单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 4801 - 4820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4801 | 2025-10-06 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
|
研究论文 | 开发了一种多界遗传条形码系统CloneSelect，可通过CRISPR碱基编辑实现特定表型细胞克隆的精准分离 | 首创多界遗传条形码系统，利用barcode特异性CRISPR碱基编辑触发报告基因表达来实现目标克隆分离 | NA | 开发能够从复杂细胞群体中分离特定表型细胞克隆的技术方法 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 生物技术 | NA | DNA条形码标记、CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4802 | 2025-10-06 |
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564177
PMID:37961650
|
研究论文 | 本研究通过工程化小鼠延迟愈合模型，揭示了机械不稳定性通过免疫-纤维化轴驱动长骨再生障碍的机制 | 开发了可调节髓内钉模型模拟人类肥大性骨不连，首次建立机械不稳定性与免疫-基质细胞互作的直接联系 | 动物模型仍需进一步验证与人类临床情况的一致性 | 探究机械不稳定性对骨再生障碍的免疫学机制 | 小鼠长骨骨折模型 | 骨再生生物学 | 骨不连/骨折愈合障碍 | 空间转录组学，系统性免疫分析，生物力学测试 | 多变量建模 | 基因表达数据，免疫细胞表型数据，生物力学数据 | 未明确具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4803 | 2025-10-06 |
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf298
PMID:40579791
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据的两阶段插补方法scTsI，有效处理丢失事件并提升下游分析性能 | 开发两阶段插补算法，第一阶段利用邻近细胞和基因信息插补零值，第二阶段通过脊回归和批量RNA-seq数据约束调整插补值，保持高表达值不变且避免引入新噪声 | 未明确说明方法在极稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 脊回归 | 基因表达矩阵 | 多种模拟和真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4804 | 2025-10-06 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
|
研究论文 | 提出DeepExDC方法用于单细胞Hi-C数据中A/B区室差异分析 | 开发首个可解释的一维卷积神经网络，用于单细胞水平全基因组范围的染色质区室变化分析，无需分布假设和差异模式限制 | 单细胞水平区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 分析不同条件下单细胞基因组区室化变化 | 单细胞Hi-C数据中的A/B染色质区室 | 计算生物学 | NA | 单细胞Hi-C，scRNA-seq，scATAC-seq | 1D CNN | Hi-C接触矩阵 | NA | NA | 单细胞Hi-C，单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 4805 | 2025-10-06 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
|
综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法，重点讨论了数据分析挑战和算法进展 | 系统梳理了单细胞动态数据分析的四大关键任务，并展望了生物技术与人工智能算法融合的前景 | 作为综述文章，未涉及具体实验验证和原始数据分析 | 探讨单细胞动态数据的计算分析方法及其在生命机制研究中的应用 | 单细胞动态测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4806 | 2025-10-06 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
|
研究论文 | 提出了一种基于单调深度学习框架的保序批次效应校正方法 | 在批次效应校正方法中首次引入保序特性，通过单调深度学习网络保持基因表达数据的原始顺序关系 | 未提及方法的具体计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发具有保序特性的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4807 | 2025-10-06 |
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573739
PMID:38260586
|
研究论文 | 提出一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学和蛋白质组学数据以实现可解释的样本分类 | 首个在空间转录组学数据上进行表型预测的方法，采用图卷积网络直接分析完整空间剖面数据，无需将细胞特征压缩为有限注释 | NA | 通过整合空间信息和多重分子数据来准确预测表型，特别是在临床环境中 | 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 | 空间组学 | 黑色素瘤,非小细胞肺癌,结直肠癌 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 图卷积网络(GCN) | 空间分子数据 | NA | Nanostring, Fluidigm, Akoya Biosciences | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | CosMx, Imaging Mass Cytometry(IMC), CODEX | CosMx空间转录组学平台, Imaging Mass Cytometry技术, CODEX共检测索引技术 |
| 4808 | 2025-10-06 |
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628399
PMID:39713285
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Sp140L是一种新型疱疹病毒限制因子 | 首次鉴定Sp140L为疱疹病毒限制因子，揭示了其连接病毒DNA感知与转录抑制的新机制 | 研究主要聚焦于EB病毒，对其他DNA病毒的验证仍需进一步扩展 | 探索疱疹病毒如何逃避宿主防御机制并鉴定新的病毒限制因子 | EB病毒感染的B细胞和疱疹病毒松鼠猴ORF3蛋白 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | EBNA-LP敲除感染的B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4809 | 2025-10-06 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
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综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型建模方法与特点，并提出整合空间转录组学等技术的多模态评估框架 | 提出整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架以解决现有模型局限 | 现有牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病动物模型的建模方法与评估体系 | 啮齿类动物牙周病模型 | NA | 牙周病 | 空间转录组学, 单细胞测序, 荧光成像 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 4810 | 2025-10-06 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析新生儿和成人MR1T细胞的差异，发现新生儿MR1T细胞具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力不足的特点 | 首次系统比较新生儿与成人MR1T细胞的TCR多样性、功能表型和病原体识别能力差异，并通过结构生物学揭示新生儿MAIT TCR与抗原结合亲和力降低的分子机制 | 样本量较小（新生儿和成人各5例），且仅研究了脐带血来源的细胞 | 探究新生儿MR1T细胞的免疫特性及其与新生儿感染易感性的关系 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 结构生物学分析 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 结构生物学数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 4811 | 2025-10-06 |
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472
PMID:39387817
|
研究论文 | 开发了一种无需参考数据的空间转录组细胞类型反卷积方法SpatialDeX，用于解析实体瘤中的细胞空间组织 | 提出首个无需单细胞RNA-seq参考数据的空间转录组反卷积方法，在实验数据上表现优于基于参考和无参考的方法 | 主要针对多细胞分辨率的空间转录组数据，未在单细胞分辨率平台上充分验证 | 开发无需参考数据的空间转录组细胞类型反卷积方法 | 实体瘤组织中的细胞类型空间分布 | 空间转录组学 | 实体瘤 | 空间转录组测序 | 回归模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4812 | 2025-10-06 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别伤口愈合过程中p21高表达衰老细胞的作用机制 | 首次发现p21高表达衰老细胞亚群在伤口愈合中的促炎特性及其清除对伤口闭合的加速作用 | 未明确p21高表达衰老细胞的具体来源及其与其他衰老细胞亚群的相互作用机制 | 探究p21高表达衰老细胞在皮肤伤口愈合过程中的功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的衰老细胞亚群 | 空间转录组学 | 皮肤创伤 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析平台 |
| 4813 | 2025-10-06 |
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S516125
PMID:40599557
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌发病率上升趋势、分子特征、治疗突破和诊断进展 | 整合了免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物等最新治疗突破，以及基于机器学习的影像学和空间转录组学等新兴诊断工具 | 作为综述文章，未包含原始研究数据，主要基于现有文献综合分析 | 探讨三阴性乳腺癌的流行病学特征、分子机制、治疗进展和诊断创新 | 三阴性乳腺癌患者群体，重点关注年轻女性和不同人口统计学差异 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 机器学习，空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4814 | 2025-10-06 |
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831
PMID:40599775
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研究论文 | 本研究通过分析失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征，建立了预后风险评分模型并验证其临床价值 | 首次在肝细胞癌中基于失巢凋亡相关基因进行分子分型，并构建了包含TTC26和TPX2的两基因预后模型 | 研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的普适性 | 阐明失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义和治疗相关性 | 肝细胞癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO Cox回归, 体外实验 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 公共数据集中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4815 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1576067
PMID:40599812
|
综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序技术对肺内皮细胞研究的新见解 | 通过单细胞RNA测序揭示了肺内皮细胞在表型多样性、分子特征和空间定位依赖的异质性方面的新认知 | NA | 探讨单细胞RNA测序在肺内皮细胞研究中的应用与前景 | 肺内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4816 | 2025-10-06 |
Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration
2024-12-29, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01917-6
PMID:39734233
|
研究论文 | 本研究探索Tppp3分子在视网膜神经节细胞识别和视神经再生中的作用 | 首次揭示Tppp3在哺乳动物视网膜神经节细胞中的表达及其促进轴突再生的功能 | 研究仅限于啮齿类动物模型，尚未在更高等的哺乳动物中进行验证 | 探索促进中枢神经系统轴突再生的分子调控机制 | 视网膜神经节细胞(RGCs) | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠、猕猴和人类视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4817 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb
2024-11-30, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01897-7
PMID:39614299
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术探索了局灶性皮质发育不良IIb型中畸形神经元和气球细胞区域的转录组变化 | 首次在FCD IIb患者新鲜冷冻脑样本中应用空间转录组学技术，构建了畸形神经元和气球细胞区域的空间转录图谱 | 样本量较小（仅3例患者），需要更大样本验证研究结果 | 研究FCD IIb病变中关键细胞区域的转录组特征及其在癫痫发生中的作用 | 局灶性皮质发育不良IIb型患者的脑组织样本 | 空间转录组学 | 癫痫 | 空间转录组学，免疫组织化学 | NA | 空间转录组数据，蛋白质表达数据 | 3例FCD IIb患者的新鲜冷冻脑样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4818 | 2025-10-06 |
TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism
2024-Nov-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396
PMID:38697771
|
研究论文 | 本研究揭示了TLR8激动剂selgantolimod通过调节Kupffer细胞分化状态和IL-6依赖机制抑制HBV进入肝细胞的作用机制 | 首次发现SLGN通过Kupffer细胞介导的IL-6依赖性机制下调肝细胞NTCP表达并抑制HBV进入 | 研究主要基于体外实验和公共数据库分析，需要进一步体内验证 | 表征SLGN在肝脏微环境中诱导的转录组变化和细胞间通讯事件 | 人类肝脏Kupffer细胞和肝细胞 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, RNA-seq, 细胞因子分析 | NA | 转录组数据, 细胞因子数据 | 使用公共单细胞RNA-seq数据和HBV感染患者转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4819 | 2025-10-06 |
Validation of an organ mapping antibody panel for cyclical immunofluorescence microscopy on normal human kidneys
2024-Jul-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00426.2023
PMID:38721662
|
研究论文 | 验证用于正常人肾脏循环免疫荧光显微镜检查的器官定位抗体组合 | 开发标准化抗体验证方法，建立可识别18种主要细胞类型和5种细胞外基质区室的器官定位抗体组合，实现无需专业仪器的多重成像 | NA | 解决抗体验证标准化问题，提高人类研究的可重复性 | 正常人肾脏组织 | 数字病理 | NA | 循环免疫荧光显微镜检查 | NA | 图像 | NA | NA | 免疫荧光显微镜，空间转录组学，成像质谱 | NA | 荧光显微镜和数字扫描仪 |
| 4820 | 2025-10-06 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
|
研究论文 | 开发了一种名为TACIT的无监督细胞注释算法，用于大规模空间生物学中的细胞类型和状态识别 | 提出无需训练数据的无监督细胞注释算法TACIT，采用无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞 | 未提及具体的技术验证限制或数据集局限性 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战，开发可扩展的无监督注释方法 | 脑、肠道和腺体三个生态位中的细胞 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 多组学检测，空间转录组学，空间蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 5个数据集，5,000,000个细胞，51种细胞类型 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学，多组学检测 | NA | NA |