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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4941 | 2025-10-06 |
Huanglian Jiedu Decoction Treats Ischemic Stroke by Regulating Pyroptosis: Insights from Multi-Omics and Drug-Target Relationship Analysis
2025-May-23, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18060775
PMID:40573172
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研究论文 | 本研究通过多组学和药物-靶点关系分析探讨黄连解毒汤通过调节细胞焦亡治疗缺血性中风的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学系统揭示黄连解毒汤通过NLRP3炎症小体通路调节细胞焦亡的分子机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,缺乏雌性动物验证;样本量相对有限 | 探究黄连解毒汤治疗缺血性中风的作用机制 | 8周龄雄性小鼠 | 多组学分析 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 分子对接, 表面等离子共振, 液相色谱-质谱联用, 分子动力学 | NA | 多组学数据, 生理学数据, 组织病理学数据 | 小鼠分为6组(假手术组、模型组、阳性药物组、黄连解毒汤低中高剂量组) | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
4942 | 2025-10-06 |
Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation
2025-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02163-9
PMID:40240879
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研究论文 | 本研究揭示了桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖的新机制 | 首次发现桥粒基因在人类癌症中的高频突变,并证明这些突变通过影响角质形成细胞间接促进黑色素瘤增殖 | 研究主要基于原发性和转移性黑色素瘤活检样本,需要进一步验证其他癌症类型 | 探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用机制 | 人类黑色素瘤样本和角质形成细胞 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲低、共培养实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据 | 人类原发性和转移性黑色素瘤活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4943 | 2025-10-06 |
Advances and challenges in cell-cell communication inference: a comprehensive review of tools, resources, and future directions
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf280
PMID:40536815
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综述 | 本文全面回顾了基于单细胞和空间转录组数据的细胞间通讯推断工具、资源及未来发展方向 | 系统整合了100多种生物信息学工具和近50种资源,创建了集中式网络平台CCC-Catalog | 未开发新的计算方法,主要侧重于现有工具和资源的系统性评述 | 评估细胞间通讯推断领域的现状、挑战和未来方向 | 细胞间通讯推断工具、配体-受体数据库和相关资源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4944 | 2025-10-06 |
Evaluating discrepancies in dimensionality reduction for time-series single-cell RNA-sequencing data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf287
PMID:40576031
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研究论文 | 评估时间序列单细胞RNA测序数据降维中不同技术产生的差异 | 提出基于变分自编码器生成合成时间序列scRNA-seq数据的方法来评估降维技术差异 | 研究中使用的合成数据可能无法完全代表真实生物系统的复杂性 | 评估不同降维技术在时间序列单细胞RNA测序数据分析中的一致性和可靠性 | 时间序列单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器, PCA, t-SNE, UMAP, scVI | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4945 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2025-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00194.2024
PMID:39853303
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研究论文 | 通过单细胞转录组学预测缺血损伤肠道中急性上皮修复的新型潜在调节因子 | 首次在猪模型中通过单细胞转录组学识别出表达细胞迁移通路的吸收性肠细胞亚群,并预测CSF-1作为年龄依赖性修复反应的上游调节因子 | 研究基于猪模型,需进一步验证在人类中的适用性;初步体外实验需要更深入的体内验证 | 探索缺血损伤肠道上皮修复的年龄依赖性机制,识别潜在治疗靶点 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道黏膜上皮细胞 | 单细胞生物学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 幼猪缺血空肠恢复期黏膜上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4946 | 2025-10-06 |
The brain microvasculature is a primary mediator of interferon-α neurotoxicity in human cerebral interferonopathies
2024-07-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.017
PMID:38878770
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研究论文 | 本研究揭示大脑微血管是干扰素-α神经毒性的主要介导者,为Aicardi-Goutières综合征提供了新的治疗靶点 | 首次证实大脑是神经毒性IFN-α的主要来源,并确定脑内皮细胞中的IFNAR信号通路是导致脑血管疾病的关键机制 | 动物模型与人类疾病存在差异,需要进一步验证治疗策略的临床适用性 | 探究Aicardi-Goutières综合征中神经毒性IFN-α的来源和作用机制 | Aicardi-Goutières综合征患者和小鼠模型 | 神经科学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 磁共振成像, 单分子ELISA | NA | 基因表达数据, 影像数据, 蛋白质检测数据 | 人类患者和小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4947 | 2025-10-06 |
SH3GLB1-related autophagy mediates mitochondrial metabolism to acquire resistance against temozolomide in glioblastoma
2022-Jul-13, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02429-8
PMID:35831908
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研究论文 | 本研究揭示了SH3GLB1通过调控自噬介导线粒体代谢从而促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的机制 | 首次发现SH3GLB1通过自噬调控线粒体代谢功能介导胶质母细胞瘤对TMZ的耐药性 | 机制研究主要基于体外实验,临床转化价值需进一步验证 | 探究胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞系、动物模型和临床肿瘤样本 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | RNA干扰、基因扩增、单细胞转录组分析、细胞分子检测 | NA | RNA转录组数据、蛋白质表达数据 | 临床肿瘤样本和细胞系,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4948 | 2025-10-06 |
Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action
2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jnen/nlaf029
PMID:40197611
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研究论文 | 本研究通过分子特征分析揭示了良性颅内神经胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿的异质性发病机制 | 首次通过单细胞测序和RNA表达谱比较揭示两种囊肿具有不同的细胞谱系和分子特征,并提出了不同的发病机制假说 | 样本量较小(仅16例患者),仅对部分样本进行了囊肿壁病理分析(n=8)和囊肿液检测(n=4) | 探究良性颅内囊肿的形成和生长机制 | 接受手术治疗的良性颅内囊肿患者及其囊肿组织样本 | 神经病理学 | 颅内囊肿 | 单细胞测序, RNA表达谱分析, H&E染色, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞测序数据, RNA表达数据, 病理图像数据 | 16例患者,8例囊肿壁样本,4例囊肿液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4949 | 2025-10-06 |
Skeletal site-specific variations in myeloid cells: insights from single-cell RNA sequencing of the mandible and femur
2025-Jul, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziaf074
PMID:40486046
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较小鼠下颌骨和股骨骨髓中CD11b+髓系细胞的转录组差异 | 首次从单细胞水平揭示下颌骨来源的髓系细胞具有独特的炎症基因特征,并发现KLF4基因在下颌骨细胞分化中的特异性作用 | 研究仅使用2月龄C57BL/6小鼠,样本来源和年龄范围有限 | 探究不同骨骼部位(下颌骨与股骨)髓系细胞的转录组差异 | 2月龄C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓中的CD11b+髓系细胞 | 单细胞组学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, ATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | C57BL/6小鼠下颌骨和股骨骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4950 | 2025-10-06 |
Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development
2025-Jun-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003
PMID:40300602
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑发育图谱揭示了前脑与后脑神经发生的区域差异,并发现线粒体蛋白FAM210B通过调节代谢影响神经前体细胞增殖的机制 | 首次提供了小鼠大脑单细胞分辨率的发育时间图谱,揭示了区域特异性神经发生模式,并鉴定出线粒体蛋白FAM210B作为调节神经前体细胞代谢和增殖的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的保守性需要进一步验证 | 探究哺乳动物大脑区域发育差异的分子机制 | 小鼠大脑发育过程中的神经前体细胞 | 发育神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序,功能获得和功能缺失实验 | NA | 单细胞转录组数据,发育时间序列数据 | 小鼠大脑发育不同阶段的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4951 | 2025-10-06 |
Advantages of cell proliferation and immune regulation in CD146+NESTIN+ HUMSCs: insights from single-cell RNA sequencing
2025-Jun-24, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxae063
PMID:39428975
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析不同胎龄人脐带间充质干细胞中CD146+NESTIN+亚群的增殖和免疫调节优势 | 首次在单细胞水平揭示早产HUMSCs中CD146+Nestin+亚群具有更高的增殖能力和免疫调节功能 | 样本量较小(仅3个供体),需要更大规模研究验证 | 探究不同胎龄HUMSCs的细胞异质性及其功能差异 | 人脐带间充质干细胞(HUMSCs)和骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 单细胞组学 | 干细胞治疗 | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 3个不同胎龄HUMSCs供体(22+5周、28周、39周)和2个公共数据库BMSCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4952 | 2025-10-06 |
Heterologous prime-boost with an mRNA vaccine and an oncolytic virus enhances tumor regression through overcoming intratumoral immune suppression
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115745
PMID:40411783
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研究论文 | 本研究开发了一种通过mRNA疫苗与溶瘤病毒异源初免-加强策略增强HPV相关肿瘤消退的方法 | 首次将mRNA疫苗与HSV-1溶瘤病毒结合使用,通过异源初免-加强策略协同激活系统性和肿瘤内免疫反应 | 研究基于小鼠同系肿瘤模型,尚未在人类临床试验中验证 | 开发克服肿瘤内免疫抑制的新型联合免疫疗法 | HPV相关癌症模型 | 免疫治疗 | HPV相关癌症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | 小鼠同系肿瘤模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4953 | 2025-10-06 |
RORγt is crucial for gut homeostasis by regulating the expression of HB-EGF rather than IL-22 in activated ILC3s
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115793
PMID:40478733
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了RORγt在活化ILC3细胞中的关键作用,特别是对HB-EGF表达的调控 | 发现RORγt缺失后ILC3细胞仍能产生足够IL-22维持肠道健康,但HB-EGF产生受损,这为理解RORγt功能提供了新视角 | 研究主要基于小鼠模型,人类ILC3细胞中RORγt功能是否相同尚需验证 | 阐明RORγt在3型先天淋巴样细胞(ILC3s)中的具体功能机制 | IL-22命运示踪小鼠模型中的ILC3细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,命运示踪技术 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4954 | 2025-10-06 |
Widespread and cell-type-specific transcriptomic reorganization following mild traumatic brain injury
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115795
PMID:40478731
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研究论文 | 利用空间转录组学研究轻度创伤性脑损伤后全脑范围和细胞类型特异性的转录组重组 | 首次结合CHIMERA TBI模型和空间转录组学技术,系统揭示轻度脑损伤后跨脑区和细胞类型特异性的转录组变化模式 | 研究基于小鼠模型,结果向人类转化的适用性需进一步验证;仅关注亚急性期变化,缺乏长期随访数据 | 解析创伤性脑损伤的多尺度分子机制和细胞特异性反应 | 小鼠脑组织(特别是齿状回分子层星形胶质细胞和丘脑神经元) | 空间转录组学 | 创伤性脑损伤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多只CHIMERA TBI模型小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4955 | 2025-10-06 |
Id2 levels determine the development of effector vs. exhausted tissue-resident memory CD8+ T cells during CNS chronic infection
2025-Jun-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115861
PMID:40531616
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了转录调节因子Id2在慢性中枢神经系统感染期间调控CD8+组织驻留记忆T细胞向效应或耗竭表型分化的分子机制 | 首次发现Id2表达水平决定CD8+ Trm细胞在慢性感染中向效应表型或耗竭表型分化的命运 | 研究仅限于弓形虫感染的小鼠模型,未验证其他慢性感染模型 | 探究组织驻留记忆T细胞异质性的分子调控机制 | 慢性弓形虫感染小鼠脑组织中的CD8+ T细胞 | 单细胞转录组学 | 中枢神经系统慢性感染 | 单细胞转录组测序,混合骨髓嵌合体实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性弓形虫感染小鼠脑组织CD8 T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4956 | 2025-10-06 |
Endothelial Cell Phenotypic Plasticity in Cardiovascular Physiology and Disease: Mechanisms and Therapeutic Prospects
2025-Jun-16, American journal of hypertension
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/ajh/hpaf027
PMID:39989120
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综述 | 本文综述了内皮细胞表型可塑性在心血管生理和疾病中的作用机制及治疗前景 | 系统阐述了内皮细胞通过EndMT、EndHT、EndOT和EndICLT等表型转换适应不同生理病理状态的机制,并探讨了基于细胞重编程的新兴治疗策略 | 主要基于现有文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 探讨内皮细胞异质性和可塑性在心血管疾病中的作用及治疗潜力 | 内皮细胞及其表型转换过程 | 心血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4957 | 2025-10-06 |
Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658097
PMID:40502088
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞数据降维和聚类的自监督元算法DR-GEM | 结合分布鲁棒优化与平衡共识机器学习原理,通过重建误差识别关注不良嵌入样本,使用平衡共识学习提高鲁棒性 | 未明确说明算法在特定数据类型或规模下的性能限制 | 解决单细胞基因组学中现有降维和聚类方法对主要模式过拟合、忽略稀有细胞类型及对技术噪声敏感的问题 | 单细胞组学数据、单细胞分辨率空间转录组数据和Perturb-seq数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Perturb-seq | 自监督机器学习,元算法 | 单细胞组学数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
4958 | 2025-10-06 |
Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma
2025-Jun-04, The oncologist
DOI:10.1093/oncolo/oyaf164
PMID:40492497
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研究论文 | 本研究探讨基线总病灶糖酵解作为早期NK/T细胞淋巴瘤高风险患者的生物标志物 | 首次发现基线总病灶糖酵解可识别具有免疫抑制特征的早期NK/T细胞淋巴瘤高风险患者 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 评估基线PET/CT放射组学标志物在早期NK/T细胞淋巴瘤预后预测中的价值 | 早期NK/T细胞淋巴瘤患者 | 医学影像分析 | NK/T细胞淋巴瘤 | 18F-FDG PET/CT, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 医学影像, 基因表达数据 | 192例患者(训练队列127例,验证队列65例),其中10例进行单细胞RNA测序,65例进行批量RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4959 | 2025-10-06 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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研究论文 | 提出一种基于机器学习的SigXTalk方法,利用单细胞转录组数据分析细胞间通讯诱导的信号通路串扰 | 首次从信号通路串扰角度系统分析细胞间通讯,引入信号保真度和特异性两个关键指标量化串扰效应 | NA | 分析细胞间通讯过程中不同配体-受体对激活通路之间的串扰现象 | 细胞间通讯网络中的受体、转录因子和靶基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 超图学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4960 | 2025-10-06 |
Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa
2025-Jun, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008
PMID:40057307
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研究论文 | 本研究揭示了炎症性肠病结肠黏膜中空间位置不同的中性粒细胞具有截然不同的功能特性 | 首次证明结肠黏膜中不同空间定位的中性粒细胞(上皮相关中性粒细胞和固有层中性粒细胞)具有独特的功能特性 | NA | 探究炎症性肠病中不同空间定位中性粒细胞的功能特性和临床意义 | 炎症性肠病患者和小鼠结肠炎模型中的中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 空间RNA转录组学, 实时活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 人类患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |