单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4841	2025-01-01	Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03428-0 PMID:37010552	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应	首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值	研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性	探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序，单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	四个独立的NSCLC队列
4842	2025-01-01	CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03414-6 PMID:36912931	研究论文	本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据	首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型	未提及具体的研究局限性	为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制	癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	878个条目，涵盖30种癌症类型
4843	2024-12-31	Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model 2025-May, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.123011 PMID:39708777	研究论文	本研究探讨了硒通过调控GPX4和SEPP1在iPSC衍生的神经元模型中对神经发育的促进作用	首次使用高生物利用度的硒纳米颗粒（SeNPs@LNT）在iPSC衍生的神经元模型中干预不同阶段的神经发育，并揭示了其通过激活PI3K/Akt/Nrf2信号通路调控硒蛋白的机制	研究主要基于体外模型，未在体内验证硒纳米颗粒的作用	探讨硒蛋白在不同神经元发育阶段的具体作用和机制	iPSC衍生的神经元模型	神经科学	自闭症谱系障碍（ASD）	单细胞RNA测序	iPSC-iNeuron模型	基因表达数据	NA
4844	2024-12-31	Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012 PMID:39097166	综述	本文综述了当前可用的空间转录组学（ST）技术及其在肾脏疾病中的应用	通过整合形态学和分子生物学，ST技术提供了理解组织生物学和疾病的潜力，并可能提供有意义的临床见解	讨论了这些新兴技术的挑战和前景，但未具体说明其局限性	提高对组织生物学和疾病的理解，并探索其在肾脏疾病中的潜在医学应用	肾脏疾病	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（ST）	NA	分子和形态学数据	NA
4845	2024-12-31	Tumor-derived CCL15 regulates RNA m6A methylation in cancer-associated fibroblasts to promote hepatocellular carcinoma growth 2024-Dec-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217420 PMID:39734010	研究论文	本文揭示了CCL15在肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用，通过调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的RNA m6A甲基化促进HCC生长	首次发现CCL15通过STAT3通路诱导CAFs中FTO的表达，进而调控CEBPA mRNA的m6A甲基化，揭示了CCL15在HCC细胞与CAFs之间的新型调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CCL15在HCC生长中的具体作用和机制	肝细胞癌（HCC）细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、共培养实验、类器官模型、异种移植模型、m6A测序、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	NA
4846	2024-12-31	Targeting UBE2T suppresses breast cancer stemness through CBX6-mediated transcriptional repression of SOX2 and NANOG 2024-Dec-21, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217409 PMID:39716485	研究论文	本文揭示了UBE2T通过CBX6介导的转录抑制调控乳腺癌干细胞（BCSC）干性的机制，并提出了潜在的治疗策略	首次发现UBE2T通过TRIM25介导的CBX6泛素化降解调控SOX2和NANOG的转录，从而影响BCSC干性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究UBE2T在乳腺癌干细胞干性调控中的作用及其潜在治疗策略	乳腺癌干细胞（BCSCs）	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），干性指数分析	NA	基因表达数据	NA
4847	2024-12-31	Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	本文利用成像空间转录组学技术，研究了转基因α-突触核蛋白病模型中分子模式对病理的脆弱性	首次结合成像空间转录组学和免疫荧光技术，在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型，并揭示了其转录基础	研究仅限于转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况	探讨帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理的分子机制	转基因人α-突触核蛋白过表达小鼠的皮质和海马神经元	数字病理学	帕金森病	成像空间转录组学（IST）、免疫荧光	转基因小鼠模型	图像、转录组数据	NA
4848	2024-12-31	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	创新点在于结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了针对神经元和胶质细胞的潜在联合疗法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的联合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
4849	2024-12-31	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合了基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质分析，以在同一组织切片上实现单细胞分辨率的细胞分型和基因组尺度的生物通路研究	DBiTplus方法首次在同一组织切片上整合了测序和成像技术，实现了单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组分析	在应用DBiTplus方法时，小鼠胚胎的蛋白质标记物有限，可能影响分析的全面性	研究目的是通过整合空间转录组学和蛋白质组学，深入理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能	研究对象包括小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	数字病理学	淋巴瘤	DBiT-seq, CODEX	NA	图像, 测序数据	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织
4850	2024-12-31	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴管内皮细胞（LEC）如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	通过单细胞测序和空间转录组学，确定了LEC亚群和树突状细胞在免疫后多个时间点的抗原水平，并发现了一种独特的转录程序，可以预测不同疾病状态和生物体中的抗原存档能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究LEC如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	淋巴结中的淋巴管内皮细胞（LEC）和树突状细胞	生物信息学	NA	单细胞测序，空间转录组学	机器学习	基因表达数据	小鼠和人类独立数据集
4851	2024-12-31	Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution 2024-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339 PMID:39393164	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示非模式生物对环境污染反应的分子机制中的潜力	主要基于已发表文献的分析，缺乏新的实验数据	探讨单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	非模式生物	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	NA
4852	2024-12-31	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	研究论文	本文研究了COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损现象	发现了一种位于扩大的远端肺泡囊中的肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，称为asATII细胞	未提及具体的研究局限性	探讨COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损的潜在驱动因素	COPD患者和小鼠模型中的肺泡II型细胞和气道俱乐部细胞	NA	COPD	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
4853	2024-12-31	Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells 2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2912406 PMID:39735986	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应，揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异	研究仅针对MCF-7细胞，未涉及其他类型的乳腺癌细胞，且实验时间较短，可能无法完全反映长期药物反应	开发一种实验方法，用于直接共培养三维乳腺癌细胞，并研究其对顺铂的反应	MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	三维细胞共培养模型	RNA测序数据	四组细胞培养：未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组
4854	2024-12-31	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织采样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性，并可能推动对VOGM遗传学、发病机制和维持的理解	首次使用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，并结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录结构	样本量较小，仅包含6名患者，且未明确ETS技术的长期安全性和有效性	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因数据	6名患者，进行了10次ETS操作
4855	2024-12-31	Osteostaticytes: A novel osteoclast subset couples bone resorption and bone formation 2024-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.06.010 PMID:39027343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨愈合过程中骨重塑的细胞和分子机制，并发现了一种新的破骨细胞亚群——骨稳态细胞（OSCs）	首次发现并命名了骨稳态细胞（OSCs），揭示了其在骨重塑中的关键作用，特别是在骨吸收和骨形成之间的逆转阶段	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且对OSCs的具体功能机制仍需进一步探索	阐明骨髓炎后骨愈合的细胞和分子机制，特别是骨重塑过程中的逆转阶段	人类皮质骨、小鼠胫骨骨折模型、骨髓炎相关胫骨骨折模型	数字病理	骨髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、实时PCR、免疫荧光染色、基因集富集分析（GSEA）、CellChat、transwell实验、共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	人类皮质骨样本、小鼠胫骨骨折模型
4856	2024-12-31	Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine 2024-04-17, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639 PMID:38631839	研究论文	本文介绍了一项前瞻性、多中心、观察性队列研究，旨在通过多组学数据创建预测工具，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	该研究首次整合了肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据，以创建预测模型，并计划进行跨治疗比较和独立复制队列研究	研究的主要局限性在于其观察性设计，可能无法完全控制混杂因素，且样本量相对较小（1325名参与者）	研究目标是识别和验证预测模型，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	研究对象为开始接受先进疗法的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者	精准医学	克罗恩病和溃疡性结肠炎	多组学数据分析	预测模型	多组学数据（肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据）	1325名参与者
4857	2024-12-30	Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes 2025-Jan, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13216 PMID:39625901	研究论文	本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法，用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究	开发了一种新的两阶段酶解步骤，结合碎片去除和活细胞富集，从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液	该方法主要针对小鼠尾皮，可能不适用于其他类型的皮肤组织	研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析	小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞	单细胞测序	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
4858	2024-12-30	THBS2 + cancer-associated fibroblasts promote EMT leading to oxaliplatin resistance via COL8A1-mediated PI3K/AKT activation in colorectal cancer 2024-Dec-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02180-y PMID:39732719	研究论文	本研究探讨了THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过COL8A1介导的PI3K/AKT激活促进上皮-间质转化（EMT），从而导致结直肠癌（CRC）对奥沙利铂耐药的机制	首次发现THBS2+CAFs通过COL8A1与ITGB1受体相互作用，激活PI3K-AKT信号通路，促进EMT，导致CRC对奥沙利铂耐药	未提及研究的样本量及具体实验细节	探索THBS2+CAFs在结直肠癌中对奥沙利铂耐药的具体机制	THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	NA	RNA测序数据	NA
4859	2024-12-30	scRNA + BCR-seq identifies proportions and characteristics of dual BCR B cells in the peritoneal cavity of mice and peripheral blood of healthy human donors across different ages 2024-Dec-28, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00493-6 PMID:39732722	研究论文	本研究利用scRNA-seq和scBCR-seq技术，探讨了小鼠腹膜和健康志愿者外周血中双受体B细胞的存在及其与年龄的关系	首次揭示了老年小鼠和健康志愿者中双受体B细胞的比例和特性，并发现这些细胞在老年个体中显著增加	研究样本主要来自小鼠和健康志愿者，未涉及疾病状态下的双受体B细胞	探讨双受体B细胞在不同年龄个体中的存在及其特性	小鼠腹膜和健康志愿者外周血中的B细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据, B细胞受体测序数据	小鼠和不同年龄的健康志愿者
4860	2024-12-30	TIM3 on natural killer cells regulates antibody-dependent cellular cytotoxicity in HER2-positive gastric cancer 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217412 PMID:39722406	研究论文	本研究探讨了TIM3在自然杀伤细胞（NK细胞）上对HER2阳性胃癌（GC）中抗体依赖性细胞毒性（ADCC）的调节作用	首次揭示了TIM3在NK细胞中的表达与CD16的相关性，并提出了抗TIM3抗体与曲妥珠单抗联合治疗HER2阳性胃癌的新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	研究HER2阳性胃癌中NK细胞的免疫检查点分子与曲妥珠单抗诱导的ADCC之间的关系	HER2阳性胃癌患者和HER2转染的胃癌细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	小鼠HER2阳性胃癌模型	基因表达数据和免疫组化数据	HER2阳性胃癌患者和小鼠模型