单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4901	2025-01-23	Construction of a neutrophil extracellular trap formation-related gene model for predicting the survival of lung adenocarcinoma patients and their response to immunotherapy 2024-Dec-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-463 PMID:39830760	研究论文	本研究构建了一个基于中性粒细胞胞外陷阱形成相关基因（NFRGs）的预后模型，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的生存和免疫治疗反应	首次使用NFRGs构建预测LUAD患者生存和免疫治疗反应的预后模型，并验证了其有效性	研究依赖于TCGA和GEO数据集，需要进一步的外部验证和临床实验来确认模型的普适性	构建一个基于NFRGs的预后签名，用于分层LUAD患者并指导个体化管理策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据集中的LUAD患者样本
4902	2025-01-23	Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03354-3 PMID:39567718	研究论文	本研究通过组织学和高维成像技术，结合单细胞转录组学数据，揭示了马拉维人群中致命性COVID-19肺病的独特细胞特征	首次在非洲背景下，结合HIV、疟疾等环境暴露因素，研究COVID-19的细胞机制，并揭示了与欧美和亚洲人群不同的免疫和炎症机制	样本量较小（COVID-19患者9例，非COVID-19患者7例），且仅针对马拉维人群，可能限制了结果的普适性	研究COVID-19在非洲人群中的细胞机制，特别是HIV和疟疾等环境暴露对疾病病理生物学的影响	马拉维成年人的肺、血液和鼻腔细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学、高维成像	NA	单细胞转录组数据、组织学图像	16例（COVID-19患者9例，非COVID-19患者7例）
4903	2025-01-22	An Integrative Approach to Precision Pre-implantation Genetic Diagnosis by Investigating Single-cell Sequencing, Polygenic Risk Assessment, Artificial Intelligence-guided Embryo Selection and Genome Editing in Embryos with COL4A1 c.1537G>A Mutation 2024 Oct-Dec, Journal of human reproductive sciences DOI:10.4103/jhrs.jhrs_145_24 PMID:39831092	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4904	2025-01-23	Spatial transcriptomics elucidates medulla niche supporting germinal center response in myasthenia gravis-associated thymoma 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114677 PMID:39180749	研究论文	本研究通过空间转录组分析胸腺瘤和胸腺增生样本，揭示了与重症肌无力（MG）相关的胸腺髓质微环境特征	首次使用空间转录组技术详细描述了MG相关胸腺瘤中髓质区域的特定化学因子模式和免疫细胞组成，并发现MG特异性生发中心结构	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	探讨重症肌无力（MG）与胸腺异常之间的病理联系	胸腺瘤和胸腺增生样本	数字病理学	重症肌无力	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
4905	2025-01-23	Regulatory mechanisms orchestrating cellular diversity of Cd36+ olfactory sensory neurons revealed by scRNA-seq and scATAC-seq analysis 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114671 PMID:39215999	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）分析，揭示了Cd36+嗅觉感觉神经元（OSNs）的细胞多样性调控机制	首次揭示了Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元在未成熟阶段的差异，并确定了Mef2a和Hdac9作为发育分歧的重要调控因子	研究主要聚焦于Cd36+嗅觉感觉神经元，未全面探讨其他类型嗅觉感觉神经元的调控机制	探究嗅觉感觉神经元中Cd36表达的调控机制及其对细胞多样性的影响	Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	未明确提及样本数量
4906	2025-01-23	DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508 PMID:39018244	研究论文	本文通过建立DCX基因敲除雪貂模型，揭示了DCX在神经祖细胞增殖和放射状胶质纤维延伸中的关键作用，并利用单核RNA测序和空间转录组学技术，提供了无脑回皮层详细图谱	首次建立DCX基因敲除雪貂模型，该模型能准确复制人类无脑回畸形的关键特征，并揭示了DCX在神经发育中的具体作用机制	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类无脑回畸形的所有复杂性和多样性	研究无脑回畸形的细胞和分子机制，以及DCX基因在神经发育中的作用	DCX基因敲除雪貂模型	神经科学	无脑回畸形	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	DCX基因敲除雪貂模型	基因表达数据，空间转录组数据	NA
4907	2025-01-23	Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524 PMID:39046878	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了苔藓植物Physcomitrium patens从2D到3D生长的基因表达动态	首次在单细胞分辨率下揭示了苔藓植物从2D到3D生长转变的分子特征和细胞异质性	研究仅针对Physcomitrium patens，结果可能不适用于其他植物物种	研究苔藓植物从2D到3D生长转变的分子机制	苔藓植物Physcomitrium patens	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过17,000个单细胞，涵盖所有主要营养组织
4908	2025-01-23	Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593 PMID:39102335	研究论文	本文介绍了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法，用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因的比例	开发了一种新的时间分辨单细胞RNA测序方法，能够测量基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，并揭示了SAGA和Mediator Tail在激活启动子中的重要作用	研究仅限于酿酒酵母，未涉及其他生物体	研究基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，以及SAGA和Mediator Tail在转录调控中的作用	酿酒酵母	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
4909	2025-01-23	Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613 PMID:39116206	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌（NSCLC）患者脑脊液中的脂质相关巨噬细胞与奥希替尼耐药及软脑膜转移的关系	发现了一种特定亚型的巨噬细胞（RNASE1_M）与奥希替尼耐药和软脑膜转移的发展相关，并揭示了其通过Midkine（MDK）调节的机制	研究样本量有限，且主要集中于EGFR突变型NSCLC患者，可能不适用于其他类型的肺癌	探讨非小细胞肺癌患者中脂质相关巨噬细胞在奥希替尼耐药和软脑膜转移中的作用	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本
4910	2025-01-23	A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586 PMID:39137113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿小脑在妊娠18-25周期间的发育过程，揭示了正常和异常发育的分子特征	首次在妊娠晚期第二孕期的人类胎儿小脑中识别了增殖性UBC祖细胞的分布，并描绘了从ARGs到BGPs的两条发育轨迹，同时识别了ORGs作为原始少突胶质细胞祖细胞的来源	研究仅限于妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本，未涵盖其他发育阶段或其他类型的小脑异常	研究人类胎儿小脑在妊娠晚期第二孕期的正常和异常发育过程	人类胎儿小脑样本	生物信息学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本
4911	2025-01-23	Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629 PMID:39146183	研究论文	本文研究了人类多能干细胞（hPSCs）衍生的库普弗细胞（KCs）的发育，并展示了hPSC-肝窦内皮细胞（LSECs）在支持这些细胞稳定移植中的作用	首次展示了hPSC-LSECs能够支持hPSC-YS-巨噬细胞的稳定移植，并通过单细胞RNA测序揭示了移植的YS-巨噬细胞的基因特征	研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类体内的复杂环境	研究人类库普弗细胞的发育过程及其功能	人类多能干细胞（hPSCs）及其衍生的库普弗细胞（KCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4912	2025-01-23	Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development 2024-07-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13131142 PMID:38994994	研究论文	本文研究了ATOH7在人类神经视网膜发育中的调控作用及其靶基因和通路	通过创建ATOH7敲除和eGFP表达的人诱导多能干细胞（hiPSCs），并分化为早期视网膜类器官，结合CUT&RUN-seq和RNA-seq技术，鉴定了ATOH7调控的靶基因和通路	研究中使用的类器官模型可能无法完全模拟体内环境，且人类突变较为罕见，样本量有限	探讨ATOH7在人类神经视网膜发育中的功能及其调控机制	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其分化的早期视网膜类器官	生物医学	视神经发育不全（ONH）和原发性玻璃体持续增生（PHPVAR）	CUT&RUN-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4913	2025-01-23	ScRNA-Seq Analyses Define the Role of GATA3 in iNKT Cell Effector Lineage Differentiation 2024-06-20, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121073 PMID:38920701	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞转录组分析，探讨了转录因子GATA-3在不变自然杀伤T细胞（iNKT）效应谱系分化中的关键作用	首次详细揭示了GATA-3在iNKT细胞分化中的具体影响，特别是其对iNKT2和iNKT17细胞亚群的缺失及iNKT1细胞分布的改变	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨GATA-3在iNKT细胞效应谱系分化中的具体作用	小鼠的iNKT细胞	免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	小鼠胸腺iNKT细胞
4914	2025-01-23	Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema 2024-06-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121028 PMID:38920656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了脂肪水肿中三种不同的脂肪细胞群体	首次在脂肪水肿中识别出三种具有独特基因特征的脂肪细胞亚群	样本量较小，且仅针对西方人群	研究脂肪水肿的病理机制	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本	生物信息学	脂肪水肿	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本
4915	2025-01-23	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	研究论文	本文介绍了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定的小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性和在髓鞘再生中的作用	开发了一种新的遗传工具Clec7a-CreER，能够特异性地靶向和操纵PAMs和DAMs，揭示了这些细胞状态的可塑性和功能	部分小胶质细胞状态的动态性和功能意义仍不明确，可能受限于工具的特定性	研究小胶质细胞状态在CNS发育和疾病中的动态性、可塑性及其功能	小胶质细胞，特别是PAMs和DAMs	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，遗传工具Clec7a-CreER	NA	基因表达数据	多个疾病模型中的小胶质细胞
4916	2025-01-23	Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation 2024-06, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644 PMID:38631462	研究论文	本研究利用线性相关解释（linear CorEx）方法，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序（GEPs）	提出了一种基于机器学习的线性CorEx方法，通过总相关优化函数从scRNA-seq数据中推断GEPs，并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能	研究主要基于模拟和真实世界的scRNA-seq数据集，可能在实际应用中存在数据特异性的限制	从scRNA-seq数据中推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义的基因表达程序	小鼠齿状回和胚胎结肠发育的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性CorEx	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集
4917	2025-01-23	Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation 2024-05-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13110916 PMID:38891050	研究论文	本文研究了急性炎症过程中单核细胞的起源和转录重编程，特别是Ly6Chi单核细胞在血液中的代谢重编程及其在趋化和向巨噬细胞分化中的作用	揭示了Ly6Chi单核细胞在急性炎症初期六小时内经历两次主要的转录重编程事件，并证明氧化磷酸化（OxPhos）在这些过程中起关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨急性炎症中单核细胞的代谢重编程及其功能	Ly6Chi单核细胞及其向巨噬细胞的分化	免疫学	炎症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类单核细胞样本
4918	2025-01-23	25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021 PMID:38640930	研究论文	本文研究了25-羟基胆固醇（25HC）在肿瘤微环境中通过调节巨噬细胞的代谢重编程和免疫抑制功能，影响CD8 T细胞的监视和抗肿瘤反应	揭示了胆固醇-25-羟化酶（Ch25h）通过STAT6转录因子被IL-4和IL-13诱导表达，导致25HC积累，并发现CH25H亚群在免疫抑制巨噬细胞亚群中富集，与多种癌症的较低生存率相关	未明确提及具体局限性	研究25-羟基胆固醇在肿瘤微环境中对巨噬细胞免疫抑制功能和代谢重编程的影响	巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境	免疫代谢	癌症	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4919	2025-01-23	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	研究论文	本文通过单细胞ATAC-seq和RNA-seq技术，研究了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中，记忆B细胞（MBCs）的发育变化及其可逆性	发现了一种在慢性病毒感染期间富含干扰素刺激基因（ISGs）的记忆B细胞亚群，该亚群与通常与慢性感染相关的T-bet亚群不同	研究仅在特定病毒感染模型中进行，未涉及其他类型的慢性病毒感染	探讨慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞（MBCs）	免疫学	病毒感染	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量
4920	2025-01-23	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文通过人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观基因组分析，研究了神经母细胞瘤中常见的染色体17q/1q增益对胚胎肿瘤发生的影响	首次使用人类胚胎干细胞模型揭示了染色体拷贝数变异在胚胎肿瘤发生中的具体作用机制	研究主要依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内环境	探讨染色体拷贝数变异如何影响胚胎肿瘤的发生	人类胚胎干细胞及其分化的神经嵴细胞	发育生物学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、表观基因组分析	人类胚胎干细胞模型	单细胞RNA-seq数据、表观遗传数据	NA