单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4841	2025-01-16	ATF3 characterizes aggressive drug-tolerant persister cells in HGSOC 2024-04-24, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06674-x PMID:38658567	研究论文	本文研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）中药物耐受性持续细胞（DTP）的特征，特别是ATF3在这些细胞中的作用	研究发现ATF3在促进药物耐受性持续细胞状态中起关键作用，并揭示了ATF3与部分上皮-间质转化（EMT）在HGSOC复发中的关联	研究主要基于实验室模型和有限的患者样本，可能无法完全反映临床实际情况	探讨HGSOC中药物耐受性持续细胞的分子机制及其在复发中的作用	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞系和患者样本	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	259名HGSOC患者的TCGA数据和4名HGSOC患者的单细胞RNA测序数据
4842	2025-01-16	Intestinal cell diversity and treatment responses in a parasitic nematode at single cell resolution 2024-Apr-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10203-7 PMID:38575858	研究论文	本研究利用单细胞转录组学数据集，揭示了成年雌性猪蛔虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应	首次在单细胞水平上表征了猪蛔虫肠道细胞的多样性，并识别了与这些细胞相关的生物标志物	研究主要集中于猪蛔虫，可能不适用于所有寄生线虫	研究寄生线虫肠道细胞的多样性及其对治疗的响应，以开发新的抗寄生虫疗法	成年雌性猪蛔虫的肠道细胞	生物信息学	寄生虫感染	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未处理的猪蛔虫肠道细胞
4843	2025-01-16	The cell-type-specific spatial organization of the anterior thalamic nuclei of the mouse brain 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113842 PMID:38427564	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，揭示了小鼠前丘脑核（ATN）的细胞类型组成和空间组织	首次在单细胞和空间分辨率上绘制了ATN的细胞类型组成，并发现了与ATN已知核团对应的三个离散兴奋性细胞类型簇	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或人类	解析前丘脑核的细胞类型组成和空间组织，以理解其计算和功能	小鼠前丘脑核（ATN）	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重荧光原位杂交	NA	基因表达数据、空间分布数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠前丘脑核的多个细胞类型
4844	2025-01-16	Single-cell spatial transcriptomic and translatomic profiling of dopaminergic neurons in health, aging, and disease 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113784 PMID:38386560	研究论文	本文通过单细胞空间转录组和多巴胺能神经元翻译组分析，研究了年轻和老年小鼠大脑中多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的表达特征	利用单细胞空间转录组学的高分辨率能力，深入表征了多巴胺能神经元及其他27种细胞类型在其空间背景下的表达特征，并识别了健康和衰老细胞的标志物	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	研究多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的基因表达特征	年轻和老年小鼠大脑中的多巴胺能神经元及其他27种细胞类型	数字病理学	帕金森病	单细胞空间转录组学、翻译组分析	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠大脑样本
4845	2025-01-16	A transcription factor atlas of stem cell fate in planarians 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113843 PMID:38401119	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，系统地绘制了Schmidtea mediterranea涡虫中干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并定义了与所有检测到的命运相关的转录因子表达特征	首次系统地绘制了涡虫干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并识别了多个新的祖细胞类别和调控它们的命运特异性转录因子	研究主要集中在Schmidtea mediterranea涡虫，结果可能不直接适用于其他生物体	研究涡虫干细胞命运选择的调控机制及其转录因子表达特征	Schmidtea mediterranea涡虫的干细胞（neoblasts）及其后代细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4846	2025-01-16	A molecular atlas of adult C. elegans motor neurons reveals ancient diversity delineated by conserved transcription factor codes 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113857 PMID:38421866	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的分子图谱，并揭示了其分子多样性由保守的转录因子代码所界定	首次生成了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的全面分子图谱，并发现其分子多样性由保守的转录因子代码所界定，这一发现在小鼠中也得到了验证	研究主要集中于秀丽隐杆线虫和小鼠，未涉及其他动物模型	定义成年运动神经元的分子组成，并提取其组织原则	成年秀丽隐杆线虫的运动神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13,200个细胞
4847	2025-01-16	Mosaic deletion of claudin-5 reveals rapid non-cell-autonomous consequences of blood-brain barrier leakage 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113911 PMID:38446668	研究论文	本文研究了Claudin-5（CLDN5）在成熟大脑中的缺失对血脑屏障（BBB）的影响，揭示了BBB渗漏后的非细胞自主性后果	通过诱导成年小鼠内皮特异性Cldn5基因的镶嵌缺失，揭示了CLDN5缺失后BBB渗漏的快速非细胞自主性反应	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	研究CLDN5在成熟大脑中的缺失对BBB的影响及其后果	成年小鼠	生物医学	脑疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年小鼠模型
4848	2025-01-16	The TET-Sall4-BMP regulatory axis controls craniofacial cartilage development 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113873 PMID:38427557	研究论文	本文利用斑马鱼模型研究了颅面微畸形的分子机制，揭示了TET2/3、Sall4和BMP信号在咽软骨发育中的关键作用	发现了TET2/3通过Sall4调控BMP4表达的分子机制，揭示了TET-Sall4-BMP调控轴在咽软骨发育中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型，尚未在人类样本中验证	研究颅面微畸形的分子机制	斑马鱼胚胎的咽软骨发育	发育生物学	颅面微畸形	单细胞RNA测序	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
4849	2025-01-16	Transgenic tools targeting the basal ganglia reveal both evolutionary conservation and specialization of neural circuits in zebrafish 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113916 PMID:38484735	研究论文	本文通过生成针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了哺乳动物直接和间接通路纹状体神经元的进化同源物，并发现了斑马鱼基底神经节回路的独特特征	开发了针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了斑马鱼基底神经节回路的独特特征，包括主要捷径通路和进化保守的闭环通路	研究主要局限于斑马鱼模型，可能无法完全反映哺乳动物基底神经节回路的所有特征	研究基底神经节回路在斑马鱼中的进化和功能特征	成年斑马鱼的基底神经节回路	神经科学	NA	转基因工具、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、神经回路数据	NA
4850	2025-01-16	Stem-like progenitor and terminally differentiated TFH-like CD4+ T cell exhaustion in the tumor microenvironment 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113797 PMID:38363680	研究论文	本文通过单细胞测序和小鼠模型，研究了肿瘤微环境中CD4滤泡辅助T细胞（TFH-like）的耗竭状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了CXCL13在肿瘤浸润的耗竭CD8 T细胞中高表达，诱导CD4滤泡辅助T细胞浸润，并发现部分T细胞具有细胞毒性，直接攻击表达主要组织相容性复合体-II的肿瘤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探讨肿瘤微环境中CD4 T细胞的耗竭状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	肿瘤微环境中的CD4 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序	小鼠模型	单细胞测序数据	NA
4851	2025-01-16	Optimization of Tissue Digestion Methods for Characterization of Photoaged Skin by Single Cell RNA Sequencing Reveals Preferential Enrichment of T Cell Subsets 2024-01-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13030266 PMID:38334658	研究论文	本文比较了三种人类皮肤组织的消化方法，评估了每种协议的细胞产量和存活率，并发现使用多步酶消化顺序解离方法能产生最高的细胞存活率	本文首次比较了三种不同的皮肤组织消化方法，并通过单细胞测序技术揭示了顺序消化方法在提高非抗原呈递肥大细胞和CD8 T细胞比例方面的优势	研究仅针对新鲜处理的人类皮肤样本，未涉及其他类型或状态的皮肤样本	优化皮肤组织的消化方法，以提高单细胞RNA测序中的细胞产量和存活率	人类皮肤组织	单细胞测序	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提到使用人类皮肤组织
4852	2025-01-16	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-Jan-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	本文研究了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中对IL-17A信号传导的调控作用，并探讨了其在肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）中的作用	首次揭示了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中通过调控CD80表达和IL-17A信号传导来影响神经炎症的机制，并提出了IL-17A作为ALS或FTD相关神经炎症治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨C9orf72在ALS和FTD相关神经炎症中的调控机制	小鼠的髓系和淋巴系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症, 额颞叶痴呆	条件性突变, 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 细胞表型数据	小鼠的七个造血祖细胞区室, 人类ALS患者和非ALS对照的脊髓小胶质细胞
4853	2025-01-16	Ancestry-based differences in the immune phenotype are associated with lupus activity 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169584 PMID:37606045	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫改变，这些改变可能与疾病差异有关	使用多组学方法（包括细胞组成、信号传导、表观遗传学和蛋白质组学）全面评估了SLE患者和健康对照者的免疫表型，揭示了种族相关的免疫差异	研究主要关注黑人和白人患者之间的差异，未涉及其他种族或更广泛的人群	揭示系统性红斑狼疮（SLE）患者中与种族相关的免疫表型差异，以解释疾病严重性和病程的不同	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康对照者	免疫学	系统性红斑狼疮	质谱流式细胞术、单细胞转录组学、蛋白质组学、多重可溶性介质水平检测	NA	细胞组成、信号传导、表观遗传学、蛋白质组学数据	黑人和白人SLE患者及健康对照者
4854	2025-01-16	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	本文通过整合转录组和表观基因组数据，研究了人类颅面发育过程中的基因表达动态，以识别与颅面疾病相关的候选基因	首次结合bulk和单细胞RNA-seq技术，系统分析了人类颅面发育过程中的基因表达模式，并识别出539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖4-8周孕期的颅面组织，未覆盖更广泛的发育阶段	研究人类颅面发育过程中的基因表达动态，识别与颅面疾病相关的候选基因	人类颅面组织	基因组学	颅面疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据, 表观基因组数据	4-8周孕期的颅面组织样本
4855	2025-01-16	Single-cell RNA sequencing reveals distinct T cell populations in immune-related adverse events of checkpoint inhibitors 2023-01-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100868 PMID:36513074	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAEs）中T细胞的不同群体	首次使用单细胞RNA测序技术分析抗PD-1治疗期间循环T细胞的细胞变化，识别出与不同irAEs相关的特定T细胞亚群	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨抗PD-1治疗中免疫相关不良事件的细胞基础	癌症患者的循环T细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	K近邻网络图绘制布局	RNA序列数据	未明确说明
4856	2025-01-16	HIV-1 activates oxidative phosphorylation in infected CD4 T cells in a human tonsil explant model 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1172938 PMID:37325659	研究论文	本研究通过人类扁桃体离体模型，探讨了HIV-1感染对不同细胞类型转录组变化的影响，特别是CD4+ T细胞中氧化磷酸化的激活	首次在人类扁桃体离体模型中揭示了HIV-1感染导致的CD4+ T细胞氧化磷酸化基因上调及巨噬细胞中NLRP3炎症小体通路基因表达增加	研究仅限于离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨HIV-1感染在淋巴组织不同细胞类型中诱导的转录组变化及其对慢性炎症的贡献	人类扁桃体离体模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	生物医学	HIV-1感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	健康人类供体的扁桃体组织
4857	2025-01-16	The slan antigen identifies the prototypical non-classical CD16+-monocytes in human blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1287656 PMID:37965335	研究论文	本文通过转录组、蛋白质组、细胞表面标志物和细胞因子产生分析，比较了人类外周血中slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞的特征，证明slan+/NC-单核细胞更符合非经典单核细胞的典型特征	首次通过转录组和蛋白质组分析，证明slan+/NC-单核细胞比slan-/NC-单核细胞更能代表非经典单核细胞的典型特征	研究未涉及slan+/NC-单核细胞在疾病中的具体功能和作用机制	研究人类外周血中非经典单核细胞的典型特征	人类外周血中的slan+/NC-和slan-/NC-单核细胞	免疫学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据, 细胞表面标志物数据	人类外周血单核细胞样本
4858	2025-01-16	Acly Deficiency Enhances Myelopoiesis through Acetyl Coenzyme A and Metabolic-Epigenetic Cross-Talk 2022-12-01, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2200086 PMID:36547387	研究论文	本研究探讨了ATP柠檬酸裂解酶（Acly）在造血过程中通过调节乙酰辅酶A和代谢-表观遗传交叉对话来增强髓系生成的作用	揭示了Acly通过调节乙酰辅酶A水平和表观遗传修饰来限制髓系分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Acly在造血过程中的作用及其对髓系分化的影响	小鼠的造血干细胞和祖细胞	代谢与表观遗传学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	小鼠的造血干细胞和祖细胞
4859	2025-01-16	Archetype tasks link intratumoral heterogeneity to plasticity and cancer hallmarks in small cell lung cancer 2022-09-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2022.07.006 PMID:35981544	研究论文	本文通过原型任务分析，将小细胞肺癌（SCLC）肿瘤内的异质性与可塑性及癌症标志联系起来	应用原型分析模型，通过多任务进化理论重新构建SCLC表型异质性，揭示了细胞状态转换与治疗适应性和生存率的关系	研究主要基于细胞系和肿瘤转录组数据，可能无法完全反映体内复杂情况	探索小细胞肺癌肿瘤内异质性与细胞可塑性及癌症标志的关系	小细胞肺癌（SCLC）肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	转录组分析	原型分析模型	转录组数据	细胞系和肿瘤样本
4860	2025-01-16	Urine Proteomics and Renal Single-Cell Transcriptomics Implicate Interleukin-16 in Lupus Nephritis 2022-05, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42023 PMID:34783463	研究论文	本研究通过分析狼疮性肾炎（LN）患者的纵向尿液蛋白质组学数据，探索了新的生物标志物和治疗策略	首次通过尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学联合分析，揭示了IL-16在狼疮性肾炎中的重要作用，并提出了其作为潜在治疗靶点和生物标志物的可能性	样本量较小（30名患者），且未进行长期随访以验证治疗效果的持续性	开发新的狼疮性肾炎治疗策略和生物标志物	狼疮性肾炎患者	数字病理学	狼疮性肾炎	尿液蛋白质组学、单细胞转录组学、RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	30名狼疮性肾炎患者