单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4921	2025-02-28	Multiplexed LNP-mRNA vaccination against pathogenic coronavirus species 2022-08-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111160 PMID:35921835	研究论文	本文开发了针对SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV的脂质纳米颗粒（LNP）-mRNA疫苗候选物，并测试了多路复用LNP-mRNA在动物模型中诱导有效免疫反应的能力	开发了针对多种冠状病毒的LNP-mRNA疫苗，并通过单细胞RNA测序揭示了疫苗接种后动物的全局系统性免疫库和转录组特征	研究仅限于动物模型，尚未进行人体试验	开发针对多种冠状病毒的多物种疫苗，并优化疫苗接种计划以提供广泛而强效的抗体免疫	SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV	疫苗开发	冠状病毒感染	LNP-mRNA疫苗技术、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	动物模型
4922	2025-02-28	Variant-specific vaccination induces systems immune responses and potent in vivo protection against SARS-CoV-2 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100634 PMID:35561673	研究论文	本文研究了针对不同SARS-CoV-2变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应及其在动物模型中的保护效果	系统地研究了针对野生型、B.1.351和B.1.617变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应，并揭示了单细胞转录组学在免疫细胞群体和全局基因表达中的应用	研究仅限于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估针对不同SARS-CoV-2变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应和保护效果	动物模型	免疫学	COVID-19	LNP-mRNA疫苗、单细胞转录组学、BCR-seq、TCR-seq	NA	基因表达数据、免疫反应数据	动物模型
4923	2025-02-28	IL-7 receptor alpha defines heterogeneity and signature of human effector memory CD8+ T cells in high dimensional analysis 2020-09, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2020.104155 PMID:32619811	研究论文	本文研究了IL-7受体α链（IL-7Rα或CD127）在人类效应记忆CD8+ T细胞中的异质性及其在高维分析中的特征	通过高维飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，揭示了IL-7Rα在效应记忆CD8 T细胞中的多样化但有序的表达模式，定义了细胞亚群的异质性	NA	探讨IL-7Rα是否可以作为定义人类效应记忆CD8 T细胞异质性的关键分子	人类效应记忆CD8+ T细胞	免疫学	NA	CyTOF, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	NA
4924	2025-02-28	New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation 2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS DOI:10.1007/s12576-018-0622-8 PMID:30003408	综述	本文综述了下丘脑中GABA能神经元在摄食调节中的作用及其研究进展	介绍了三种先进技术（光遗传学、化学遗传学、体内钙成像和单细胞RNA测序）在研究GABA能神经元亚群及其在摄食调节中的作用中的应用	NA	探讨下丘脑中GABA能神经元在摄食调节中的作用	下丘脑中的GABA能神经元	神经科学	NA	光遗传学、化学遗传学、体内钙成像、单细胞RNA测序	NA	神经活动数据、转录组数据	NA
4925	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
4926	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
4927	2025-02-27	Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway 2025-Feb-25, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13394 PMID:40007244	研究论文	本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制	揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制	牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	生物医学	牙周炎	单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC	小鼠牙周炎模型	基因表达数据，炎症反应数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型
4928	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
4929	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
4930	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
4931	2025-02-27	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	研究论文	本研究通过人源化小鼠模型，利用空间转录组学分析，揭示了HIV和结核共感染早期的转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在HIV和结核共感染的人源化小鼠模型中，使用空间转录组学技术揭示早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解HIV和结核共感染早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	人源化小鼠模型	数字病理学	结核病	空间转录组学	NA	转录组数据	人源化小鼠感染后三周的肺样本
4932	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
4933	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
4934	2025-02-27	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	本文通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中，通过单细胞RNA测序技术，揭示了皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要进一步的纵向研究来确定因果关系和机制	研究HIV感染者中皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	92名参与者进行了皮下脂肪活检用于批量RNA测序，43名参与者进行了单细胞RNA测序
4935	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
4936	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
4937	2025-02-27	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	本研究通过时间分辨单细胞RNA测序和体内功能分析，揭示了人类长期造血干细胞（LT-HSC）在体外培养中的功能丧失机制	研究发现LT-HSC在体外培养中的功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善HSC功能的策略	研究主要关注LT-HSC在体外培养中的早期适应过程，未涉及长期培养的影响	研究旨在揭示人类LT-HSC在体外培养中功能丧失的机制，并探索改善HSC功能的策略	人类长期造血干细胞（LT-HSC）	细胞生物学	NA	时间分辨单细胞RNA测序，体内功能分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4938	2025-02-27	Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043 PMID:38857990	研究论文	本研究通过建立患者来源的肠道类器官生物库，揭示了肠道上皮MHC-I表观遗传失调在严重克罗恩病中的新机制	首次发现并验证了肠道上皮MHC-I的表观遗传调控在克罗恩病发病机制中的关键作用，并开发了疾病预后的表观遗传分子标志物	研究主要基于体外类器官模型和小鼠模型，需要进一步在人体内验证其临床适用性	探讨肠道上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用	168名患者的312个肠道上皮类器官（包括克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及健康对照）	数字病理学	克罗恩病	全基因组分子分析、DNA甲基化分析、批量及单细胞RNA测序、基因编辑	NA	DNA甲基化数据、RNA测序数据	168名患者的312个肠道上皮类器官
4939	2025-02-27	POSTN+ cancer-associated fibroblasts determine the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2024-Jul-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008721 PMID:39067872	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，结合空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝细胞癌（HCC）免疫治疗抵抗中的关键作用	首次系统性地研究了CAF亚群的特征及其在肿瘤微环境中的动态交流，特别是POSTN+ CAFs在特定肿瘤位置作为免疫反应屏障的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，可能缺乏对CAF功能机制的深入实验验证	探讨肝细胞癌免疫治疗抵抗的机制，以提高患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学，多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据，免疫荧光图像	220个样本，来自六个数据集
4940	2025-02-27	Double-negative B cells and DNASE1L3 colocalise with microbiota in gut-associated lymphoid tissue 2024-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48267-4 PMID:38744839	研究论文	本文通过空间转录组学和多路单细胞技术，揭示了双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在及其与树突状细胞的相互作用	首次发现双阴性2型B细胞在健康肠道相关淋巴组织中的存在，并揭示其与表达DNASE1L3和C1q的树突状细胞的相互作用	研究主要基于人类样本，未在小鼠中观察到相同现象，可能限制了结果的普适性	探讨肠道相关淋巴组织对细菌的初始反应及细菌处理机制	双阴性2型B细胞、树突状细胞、DNASE1L3、C1q	免疫学	自身免疫疾病	空间转录组学、多路单细胞技术	NA	单细胞数据	人类肠道相关淋巴组织样本