单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 4941 - 4960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4941 | 2024-12-25 |
Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis
2024-Dec-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475
PMID:39661509
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研究论文 | 本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞RNA测序平台高效恢复低mRNA含量免疫细胞的协议 | 提出了针对前列腺、肺和肝脏组织的优化组织解离方法，并结合BD Rhapsody scRNA-seq平台进行单细胞捕获和数据预处理 | NA | 开发一种有效的单细胞RNA测序方法，以恢复复杂人体组织中低mRNA含量的免疫细胞 | 低mRNA含量的免疫细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 前列腺、肺和肝脏组织样本 |
| 4942 | 2024-12-25 |
Single-cell transcriptome analysis reveals reciprocal epithelial and endothelial cell evolution in ovarian cancer
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111417
PMID:39717089
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中上皮细胞和内皮细胞的相互进化关系 | 首次揭示了输卵管上皮细胞向卵巢癌上皮细胞的潜在发展趋势，并发现了与肿瘤血管生成相关的内皮细胞亚型 | 研究仅限于卵巢癌中的上皮细胞和内皮细胞，未涉及其他细胞类型 | 探讨卵巢癌发展过程中上皮细胞和内皮细胞的相互作用 | 卵巢癌中的上皮细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 87,847个上皮细胞和11,696个内皮细胞 |
| 4943 | 2024-12-25 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-Dec-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01906-9
PMID:39696694
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研究论文 | 本文研究了BDNF增强剂逆转颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果 | 本文首次在颅脑放射治疗模型中验证了BDNF增强剂（如利鲁唑）对认知功能下降的逆转作用，并展示了其在神经保护方面的潜力 | 本文仅在动物模型中进行了研究，尚未在人类中进行验证 | 探讨BDNF增强剂对颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的影响 | 颅脑放射治疗后的成年小鼠 | 神经科学 | 癌症相关疾病 | 空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据 | 颅脑放射治疗后的成年小鼠模型 |
| 4944 | 2024-12-25 |
Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627758
PMID:39713449
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研究论文 | 研究揭示了控制出生后血管生长和缩放的设计原则 | 发现了主动脉扩张遵循特定的生物学原则，并与脊柱的缩放相关，而不是动物体重；揭示了通过两波动脉细胞增殖来实现扩张的过程，并展示了细胞周期动力学的独特性；证明了内皮细胞的挤出对于稳态主动脉生长和平衡过度增殖的重要性 | NA | 探讨控制出生后血管生长和缩放的设计原则 | 主动脉的生长和缩放 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | NA | NA |
| 4945 | 2024-12-25 |
Current transcriptome database and biomarker discovery for immunotherapy by immune checkpoint blockade
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.09.627506
PMID:39713380
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综述 | 本文综述了免疫检查点阻断（ICB）疗法的当前转录组数据库和生物标志物发现，重点讨论了肿瘤基因组、肿瘤微环境和肿瘤-宿主相互作用的生物标志物，并介绍了IOhub平台用于基准分析当前生物标志物 | 介绍了IOhub平台，该平台整合了36个bulk和10个单细胞转录组数据集，用于生物标志物的基准分析 | NA | 探讨免疫检查点阻断疗法的生物标志物发现和当前转录组数据库 | 肿瘤基因组、肿瘤微环境和肿瘤-宿主相互作用的生物标志物 | 数字病理学 | 癌症 | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 36个bulk和10个单细胞转录组数据集 |
| 4946 | 2024-12-25 |
Rates of evolution differ between cell types identified by single-cell RNAseq in threespine stickleback
2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.06.627160
PMID:39713298
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研究论文 | 本文结合单细胞RNA测序（scRNAseq）和进化基因组学，研究了不同细胞类型在进化过程中的基因差异性 | 首次将单细胞RNA测序技术与进化基因组数据结合，揭示了免疫细胞类型的基因进化速度特别快 | 研究仅限于三刺鱼，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨不同细胞类型在进化过程中的基因差异性 | 三刺鱼的不同细胞类型及其特征基因的进化速度 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因数据 | 多个三刺鱼种群和物种的基因数据 |
| 4947 | 2024-12-25 |
Inference and analysis of cell-cell communication of non-myeloid circulating cells in late sepsis based on single-cell RNA-seq
2024-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12109
PMID:39578684
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症中非髓系循环细胞间的细胞间通讯 | 揭示了脓毒症患者中细胞间相互作用的数量和强度增加，并发现了几条显著改变的信号通路，特别是传统树突状细胞和浆细胞样树突状细胞中的通路 | NA | 深入理解晚期脓毒症中免疫功能障碍的潜在机制 | 晚期脓毒症中淋巴系来源的白细胞间的细胞间通讯 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 4948 | 2024-12-25 |
Identification of CCR7 and CBX6 as key biomarkers in abdominal aortic aneurysm: Insights from multi-omics data and machine learning analysis
2024-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12106
PMID:39602349
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研究论文 | 本研究利用多组学数据和机器学习技术，识别了腹主动脉瘤中的关键生物标志物CCR7和CBX6，并揭示了其免疫机制 | 首次通过多组学数据和机器学习技术识别了腹主动脉瘤中的关键生物标志物CCR7和CBX6，并揭示了它们与免疫细胞浸润的相关性 | 研究主要基于数据分析，缺乏实验验证 | 识别腹主动脉瘤的关键生物标志物并揭示其免疫机制 | 腹主动脉瘤中的关键生物标志物和免疫机制 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4949 | 2024-12-25 |
Cell- and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae169
PMID:39703423
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径 | 首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和途径的表达层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式 | 研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类细胞类型和组织 | 探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同组织和细胞类型中的特异性 | 人类组织和细胞类型的糖基化相关基因表达 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型 |
| 4950 | 2024-12-25 |
Deep clustering representation of spatially resolved transcriptomics data using multi-view variational graph auto-encoders with consensus clustering
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.041
PMID:39717398
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研究论文 | 提出了一种名为STMVGAE的新工具，结合多视图变分图自编码器和共识聚类框架，用于空间转录组数据的深度聚类表示 | STMVGAE通过结合多视图变分图自编码器和共识聚类框架，有效整合了基因表达数据、组织学图像和空间坐标数据，显著提高了聚类精度和稳定性 | NA | 开发一种新的工具，用于准确识别空间转录组数据中的空间域，以支持下游分析 | 空间转录组数据中的空间域识别 | 数字病理学 | NA | 变分图自编码器（VGAE） | 卷积神经网络（CNN） | 图像和基因表达数据 | 五个真实数据集 |
| 4951 | 2024-12-25 |
CPARI: a novel approach combining cell partitioning with absolute and relative imputation to address dropout in single-cell RNA-seq data
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae668
PMID:39715686
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研究论文 | 本文提出了一种名为CPARI的新方法，结合细胞分区与绝对和相对插值技术来解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题 | CPARI通过结合细胞分区与绝对和相对插值方法，能够有效区分真实的生物零值和dropout零值，并提高插值的准确性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题 | 单细胞RNA测序数据中的dropout零值 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 模拟和真实单细胞RNA测序数据集 |
| 4952 | 2024-12-25 |
Temporal genomic analysis of homogeneous tumor models reveals key regulators of immune evasion in melanoma
2024-Nov-20, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1422
PMID:39715301
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研究论文 | 本文分析了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠源肿瘤模型中免疫逃逸的机制，并识别出Mif作为关键的免疫逃逸调控因子 | 首次在低ITH的肿瘤模型中系统分析了免疫逃逸机制，并通过CRISPR敲除筛选识别出Mif作为关键调控因子 | 研究主要基于鼠源肿瘤模型，结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证 | 揭示低ITH肿瘤模型中免疫逃逸的关键调控因子 | 鼠源低ITH肿瘤模型及黑色素瘤患者数据 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，CRISPR敲除 | NA | 基因表达数据 | 鼠源肿瘤模型中的单细胞克隆及黑色素瘤患者数据 |
| 4953 | 2024-12-25 |
Reprogramming macrophages to treat liver diseases
2024-Nov-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001160
PMID:39716928
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综述 | 本文综述了通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和纳米级治疗策略 | 本文结合最新的单细胞和空间转录组学研究，揭示了巨噬细胞在肝脏疾病中的异质性和多方面作用，并探讨了针对巨噬细胞的靶向治疗策略 | 本文主要为综述性文章，未提供具体的实验数据或临床试验结果 | 探讨通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和治疗策略 | 肝脏疾病中的巨噬细胞及其在炎症、损伤和纤维化中的作用 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4954 | 2024-12-25 |
Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622523
PMID:39605581
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质组学，在同一组织切片上实现单细胞分辨率的细胞类型鉴定和生物通路的基因组规模分析 | DBiTplus创新性地整合了测序和成像技术，能够在同一组织切片上同时进行空间转录组学和蛋白质组学分析，提供单细胞分辨率的空间转录组图谱 | NA | 开发一种能够在同一组织切片上整合空间转录组学和蛋白质组学分析的多模态空间组学方法 | 小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | DBiT-seq, CODEX | NA | 图像, 测序数据 | 小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织 |
| 4955 | 2024-12-25 |
Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level
2024-11, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-024-00739-5
PMID:39190087
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用，探讨了其在揭示ALL分子复杂性、异质性及其与微环境相互作用方面的优势和局限性 | 本文介绍了单细胞测序技术的最新进展，从分析数百个细胞发展到同时分析数千个细胞，使得研究肿瘤异质性成为可能 | 本文主要讨论了单细胞测序技术在ALL研究中的局限性，包括技术复杂性和数据分析的挑战 | 探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用 | 急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 单细胞测序 | NA | DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白 | 数千个细胞 |
| 4956 | 2024-12-25 |
Single-cell RNA Sequencing Identifies a Novel Subtype of Microglia with High Cd74 Expression that Facilitates White Matter Inflammation During Chronic Cerebral Hypoperfusion
2024-Oct, Neurochemical research
IF:3.7Q2
DOI:10.1007/s11064-024-04206-9
PMID:39012534
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别出一种新型的小胶质细胞亚型，该亚型具有高Cd74表达，并促进慢性脑低灌注期间的脑白质炎症 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种新型的小胶质细胞亚型（CIAM），并揭示了Cd74在其中的核心作用 | 本研究的局限性在于仅使用了大鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 研究微胶质细胞在血管性痴呆中的新型亚型及其在神经炎症中的作用 | 微胶质细胞及其在慢性脑低灌注模型中的变化 | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了慢性脑低灌注大鼠模型，并通过磁激活细胞分选技术分离微胶质细胞 |
| 4957 | 2024-12-25 |
Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615007
PMID:39386723
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研究论文 | 本文通过多模态空间分析揭示了从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌的免疫抑制和微环境重塑过程 | 本文首次整合了高复用成像和空间转录组学技术，分析了不同阶段高级别浆液性卵巢癌发展中的分子变化，揭示了免疫调节机制和微环境转变 | 本文主要基于高复用成像和空间转录组学技术，可能无法全面涵盖所有分子变化，且样本量未明确提及 | 研究从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌的分子变化和微环境转变 | 高级别浆液性卵巢癌发展中的不同阶段组织样本，包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性高级别浆液性卵巢癌 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高复用成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA |
| 4958 | 2024-12-25 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614590
PMID:39386496
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研究论文 | 本文研究了BDNF增强剂逆转颅脑放射治疗引起的认知衰退和神经退行性后果 | 本文首次在颅脑放射治疗模型中测试了RZ（利鲁唑）对BDNF水平和认知功能的影响，并证明了其有效性 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证 | 探讨BDNF增强剂对颅脑放射治疗引起的认知功能障碍的缓解作用 | 颅脑放射治疗后的成年小鼠 | 神经科学 | 脑癌 | 空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据 | 颅脑放射治疗后的成年小鼠模型 |
| 4959 | 2024-12-25 |
Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.03.610636
PMID:39282367
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重染色技术，探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制 | 首次揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在人类中的作用机制，并展示了其在提高树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞密度方面的显著效果 | 研究样本量较小，仅涉及三名患者，且为预手术临床试验，结果的广泛适用性有待进一步验证 | 探讨TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 4960 | 2024-12-25 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本文评估了Element Biosciences的“avidity base chemistry”DNA测序技术在通过同聚物准确测序的能力，并研究了其对读取对齐和精确量化多聚腺苷酸位点使用的影响 | 提出了使用Element Aviti仪器进行paired-end测序，能够直接和独立地分配读取到多聚腺苷酸位点，绕过了传统方法的复杂性和局限性 | 与单端对齐相比，并未始终提高读取映射率 | 评估新型测序技术在单细胞RNA-seq中的应用效果 | 单细胞RNA-seq文库的多聚腺苷酸位点使用情况 | 基因组学 | NA | avidity base chemistry DNA sequencing | NA | RNA-seq | NA |