单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4901	2025-01-23	Single-cell transcriptomics and epigenomics unravel the role of monocytes in neuroblastoma bone marrow metastasis 2023-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39210-0 PMID:37365178	研究论文	本文通过单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞在神经母细胞瘤骨髓转移中的作用	首次在神经母细胞瘤骨髓转移的背景下，结合单细胞转录组和表观基因组分析，揭示了单核细胞的角色及其与肿瘤微环境的相互作用	样本量较小，仅包括11名患者和5名年龄匹配的无转移对照	研究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制，特别是单核细胞在其中的作用	神经母细胞瘤患者的骨髓样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	NA	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据	11名神经母细胞瘤患者和5名年龄匹配的无转移对照的骨髓样本
4902	2025-01-22	Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses 2025-Feb, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031 PMID:39615604	研究论文	本研究探讨了COVID-19患者中中枢和外周kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	首次发现COVID-19患者中枢神经系统中kynurenine代谢物水平升高，并揭示了外周炎症通过单核细胞中IDO1的过表达激活kynurenine途径的机制	样本量相对较小，且仅针对瑞典患者进行研究，可能限制了结果的普遍性	研究COVID-19患者中kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照	生物医学	COVID-19	超高效液相色谱-串联质谱法（UPLC-MS/MS）和单细胞转录组学	NA	代谢物水平和基因表达数据	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照，以及130名COVID-19患者的单细胞转录组数据
4903	2025-01-22	Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms 2025-Jan-21, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453922 PMID:39836385	研究论文	本研究通过机器学习算法识别了与克罗恩病相关的昼夜节律生物标志物，并开发了诊断模型	首次将昼夜节律相关基因作为克罗恩病的诊断生物标志物，并利用机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受限于数据的质量和多样性	识别克罗恩病的昼夜节律相关生物标志物并开发诊断模型	克罗恩病患者和对照组的基因表达数据	机器学习	克罗恩病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
4904	2025-01-22	Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts 2025-Jan-18, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01507-x PMID:39826027	研究论文	本文研究了机械张力对细胞衰老及其相关分泌表型的影响，特别是在肺纤维化等年龄相关疾病中	揭示了机械张力通过细胞培养基质刚性影响衰老细胞标志物和分泌表型，并鉴定了高刚度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外实验，未完全模拟体内复杂的机械环境	探讨机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响	人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90）	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90）在不同基质刚性条件下培养
4905	2025-01-22	Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures 2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631928 PMID:39829741	研究论文	本文利用空间转录组学（ST）技术，定义了类风湿性关节炎（RA）滑膜中的稳定微环境，并开发了一种基于Dirichlet变分自编码器架构的无参考解卷积方法DeepTopics，用于识别疾病相关的细胞群落	开发了DeepTopics方法，首次在RA滑膜中识别出22个由特定细胞类型、激活状态和/或生物过程定义的细胞群落，并发现了在组织学相似的RA滑膜样本中存在不同的细胞结构	研究样本量较小，仅包括8个滑膜组织样本和6名RA患者，可能限制了结果的普适性	研究RA滑膜中细胞类型的相互作用以及滑膜微环境如何影响细胞状态	类风湿性关节炎（RA）滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	空间转录组学（ST）	Dirichlet变分自编码器	空间转录组数据	8个滑膜组织样本，来自6名RA患者
4906	2025-01-22	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	本研究结合单细胞测序和空间转录组学技术，构建了甲状腺癌进展的综合图谱，识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群	首次整合单细胞测序和空间转录组学技术，系统描绘了甲状腺癌进展中的基质细胞亚群及其与肿瘤细胞的相互作用	研究主要基于测序数据，缺乏对功能机制的深入验证	揭示甲状腺癌进展过程中基质细胞亚群的特征及其在疾病进展中的作用	甲状腺癌组织样本	数字病理学	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组学, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4907	2025-01-22	The transcription factor TCF21 is necessary for adoption of cell fates by Foxd1+ stromal progenitors during kidney development 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607910 PMID:39211232	研究论文	本研究探讨了转录因子TCF21在Foxd1+基质祖细胞命运决定中的作用，揭示了其在肾脏发育中的关键角色	首次使用单细胞RNA测序技术分析了Tcf21缺失对Foxd1+基质祖细胞分化的影响，并发现了一个新的表达Endomucin的细胞群	研究仅针对胚胎期14.5天的肾脏样本，未涉及其他发育阶段或成年肾脏	探究Tcf21在Foxd1+基质祖细胞命运决定中的作用及其对肾脏发育的影响	Foxd1+基质祖细胞及其分化产生的多种细胞类型	发育生物学	先天性肾脏异常	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	32,461个GFP+细胞来自胚胎期14.5天的肾脏样本
4908	2025-01-22	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	本文研究了机械张力对人类原发性肺成纤维细胞衰老标志物和分泌表型的影响	揭示了机械张力通过细胞培养基质硬度影响衰老细胞标志物和分泌表型的机制，并鉴定了高硬度驱动的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外实验，未完全模拟体内复杂的机械环境	探讨机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响	人类原发性肺成纤维细胞（IMR-90）	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	IMR-90细胞在不同硬度基质上培养，并使用多柔比星诱导衰老
4909	2025-01-22	CH6824025, Potent and Selective Discoidin Domain Receptor 1 Inhibitor, Reduces Kidney Fibrosis in Unilateral Ureteral Obstruction Mice 2024-Nov-19, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics IF:3.1Q2 DOI:10.1124/jpet.124.002330 PMID:39379147	研究论文	本研究探讨了新型DDR1抑制剂CH6824025在单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠模型中改善肾纤维化的效果	首次开发并验证了CH6824025作为强效选择性DDR1磷酸化抑制剂在肾纤维化治疗中的潜力	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究CH6824025对肾纤维化的治疗效果及其机制	单侧输尿管梗阻（UUO）小鼠	生物医学	肾纤维化	10x Visium空间转录组学分析	NA	mRNA表达数据	UUO小鼠模型
4910	2025-01-22	Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality 2024-Nov, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01334-8 PMID:39482531	研究论文	本文通过对人类胚胎干细胞（hESCs）在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的纵向分析，揭示了培养诱导异常的表型获得机制	首次全面分析了hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传的变化，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化在培养适应表型表达中的必要性	研究主要基于同基因hESC模型，可能无法完全反映不同遗传背景下的变化	探究hESCs在体外培养过程中遗传和表观遗传变化的分子机制	人类胚胎干细胞（hESCs）	干细胞研究	NA	基因组分析、单细胞转录组分析、单细胞ATAC-seq分析	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
4911	2025-01-22	Association between premature vascular smooth muscle cells senescence and vascular inflammation in Takayasu's arteritis 2024-Oct-21, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225630 PMID:38816066	研究论文	本研究探讨了Takayasu动脉炎（TAK）中血管平滑肌细胞（VSMCs）早衰与血管炎症之间的关联	首次揭示了IL-6通过非经典线粒体定位的磷酸化STAT3（Tyr705）防止MFN2蛋白降解，从而促进VSMCs早衰的机制	研究主要基于体外和离体实验，需要进一步在体内模型中验证	研究TAK中VSMCs早衰是否参与血管炎症及其机制	Takayasu动脉炎患者的血管手术样本	NA	心血管疾病	组织学检查、bulk RNA-Seq、单细胞RNA-seq	NA	RNA序列数据	TAK患者的血管手术样本
4912	2025-01-22	Single-cell transcriptomics reveal potent extrafollicular B cell response linked with granzyme K+ CD8 T cell activation in lupus kidney 2024-Oct-17, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225876 PMID:39419536	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观，特别是发现了与GZMK+ CD8 T细胞激活相关的B细胞反应	研究样本量有限，且仅针对活动性狼疮性肾炎患者，未涉及其他类型的肾炎或疾病阶段	探索活动性狼疮性肾炎患者肾脏中B细胞和T细胞的适应性免疫景观	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）测序、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、转座酶可及性测序、多重免疫组化	NA	单细胞转录组数据、BCR/TCR序列数据	活动性狼疮性肾炎患者的肾脏和配对的外周血样本，以及匹配的对照组的外周血样本
4913	2025-01-22	Continuous cell type diversification throughout the embryonic and postnatal mouse visual cortex development 2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.02.616246 PMID:39829740	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，构建了小鼠视觉皮层发育过程中的细胞类型图谱，揭示了细胞类型在不同发育阶段的连续多样化过程	提供了迄今为止最详细的动态分子图谱，直接关联到个体细胞类型和特定发育事件，揭示了视觉皮层发育过程中细胞类型身份连续精细化的分子逻辑	研究主要集中在小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他物种	研究小鼠视觉皮层发育过程中细胞类型的多样化和分子机制	小鼠视觉皮层的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核多组学（Multiome）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	568,674个高质量单细胞转录组和194,545个高质量单核多组学数据
4914	2025-01-22	CD8+ tissue-resident memory T cells are expanded in primary Sjögren's disease and can be therapeutically targeted by CD103 blockade 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225069 PMID:38777379	研究论文	本文研究了原发性干燥综合征（pSS）中CD8+组织驻留记忆T细胞（Trm）的表型和功能，以及CD103在其中的作用	首次在pSS中详细描述了CD8+CD103+ Trm细胞的表型和功能，并探索了通过CD103阻断进行治疗的潜力	研究主要基于动物模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床验证	探讨CD8+ Trm细胞在pSS中的作用及其治疗潜力	原发性干燥综合征（pSS）患者和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序	实验性干燥综合征（ESS）小鼠模型	基因表达数据	pSS和非pSS干燥综合征患者的唾液腺和外周血样本，以及ESS小鼠模型
4915	2025-01-22	Characterisation of choroid plexus-infiltrating T cells reveals novel therapeutic targets in murine neuropsychiatric lupus 2024-Jul-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224689 PMID:38531610	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和免疫T细胞受体分析，揭示了小鼠神经精神性狼疮（NPSLE）模型中脉络丛浸润T细胞的特征及其在疾病进展中的作用	首次在NPSLE小鼠模型中详细评估了脉络丛浸润T细胞的特征，并发现了与疾病进展相关的动态转录组变化，为狼疮脑部治疗靶点的识别提供了新视角	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究神经精神性狼疮（NPSLE）疾病进展中脉络丛浸润T细胞的作用及其潜在治疗靶点	MRL/lpr小鼠（NPSLE小鼠模型）的脉络丛组织	生物医学	狼疮	单细胞RNA测序、免疫T细胞受体分析	NA	单细胞转录组数据、免疫T细胞受体数据	MRL/lpr小鼠的脉络丛组织（早期和晚期疾病状态）
4916	2025-01-22	Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224420 PMID:38325908	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了人类膝关节软骨组织中的炎症和前肥大细胞群在骨关节炎（OA）软骨退化中的关键作用	发现了新的炎症性软骨细胞群（InfC）和前肥大软骨细胞群（preHTC），并验证了它们在OA中的关键作用，同时提出了基于这些细胞群的患者分层策略	样本量相对较小（8名OA患者和3名非OA对照），且仅针对膝关节软骨，未涉及其他关节或更广泛的OA病理机制	研究骨关节炎（OA）中膝关节软骨退化的关键细胞群及其分子机制	人类膝关节软骨组织	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化染色、定量实时PCR	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、全基因组关联研究数据	8名OA患者和3名非OA对照，共19个样本
4917	2025-01-22	Disease activity drives divergent epigenetic and transcriptomic reprogramming of monocyte subpopulations in systemic lupus erythematosus 2024-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225433 PMID:38413168	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮（SLE）中不同单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征，及其与疾病活动和进展的关系	揭示了SLE疾病活动对单核细胞分化的表观遗传和转录组程序的影响，并识别了单核细胞亚群特异性的改变	研究主要基于DNA甲基化和转录组数据，可能未涵盖所有影响单核细胞功能的因素	研究SLE中单核细胞亚群的表观遗传和转录组特征，以理解疾病活动和进展的机制	SLE患者和健康捐赠者的经典、中间和非经典单核细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	DNA甲基化测序、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	SLE患者和健康捐赠者的单核细胞样本
4918	2025-01-22	Adhesion G Protein-Coupled Receptor Gpr126 (Adgrg6) Expression Profiling in Diseased Mouse, Rat, and Human Kidneys 2024-05-18, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100874 PMID:38786096	研究论文	本文研究了粘附G蛋白偶联受体Gpr126在小鼠、大鼠和人类患病肾脏中的表达特征	揭示了Gpr126在肾脏疾病中的表达变化，特别是在不同类型的肾损伤中的动态表达模式	研究主要基于表达分析，未深入探讨Gpr126在肾脏疾病中的具体功能机制	探讨Gpr126在肾脏疾病中的表达变化及其潜在的治疗靶点价值	小鼠、大鼠和人类的患病肾脏	分子生物学	肾脏疾病	RT-PCR, RNAscope分析, 微阵列分析, 单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	小鼠、大鼠和人类肾脏样本，包括多种肾脏疾病患者
4919	2025-01-22	Single-Cell Transcriptomic Profiling Unveils Dynamic Immune Cell Responses during Haemonchus contortus Infection 2024-05-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100842 PMID:38786064	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，监测了山羊在Haemonchus contortus感染期间外周血单核细胞（PBMCs）的动态免疫细胞反应	首次在单细胞水平上揭示了H. contortus感染期间宿主PBMCs的细胞类型特异性机制	样本量较小，仅使用了四只山羊	研究H. contortus感染期间宿主免疫反应的遗传机制	山羊的外周血单核细胞（PBMCs）	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	四只山羊（两只感染，两只健康对照）
4920	2025-01-22	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cardiac Fibroblast-Specific Transcriptomic Changes in Dilated Cardiomyopathy 2024-04-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090752 PMID:38727290	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了扩张型心肌病中心脏成纤维细胞的特异性转录组变化	利用最新的单细胞分析工具和更新的生物信息学工作流程，更全面地注释了数据集，并检测到心脏成纤维细胞群体中的差异基因表达	研究结果需要进一步验证，且样本量可能有限	检测扩张型心肌病中的细胞特异性转录组变化	人类扩张型心肌病心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	人类心脏组织样本