单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4941	2025-01-12	Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001191 PMID:39666875	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，深入解析了多灶性肝细胞癌（HCC）中肿瘤微环境（TME）的异质性	首次在单细胞分辨率下对多灶性HCC的TME进行全外显子测序和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了IM和MO之间TME的显著差异	样本量较小，仅包括7名患者的23个样本，可能限制结果的普遍性	解析多灶性肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性，以改善诊断和治疗策略	多灶性肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	全外显子测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA数据	7名患者的23个样本
4942	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Sheds Light on Tumor Evolution: Perspectives from City of Hope's Clinical Trial Teams 2024-Dec-10, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13247507 PMID:39768430	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在肿瘤进化研究中的应用，特别是其在临床试验设计中的实施挑战和技术考虑	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，在个体细胞水平上分析肿瘤异质性，从而更深入地理解肿瘤生长、进展和药物反应	实施单细胞方法在临床试验中面临挑战，如获取高质量细胞、技术变异性和需要复杂的计算分析	研究肿瘤异质性如何影响肿瘤进化和治疗反应，以开发更有效的治疗方法并改善患者预后	乳腺癌、脑癌和卵巢癌的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌、脑癌、卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
4943	2025-01-12	Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae707 PMID:39780487	研究论文	本研究通过开发三图正则化非负矩阵分解（TGR-NMF）方法，旨在解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	提出了TGR-NMF方法，通过整合基因表达邻域拓扑和空间位置邻域拓扑，构建了可解释的低维空间转录组数据表示，并揭示了乳腺癌进展的病变区域	NA	解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	TGR-NMF	基因表达数据	NA
4944	2025-01-12	Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117 PMID:38744443	研究论文	本研究探讨了角鲨烯环氧化酶（SQLE）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌（MASH-HCC）中的作用，特别是其在调节肿瘤免疫微环境中的角色	首次揭示了SQLE通过影响CD8+ T细胞功能和增加免疫抑制性髓源性抑制细胞（MDSCs）来抑制抗肿瘤反应，并证明靶向SQLE可以恢复抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨SQLE在MASH-HCC中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠，以及MASH-HCC模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确提及具体样本数量
4945	2025-01-12	Single-cell transcriptional atlas of human breast cancers and model systems 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70044 PMID:39417215	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序数据，创建了一个包含117个样本和506,719个细胞的人类乳腺癌及其模型系统的转录图谱	通过单细胞分辨率研究乳腺癌亚型的遗传变异，深入理解癌症进展，并探索基于亚型比例的治疗药物效果	研究主要依赖于模型系统，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	提高对乳腺癌细胞多样性的理解，以识别有效治疗方法	乳腺癌患者肿瘤、匹配的淋巴结转移、乳腺缩小术样本、乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs）、PDX来源的类器官（PDXOs）和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	117个样本，总计506,719个细胞
4946	2025-01-12	Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation 2024-Sep-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711 PMID:39232498	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探讨了在无致癌KRAS突变情况下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失诱导自发性胰腺癌的机制	首次在无致癌KRAS突变背景下，通过Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失成功诱导出胰腺癌，并揭示了其独特的组织学特征和肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺癌中验证这些发现	探讨无致癌KRAS突变情况下胰腺癌的发生机制	基因工程小鼠模型（Trp53;Smad4;Pdx1-Cre和Trp53;Tgfbr2;Pdx1-Cre）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	两种基因工程小鼠模型（PPSSC和PPTTC）
4947	2025-01-12	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨了损伤和β-肾上腺素能激活对小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中代谢和炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在女性小鼠中对PTOA相关炎症的抑制作用，并发现这种作用具有性别依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且未探讨长期治疗效果	研究β-肾上腺素能受体激活对PTOA炎症和代谢的影响	12周龄的雄性和雌性小鼠	骨关节炎研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达分析、滑液代谢组学分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、代谢组学数据、行为学数据	未明确说明具体样本数量，但涉及雄性和雌性小鼠
4948	2025-01-12	The Effect of Exposure to Neighborhood Violence on Glucocorticoid Receptor Signaling in Lung Tumors 2024-07-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0032 PMID:38912926	研究论文	本研究探讨了社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体信号的影响	首次将社区暴力犯罪率与肺肿瘤中糖皮质激素受体结合及靶基因表达水平联系起来	样本量较小（15个肺肿瘤样本），且仅针对芝加哥地区	研究社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系	肺肿瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学、CUT&RUN（一种ChIP测序技术）	NA	基因表达数据、社区暴力犯罪率数据	15个肺肿瘤样本
4949	2025-01-12	Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109916 PMID:38812536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞图谱，涵盖了超过330,000个细胞，并识别了12个主要类别和138种细胞类型	生成了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞RNA测序数据集，整合了公共数据集，构建了小鼠视网膜细胞图谱（MRCA），并识别了新的细胞类型	数据集主要来自C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品系或物种	构建一个全面的小鼠视网膜单细胞图谱，以促进视网膜研究	C57BL/6J小鼠视网膜细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约190,000个单细胞，整合后超过330,000个细胞
4950	2025-01-12	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文介绍了一种基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，特别针对患者来源的异种移植（PDX）癌症样本进行优化	该管道能够对测序转录本进行分类以解析小鼠和人类物种，并将转录本映射到参考转录组，同时将H&E WSI与Visium载玻片的空间布局对齐，为每个Visium点生成成像和定量形态学特征	NA	开发一种用于处理空间转录组数据和H&E染色图像的管道，以支持PDX癌症样本的多模态分析	患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组技术，H&E染色	NA	空间转录组数据，H&E染色全切片图像	四个黑色素瘤PDX样本
4951	2025-01-12	Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412 PMID:38340723	研究论文	本文研究了Merkel细胞癌（MCC）患者中MCPyV特异性CD8 T细胞的频率与抗PD-1治疗反应之间的关系	通过使用MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学和T细胞受体（TCR）测序，首次在MCC患者中详细分析了MCPyV特异性T细胞的特征及其与抗PD-1治疗反应的关系	样本量较小（27名患者），且仅针对病毒驱动的MCC，可能不适用于其他类型的癌症	探讨MCPyV特异性CD8 T细胞在抗PD-1治疗中的作用及其与治疗反应的关系	Merkel细胞癌（MCC）患者	癌症免疫学	Merkel细胞癌	MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体（TCR）测序	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR测序数据	27名MCC患者
4952	2025-01-12	Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection 2024-02-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01290-y PMID:38317183	研究论文	本文通过研究不同致病性的慢病毒感染模型，揭示了促炎性反馈回路在免疫反应中的作用	利用单细胞转录组学和细胞间通讯技术，揭示了高致病性慢病毒感染导致炎症通路延迟、广泛且持续激活的机制	研究主要基于猪尾猕猴模型，可能无法完全反映人类HIV感染的情况	探讨慢病毒致病性的免疫机制	猪尾猕猴和不同致病性的SIV病毒变体	免疫学	艾滋病	单细胞转录组学、单细胞分辨率细胞间通讯技术	NA	单细胞转录组数据	猪尾猕猴感染不同致病性SIV病毒变体的队列
4953	2025-01-12	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	本文研究了CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并探讨了通过细胞因子工程克服这一问题的可能性	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术研究了CAR-NK细胞的异质性及其在体内的演化过程，揭示了代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出通过IL-15工程化CAR结构部分克服这一问题	研究主要基于临床前模型和少量患者样本，结果需要更大规模的临床试验验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并寻找克服方法	CAR-NK细胞及其在体内的演化过程	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据，质谱流式细胞数据	临床前模型和两名患者样本
4954	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Reveals Global Markers of Transcriptional Diversity across Different Forms of Cellular Senescence 2023, Aging biology DOI:10.59368/agingbio.20230008 PMID:39781544	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了不同形式细胞衰老中的转录多样性全局标记	首次通过单细胞转录组学技术全面分析了不同形式细胞衰老中的细胞亚群及其表达谱，揭示了共同的转录特征和次级衰老现象	研究主要基于体外实验，未涉及体内复杂环境的影响	探究不同形式细胞衰老中的转录多样性及其共同特征	基因同源的克隆细胞系，包括癌基因诱导衰老、复制性衰老和DNA损伤诱导衰老	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	RNA测序数据	多种形式的衰老细胞系
4955	2025-01-11	Single-Cell RNA-seq Reveals Increased and Activated Post-Capillary Venule Endothelial Cells in Erythrodermic Psoriasis 2025-Jan-09, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02216-x PMID:39786459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了红皮病型银屑病（EP）中毛细血管后微静脉内皮细胞的增加和激活现象	首次在EP中观察到毛细血管后微静脉内皮细胞的显著增加和激活，并揭示了其与白细胞之间的增强相互作用	研究主要基于人类和小鼠样本，可能需要在更大样本量和更多物种中验证	探讨红皮病型银屑病的病理机制，特别是血管内皮细胞的作用	红皮病型银屑病（EP）患者和健康对照的血管内皮细胞	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、流式细胞术	NA	RNA测序数据、图像数据	人类和小鼠样本
4956	2025-01-11	Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-09, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-024-00980-x PMID:39789293	研究论文	本文探讨了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的应用及其对肿瘤微环境异质性的洞察	首次使用空间转录组学技术研究ccRCC，揭示了肿瘤细胞、成纤维细胞、表达IL-2的巨噬细胞和透明化区域之间的空间相互作用	目前仅研究了ccRCC这一种肾细胞癌亚型，未涉及其他亚型	探索空间转录组学在ccRCC中的应用，揭示肿瘤微环境的异质性	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	数字病理学	肾细胞癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
4957	2025-01-11	Tigulixostat Alleviates Hyperuricemic Nephropathy by Promoting M2 Macrophage Polarization 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S500101 PMID:39780982	研究论文	本文研究了Tigulixostat通过促进M2巨噬细胞极化来缓解高尿酸血症肾病的效果	发现Tigulixostat比现有的别嘌呤醇更有效地降低血清尿酸水平，并改善肾脏结果，且不引起肝损伤	研究仅限于Uox-KO小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索Tigulixostat对尿酸水平和高尿酸血症肾病的影响	Uox-KO小鼠	生物医学	高尿酸血症肾病	单细胞RNA测序、空间代谢组学、血浆代谢组学、流式细胞术	Uox-KO小鼠模型	RNA测序数据、代谢组学数据、流式细胞数据	Uox-KO小鼠
4958	2025-01-11	KLRD1 (CD94): A Prognostic Biomarker and Therapeutic Candidate in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.104762 PMID:39781341	研究论文	本文探讨了KLRD1（CD94）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后价值和作为免疫治疗靶点的潜力	首次全面分析了KLRD1在多种癌症中的表达模式及其与患者预后的关系，并探索了其在NK细胞和耗竭CD8+ T细胞中的表达及其在抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	研究KLRD1在癌症中的表达模式、预后价值及其作为免疫治疗靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、功能富集分析、免疫浸润分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的多组学数据
4959	2025-01-11	Single-cell analysis unveils cell subtypes of acral melanoma cells at the early and late differentiation stages 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.102045 PMID:39781353	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肢端黑色素瘤在早期和晚期分化阶段的细胞亚型	首次识别了C3 ID2+和C4 PCLAF+黑色素瘤细胞作为肢端黑色素瘤进化中的早期和晚期亚群，并揭示了C4 PCLAF+细胞在肢端黑色素瘤增殖中的关键作用	研究样本量较小，仅涉及六名黑色素瘤患者的样本	探索肢端黑色素瘤的细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用	肢端黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	六名黑色素瘤患者的样本
4960	2025-01-11	Elucidating the Role of Estrogen Effects in Leukemia: Insights from Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.100610 PMID:39781360	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）方法，探讨了雌激素及其受体与白血病及其相关蛋白之间的关系	首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法结合，为理解雌激素与白血病之间的分子关系提供了新视角	scRNA-seq和MR方法之间存在不一致性，表明需要更大的队列和更高的测序深度来进一步阐明这些相互作用的复杂性	探讨雌激素效应在白血病中的作用及其潜在抗肿瘤效果	白血病及其相关蛋白	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	14个BMMC单核细胞亚群