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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4821 | 2025-10-06 |
Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs
2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition
DOI:10.1080/09205063.2024.2445376
PMID:39729311
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综述 | 本文综述骨质疏松症的分子机制与临床突破,重点关注基因表达和激素信号调控 | 整合单细胞RNA测序、长链非编码RNA等最新技术,提出基于遗传和激素变异的个体化治疗策略 | 未涉及具体实验验证,主要基于现有文献的综合分析 | 探讨骨质疏松症的分子机制并推动临床治疗突破 | 骨质疏松症的基因表达调控和激素信号通路 | 医学研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4822 | 2025-10-06 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔板的两种单细胞RNA测序方法在分析冷冻保存人支气管肺泡灌洗液细胞中的表现 | 首次系统比较两种scRNA-seq平台在冷冻保存人BALF细胞分析中的性能差异,特别发现微孔板方法能独特识别脆性嗜酸性粒细胞 | 仅使用4个BALF样本,样本量较小;仅比较两种技术平台 | 评估不同单细胞RNA测序方法在分析冷冻保存人支气管肺泡灌洗液细胞中的适用性 | 人支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞测序 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个BALF样本 | NA | 单细胞RNA测序 | 液滴平台,微孔板平台 | 基于液滴的单细胞RNA测序方法,基于微孔板捕获的单细胞RNA测序方法 |
4823 | 2025-10-06 |
Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432
PMID:40424767
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研究论文 | 通过整合AI/ML和多组学方法研究TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点 | 首次将空间转录组学、ceRNA网络分析与基于Transformer的深度学习模型SELFormer结合,用于胰腺癌药物靶点发现 | 研究主要基于计算预测和体外模拟,需要实验验证 | 发现胰腺导管腺癌的新治疗靶点和药物 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的癌细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 多组学分析、深度学习、分子动力学模拟、虚拟筛选 | Transformer、SELFormer、QSAR模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学、bulk基因组学、蛋白质组学 | NA | NA |
4824 | 2025-10-06 |
Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70172
PMID:40522253
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研究论文 | 通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆 | 首次结合多重免疫荧光-RNA原位杂交和单细胞空间转录组学技术,在单细胞水平定位和表征SVALI中的超扩增T细胞克隆 | 仅分析单个患者的肝脏样本,样本量有限 | 表征严重SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤患者的免疫浸润特征 | SVALI患者的肝脏移植样本 | 数字病理学 | 肝损伤 | T细胞受体测序, 多重免疫荧光, RNA原位杂交, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据, 序列数据 | 1例严重SVALI患者的肝脏移植样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞分析 | Xenium | Xenium原位平台用于单细胞空间转录组学分析 |
4825 | 2025-10-06 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析,揭示了结肠腺癌中胞葬作用相关的分子亚型和预后评分系统 | 首次系统鉴定结肠腺癌中胞葬作用相关基因并建立预后评分模型,结合单细胞测序验证关键基因TIMP1的功能 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 探索胞葬作用相关基因在结肠腺癌中的预后价值和治疗意义 | 结肠腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞测序,多组学整合分析,体外功能实验 | 机器学习算法 | 多组学数据,单细胞测序数据 | 162个胞葬作用相关基因,22个在结肠腺癌中异常表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4826 | 2025-10-06 |
Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae
2025-Jul-01, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf245
PMID:40590299
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用光呼吸穿梭中的功能 | 首次在十字花科C3-C4中间型植物中应用单细胞转录组测序技术,揭示了光呼吸相关基因在束鞘细胞中的特异性表达模式 | 研究仅限于十字花科的一种C3-C4中间型植物,样本代表性有限 | 探究C3-C4中间型植物中细胞特化如何影响相互关联的代谢途径 | Moricandia arvensis(十字花科C3-C4中间型植物)和拟南芥(C3植物)的叶片组织 | 植物生物学 | NA | 单核RNA测序,免疫金标记电子显微镜 | NA | 单细胞转录组数据,显微镜图像 | 一种C3-C4中间型植物和一种C3植物的叶片组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4827 | 2025-10-06 |
Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling
2025-Jul-01, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02328-y
PMID:40591075
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研究论文 | 本研究探讨红景天活性成分红景天苷通过抑制巨噬细胞焦亡减轻肾缺血再灌注损伤的作用机制 | 首次揭示红景天苷通过ROS-HIF-1α正反馈环路调控巨噬细胞焦亡的新机制 | 需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性 | 探究红景天苷对肾缺血再灌注损伤的保护作用及机制 | 小鼠肾缺血再灌注损伤模型和巨噬细胞 | 生物医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 功能实验 | 动物模型 | 基因表达数据, 功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4828 | 2025-10-06 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
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研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法,通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据的细胞特异性调控网络推断方法,并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞水平基因调控网络推断算法 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
4829 | 2025-10-06 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 提出一种名为LEGEND的计算方法,整合单细胞RNA测序和空间转录组数据识别共表达基因 | 开发了创新的分层聚类算法,最大化簇内冗余和簇间互补性,首次实现跨数据类型的共表达基因识别 | NA | 识别跨组织区域和细胞类型的共表达基因,揭示生物或病理过程中的共功能基因 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 分层聚类算法 | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4830 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间IFNγ-IL8信号通路诱导的保守性抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼模型中系统描绘了细菌感染期间的免疫细胞动态,并发现IFNγ-IL8信号通路在脊椎动物中的保守性机制 | 研究主要基于鱼类模型,在人类中的验证仍需进一步研究 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化和调控机制 | 尼罗罗非鱼的头肾和脾脏免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 113,356个单免疫细胞,涵盖多个感染时间点(0,1,5,10,75天感染后和3天再感染后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4831 | 2025-10-06 |
CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells
2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfae269
PMID:39568061
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研究论文 | 本研究通过单细胞和单核RNA测序技术揭示了CD38连接在脓毒症中通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6的机制 | 首次发现CD38连接通过NAMPT信号通路诱导肾脏基质细胞产生IL-6,并证实该信号通路在小鼠和人类脓毒症中具有保守性 | 研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型,需要在其他脓毒症模型中进一步验证 | 阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制并寻找新的治疗靶点 | 小鼠腹膜免疫细胞、肾脏组织以及人类脓毒症组织 | 单细胞测序分析 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、组织学分析 | LPS诱导的脓毒症小鼠模型 | RNA测序数据、组织学数据 | 小鼠模型和人类脓毒症组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
4832 | 2025-10-06 |
Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing
2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597
PMID:40592154
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术,探讨了敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术系统研究敌草快脑毒性机制,识别出五个核心靶点并验证其结合亲和力 | 研究主要基于数据库预测和计算分析,缺乏实验验证 | 阐明敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 敌草快靶向基因和脑损伤相关基因 | 生物信息学 | 脑损伤 | 网络毒理学, 单细胞RNA测序, 分子对接 | PPI网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4833 | 2025-10-06 |
CCR1hi/CCL5hi macrophage-mediated CCL5hi T cell chemotaxis in salivary gland aggravates Sjögren's syndrome
2025-Jun-27, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.06.076
PMID:40582566
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研究论文 | 本研究揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过介导CCL5hi T细胞趋化作用在唾液腺中加剧干燥综合征的机制 | 首次发现CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的串扰促进T/B细胞顺序浸润,并证实CCR1/CCL5作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究CCR1/CCL5在唾液腺淋巴细胞浸润和干燥综合征进展中的作用 | 干燥综合征患者和非肥胖糖尿病小鼠的唾液腺组织 | 单细胞生物学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 功能富集分析 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 四个批量RNA-seq数据集, SS患者和NOD小鼠唾液腺样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4834 | 2025-10-06 |
Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer
2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011716
PMID:40571481
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研究论文 | 本研究通过靶向膜联蛋白A2恢复肿瘤相关抗原呈递并改善肝癌免疫耐受 | 首次揭示膜联蛋白A2通过结合HSP90调控肿瘤相关抗原呈递的分子机制,并证明其可作为癌症免疫治疗的新靶点 | 研究主要聚焦于肝癌模型,在其他癌症类型中的普适性需进一步验证 | 探索肿瘤细胞通过调控抗原呈递逃逸免疫监视的分子机制及干预策略 | 肝癌细胞、CD8+ T细胞、原发性和原位移植肝癌模型 | 癌症免疫学 | 肝癌 | CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀-液相色谱-串联质谱联用 | NA | 单细胞测序数据、质谱数据、细胞实验数据 | 多种肝癌模型(化学诱导、遗传诱导、原位移植) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4835 | 2025-10-06 |
Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer
2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04096-y
PMID:40549154
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研究论文 | 开发了一种针对胰腺癌中PMN-MDSCs的细胞特异性纳米工程策略,通过CXCR2靶向纳米颗粒递送JAK2/STAT3抑制剂,破坏免疫抑制信号并增强抗肿瘤免疫 | 首次开发了CXCR2靶向纳米颗粒,能够特异性靶向PMN-MDSCs而不影响中性粒细胞存活,避免了传统系统性抑制导致的粒细胞缺乏症 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 克服胰腺癌中髓源性抑制细胞介导的免疫抑制,增强抗肿瘤免疫反应 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的多形核髓源性抑制细胞(PMN-MDSCs) | 癌症免疫治疗 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,纳米工程技术 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据,体内治疗效果数据 | 人类和小鼠PDAC样本,治疗初治PDAC患者外周血细胞,KPC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4836 | 2025-10-06 |
Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages
2025-Jun-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08387-z
PMID:40550904
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞,定义了其保守和组织特异性的转录特征 | 首次系统性地描绘了脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录组多样性,并鉴定了跨物种保守的LAM特征基因 | 研究主要基于现有单细胞RNA测序数据集,可能受限于数据质量和样本覆盖范围 | 阐明脂质相关巨噬细胞在不同组织和炎症条件下的转录组特征及其保守性 | 小鼠和人类多个组织中的脂质相关巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 代谢相关疾病(动脉粥样硬化、肥胖、代谢功能障碍相关脂肪性肝病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个组织来源的小鼠和人类单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4837 | 2025-10-06 |
Spatial and genomic profiling of residual breast cancer after neoadjuvant chemotherapy unveil divergent fates for each breast cancer subtype
2025-Jun-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102164
PMID:40482645
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研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学和基因组分析,揭示了新辅助化疗后残留乳腺癌在不同亚型中的不同命运机制 | 首次结合空间转录组学和基因组分析,系统揭示了不同乳腺癌亚型在新辅助化疗后残留肿瘤的异质性机制 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;空间分析技术分辨率可能限制细胞互作机制的深入解析 | 探索新辅助化疗后残留乳腺癌的分子机制和预后差异 | 新辅助化疗后残留的乳腺癌组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞空间转录组学,基因组分析 | NA | 空间转录组数据,基因组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
4838 | 2025-10-06 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Jun-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188
PMID:40499545
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研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌原发和转移阶段的细胞状态与微环境特征 | 首次在食管腺癌中整合单核转录组、染色质可及性测序和空间分析,识别五种恶性细胞程序及其空间定位 | 样本量相对有限,需在更大队列中验证发现 | 解析食管腺癌疾病进展和治疗反应的细胞机制 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核RNA测序, 染色质可及性测序, 空间转录组 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间数据 | 原发和转移性EAC肿瘤队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单核多组学 | NA | NA |
4839 | 2025-10-06 |
EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response
2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011650
PMID:40514071
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研究论文 | 本研究揭示了PTEN缺陷胶质母细胞瘤通过抑制ERV-MAVS-IFN轴逃避免疫监视的机制,并发现EZH2抑制剂联合5-氮杂胞苷可恢复病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫 | 首次阐明PTEN缺陷胶质母细胞瘤中ERV-MAVS-IFN通路失调导致免疫抑制的机制,并开发EZH2i联合5-AZA的协同治疗策略 | 研究主要聚焦于PTEN缺陷型胶质母细胞瘤,其他亚型的适用性需要进一步验证 | 探索PTEN缺陷胶质母细胞瘤免疫逃避机制并开发联合治疗策略 | PTEN缺陷胶质母细胞瘤模型及其肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、表观遗传学分析 | NA | 单细胞转录组数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4840 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor
2025-Jun-10, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05339-4
PMID:40494845
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者滑膜液在TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的细胞组成和分子变化 | 首次在滑膜液中进行配对的治疗前后单细胞分析,系统揭示TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的单细胞水平影响 | 研究仅针对滑膜液样本,未包含滑膜组织分析 | 阐明TNF-α和JAK抑制剂在类风湿关节炎治疗中的作用机制,推动精准医疗发展 | 接受托法替尼或阿达木单抗治疗的类风湿关节炎患者的滑膜液样本 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 100,387个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |