单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 4921 - 4940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4921 | 2025-01-23 |
Circulating myeloid-derived MMP8 in stress susceptibility and depression
2024-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-07015-2
PMID:38326622
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研究论文 | 本文探讨了循环髓系细胞特异性蛋白酶MMP8在应激易感性和抑郁症中的作用 | 揭示了MMP8在应激易感性和抑郁症中的新机制，并提出了针对外周免疫细胞来源的基质金属蛋白酶作为治疗应激相关神经精神疾病的新靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证 | 研究应激相关疾病如重度抑郁症的潜在机制 | 人类和应激易感小鼠 | 神经科学 | 抑郁症 | 质谱流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 血清样本和脑组织样本 | 人类和应激易感小鼠 |
| 4922 | 2025-01-23 |
Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951
PMID:39830981
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示并验证了与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）生物标志物 | 首次系统地探索了IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别了新的生物标志物和潜在治疗靶点 | 研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别相关生物标志物和潜在治疗靶点 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 转录组学分析，单细胞RNA测序 | LASSO, SVM-RFE, Boruta算法 | 基因表达数据 | 多个公开的基因表达数据集（GSE136825, GSE179265, GSE196169） |
| 4923 | 2025-01-23 |
Identification and validation of five ferroptosis-related molecular signatures in keloids based on multiple transcriptome data analysis
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1490745
PMID:39834787
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研究论文 | 本研究通过多转录组数据分析，识别并验证了与瘢痕疙瘩形成相关的五个铁死亡相关分子标志物 | 首次系统地研究了铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的作用，并识别了五个关键基因 | 样本量相对较小，仅包括24个瘢痕疙瘩和17个正常皮肤样本 | 探讨铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的分子机制 | 瘢痕疙瘩和正常皮肤组织 | 生物信息学 | 皮肤疾病 | 转录组数据分析、qRT-PCR、Western blot | LASSO回归 | 转录组数据、单细胞数据 | 24个瘢痕疙瘩样本和17个正常皮肤样本 |
| 4924 | 2025-01-23 |
Molecular and spatial landmarks of early mouse skin development
2023-10-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2023.07.015
PMID:37591247
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、空间细胞类型分配和细胞谱系追踪技术，解构了早期胚胎小鼠皮肤的关键发育过程 | 揭示了早期皮肤发育中的细胞多样性和组织架构，发现了毛囊诱导、肌肉支持和筋膜形成的成纤维细胞的时空出现，以及PCM肌肉的形成、无周细胞覆盖的血管萌芽和皮肤中最早的肥大细胞和树突状免疫细胞的定居 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类皮肤发育 | 探索早期皮肤发育过程中的细胞类型多样性和组织架构的形成 | 早期胚胎小鼠皮肤 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学、空间细胞类型分配、细胞谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早期胚胎小鼠皮肤样本 |
| 4925 | 2025-01-23 |
Epigenetic Induction of Smooth Muscle Cell Phenotypic Alterations in Aortic Aneurysms and Dissections
2023-09-19, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了主动脉瘤和夹层（AAD）中平滑肌细胞（SMC）表型转换的转录组和表观遗传动态 | 揭示了SMC从收缩表型向增殖、细胞外基质产生和炎症表型转变的表观遗传机制，并识别了IRF3在这一过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展 | 探讨主动脉瘤和夹层中平滑肌细胞表型转换的机制 | 小鼠和人类主动脉瘤和夹层组织中的平滑肌细胞 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据 | 小鼠模型和人类主动脉瘤和夹层组织样本 |
| 4926 | 2025-01-23 |
Machine Learning Reveals Synovial Fibroblast Genes Associated with Pain Affect Sensory Nerve Growth in Rheumatoid Arthritis
2023-Aug-23, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.08.17.23294232
PMID:37662384
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研究论文 | 本文通过机器学习方法揭示了与类风湿性关节炎疼痛相关的滑膜成纤维细胞基因，这些基因影响感觉神经的生长 | 使用了一种新的机器学习方法——基于图的基因表达模块识别（GbGMI），来识别与疼痛相关的基因模块，并验证了这些基因在早期未治疗的类风湿性关节炎患者中的表达 | 研究样本主要来自长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者，可能不适用于其他类型的关节炎或疾病阶段 | 研究类风湿性关节炎疼痛的分子机制，特别是滑膜成纤维细胞基因与感觉神经生长的关系 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织和感觉神经元 | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | GbGMI | 基因表达数据 | 长期类风湿性关节炎患者和早期未治疗患者的滑膜活检样本 |
| 4927 | 2025-01-23 |
Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis
2023-06-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39210-0
PMID:37365178
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用 | 首次在神经母细胞瘤骨髓转移的背景下，结合单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞的角色及其与肿瘤微环境的相互作用 | 样本量较小，仅包括11名患者和5名年龄匹配的无转移对照 | 研究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制，特别是单核细胞在其中的作用 | 神经母细胞瘤患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组分析、表观基因组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观基因组数据 | 11名神经母细胞瘤患者和5名年龄匹配的无转移对照的骨髓样本 |
| 4928 | 2025-01-22 |
Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses
2025-Feb, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031
PMID:39615604
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研究论文 | 本研究探讨了COVID-19患者中中枢和外周kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响 | 首次发现COVID-19患者中枢神经系统中kynurenine代谢物水平升高，并揭示了外周炎症通过单核细胞中IDO1的过表达激活kynurenine途径的机制 | 样本量相对较小，且仅针对瑞典患者进行研究，可能限制了结果的普遍性 | 研究COVID-19患者中kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响 | 53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照 | 生物医学 | COVID-19 | 超高效液相色谱-串联质谱法（UPLC-MS/MS）和单细胞转录组学 | NA | 代谢物水平和基因表达数据 | 53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照，以及130名COVID-19患者的单细胞转录组数据 |
| 4929 | 2025-01-22 |
Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms
2025-Jan-21, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453922
PMID:39836385
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法识别了与克罗恩病相关的昼夜节律生物标志物，并开发了诊断模型 | 首次将昼夜节律相关基因作为克罗恩病的诊断生物标志物，并利用机器学习算法构建诊断模型 | 研究依赖于GEO数据库的数据，可能受限于数据的质量和多样性 | 识别克罗恩病的昼夜节律相关生物标志物并开发诊断模型 | 克罗恩病患者和对照组的基因表达数据 | 机器学习 | 克罗恩病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |
| 4930 | 2025-01-22 |
Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts
2025-Jan-18, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01507-x
PMID:39826027
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研究论文 | 本文研究了机械张力对细胞衰老及其相关分泌表型的影响，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中 | 揭示了机械张力通过细胞培养基质刚性影响衰老细胞标志物和分泌表型，并鉴定了高刚度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征 | 研究主要基于体外实验，未完全模拟体内复杂的机械环境 | 探讨机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响 | 人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90） | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | 人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90）在不同基质刚性条件下培养 |
| 4931 | 2025-01-22 |
Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures
2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631928
PMID:39829741
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研究论文 | 本文利用空间转录组学（ST）技术，定义了类风湿性关节炎（RA）滑膜中的稳定微环境，并开发了一种基于Dirichlet变分自编码器架构的无参考解卷积方法DeepTopics，用于识别疾病相关的细胞群落 | 开发了DeepTopics方法，首次在RA滑膜中识别出22个由特定细胞类型、激活状态和/或生物过程定义的细胞群落，并发现了在组织学相似的RA滑膜样本中存在不同的细胞结构 | 研究样本量较小，仅包括8个滑膜组织样本和6名RA患者，可能限制了结果的普适性 | 研究RA滑膜中细胞类型的相互作用以及滑膜微环境如何影响细胞状态 | 类风湿性关节炎（RA）滑膜组织样本 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 空间转录组学（ST） | Dirichlet变分自编码器 | 空间转录组数据 | 8个滑膜组织样本，来自6名RA患者 |
| 4932 | 2025-01-22 |
An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631962
PMID:39829764
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和空间转录组学技术，构建了甲状腺癌进展的综合图谱，识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群 | 首次整合单细胞测序和空间转录组学技术，系统描绘了甲状腺癌进展中的基质细胞亚群及其与肿瘤细胞的相互作用 | 研究主要基于测序数据，缺乏对功能机制的深入验证 | 揭示甲状腺癌进展过程中基质细胞亚群的特征及其在疾病进展中的作用 | 甲状腺癌组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 4933 | 2025-01-22 |
The transcription factor TCF21 is necessary for adoption of cell fates by Foxd1+ stromal progenitors during kidney development
2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.14.607910
PMID:39211232
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子TCF21在Foxd1+基质祖细胞命运决定中的作用，揭示了其在肾脏发育中的关键角色 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了Tcf21缺失对Foxd1+基质祖细胞分化的影响，并发现了一个新的表达Endomucin的细胞群 | 研究仅针对胚胎期14.5天的肾脏样本，未涉及其他发育阶段或成年肾脏 | 探究Tcf21在Foxd1+基质祖细胞命运决定中的作用及其对肾脏发育的影响 | Foxd1+基质祖细胞及其分化产生的多种细胞类型 | 发育生物学 | 先天性肾脏异常 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 32,461个GFP+细胞来自胚胎期14.5天的肾脏样本 |
| 4934 | 2025-01-22 |
Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.623471
PMID:39605579
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研究论文 | 本文研究了机械张力对人类原发性肺成纤维细胞衰老标志物和分泌表型的影响 | 揭示了机械张力通过细胞培养基质硬度影响衰老细胞标志物和分泌表型的机制，并鉴定了高硬度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征 | 研究主要基于体外实验，未完全模拟体内复杂的机械环境 | 探讨机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响 | 人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90） | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据 | IMR-90细胞在不同硬度基质上培养，并使用多柔比星诱导衰老 |
| 4935 | 2025-01-22 |
CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice
2024-Nov-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics
IF:3.1Q2
DOI:10.1124/jpet.124.002330
PMID:39379147
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研究论文 | 本研究探讨了新型DDR1抑制剂CH6824025在单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠模型中改善肾纤维化的效果 | 首次开发并验证了CH6824025作为强效选择性DDR1磷酸化抑制剂在肾纤维化治疗中的潜力 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 研究CH6824025对肾纤维化的治疗效果及其机制 | 单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠 | 生物医学 | 肾纤维化 | 10x Visium空间转录组学分析 | NA | mRNA表达数据 | UUO小鼠模型 |
| 4936 | 2025-01-22 |
Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality
2024-Nov, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01334-8
PMID:39482531
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研究论文 | 本文通过对人类胚胎干细胞（hESCs）在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的纵向分析，揭示了培养诱导异常的表型获得机制 | 首次全面分析了hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传的变化，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化在培养适应表型表达中的必要性 | 研究主要基于同基因hESC模型，可能无法完全反映不同遗传背景下的变化 | 探究hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的分子机制 | 人类胚胎干细胞（hESCs） | 干细胞研究 | NA | 基因组分析、单细胞转录组分析、单细胞ATAC-seq分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | NA |
| 4937 | 2025-01-22 |
Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis
2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225630
PMID:38816066
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研究论文 | 本研究探讨了Takayasu动脉炎（TAK）中血管平滑肌细胞（VSMCs）早衰与血管炎症之间的关联 | 首次揭示了IL-6通过非经典线粒体定位的磷酸化STAT3（Tyr705）防止MFN2蛋白降解，从而促进VSMCs早衰的机制 | 研究主要基于体外和离体实验，需要进一步在体内模型中验证 | 研究TAK中VSMCs早衰是否参与血管炎症及其机制 | Takayasu动脉炎患者的血管手术样本 | NA | 心血管疾病 | 组织学检查、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq | NA | RNA序列数据 | TAK患者的血管手术样本 |
| 4938 | 2025-01-22 |
Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney
2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2024-225876
PMID:39419536
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应 | 首次在单细胞水平上揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是发现了与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应 | 研究样本量有限，且仅针对活动性狼疮性肾炎患者，未涉及其他类型的肾炎或疾病阶段 | 探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观 | 活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）测序、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、转座酶可及性测序、多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据、BCR/TCR序列数据 | 活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本，以及匹配的对照组的外周血样本 |
| 4939 | 2025-01-22 |
Continuous cell type diversification throughout the embryonic and postnatal mouse visual cortex development
2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.02.616246
PMID:39829740
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠视觉皮层发育过程中的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同发育阶段的连续多样化过程 | 提供了迄今为止最详细的动态分子图谱，直接关联到个体细胞类型和特定发育事件，揭示了视觉皮层发育过程中细胞类型身份连续精细化的分子逻辑 | 研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种 | 研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化和分子机制 | 小鼠视觉皮层的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核多组学（Multiome） | NA | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据 | 568,674个高质量单细胞转录组和194,545个高质量单核多组学数据 |
| 4940 | 2025-01-22 |
CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade
2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-225069
PMID:38777379
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研究论文 | 本文研究了原发性干燥综合征（pSS）中CD8+组织驻留记忆T细胞（Trm）的表型和功能，以及CD103在其中的作用 | 首次在pSS中详细描述了CD8+CD103+ Trm细胞的表型和功能，并探索了通过CD103阻断进行治疗的潜力 | 研究主要基于动物模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床验证 | 探讨CD8+ Trm细胞在pSS中的作用及其治疗潜力 | 原发性干燥综合征（pSS）患者和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血 | 免疫学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序 | 实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型 | 基因表达数据 | pSS和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血样本，以及ESS小鼠模型 |