单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4901	2025-03-15	Recent Neuropathology Concepts 2025-Mar-13, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	会议摘要	2024年欧洲毒理病理学会大会的最后一场会议专注于最新的神经病理学概念，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化和分析的新技术以及特定病例报告	介绍了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的角色、冷冻荧光断层扫描在神经病理学中的应用、血脑屏障类器官在早期药物筛选中的应用以及空间转录组学在毒理病理学中的应用	NA	探讨新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选模型	数字病理	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、基因表达数据	NA
4902	2025-03-15	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Mar-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，并通过体内外实验验证其效果	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，系统地探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，并验证了其对肿瘤微环境的调节作用	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证britannin的效果	探索britannin在结直肠癌治疗中的机制	结直肠癌细胞及肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	网络药理学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4903	2025-03-15	Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis 2025-Mar-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01571-8 PMID:40080215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4904	2025-03-15	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Mar-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和移植模型，首次证明BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）具有与长骨骨髓（LB-BM）相似的微结构、细胞组成和功能性造血能力	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CXCL12丰富的网状细胞（CAR细胞），并能在辐照小鼠中恢复生存能力	未明确说明BMP-eBM在长期使用中的稳定性和安全性	研究BMP-2诱导的异位骨髓是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）和长骨骨髓（LB-BM）	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	辐照小鼠模型
4905	2025-03-15	The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans 2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019 PMID:40080696	研究论文	本文研究了COVID-19疫苗在人体中诱导的Tfh细胞亚群，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在增强体液免疫反应中的作用	发现了一组高表达PD-1的经典Tfh细胞，这些细胞在加强疫苗接种后被显著激活，并且其比例与抗体滴度水平相关	研究主要关注Tfh细胞，未涉及其他免疫细胞类型在疫苗反应中的作用	研究COVID-19疫苗诱导的Tfh细胞反应，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在体液免疫中的作用	COVID-19疫苗接种后的Tfh细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量
4906	2025-03-15	A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers 2025-Mar-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03885-24 PMID:39882906	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，研究了人类志愿者皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应	首次在单细胞水平上定义了人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润的高分辨率视图，并确定了在未能自发清除感染并形成脓疱的志愿者中存在的细胞类型	样本量较小，仅涉及五名志愿者，且空间转录组学数据仅来自其中四名	研究杜克雷嗜血杆菌感染人类皮肤后的免疫和基质细胞反应	人类志愿者皮肤	免疫学	皮肤感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据	五名志愿者的皮肤活检样本
4907	2025-03-15	PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer 2025-Mar-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02031-2 PMID:40067513	研究论文	本研究基于多机器学习方法，开发了一种基于代谢相关基因的宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并发现PLOD3作为新的致癌基因	首次将多机器学习算法应用于宫颈癌的预后模型，结合代谢相关基因，发现PLOD3作为新的致癌基因，并揭示了其在肿瘤增殖中的作用	研究依赖于多数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且模型的外部验证尚未进行	提高宫颈癌的预后准确性和治疗策略	宫颈癌患者及其代谢相关基因	机器学习	宫颈癌	基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析	随机生存森林、监督主成分分析	基因组数据、转录组数据、空间数据	112个关键代谢基因，337个关键基因
4908	2025-03-15	Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity 2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01177-x PMID:40069855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了六氟环氧丙烷二聚酸（GenX）对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及其潜在的细胞和分子调控机制	首次系统地描述了GenX暴露对小鼠睾丸的细胞动态和转录组变化的影响，提供了理解其生殖毒性的宝贵资源	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的数据	探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其背后的细胞和分子调控机制	正常发育的小鼠	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4909	2025-03-15	Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.038 PMID:39863929	研究论文	本文研究了通过药理学方法阻断微纤维相关蛋白4（MFAP4）对视网膜新生血管和血管渗漏的影响	首次展示了抗MFAP4抗体hAS0326在抑制视网膜新生血管和血管渗漏中的潜在治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索MFAP4在视网膜疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	视网膜新生血管和血管渗漏	药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	实验数据	激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型、链脲佐菌素诱导的视网膜病变模型、DL-2-氨基己二酸诱导的视网膜病变非人灵长类模型
4910	2025-03-15	Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034 PMID:39863930	研究论文	本研究探讨了通过组织纳米转染技术（TNT）进行内皮PLCγ2靶向表观遗传基因编辑，以改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	首次使用CRISPR-dCas9去甲基化鸡尾酒结合TNT技术，针对糖尿病伤口边缘的内皮细胞PLCγ2基因进行特异性去甲基化，以增强VEGF治疗的血管新生效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	糖尿病缺血性伤口的内皮细胞	表观遗传学	糖尿病	CRISPR-dCas9去甲基化、组织纳米转染（TNT）技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
4911	2025-03-15	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	本文通过多组学分析，包括单核转录组和染色质可及性测序以及空间分析，研究了食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了这些细胞程序与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq研究中进一步验证	解析食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
4912	2025-03-15	Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.640190 PMID:40060412	研究论文	本文介绍了一种名为iSCALE的方法，用于预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，解决了现有空间转录组学平台的高成本、长周转时间、低分辨率、有限基因覆盖和小组织捕获区域的问题	iSCALE方法能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的限制	NA	开发一种能够分析大尺寸组织并自动注释细胞级组织结构的方法，以克服现有空间转录组学平台的局限性	大尺寸组织，特别是多发性硬化症人类脑样本	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	多发性硬化症人类脑样本
4913	2025-03-15	Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness 2025-Feb, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e9 PMID:40078782	研究论文	本研究探讨了线粒体调节因子CRIF1在肺泡巨噬细胞（AMs）发育和稳态中的关键作用，特别是通过维持代谢适应性来支持其功能	首次揭示了CRIF1作为特定调节因子在肺泡巨噬细胞中的独特作用，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证CRIF1的作用	探索CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢适应性和功能维持中的具体作用	肺泡巨噬细胞（AMs）	细胞生物学	肺疾病	单细胞RNA测序和转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
4914	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤
4915	2025-03-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素	首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞	生物医学	Loeys-Dietz综合征	单细胞转录组学	小鼠模型	RNA测序数据	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞
4916	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
4917	2025-03-15	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用	揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证	研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用	野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠	NA	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据	野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠
4918	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
4919	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
4920	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集