单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4881	2025-01-15	Spatiotemporal role of SETD2-H3K36me3 in murine pancreatic organogenesis 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113703 PMID:38265933	研究论文	本文通过多种测序技术研究了SETD2-H3K36me3在小鼠胰腺器官发生中的时空作用	揭示了SETD2在胰腺发育中的关键作用，特别是其在胰腺外分泌和内分泌谱系中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺发育的相似性尚需进一步验证	探讨组蛋白修饰在胰腺发育中的协调作用	小鼠胰腺	表观遗传学	胰腺疾病	CUT&Tag, ATAC-seq, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
4882	2025-01-15	The single-cell transcriptome program of nodule development cellular lineages in Medicago truncatula 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113747 PMID:38329875	研究论文	本文描述了Medicago truncatula根在早期根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	通过单细胞转录组分析，揭示了根瘤发育过程中细胞谱系的转录重编程，并鉴定了新的根瘤调控因子	研究主要集中于早期根瘤发育阶段，未涵盖整个根瘤发育过程	研究Medicago truncatula根在根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	Medicago truncatula根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	野生型Jemalong A17和超结瘤突变体sunn-4的根细胞
4883	2025-01-15	Single-cell RNA sequencing of cervical exfoliated cells reveals potential biomarkers and cellular pathogenesis in cervical carcinogenesis 2024-02-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06522-y PMID:38346944	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈脱落细胞，揭示了宫颈癌发生过程中的潜在生物标志物和细胞病理机制	首次在单细胞分辨率下描绘了宫颈病变进展过程中免疫细胞和上皮细胞的变化，并识别出一组脂质相关巨噬细胞作为预测低级别鳞状上皮内病变向高级别病变进展的生物标志物	样本量相对较小，仅包括15个样本，且未明确说明这些样本是否来自不同患者	探索宫颈癌发生过程中的细胞异质性和潜在生物标志物，以改进宫颈癌的早期筛查方法	宫颈脱落细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	56,173个宫颈脱落细胞，来自15个样本（包括正常宫颈、低级别鳞状上皮内病变、高级别鳞状上皮内病变和恶性肿瘤）
4884	2025-01-15	Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice 2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.10.570890 PMID:38105996	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9基础的双色荧光报告系统，用于在活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性	引入了dual-enSERT技术，能够在任何遗传背景的活体小鼠中快速、定量比较增强子等位基因活性，并结合单细胞转录组学在细胞分辨率上表征变异增强子等位基因	NA	研究人类先天性障碍相关的非编码变异的功能分析	与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变异	基因功能分析	先天性障碍	Cas9基础的双色荧光报告系统（dual-enSERT），单细胞转录组学	NA	基因表达数据	活体小鼠胚胎
4885	2025-01-15	Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges 2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048 PMID:39802625	综述	本文综述了转录组学在动脉粥样硬化研究中的应用，探讨了其在揭示斑块表型及克服方法学挑战方面的潜力	强调了转录组学研究在理解动脉粥样硬化斑块表型中的价值，并讨论了单细胞测序和多组学数据整合及机器学习在提升研究深度方面的最新进展	研究结果的可重复性低和程序缺乏标准化是该领域面临的主要挑战	通过转录组学研究深入理解动脉粥样硬化的分子机制，推动个性化和以患者为中心的医疗保健	动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	bulk或单细胞测序	机器学习	转录组数据	NA
4886	2025-01-14	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征及功能差异，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的细胞间相互作用和免疫抑制模式	研究依赖于公开数据库中的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差或样本选择限制	探究左右侧结直肠癌在细胞组成、转录特征及肿瘤微环境中的差异，以优化个性化治疗方案	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
4887	2025-01-14	Recent advancement in the spatial immuno-oncology 2025-Feb, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2024.12.003 PMID:39705969	综述	本文总结了空间转录组学和空间蛋白质组学在免疫肿瘤学领域的最新进展，包括单细胞或多细胞类型及细胞状态的高通量分析及其在肿瘤微环境中的应用	总结了空间组学数据的概念框架，并强调了空间免疫肿瘤学的最新知识	NA	总结和更新空间组学在免疫肿瘤学领域的应用和知识	肿瘤微环境中的单细胞或多细胞类型及细胞状态	数字病理学	癌症	空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	空间组学数据	NA
4888	2025-01-14	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-Jan-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠胚胎生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的X染色体再激活过程	研究女性原始生殖细胞（PGCs）在基因组重编程过程中X染色体再激活的分子机制	小鼠胚胎的生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序，染色质分析	NA	RNA测序数据，染色质数据	从小鼠胚胎中提取的生殖细胞
4889	2025-01-14	Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis 2025-01-03, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09950-w PMID:39753834	研究论文	本研究识别了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）的分子亚型，并开发了基于CAF的预后模型	发现了RUNX1/SDC1轴在促进乳腺癌细胞侵袭和转移中的作用，并开发了高精度的预后预测模型	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的分子亚型及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	预后预测模型	RNA测序数据	未提及具体样本数量
4890	2025-01-14	Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976 PMID:39657893	研究论文	本文通过分析阿尔茨海默病（AD）患者的单细胞RNA测序数据，揭示了外周血单核细胞中CD4+细胞毒性T细胞（CD4-CTLs）的显著增加，并验证了其在体内和体外的相关性	首次发现CD4-CTLs在AD患者外周血中的扩张，并识别了转录因子TBX21和MYBL1作为关键驱动因素，同时通过孟德尔随机化识别了风险基因SRGN和ITGB1	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证这些发现的生物学意义	探讨CD4+细胞毒性T细胞在阿尔茨海默病中的作用及其扩张机制	阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4891	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974 PMID:39694081	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱	首次在单细胞分辨率下提供了驴睾丸和附睾的全面转录图谱，并识别了特定生殖细胞和附睾主细胞中的关键基因表达模式	研究局限于驴的生殖细胞，未涉及其他物种或更广泛的生殖生物学问题	提供驴精子发生和成熟过程的全面单细胞景观分析	驴的睾丸和附睾细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，但涉及驴的睾丸和附睾细胞
4892	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982 PMID:39706310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肌成纤维细胞在伤口修复中的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肌成纤维细胞在不同伤口愈合情况下的多样性，并识别出11个亚群	研究样本主要来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕，可能无法完全代表所有类型的伤口修复情况	探索肌成纤维细胞在伤口修复中的多样性和功能	肌成纤维细胞	生物信息学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	89,148个细胞，来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕
4893	2025-01-14	Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study 2025-Jan, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004 PMID:39729926	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨青少年特发性关节炎（JIA）与乳腺癌风险之间的潜在机制	首次使用WGCNA和共识机器学习标签方法，结合Bulk-seq和scRNA-seq数据分析，揭示了JIA与乳腺癌风险之间的潜在基因联系	研究为初步探索，样本量有限，需进一步实验验证	探讨JIA对癌症风险的潜在机制	青少年特发性关节炎（JIA）和乳腺癌	生物信息学	乳腺癌	Bulk-seq, scRNA-seq, WGCNA, 共识机器学习标签	NA	基因表达数据	从GEO数据库和TCGA数据库中选取的Bulk-seq数据，以及scRNA-seq数据
4894	2025-01-14	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.30.629739 PMID:39803459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了与年龄相关的T细胞亚群在症状性良性前列腺增生（BPH）中的作用	首次将年龄相关的CD8 T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并发现其通过Granzyme K介导的机制促进前列腺炎症	研究主要基于体外实验和相关性分析，缺乏直接的体内机制验证	探讨年龄相关免疫细胞变化在BPH中的作用	人类前列腺组织及BPH患者来源的前列腺成纤维细胞	单细胞RNA测序	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类前列腺组织及BPH患者来源的细胞
4895	2025-01-14	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	研究论文	本文研究了HIV-1病毒在停止治疗后重新激活时的免疫反应，通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学数据，发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加和抗病毒基因表达的增加	首次在病毒反弹前观察到独特的转录特征，特别是CD16单核细胞的增加和抗病毒基因表达的增加	研究样本量较小，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及其他免疫细胞类型	研究HIV-1病毒在停止治疗后重新激活时的免疫反应，以开发延长病毒反弹时间的策略	外周血单核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组学和转录组学数据	NA
4896	2025-01-14	Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research 2024-Dec-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17010022 PMID:39796653	研究论文	本文探讨了肺癌功能精准医学研究中的临床前模型及其技术进展	介绍了患者来源的肺癌类器官（LCOs）作为一种新型体外工具，其在生长和维持方面具有高成功率，并能准确反映原始肿瘤的组织学和基因组学特征	尽管这些体内模型（如PDXs、GEMMs）具有重要价值，但它们成本高、劳动强度大且耗时	推动肺癌的个体化精准治疗，通过临床前模型提高系统治疗的选择准确性	肺癌的临床前模型，包括患者来源的异种移植模型（PDXs）、人源化PDX小鼠模型、同基因小鼠模型、基因工程小鼠模型（GEMMs）和肺癌类器官（LCOs）	数字病理学	肺癌	成像技术、空间和单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能	NA	NA	NA
4897	2025-01-14	Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment 2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629650 PMID:39764057	研究论文	本文介绍了一种名为IN-DEPTH的空间多组学整合方法，用于在同一张切片上进行高分辨率转录组和蛋白质组的分析，揭示了肿瘤微环境中的空间重组	提出了IN-DEPTH方法，结合k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)进行空间多组学整合分析，能够在同一张切片上进行单细胞表型和转录组捕获，解决了现有方法在plex、空间分辨率和分析方法的局限性	虽然IN-DEPTH方法在空间分辨率和资源效率上有显著提升，但其在更大规模的组织样本中的应用仍需进一步验证	研究肿瘤微环境中的空间重组及其与肿瘤病毒的关系	EBV阳性和EBV阴性的弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤微环境	数字病理学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质组学	k-bandlimited Spectral Graph Cross-Correlation (SGCC)	空间多组学数据	EBV阳性和EBV阴性的DLBCL样本
4898	2025-01-14	Mechanistic insights into sevoflurane-induced hippocampal neuronal damage and cognitive dysfunction through the NEAT1/Nrf2 signaling axis in aged rats 2024-12-21, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09964-4 PMID:39707048	研究论文	本研究探讨了七氟醚通过NEAT1/Nrf2信号轴诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	首次揭示了lncRNA NEAT1通过抑制Nrf2/ARE/HO-1通路相关因子，促进七氟醚诱导的氧化应激和神经元凋亡的分子机制	研究仅限于老年大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨七氟醚诱导老年大鼠海马神经元损伤和认知功能障碍的分子机制	老年大鼠	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组评估、TUNEL染色、H&E染色、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术	大鼠模型	RNA测序数据、图像数据	老年大鼠
4899	2025-01-14	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	本文介绍了MatriCom，一个用于挖掘单细胞RNA测序数据并推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统的网络应用和R包	MatriCom依赖于一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用，能够处理用户生成的数据集，并提供了定制输出的选项	NA	开发一个工具来挖掘单细胞RNA测序数据，推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	46个scRNA-Seq数据集
4900	2025-01-14	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化	利用单细胞RNA测序技术深入研究了胰腺癌中成纤维细胞的动态变化，为治疗干预提供了新的视角	NA	研究胰腺癌中基质与癌细胞之间的相互作用，以发现新的治疗机会	人类胰腺癌中的成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA