺中如何通过维持毛细血管的特殊化来调节醛固酮分泌和血压	揭示了巨噬细胞通过VEGF-A信号维持肾上腺毛细血管的特殊化，进而调节醛固酮分泌和血压的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究巨噬细胞在肾上腺功能和血压调节中的作用	肾上腺中的巨噬细胞和毛细血管	生物医学	高血压	单细胞转录组学、功能表型分析	小鼠模型	基因表达数据、生理数据	小鼠模型和人类醛固酮产生腺瘤样本
4969	2025-01-18	Insulin and leptin oscillations license food-entrained browning and metabolic flexibility 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114390 PMID:38900636	研究论文	本文探讨了定时喂食如何通过胰岛素和瘦素的振荡促进皮下白色脂肪组织（sWAT）的褐变和代谢灵活性	揭示了定时喂食通过胰岛素和瘦素的振荡调控sWAT褐变和能量消耗的机制，并发现神经支配在此过程中的必要性	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探究定时喂食如何通过激素振荡调控脂肪组织褐变和代谢灵活性	皮下白色脂肪组织（sWAT）和棕色脂肪组织（BAT）	代谢研究	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞表型数据	NA
4970	2025-01-16	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	通过多组学方法揭示了CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞的差异表达基因，并构建了基于14个预后基因的风险评分模型	研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	阐明胃癌的分子机制，探索新的生物标志物和治疗策略	胃癌患者的CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞	生物信息学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
4971	2025-01-16	c-JUN interacts with HDAC1 as a potential combinatorial therapeutic target in acute myeloid leukemia 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113927 PMID:39721452	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HDAC1在急性髓性白血病（AML）中的致癌作用，并验证了c-JUN与HDAC1的潜在调控关系	首次在单细胞水平上识别了AML中HSC-Prog的特定基因特征，并通过实验验证了c-JUN与HDAC1的相互作用及其在AML治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	探索AML的潜在治疗靶点和有效治疗策略	急性髓性白血病（AML）患者和小鼠模型	生物医学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）、流式细胞术、活体成像（IVIS、iSMAART）	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	AML患者样本和小鼠模型
4972	2025-01-16	Elucidating cardiomyocyte heterogeneity and maturation dynamics through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111596 PMID:39811652	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术分析了新生小鼠心脏细胞，绘制了详细的心肌细胞亚群转录图谱，揭示了心肌细胞成熟状态的连续性和空间分布	通过单细胞和空间转录组学技术，首次详细描绘了心肌细胞的异质性和成熟动态，识别了关键的过渡性心肌细胞亚群，为心脏再生治疗提供了新的靶点	研究仅限于新生小鼠心脏，未涉及成年或其他物种的心脏细胞	阐明心肌细胞的异质性和成熟动态，以促进心脏再生医学研究	新生小鼠心脏的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	新生小鼠心脏细胞
4973	2025-01-16	Predictive value of dendritic cell-related genes for prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025-Jan-14, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03642-z PMID:39810206	研究论文	本研究通过筛选树突状细胞相关基因，构建了一个预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的预后标志物	创新性地建立了基于深度学习的预测模型DCRGS，用于预测肺腺癌患者的预后，并展示了其在临床管理中的潜在应用	研究依赖于特定数据集，可能需要在更广泛的患者群体中进行验证	预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、实时定量PCR（q-PCR）	深度学习模型	RNA测序数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量
4974	2025-01-16	Prospects of neutrophilic implications against pathobiology of chronic obstructive pulmonary disease: Pharmacological insights and technological advances 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113634 PMID:39577220	review	本文探讨了中性粒细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的关键作用，强调了针对中性粒细胞的新型治疗方法的紧迫性，并探讨了利用单细胞RNA测序技术进一步研究中性粒细胞及相关风险基因作为COPD治疗潜在生物标志物的可能性	强调了针对中性粒细胞的新型治疗方法的紧迫性，并探讨了利用单细胞RNA测序技术研究中性粒细胞及相关风险基因作为COPD治疗潜在生物标志物的可能性	NA	探讨中性粒细胞在COPD中的作用，并探索新的治疗方法	中性粒细胞及其在COPD中的生物学活动	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
4975	2025-01-16	Gonadal sex and temperature independently influence germ cell differentiation and meiotic progression in Trachemys scripta 2025-Jan-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2413191121 PMID:39793067	研究论文	本研究探讨了温度对红耳滑龟生殖细胞分化和减数分裂进程的直接影响，独立于性腺的性别决定	揭示了温度对生殖细胞性分化的直接影响，独立于性腺体细胞的性别决定，这在温度依赖性性别决定（TSD）物种中是一个新的发现	研究仅限于红耳滑龟这一TSD模型物种，可能不适用于其他物种	研究温度对生殖细胞分化和性别身份的直接影响	红耳滑龟的生殖细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
4976	2025-01-16	Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280 PMID:39637472	研究论文	本研究探讨了清肺饮（QFY）通过促进完全自噬来抑制坏死性凋亡，从而缓解肺炎链球菌引起的肺炎的机制	首次揭示了清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬，进而缓解肺炎链球菌诱导的肺上皮细胞坏死性凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的机制	肺炎链球菌引起的肺炎	生物医学	肺炎	单细胞转录组学、HE染色、免疫荧光、AO染色、PI染色、Western blot分析	小鼠肺炎模型、TC-1细胞模型	基因表达数据、细胞图像数据	113,353个细胞
4977	2025-01-14	Major cell types in the coronary thrombosis of acute myocardial infarction patients revealed by scRNA-seq 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70181 PMID:39804415	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4978	2025-01-16	Advances in modeling cellular state dynamics: integrating omics data and predictive techniques 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2024.2449518 PMID:39807350	综述	本文综述了当前用于建模细胞状态动态的方法，包括从动态或静态生物分子网络模型到深度学习模型的技术	强调了这些方法如何与转录组学和单细胞RNA测序等多种组学数据结合，以捕捉和预测细胞行为和转变	讨论了这些方法在可扩展性和分辨率要求方面的局限性，这些要求根据研究生物系统的复杂性和大小而变化	旨在指导未来研究开发更强大和可解释的模型，以理解和操纵各种生物背景下的细胞状态动态，最终推进治疗策略和精准医学	细胞状态动态	机器学习	NA	转录组学, 单细胞RNA测序	深度学习模型	组学数据	NA
4979	2025-01-16	Pancreatic Neuroendocrine Tumor: The Case Report of a Patient with Germline FANCD2 Mutation and Tumor Analysis Using Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-14, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13247621 PMID:39768544	研究论文	本文报告了一例携带FANCD2基因种系突变的胰腺神经内分泌肿瘤患者，并利用单细胞RNA测序技术对肿瘤进行了分析	首次在胰腺神经内分泌肿瘤患者中报告了FANCD2基因种系突变，并应用单细胞RNA测序技术进行肿瘤分析	样本量较小，仅为单一病例报告	探讨胰腺神经内分泌肿瘤的分子特征和预后标志物	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
4980	2025-01-16	Harnessing Single-Cell and Spatial Transcriptomics for Crop Improvement 2024-Dec-11, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants13243476 PMID:39771174	综述	本文综述了单细胞和空间转录组技术在作物改良中的应用及其最新进展	结合单细胞和空间转录组技术，揭示了作物组织中细胞群体的异质性及其对环境刺激的响应，为作物遗传改良和育种策略提供了新的视角	未提及具体的技术局限或挑战	探讨单细胞和空间转录组技术在作物改良中的应用及其潜力	作物生物学中的细胞群体及其基因表达	作物科学	NA	单细胞转录组技术、空间转录组技术	NA	转录组数据	NA