单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4901	2024-12-28	Comprehensive analysis identifies a lactylation-related signature for predicting prognosis and guiding therapies in colon adenocarcinoma 2024-Dec-24, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149191 PMID:39724993	研究论文	本研究旨在识别与乳酸化相关的基因特征，用于预测结肠腺癌的预后并指导治疗	首次提出与乳酸化相关的3基因特征（SUSD5, FABP4, CALB2），并验证其在多个独立队列中的预测性能	研究主要依赖于公共数据库的多组学数据，缺乏实验验证的广泛性	解决结肠腺癌预后预测中的肿瘤异质性和治疗反应差异问题	结肠腺癌（COAD）患者	生物信息学	结肠癌	LASSO回归分析、Cox风险模型、功能富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达谱、临床数据、乳酸化相关基因（LRGs）	四个独立COAD队列（GSE39582, GSE71187, GSE75500, GSE17536）
4902	2024-12-28	Driver mutation landscape of acute myeloid leukemia provides insights for neoantigen-based immunotherapy 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217427 PMID:39725148	研究论文	本研究通过DNA和RNA测序，全面分析了急性髓性白血病（AML）的驱动突变及其对患者预后和免疫微环境的影响，为基于新抗原的免疫治疗提供了新的见解	首次全面描绘了AML的新抗原景观，开发了两种表位免疫原性模型，并通过实验验证了30个新抗原的免疫原性	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索AML驱动突变产生的新抗原及其对免疫治疗的影响	304名AML患者及其匹配的DNA和RNA测序数据，以及约2,500例AML病例的整合数据	数字病理学	急性髓性白血病	DNA测序, RNA测序, 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术	表位免疫原性模型	DNA, RNA, 单细胞RNA测序数据	304名AML患者及约2,500例AML病例
4903	2024-12-28	Decoding Kidney Pathophysiology: Omics-Driven Approaches in Precision Medicine 2024-Dec-19, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm14121157 PMID:39728069	研究论文	本文探讨了利用多组学技术在精准医学中解码肾脏病理生理学的方法	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观基因组学等多组学技术，识别疾病亚型、分子生物标志物和治疗靶点，推动个性化治疗	数据整合问题、高成本和伦理困境等挑战仍然存在	通过精准医学改善肾脏疾病的诊断、风险评估和个性化治疗	慢性肾脏病（CKD）	精准医学	慢性肾脏病	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习和因果推理模型	多组学数据	NA
4904	2024-12-28	Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation 2024-Dec-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1 PMID:39711563	研究论文	本研究探讨了通过恢复线粒体功能来逆转Warburg效应并驱动肿瘤分化的策略	提出了一种以线粒体为中心的治疗策略，通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂来恢复线粒体功能，从而驱动肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，其他类型肿瘤的效果尚不明确	探索恢复线粒体功能对肿瘤分化的影响	神经母细胞瘤	肿瘤学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据，同位素示踪数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
4905	2024-12-28	MitoSort: Robust Demultiplexing of Pooled Single-cell Genomic Data Using Endogenous Mitochondrial Variants 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae073 PMID:39404807	研究论文	本文提出了一种名为MitoSort的工具，利用线粒体种系变异对单细胞基因组数据进行样本去复用和交叉基因型双联体检测	MitoSort使用线粒体种系变异作为内源性条形码，解决了现有工具在单细胞测序方法中覆盖核基因组区域不足的局限性	MitoSort的应用依赖于线粒体变异的可靠检测，可能在某些情况下受到限制	开发一种高效且准确的方法，用于单细胞基因组数据中的样本去复用和双联体检测	单细胞基因组数据，特别是单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因组数据	八个供体的B细胞
4906	2024-12-28	Isolation and Comprehensive Analysis of Cochlear Tissue-Derived Small Extracellular Vesicles 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408964 PMID:39497619	研究论文	本研究评估了三种耳蜗组织消化和耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）分离方法，并首次提出使用胶原酶D和DNase І结合蔗糖密度梯度离心法作为分离CDsEV的最佳方法	首次提出使用胶原酶D和DNase І结合蔗糖密度梯度离心法作为分离CDsEV的最佳方法，并全面研究了CDsEV的内容物和细胞来源	NA	评估耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）的分离方法，并研究其内容物和细胞来源	耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）	生物医学	NA	小RNA测序、蛋白质组学、单CDsEV测序、单细胞RNA测序	NA	RNA、蛋白质	NA
4907	2024-12-28	Sirtuin1 Suppresses Calcium Oxalate Nephropathy via Inhibition of Renal Proximal Tubular Cell Ferroptosis Through PGC-1α-mediated Transcriptional Coactivation 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408945 PMID:39498889	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了草酸钙晶体诱导的肾小管上皮细胞损伤及其机制	揭示了Sirtuin1通过PGC-1α介导的转录共激活抑制肾小管细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨草酸钙晶体诱导的肾损伤机制及其潜在治疗靶点	小鼠肾脏样本中的肾近端小管细胞	生物医学	肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本
4908	2024-12-28	Neonatal Brain Injury Triggers Niche-Specific Changes to Cellular Biogeography 2024-Dec, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0224-24.2024 PMID:39681473	研究论文	本文通过高分辨率成像空间转录组学技术，构建了新生小鼠脑损伤后的全脑再生反应图谱，揭示了慢性缺氧对早期神经发育的影响	开发了一种新的方法来推断细胞类型空间邻近性的条件相关差异，从而识别细胞结构的特定区域变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨新生儿脑损伤后的分子机制，特别是慢性缺氧对神经发育的影响	新生小鼠的脑组织	数字病理学	新生儿脑损伤	高分辨率成像空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过800,000个细胞
4909	2024-12-28	Comprehensive Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Data Unveils Sevoflurane-Induced Neurotoxicity Through SLC7A11-Associated Ferroptosis 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70307 PMID:39724413	研究论文	本研究通过分析bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据，揭示了七氟醚通过SLC7A11相关的铁死亡诱导神经毒性的机制	首次发现七氟醚通过SLC7A11调控星形胶质细胞铁死亡，提供了七氟醚相关神经毒性通路的新见解	研究主要基于小鼠模型和U251星形胶质瘤细胞，尚未在人类样本中验证	探讨七氟醚对认知功能和神经发育的潜在影响，特别是对易感人群如婴儿和老年人的影响	七氟醚暴露的小鼠和U251星形胶质瘤细胞	神经科学	神经毒性	bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq (scRNA-seq)	NA	RNA-Seq数据	七氟醚暴露的小鼠和U251星形胶质瘤细胞
4910	2024-12-28	CD74+ fibroblasts proliferate upon mechanical stretching to promote angiogenesis in keloids 2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401302R PMID:39400419	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD74+成纤维细胞在机械拉伸诱导的瘢痕疙瘩进展中的关键作用	首次识别出CD74+成纤维细胞作为机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的关键细胞群，并阐明了其通过PIEZO1介导的钙内流及下游ERK和AKT信号通路促进血管生成和增殖的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏在体实验验证	探究机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的细胞机制	瘢痕疙瘩组织中的CD74+成纤维细胞	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4911	2024-12-28	Identification of a seven-gene prognostic model for renal cell carcinoma associated with CD8+T lymphocyte cell 2024-Oct-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039938 PMID:39465721	研究论文	本研究通过分析肾细胞癌（RCC）中CD8+ T淋巴细胞相关的基因特征，构建了一个七基因预后模型	首次构建了一个与CD8+ T淋巴细胞相关的七基因预后模型，用于肾细胞癌患者的风险分层	研究数据主要来源于The Cancer Genome Atlas，可能缺乏多样性和广泛性	构建一个与CD8+ T淋巴细胞相关的肾细胞癌预后模型	肾细胞癌患者	生物信息学	肾细胞癌	加权基因共表达网络分析、基因本体富集分析、京都基因与基因组百科全书信号通路分析、单细胞测序	LASSO回归、单变量和多变量Cox回归	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas的肾细胞癌患者数据
4912	2024-12-28	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	本研究探讨了过敏性气道炎症中气道伤害感受神经元的分子特征及其重编程机制	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究过敏性气道炎症中伤害感受神经元的分子特征及其重编程机制	气道伤害感受神经元	神经科学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
4913	2024-12-28	Genetic Implication of Prenatal GABAergic and Cholinergic Neuron Development in Susceptibility to Schizophrenia 2024-08-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae083 PMID:38869145	研究论文	本研究探讨了孕期GABA能和胆碱能神经元发育在精神分裂症易感性中的遗传影响	结合大规模全基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，揭示了精神分裂症遗传风险在特定神经元群体中的富集	研究主要基于预测的调控基因组序列，需要进一步实验验证	探讨孕期神经元发育在精神分裂症遗传风险中的作用	人类胚胎期的神经节隆起（GE）细胞群体	遗传学	精神分裂症	单细胞RNA测序，单核ATAC测序（snATAC-Seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA测序数据	NA
4914	2024-12-28	Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models 2024-07-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae063 PMID:38811350	研究论文	本研究通过多模态技术探讨了前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	揭示了mPFC-BLA通路在精神分裂症认知障碍中的关键作用，并提出了血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的潜力	研究主要依赖于小鼠模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	精神分裂症患者和小鼠模型	神经科学	精神分裂症	磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学	小鼠模型	临床量表、影像数据、基因表达数据	精神分裂症患者和小鼠模型
4915	2024-12-28	A New Graph Autoencoder-Based Consensus-Guided Model for scRNA-seq Cell Type Detection 2024-02, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2022.3190289 PMID:35857730	研究论文	本文提出了一种基于图自编码器的共识引导模型（scGAC），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的细胞类型检测	提出了一种新的基于图自编码器（GAE）的共识引导模型（scGAC），通过迭代学习相似性矩阵来整合最终的一致性相似性矩阵，从而提高细胞类型识别的准确性	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图自编码器（GAE）	单细胞RNA测序数据	NA
4916	2024-12-28	An update review of the application of single-cell RNA sequencing in pregnancy-related diseases 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1415173 PMID:39717096	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在妊娠相关疾病中的应用	提供了scRNA-seq技术在人类胎盘研究中的最新进展，特别是在正常妊娠和妊娠相关疾病中的应用	讨论了scRNA-seq技术在生殖领域中的局限性和未来展望	更新产科医生对scRNA-seq技术在妊娠并发症中的理解，以帮助诊断和治疗这些疾病	人类胎盘，特别是在正常妊娠和妊娠相关疾病中的细胞	生物信息学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4917	2024-12-28	Exposure to Nanoplastics Cause Caudal Vein Plexus Damage and Hematopoietic Dysfunction by Oxidative Stress Response in Zebrafish (Danio rerio) 2024, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S485091 PMID:39723177	研究论文	本研究探讨了纳米塑料对斑马鱼尾静脉丛发育和造血功能的负面影响及其机制	首次揭示了纳米塑料通过氧化应激反应导致斑马鱼尾静脉丛损伤和造血功能障碍的分子机制	研究仅基于斑马鱼胚胎模型，未涉及其他生物或人类细胞模型	探究纳米塑料对斑马鱼早期造血器官发育的影响	斑马鱼胚胎	环境毒理学	NA	荧光显微镜、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	NA	基因表达数据、显微镜图像	斑马鱼胚胎
4918	2024-12-28	Integration of bulk/scRNA-seq and multiple machine learning algorithms identifies PIM1 as a biomarker associated with cuproptosis and ferroptosis in abdominal aortic aneurysm 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1486209 PMID:39723205	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出与腹主动脉瘤中铁死亡和铜死亡相关的生物标志物PIM1	首次通过整合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出与腹主动脉瘤中铁死亡和铜死亡相关的生物标志物PIM1	研究主要依赖于生物信息学分析和机器学习模型，实验验证部分相对有限	识别与腹主动脉瘤中铁死亡和铜死亡相关的生物标志物	腹主动脉瘤	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, RT-qPCR, western blot	LASSO, REF, RF, SVM	RNA-seq数据	三个小鼠模型的scRNA-seq数据集和一个人类PBMC的bulk RNA-seq数据集
4919	2024-12-28	Migrasome regulator TSPAN4 shapes the suppressive tumor immune microenvironment in pan-cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1419420 PMID:39723210	研究论文	本文探讨了TSPAN4在多种癌症中的表达及其对肿瘤免疫抑制微环境的影响	首次揭示了TSPAN4作为迁移体调节因子在泛癌症中塑造免疫抑制肿瘤微环境的关键作用	TSPAN4在癌症中的具体机制仍需进一步实验验证	研究TSPAN4在癌症中的表达及其对肿瘤免疫微环境的影响	多种癌症类型，特别是胶质瘤	癌症研究	泛癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	TCGA Pan-Cancer (PANCAN) 和 TCGA TARGET GTEx 数据集
4920	2024-12-28	Multi-omics in exploring the pathophysiology of diabetic retinopathy 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1500474 PMID:39723239	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）及其他多组学技术在糖尿病视网膜病变（DR）研究中的重要作用	通过整合scRNA-seq与转录组学、遗传关联研究及多组学分析，揭示了DR发病机制的新见解，并识别了新的生物标志物、易感基因和潜在治疗靶点	尽管多组学技术提供了丰富的数据，但其在DR研究中的应用仍处于早期阶段，需要更多的验证和临床转化研究	探索糖尿病视网膜病变的病理生理机制	糖尿病视网膜病变（DR）	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学分析	NA	转录组数据、代谢组数据	NA