单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 4941 - 4960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4941 | 2025-02-12 |
Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity
2025, Journal of applied statistics
IF:1.2Q2
DOI:10.1080/02664763.2024.2369955
PMID:39926175
|
研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图提取数据的局部结构信息，以提高聚类效果 | 创新性地将correntropy与PCA结合处理噪声和异常值，并引入超图提取局部结构信息，同时使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间的相似性信息，并引入稀疏约束以获得稀疏主成分 | 未提及具体的数据集规模或实验限制 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类效果，促进对细胞异质性的理解 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA） | 单细胞RNA测序数据 | 未提及具体样本数量 |
| 4942 | 2025-02-12 |
Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses
2025, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S487126
PMID:39926372
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研究论文 | 本文通过整合多组学分析，探讨了SPINK4表达与患者死亡率、免疫治疗和转移在泛癌中的相互作用 | 揭示了SPINK4在泛癌过程中的关键作用，特别是在肿瘤微环境、干细胞评分和化疗敏感性中的关联 | 研究主要基于TCGA数据集，可能缺乏对其他独立数据集的验证 | 探讨SPINK4在不同癌症类型中的具体功能和影响 | 泛癌患者和结肠腺癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 多组学分析、单细胞测序、伤口愈合实验、Transwell实验 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | TCGA数据集中的泛癌患者样本和结肠腺癌细胞系（HCT116和RKO） |
| 4943 | 2025-02-12 |
Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells
2024-Dec, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01030-x
PMID:39147984
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研究论文 | 本文介绍了一种名为邻近测序的逐步操作流程，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白质复合物 | 提出了一种新的邻近测序方法，能够在单细胞水平上同时测量多种蛋白质复合物，结合转录状态和细胞功能的测量 | 需要具备基础分子生物学和单细胞测序的专业知识，且整个流程需要大约16小时，分散在几天内完成 | 开发一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的方法，以研究转录状态与细胞功能之间的相互作用 | 单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和细胞外蛋白质复合物 | 单细胞测序 | NA | 邻近测序 | NA | mRNA、蛋白质、蛋白质复合物 | 单细胞 |
| 4944 | 2025-02-12 |
Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616811
PMID:39554035
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法 | 通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察 | 研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性 | 开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟 | 微胶质细胞 | 生物信息学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无监督、基于频率的特征化方法 | RNA测序数据 | NA |
| 4945 | 2025-02-12 |
Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis
2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074
PMID:38747639
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研究论文 | 本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响 | 揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点 | 研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证 | 探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制 | 溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本 | NA | 溃疡性结肠炎 | 免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除 | NA | RNA测序数据、免疫组织化学数据 | 溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本 |
| 4946 | 2024-08-08 |
Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data
2024-Sep-27, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad022
PMID:37226813
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4947 | 2025-02-12 |
Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER
2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.04.611293
PMID:39282389
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CLEANSER的混合模型，用于在单细胞CRISPR筛选实验中识别和过滤环境gRNA噪声 | 开发了CLEANSER模型，利用gRNA和细胞特定的归一化参数，有效过滤环境gRNA噪声，提高gRNA-细胞分配的准确性 | 未明确提及具体局限性 | 提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配的准确性，减少假阳性结果 | 单细胞CRISPR筛选实验中的环境gRNA噪声 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合模型（CLEANSER） | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4948 | 2025-02-12 |
Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk
2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.14.607986
PMID:39211101
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研究论文 | 本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制 | 首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活 | 研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果 | 揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | 单层和器官型培养模型 | 基因表达数据 | VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本 |
| 4949 | 2025-02-12 |
Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598858
PMID:38948758
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研究论文 | 本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑 | 引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联 | NA | 提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制 | 人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scATAC-seq, scRNA-seq | 线性混合效应模型 | 单细胞表观遗传和转录组数据 | 人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本 |
| 4950 | 2025-02-12 |
Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding
2024-Jun-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn1640
PMID:38838158
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研究论文 | 本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用 | 首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用 | 研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育 | 探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用 | 雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观 | 表观遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4951 | 2025-02-12 |
Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice
2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166134
PMID:38015629
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研究论文 | 本文探讨了年龄相关的Notch3信号丢失如何导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、淋巴功能障碍和神经退行性变 | 揭示了Notch3信号在脑血管老化中的关键作用，并发现其缺失导致血管反应性下降和神经退行性变 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究 | 研究年龄相关Notch3信号丢失对脑血管功能和神经退行性变的影响 | 小鼠和人类脑血管 | 神经科学 | 血管性痴呆 | 单细胞转录组学、MRI | Notch3-null小鼠模型 | 基因表达数据、影像数据 | 小鼠和人类脑血管样本 |
| 4952 | 2025-02-11 |
Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics
2025-Feb-10, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本文通过开发一种先进的双重组酶介导的交集遗传系统，研究不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性 | 开发了一种新的双重组酶介导的交集遗传系统，能够精确靶向不同发育起源的平滑肌细胞，并结合单细胞RNA测序技术研究TGF-β信号在不同主动脉段的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探索不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性，并研究其机制 | 小鼠的平滑肌细胞 | 遗传学 | 主动脉疾病 | 双重组酶介导的交集遗传系统，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 4953 | 2025-02-11 |
Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics
2025-Feb-09, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400011
PMID:39924789
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综述 | 本文综述了CITE-Seq技术，一种同时分析单个细胞中基因表达和蛋白质丰度的先进单细胞测序方法 | 本文详细介绍了CITE-Seq的工作流程，并提供了使用抗体衍生标签（ADTs）染色细胞的关键考虑因素 | 本文主要基于微孔单细胞分析系统，可能不涵盖所有CITE-Seq应用场景 | 探讨CITE-Seq技术在单细胞多组学分析中的应用 | 单个细胞中的基因表达和蛋白质丰度 | 单细胞测序 | NA | CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签（ADTs） | NA | 基因表达数据, 蛋白质丰度数据 | NA |
| 4954 | 2025-02-11 |
Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer
2025-Feb-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01842-7
PMID:39920524
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研究论文 | 本研究旨在构建基于NK细胞标记基因的签名，以预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后 | 通过整合单细胞RNA测序数据和TCGA结直肠癌样本的WGCNA分析，识别出NK细胞相关的核心基因和特征基因，并构建了一个新的预后签名 | 研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制 | 预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | LASSO回归分析 | RNA测序数据 | 587个TCGA结直肠癌样本，124和201个GEO验证样本 |
| 4955 | 2025-02-11 |
TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development
2025-Feb-06, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02326-x
PMID:39915463
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研究论文 | 本文探讨了TP63基因的不同亚型在肿瘤抑制和发育中的作用，特别是TAp63γ的功能 | 首次通过CRISPR-cas9技术生成p63γ缺陷小鼠模型，揭示了TAp63γ在肿瘤抑制中的主要作用，而非发育 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探索TP63基因不同亚型在肿瘤抑制和发育中的具体功能 | TP63基因的不同亚型，特别是TAp63γ | 分子生物学 | 肿瘤 | CRISPR-cas9, 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | p63γ缺陷小鼠 |
| 4956 | 2025-02-11 |
MiR-18a-LncRNA NONRATG-022419 pairs targeted PRG-1 regulates diabetic induced cognitive impairment by regulating NGF\BDNF-Trkb signaling pathway
2025-Feb-06, Proteome science
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12953-025-00239-2
PMID:39915794
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）中PRG-1的分子机制和细胞异质性，以及其在突触可塑性调节中的作用 | 揭示了PRG-1通过NGF/BDNF-Trkb信号通路在DCD中的突触可塑性调节作用，并发现了miR-18a-LncRNA NONRATG-022419对PRG-1的靶向调控 | 研究主要基于体外高糖诱导的HT22细胞损伤模型，尚未在体内模型中验证 | 探讨糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）的分子机制和细胞异质性，以及PRG-1在该过程中的功能作用 | 海马细胞、HT22细胞 | 分子生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA转录组分析 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 4957 | 2025-02-11 |
Retinoic acid antagonizes estrogen signaling to maintain adult uterine cell fate
2025-Feb-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2416089122
PMID:39874292
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研究论文 | 本研究通过遗传学证据揭示了视黄酸（RA）和雌激素信号在维持成年小鼠子宫上皮细胞命运中的拮抗作用 | 首次提供了RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中拮抗作用的遗传学证据，并揭示了RA信号缺失导致的细胞命运转变和免疫细胞浸润 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中的作用 | 小鼠子宫上皮细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种相关小鼠遗传模型 |
| 4958 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets
2025-Feb, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16213
PMID:38934897
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4959 | 2025-02-10 |
Single-cell Sequencing Traces Mitochondrial Transfers
2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae092
PMID:39724171
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4960 | 2025-02-11 |
Whole-exome sequencing association study reveals genetic effects on tumor microenvironment components in nasopharyngeal carcinoma
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI182768
PMID:39744943
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研究论文 | 本文通过全外显子测序关联研究揭示了鼻咽癌肿瘤微环境成分的遗传影响 | 揭示了与鼻咽癌易感性相关的3种遗传变异，并引入了一种改进的复合多基因风险评分（rcPRS），在预测鼻咽癌风险方面优于现有模型 | NA | 研究鼻咽癌的遗传基础及其与肿瘤微环境成分的相互作用 | 鼻咽癌患者和对照组 | 基因组学 | 鼻咽癌 | 全外显子测序、批量转录组测序、单细胞RNA测序 | 复合多基因风险评分（rcPRS） | 基因组数据、转录组数据 | 6,969例鼻咽癌患者和7,100例对照 |