单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38003 篇文献，本页显示第 4921 - 4940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4921 | 2026-01-15 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，首次建立了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，揭示了核髓祖细胞（NPPCs）的分布和分化序列 | 首次生成小鼠椎间盘的空间转录组图谱，通过空间分辨率识别核髓祖细胞标记物（如Ctsk）的分布，并推翻了Tie2作为NPPCs标记物的传统观点 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；空间转录组学技术可能受限于分辨率，无法完全捕获所有细胞类型 | 探究椎间盘核髓祖细胞的分化序列和标记物，以理解椎间盘退变的细胞机制 | 小鼠椎间盘组织，特别是核髓（NP）区域 | 空间转录组学 | 椎间盘退变 | 空间转录组学，原位测序（ISS），细胞谱系追踪 | NA | 空间转录组数据，原位测序数据 | 小鼠椎间盘组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于生成空间分辨的转录组图谱 |
| 4922 | 2026-01-15 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据，揭示了前列腺癌的异质性及其在肿瘤微环境中的细胞生态系统 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量ATAC测序，系统描绘了前列腺癌阶段特异性微环境中的细胞异质性，并识别了SOX9AR标记的俱乐部细胞干细胞亚群以及CD8CXCR6 T细胞亚群的变化 | 研究样本量有限，且主要基于观察性数据，需要进一步功能实验验证发现的细胞亚群和相互作用机制 | 探究前列腺癌的细胞异质性及其在肿瘤微环境中的形成机制，以促进疾病诊断和治疗 | 前列腺癌患者和健康对照者的组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量ATAC测序 | 机器学习, 计算智能 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 表观基因组数据 | 一系列前列腺癌患者和健康对照者（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 4923 | 2026-01-15 |
Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307129
PMID:38493497
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研究论文 | 本研究利用头颈部鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，预测调控癌症相关成纤维细胞亚群的微环境和细胞特征，并通过可调谐的透明质酸水凝胶系统在体外培养患者来源的CAFs，以模拟其异质性 | 通过结合单细胞RNA测序数据与可调谐水凝胶系统，首次在体外成功模拟了癌症相关成纤维细胞的异质性，并识别了微管动力学作为CAF可塑性的关键介质 | 研究主要基于头颈部鳞状细胞癌数据，可能不适用于其他癌症类型；水凝胶系统虽能模拟异质性，但可能无法完全复制体内复杂的肿瘤微环境 | 开发能反映癌症相关成纤维细胞异质性的体外模型，以促进CAF生物学理解和靶向治疗策略的评估 | 癌症相关成纤维细胞，特别是头颈部鳞状细胞癌中的CAF亚群 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4924 | 2026-01-14 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2026-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf215
PMID:41503158
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研究论文 | 本文对商业单细胞RNA测序技术进行了全面评估，比较了多种平台的性能指标和实际应用因素 | 首次在单细胞TCR恢复可用检测中比较了T细胞特异性性能，并综合评估了细胞回收率、灵敏度对稀有细胞亚型解析能力的影响 | 研究主要基于PBMC样本，可能不适用于其他组织类型；未涵盖所有商业平台 | 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 | 来自不同供者的标准化PBMC样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个供者的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR分析 | NA | 评估了七种全转录组mRNA检测试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒 |
| 4925 | 2026-01-14 |
Opportunities for RNA sequencing in physiology: from big data to understanding homeostasis and heterogeneity
2026-Feb-01, Function (Oxford, England)
DOI:10.1152/function.019.2025
PMID:41401424
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综述 | 本文探讨了RNA测序在生理学中的应用潜力，强调其从大数据到理解稳态和异质性的作用 | 强调非编码RNA（如lncRNA）在生理学中的重要性，并讨论单细胞和空间转录组学的最新进展 | 未提及具体实验或数据验证，主要基于现有文献综述 | 评估RNA测序技术在生理学研究中的机遇和挑战 | RNA分子，包括编码和非编码RNA，以及其在细胞、组织和器官生理学中的应用 | 自然语言处理 | NA | RNA测序，单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 超过一百万RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4926 | 2026-01-14 |
Detection of pleiotropic genetic factors and critical brain cell types linking insomnia with psychiatric disorders
2026-Jan-13, Sleep
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/sleep/zsaf317
PMID:41065713
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研究论文 | 本研究通过分析失眠症与12种精神疾病的遗传关联，揭示了它们之间共享的遗传结构和神经生物学机制 | 首次系统地识别了失眠症与多种精神疾病共享的70个基因组位点，并确定了GABA能突触信号通路和特定皮质神经元亚型在共病机制中的核心作用 | 研究主要基于欧洲血统人群的GWAS数据，可能限制了结果在其他人群中的普适性；功能验证和因果推断需要进一步实验研究 | 探究失眠症与精神疾病之间的遗传重叠、生物学通路和脑细胞类型关联 | 失眠症和12种精神疾病（包括ADHD、厌食症、焦虑症、自闭症谱系障碍、双相情感障碍、重度抑郁症和精神分裂症）的基因组数据 | 遗传学与神经科学 | 精神疾病与睡眠障碍 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序 | bivariate MiXeR、conjFDR、ASSET、MAGMA、SEISMIC | 基因组关联数据、单细胞转录组数据 | 失眠症样本量314,149；精神疾病样本量12,783至449,855不等 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4927 | 2026-01-14 |
PD1 blockade-induced DKK1 expression by CD8+ T cells promotes blood-brain barrier permeabilization
2026-Jan-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1222
PMID:41525686
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研究论文 | 本研究揭示了抗PD1疗法通过诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1，破坏血脑屏障完整性，从而影响脑转移瘤治疗效果的机制 | 首次发现抗PD1疗法（而非其他免疫检查点抑制剂）会特异性诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1，通过β-catenin/TCF和FOXM1通路破坏血脑屏障，并证明清除血浆DKK1可恢复屏障完整性 | 研究主要基于实验模型和临床观察，具体在人类患者中的分子通路验证和长期影响仍需进一步研究 | 阐明抗PD1疗法在脑转移瘤治疗中疗效差异的宿主驱动因素，特别是其对血脑屏障的影响 | 脑转移瘤微环境、CD8⁺ T细胞、血脑屏障内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌脑转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床MRI影像数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及实验模型和肺癌患者临床数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4928 | 2026-01-14 |
GraphSTAR: Proximal Operator-Based Graph Neural Network Enhanced by Dynamic Graph Aggregation for Spatial Transcriptomics
2026-Jan-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3644379
PMID:41525646
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研究论文 | 本文提出了一种名为GraphSTAR的新方法，用于整合空间转录组学中的空间坐标和基因表达数据，以改进空间域识别和细胞类型注释任务 | GraphSTAR通过将空间和基因表达数据编码为无向图，并利用动态图聚合结合近端算子，有效建模局部邻域关系和长程功能关联，克服了现有方法在探索长程关系方面的不足 | NA | 解决空间转录组学中原始空间坐标与高维基因表达谱在原生特征空间中的整合挑战，以更好地解析基因的空间表达模式 | 空间转录组学数据，包括空间坐标和基因表达谱 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络（GNN） | 空间坐标和基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4929 | 2026-01-14 |
Mapping somatosensory afferent circuitry to bone identifies neurotrophic signals required for fracture healing
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr9608
PMID:41505527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的关键作用 | 首次系统性地绘制了骨骼感觉传入神经元的单细胞转录组图谱，并识别出FGF9作为骨折修复的主要调控因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚需进一步研究 | 探究骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的调控机制 | 小鼠骨骼的背根神经节神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及骨折前后的小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4930 | 2026-01-14 |
A subcellular spatial atlas illuminates the microenvironmental remodeling of perineural invasion in distal cholangiocarcinoma
2026-Jan-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01773-4
PMID:41508044
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研究论文 | 本研究利用Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台，构建了远端胆管癌神经周围侵袭的亚细胞空间图谱，揭示了驱动神经侵袭的协调性上皮、基质和免疫重塑 | 首次在亚细胞分辨率下解析了远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子驱动因素，鉴定了LAMB3-DAG1轴作为肿瘤细胞与施万细胞相互作用的潜在介质 | 研究基于手术切除的肿瘤组织样本，样本量有限，且为横断面研究，未能动态追踪神经侵袭过程 | 阐明远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子机制 | 远端胆管癌患者的肿瘤组织 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 根据PNI状态分层的远端胆管癌患者切除肿瘤组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台 |
| 4931 | 2026-01-14 |
Drug and single-cell gene expression integration identifies sensitive and resistant glioblastoma cell populations
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67783-5
PMID:41501023
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研究论文 | 本研究开发了scFOCAL平台，通过整合单细胞基因表达数据与药物数据库，识别胶质母细胞瘤中对靶向疗法敏感和耐药的细胞亚群，并预测协同治疗组合 | 开发了scFOCAL（单细胞组学连接与分析框架），首次将单细胞RNA测序数据与LINCS L1000药物数据库的转录反应特征进行整合，量化细胞对药物的敏感性和耐药性景观，并预测药物组合协同作用 | 研究主要基于转录组数据，未全面评估表观遗传、蛋白质组等其他层面的异质性；临床前验证虽涵盖体外、离体和体内模型，但尚未进行临床试验 | 开发一个预测平台，以解决胶质母细胞瘤肿瘤内异质性和可塑性对治疗开发的阻碍，识别对不同治疗敏感或耐药的细胞状态，并发现新的协同治疗组合 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4932 | 2026-01-14 |
Mapping isoforms and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data with SPLISOSM
2026-Jan-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02965-6
PMID:41491254
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPLISOSM的方法，用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率模式，并应用于小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤的分析 | SPLISOSM方法首次使用非参数核的多变量测试来处理点水平和异构体水平的依赖性，从而在稀疏数据上实现高统计功效，揭示了空间转录多样性的新调控关系 | 方法可能依赖于数据质量和覆盖度，且分析主要聚焦于大脑组织，在其他组织中的适用性未验证 | 研究旨在理解转录多样性（包括剪接和替代3'端使用）的空间协调机制及其在正常和肿瘤条件下的作用 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | SPLISOSM（空间异构体统计建模） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4933 | 2026-01-14 |
Radial-glia-to-astrocyte trans-differentiation and astrocyte transcriptional convergence are coordinated by CEH-43/DLX in C. elegans
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
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研究论文 | 本研究通过线虫模型揭示了CEH-43/DLX转录因子在调控放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化和转录收敛过程中的关键作用 | 首次在C. elegans中解析了不依赖细胞分裂的放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化的两阶段分子程序，并发现CEH-43/DLX转录因子的保守调控机制 | 研究基于线虫模型，在哺乳动物系统中的直接适用性需进一步验证 | 揭示放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化过程中的分子调控机制 | 线虫CEPsh星形胶质细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，比较转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4934 | 2026-01-14 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
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研究论文 | 本文提出了一种名为STAHD的可扩展且高效的方法，用于检测高分辨率空间转录组学数据中的空间域 | 结合图注意力自编码器与多层次k路图分割，将大型图分解为紧凑子图并生成低维嵌入，从而提升计算效率和聚类精度 | NA | 开发一种可扩展且精确的解决方案，以应对大规模、高分辨率空间转录组学数据在空间域检测中的效率与准确性挑战 | 人类和小鼠的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4935 | 2026-01-14 |
Spider: a flexible and unified framework for simulating spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf562
PMID:41237053
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研究论文 | 本文提出了一个名为Spider的灵活统一框架，用于模拟空间转录组学数据，以解决现有基准数据集在多样性和准确性方面的不足 | Spider框架无需真实ST数据作为参考，通过细胞类型比例和相邻细胞间转移矩阵来表征空间模式，能生成更真实、多样的模拟数据，并提供交互功能以定制空间域 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个用于模拟空间转录组学数据的框架，以促进ST分析工具的基准测试 | 空间转录组学数据模拟 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学模拟 | NA | 基因表达谱和细胞位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4936 | 2026-01-14 |
Disruption of Pre-Bötzinger Complex neuropeptidergic tonality controls fear and metabolic response
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.01.697304
PMID:41509333
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研究论文 | 本文识别了preBötzinger复合体作为协调应激与代谢适应的关键中枢，揭示了PACAP信号在此回路中的调控作用 | 首次将脑干呼吸节律生成器preBötzinger复合体定义为整合应激、呼吸和代谢的神经肽能脑干-外周回路的关键枢纽 | NA | 探索连接应激反应与外围代谢调节的中枢神经回路 | preBötzinger复合体神经元、棕色脂肪组织和肝脏 | 神经科学 | NA | 病毒追踪、全脑c-Fos映射、空间转录组学 | NA | 神经解剖学数据、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4937 | 2026-01-14 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Identifies a Nucleotide Metabolism-Related Signature Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in LUAD
2026-Jan-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18010160
PMID:41514669
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，构建了一个核苷酸代谢相关特征（NMRS），用于预测肺腺癌（LUAD）的预后和免疫治疗反应 | 首次在单细胞水平上系统描绘了肺腺癌中核苷酸代谢的异质性，并构建了一个跨队列稳健的预后和免疫治疗反应预测特征（NMRS），同时通过实验验证了关键基因ENO1的功能 | 研究主要基于公开的回顾性数据集，需要前瞻性临床队列进一步验证NMRS的预测效能；体外实验仅初步验证了ENO1的功能，缺乏体内模型和机制深入探索 | 探究肺腺癌中核苷酸代谢的细胞异质性及其对肿瘤进展、免疫微环境和治疗反应的影响，并开发相关的预后和预测标志物 | 肺腺癌（LUAD）患者肿瘤组织中的细胞，特别是恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），机器学习算法组合 | 多种机器学习算法组合（共101种组合），inferCNV，Monocle2，CellChat | 单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据 | 来自独立LUAD患者的公开scRNA-seq数据集，TCGA-LUAD队列和多个GEO队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4938 | 2026-01-14 |
CausalGenDiff: Generative causal diffusion bridges scRNA-seq and spatial transcriptomics
2026-Jan, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104966
PMID:41354118
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研究论文 | 提出了一种名为CausalGenDiff的生成因果扩散模型，用于有效整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据 | 首次将扩散和自回归过程相结合以利用基因间的因果依赖关系，并将原本用于图像生成的因果注意力变换器扩展应用于高维基因表达数据，无需依赖预定义关系即可捕捉基因调控机制 | 未明确说明模型的计算复杂度或对计算资源的需求，也未讨论模型在更广泛组织类型或疾病状态下的泛化能力 | 提高单细胞RNA测序和空间转录组学数据整合的性能，以更好地理解空间背景下的基因表达 | 基因表达数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 扩散模型，自回归模型，因果注意力变换器，VAE | 基因表达数据 | 10个组织数据集 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 4939 | 2026-01-14 |
Optimization of Brain Tissue Preservation for Nucleic Acid Stability
2026 Jan-Feb, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554251400421
PMID:41489252
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研究论文 | 本文通过优化脑组织保存方案，旨在提高空间转录组学研究中核酸稳定性与细胞结构完整性 | 首次系统比较了不同保存条件对羊脑组织RNA质量和细胞结构的影响，为空间转录组学样本制备提供实证指导 | 研究基于羊脑模型，尚未在人类样本中验证；冷冻方案仍需改进以达到FFPE组织的细胞结构水平 | 优化脑组织保存方法以提升空间转录组学研究的样本质量 | 羊脑组织（n=16）的FFPE和冷冻样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、RNA完整性分析、组织形态学分析 | NA | RNA质量数据、组织切片图像 | 16个羊脑样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4940 | 2026-01-14 |
Transcriptional Heterogeneity Reveals a Synaptic Gene Program in Developing and Adult Human Oligodendrocyte Precursor Cells
2026-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.01.697017
PMID:41509247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类胚胎和成年大脑皮层中少突胶质前体细胞（OPCs）的转录异质性，并鉴定出一个表达突触相关基因的新型亚群 | 首次在人类胚胎大脑皮层中鉴定出一个表达突触发育、突触信号传导和神经调节相关基因的新型少突胶质前体细胞亚群（eSyn-OPCs），并在成年大脑中发现了其转录相似的对应亚群（aSyn-OPCs） | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本主要来自孕周12-22周的胚胎组织，成年样本来自公开数据集 | 揭示人类少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性及其在神经元-胶质细胞通讯中的潜在作用 | 人类胚胎和成年大脑皮层中的少突胶质前体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学，免疫组织化学分析 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，组织学图像 | 超过2300个纯化的少突胶质前体细胞，来自孕周17的人类大脑皮层；孕周12-22的胚胎组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |