单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4921	2024-12-28	Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression 2021-Apr, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-03822-w PMID:33837451	研究论文	本文研究了Y染色体缺失（LOY）对白细胞中常染色体基因表达的影响	揭示了LOY在不同白细胞亚群中的广泛转录效应，挑战了Y染色体作为“遗传荒地”的观点	LOY与疾病风险增加的具体机制仍需进一步研究	探讨LOY对白细胞基因表达的影响及其与疾病风险的关联	白细胞	基因组学	阿尔茨海默病, 前列腺癌	DNA分析, RNA测序	NA	DNA, RNA	NA
4922	2024-12-26	Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00768-2 PMID:39169166	综述	本文综述了单细胞转录组学和空间转录组学在细胞身份和组织结构分析中的最新进展、挑战和前景	讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组数据分析中的应用，并展望了这些技术在生物研究和临床转化中的未来	未具体提及研究的局限性	探讨单细胞和空间转录组学在细胞状态和多细胞邻域识别与表征中的应用	健康与疾病组织中的细胞多样性和基因表达动态	生物信息学	肿瘤生物学	单细胞转录组学、空间转录组学	深度学习、基础模型	转录组数据	数百至数百万个细胞的靶向转录组和全转录组数据
4923	2024-12-26	Trem2/Tyrobp Signaling Protects Against Aortic Dissection and Rupture by Inhibiting Macrophage Activation in Mice 2025-Jan, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321429 PMID:39508103	研究论文	本研究探讨了Trem2/Tyrobp信号通路在小鼠主动脉夹层（AD）发展中的作用，发现其通过抑制巨噬细胞激活来保护主动脉免受夹层和破裂	首次揭示了Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层中的保护作用，并提出了通过增强该信号通路来预防和治疗主动脉夹层的新策略	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步研究Trem2/Tyrobp在人类主动脉夹层中的作用	探讨Trem2/Tyrobp信号通路在主动脉夹层发展中的作用及其潜在机制	小鼠主动脉夹层模型	心血管疾病	主动脉夹层	转录组分析、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、定量实时聚合酶链反应	Tyrobp敲除小鼠、Trem2敲除小鼠	基因表达数据、RNA测序数据	小鼠模型
4924	2024-12-26	Guided monocyte fate to FRβ/CD163+ S1 macrophage antagonises atopic dermatitis via fibroblastic matrices in mouse hypodermis 2024-Dec-25, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05543-2 PMID:39720957	研究论文	本文通过单细胞转录组学和流式细胞术研究了巨噬细胞在特应性皮炎中的状态变化，揭示了调控单核细胞获得S1身份的机制，并展示了通过外源性层粘连蛋白211促进单核细胞向S1巨噬细胞分化以缓解皮炎的效果	揭示了特应性皮炎中巨噬细胞S1亚型耗竭的机制，并首次展示了通过外源性层粘连蛋白211促进单核细胞向S1巨噬细胞分化以缓解皮炎的新方法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究巨噬细胞在特应性皮炎中的状态变化及其调控机制，探索通过干预巨噬细胞分化缓解皮炎的可能性	小鼠皮肤中的巨噬细胞和单核细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞转录组学、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	NA
4925	2024-12-26	Single Cell Transcriptomic Profiling of MYBPC3-Associated Hypertrophic Cardiomyopathy Across Species Reveals Conservation of Biological Process But Not Gene Expression 2024-Dec-24, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.035780 PMID:39719426	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了MYBPC3相关肥厚型心肌病在不同物种间的生物学过程保守性及基因表达差异	揭示了不同物种间心肌细胞中驱动生物学过程的基因存在差异，尽管生物学过程本身是保守的	研究未涵盖所有可能的物种或MYBPC3突变类型，且样本量有限	阐明不同物种间MYBPC3相关肥厚型心肌病的共同和特异性病理途径，促进对小鼠模型与临床疾病一致性的理解	携带MYBPC3变异的猫、人类和小鼠的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	猫、人类和小鼠的心脏组织样本
4926	2024-12-26	Single cell profiling of hematopoietic stem cell transplant recipients reveals TGF-β1 and IL-2 confer immunoregulatory functions to NK cells 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111416 PMID:39720529	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了在造血干细胞移植受者中，TGF-β1和IL-2如何赋予NK细胞免疫调节功能	首次定义了在造血干细胞移植后，CD56NK细胞群体与急性移植物抗宿主病（GVHD）保护之间的关联，并阐明了IL-2和TGF-β1联合作用在促进NK细胞调节表型中的角色	诱导的调节性NK细胞表型不稳定，暴露于不同细胞因子后会失去分泌TGF-β1的能力	研究造血干细胞移植后NK细胞的免疫调节功能	造血干细胞移植受者的NK细胞	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	造血干细胞移植受者的NK细胞样本
4927	2024-12-26	Myeloperoxidase and Thyrotropin-Releasing Hormone Within Leukaemia Stem Cells Increased Chemosensitivity in Acute Myeloid Leukaemia 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70306 PMID:39720891	研究论文	本研究探讨了白血病干细胞（LSCs）中的髓过氧化物酶（MPO）和促甲状腺激素释放激素（TRH）在急性髓性白血病（AML）化疗敏感性中的作用	首次在LSCs中识别出MPO和TRH作为AML化疗敏感性的潜在生物标志物，并发现其与患者无复发生存率和总生存率的显著相关性	样本量较小（20名患者），且仅涉及接受'7+3'诱导治疗的患者，可能限制结果的普遍性	识别LSCs中能预测AML化疗敏感性的生物标志物	急性髓性白血病（AML）患者	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20名新诊断的AML患者
4928	2024-12-26	Single-Cell RNA-Seq Reveals Injuries in Aortic Dissection and Identifies PDGF Signalling Pathway as a Potential Therapeutic Target 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70293 PMID:39720896	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了主动脉夹层中的细胞异质性及相关损伤，并识别出PDGF信号通路作为潜在的治疗靶点	首次应用单细胞RNA测序技术全面解析主动脉夹层的细胞异质性，并发现PDGF信号通路在疾病中的关键作用	样本量较小，且未进行长期随访以验证治疗靶点的临床效果	揭示主动脉夹层的细胞异质性及分子机制，探索潜在治疗靶点	主动脉夹层患者及非主动脉夹层供体的主动脉细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	主动脉夹层患者及非主动脉夹层供体的主动脉细胞
4929	2024-12-26	Single-cell profiling uncovers synovial fibroblast subpopulations associated with chondrocyte injury in osteoarthritis 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1479909 PMID:39720254	研究论文	本研究通过单细胞测序分析揭示了骨关节炎中滑膜成纤维细胞亚群与软骨细胞损伤之间的相互作用和关联	首次通过单细胞测序技术详细分析了骨关节炎中滑膜成纤维细胞亚群与软骨细胞之间的相互作用，并识别了具有修复和保护作用的CILP+成纤维细胞以及可能加剧软骨损伤的POSTN+成纤维细胞	研究主要基于单细胞测序数据，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明	阐明骨关节炎中滑膜细胞与软骨细胞之间的相互作用和关联，以深化对骨关节炎发病机制的理解	骨关节炎患者的滑膜细胞和软骨细胞	单细胞测序	骨关节炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
4930	2024-12-25	The role of the haematopoietic stem cell niche in development and ageing 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00770-8 PMID:39256623	综述	本文综述了造血干细胞（HSC）及其前体细胞（HSPC）在发育和衰老过程中与骨髓微环境（niche）的相互作用	本文通过单细胞转录组学和显微镜技术，揭示了HSC在发育过程中与不同niche的相互作用，并探讨了这些相互作用在衰老过程中的变化及其对造血疾病的影响	本文主要为综述性质，未提供具体实验数据或模型	探讨HSC与niche在发育和衰老过程中的相互作用，为改善自体HSC疗法和移植提供理论基础	造血干细胞（HSC）及其前体细胞（HSPC）与骨髓微环境（niche）的相互作用	NA	NA	单细胞转录组学、显微镜技术	NA	NA	NA
4931	2024-12-25	Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245 PMID:39717507	研究论文	本文研究了肝细胞癌中胆碱能神经细胞的存在及其对肿瘤肝细胞中可靶向毒蕈碱受体的影响	首次在人类肝细胞癌中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+、TH-、CD31-、CD45-簇，并通过单细胞RNA测序数据独立验证	研究主要基于法国肝脏生物库的数据和TCGA等数据集，可能存在样本多样性不足的问题	探索肝细胞癌中胆碱能神经过程的作用，并评估现有神经药物在肝细胞癌研究中的应用潜力	肝细胞癌中的胆碱能神经细胞和肿瘤肝细胞中的毒蕈碱受体	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	包括来自法国肝脏生物库的肝肿瘤样本、TCGA数据集、其他数据集以及欧洲验证队列
4932	2024-12-25	Interplay between Netrin-1 and Norrin controls arteriovenous zonation of blood-retina barrier integrity 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408674121 PMID:39693351	研究论文	研究探讨了Netrin-1和Norrin信号通路在控制视网膜屏障完整性中的相互作用	首次揭示了Netrin-1/Unc5b和Norrin/Lrp5信号通路在视网膜屏障中的区室化基因表达调控机制	研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步验证在人类中的适用性	探讨Netrin-1和Norrin信号通路在视网膜屏障完整性中的作用	视网膜屏障的完整性和基因表达调控	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用出生后视网膜屏障功能性小鼠视网膜内皮细胞进行单细胞RNA测序，识别了超过100个视网膜屏障相关基因
4933	2024-12-25	Pathway metrics accurately stratify T cells to their cells states 2024-Dec-24, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-024-00416-7 PMID:39716187	研究论文	本文介绍了一种名为PathSingle的Python工具，用于单细胞数据分析中的通路分析，能够准确分类T细胞的不同状态	PathSingle采用独特的基于图的算法，能够分类不同的细胞状态，如T细胞亚型	NA	开发一种工具，用于从单细胞转录组数据中揭示生物学上有意义的见解	T细胞及其亚型	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	基于图的算法	基因表达数据	NA
4934	2024-12-25	Systematic pan-cancer analysis identifies ZBTB11 as a potential pan-cancer biomarker and immunotherapy target in multiple tumor types 2024-Dec-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01697-4 PMID:39715911	研究论文	本文系统分析了ZBTB11在多种肿瘤类型中的表达、预后价值、基因突变和DNA启动子甲基化，并探讨了其在肿瘤发生和免疫治疗中的潜在作用	首次系统性地分析了ZBTB11在多种肿瘤类型中的表达和预后价值，并构建了ZBTB11的竞争性lncRNA-miRNA网络，揭示了其在肿瘤生物学行为中的调控作用	研究主要基于数据库和在线工具的分析，缺乏实验验证	探讨ZBTB11在多种肿瘤类型中的生物学意义及其作为潜在生物标志物和免疫治疗靶点的可能性	ZBTB11在不同肿瘤类型中的表达、预后价值、基因突变、DNA甲基化和免疫细胞浸润	数字病理学	多种肿瘤类型	DNA甲基化测序、单细胞测序	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据	多种肿瘤类型的样本
4935	2024-12-25	Uncovering the molecular networks of ferroptosis in the pathogenesis of type 2 diabetes and its complications: a multi-omics investigation 2024-Dec-23, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01045-w PMID:39716081	研究论文	本研究通过多组学方法揭示铁死亡在2型糖尿病及其并发症发病机制中的分子网络	首次通过多组学分析揭示铁死亡相关基因在2型糖尿病及其并发症中的作用，并验证了影像基因组学在非侵入性诊断中的潜力	研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和数据异质性	揭示铁死亡在2型糖尿病及其并发症中的作用，并探索非侵入性诊断的可能性	2型糖尿病及其并发症，包括糖尿病肾病、糖尿病心肌病和非酒精性脂肪肝病	NA	糖尿病	多组学分析、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质丰度数据、影像基因组数据	包括发现队列、验证队列和影像基因组队列的多个数据集
4936	2024-12-25	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学的优化协议	提出了一个自动化友好的协议，结合代谢标记和单细胞RNA测序的组合索引，以捕捉单细胞水平的基因表达动态	未提及	研究基因表达的动态变化	单细胞水平的RNA代谢标记和组合索引	NA	NA	代谢标记（4-thiouridine）、单细胞RNA测序、组合索引	NA	RNA	未提及
4937	2024-12-25	Protocol for mapping T cell activation using single-cell RNA-seq 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103409 PMID:39427308	研究论文	本文介绍了一种基于anti-CD3/CD28珠子刺激和单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究T细胞激活的协议	提出了使用anti-CD3/CD28珠子刺激和scRNA-seq技术来研究T细胞激活的新方法	NA	研究T细胞激活的机制	人类外周血单核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	人类外周血单核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞
4938	2024-12-25	Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439 PMID:39514392	研究论文	本文介绍了一种从C. elegans中分离特定神经元类型以进行批量和单细胞RNA测序的协议	提供了一种用于分离特定神经元类型进行基因表达分析的新协议	NA	识别驱动神经元特异性发育、功能和连接的遗传程序	C. elegans的特定神经元类型	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	幼虫和成体动物的个体细胞类型
4939	2024-12-25	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文介绍了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）中获取高质量单细胞多组学数据的协议	提出了一个改进的多组学样本处理方法，用于单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种确保单细胞测序数据质量和细胞活性的稳健协议	人类外周血单核细胞（PBMCs）	NA	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组和蛋白质组分析	NA	单细胞数据	NA
4940	2024-12-25	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术构建免疫治疗结果预测模型的协议	提出了基于scRNA-seq的免疫治疗期间变化和不变细胞识别方法（scCURE），用于构建免疫治疗结果预测模型	NA	开发一种预测癌症患者免疫治疗结果的方法	癌症患者的免疫治疗结果	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA