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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4781 | 2025-10-06 |
Innovative Single-Cell Sequencing Techniques for B-Cell Analysis and Their Implications for Rational HIV-1 Vaccine Design
2025-Jul-01, Current HIV research
IF:0.8Q4
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在B细胞分析中的最新进展及其对HIV-1疫苗设计的启示 | 通过单细胞技术实现B细胞免疫库、基因表达和表型的多维度分析,为疫苗设计提供新视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在传染病和疫苗接种背景下B细胞反应分析的应用 | B细胞及其在免疫反应中的动态变化 | 单细胞分析 | HIV-1感染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4782 | 2025-10-06 |
Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications
2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04119-8
PMID:40586903
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义 | 首次在结直肠癌中鉴定出三个功能各异的肥大细胞亚群,并发现它们分别具有促肿瘤和抗肿瘤的不同功能特征 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系 | 结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,生物信息学分析 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 40例结直肠癌肿瘤样本的单细胞数据,整合HMU、GEO和TCGA队列的bulk RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4783 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors
2025-Jun-30, Head and neck pathology
DOI:10.1007/s12105-025-01815-w
PMID:40586978
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研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和空间转录组学分析头颈部鳞状细胞癌中B7-H4的表达特征及其作为免疫检查点抑制剂新靶点的潜力 | 发现B7-H4与PD-L1在头颈部鳞状细胞癌中呈现互斥表达模式,并证实B7-H4阳性与CD8+T细胞浸润减少相关 | 样本量有限(空间转录组分析仅6例),需要更大规模研究验证 | 探索B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的表达特征及其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 头颈部鳞状细胞癌患者组织样本(94例HNSCC、94例相邻鳞状上皮内瘤变、69例正常口腔黏膜) | 数字病理 | 头颈部鳞状细胞癌 | 免疫组织化学, 空间转录组学 | NA | 组织图像, 基因表达数据 | 257个组织样本(94 HNSCC, 94 SIN, 69 NOM),其中6例进行空间转录组分析 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4784 | 2025-10-06 |
Low-dose radiotherapy enhances the efficacy of PD-L1 blockade and induces the abscopal effect
2025-Jun-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011487
PMID:40588370
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研究论文 | 本研究证明低剂量放疗联合PD-L1阻断疗法能增强免疫检查点抑制剂在远处未照射肿瘤中的疗效并诱导远隔效应 | 首次系统比较低剂量与高剂量放疗联合PD-L1阻断的疗效,并揭示肿瘤相关巨噬细胞在远隔效应中的关键作用机制 | 研究仅使用小鼠肿瘤模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索低剂量放疗联合PD-L1阻断疗法在癌症治疗中的协同作用机制 | 免疫健全小鼠携带的MC38和CT26 murine肿瘤模型 | 癌症免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序,肿瘤生长监测,巨噬细胞清除实验 | 动物模型 | 基因表达数据,肿瘤生长数据 | 多个小鼠肿瘤模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4785 | 2025-10-06 |
Peritoneal cavity-derived GATA6+ macrophages inhibit fibrosis through IL33 in endometrium
2025-Jun-29, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.06.088
PMID:40592367
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现腹膜腔来源的GATA6+巨噬细胞通过IL33抑制子宫内膜纤维化 | 首次鉴定子宫内膜中GATA6+巨噬细胞亚群,揭示其来源于腹膜腔大腹膜巨噬细胞并通过Lars-Fos信号轴激活IL33表达抑制纤维化 | NA | 探索子宫内膜巨噬细胞亚群的来源和功能机制 | 正常子宫内膜和宫腔粘连患者的子宫内膜组织 | 单细胞生物学 | 宫腔粘连 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4786 | 2025-10-06 |
The progress and trends of the mechanism of cardiopulmonary bypass-associated acute lung injury: A narrative review
2025-Jun-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000043019
PMID:40587734
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综述 | 本文综述了体外循环相关急性肺损伤机制的研究进展与趋势 | 提出未来应聚焦炎症关键靶点并探索基因编辑和单细胞测序等先进技术 | 多年未取得突破性进展,导致管理策略和临床措施停滞 | 揭示体外循环相关急性肺损伤的潜在机制并寻找有效防治策略 | 心脏直视手术患者 | 医学研究 | 心血管疾病 | 基因编辑, 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
4787 | 2025-10-06 |
Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes
2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426339122
PMID:40526717
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研究论文 | 本研究揭示了Sp140L作为疱疹病毒限制因子的功能,通过抑制病毒转录和激活干扰素刺激基因来抵御病毒感染 | 首次发现灵长类特异性蛋白Sp140L作为疱疹病毒限制因子,并揭示其通过连接病毒DNA感知与转录抑制来实现干扰素非依赖性先天免疫应答的新机制 | 研究主要聚焦于EB病毒和疱疹病毒saimiri,对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证 | 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制以及宿主限制因子的作用机制 | EB病毒感染的B细胞和疱疹病毒saimiri ORF3蛋白 | 病毒学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 基因表达数据 | EBNA-LP敲除感染的B细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4788 | 2025-10-06 |
Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status
2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s43046-025-00284-0
PMID:40484892
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研究论文 | 本研究通过分析胸膜间皮瘤患者的转录组数据,探讨NF2基因突变状态对肿瘤生物学特征和免疫微环境的影响 | 首次系统揭示NF2突变在胸膜间皮瘤中通过改变免疫细胞浸润、细胞因子信号传导和化疗敏感性影响肿瘤微环境的机制 | 样本量相对有限(82例),且为回顾性分析,需要进一步实验验证 | 阐明NF2基因突变对胸膜间皮瘤肿瘤生物学行为和治疗反应的影响 | 82例胸膜间皮瘤患者肿瘤样本 | 癌症基因组学 | 胸膜间皮瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 逻辑回归模型,差异表达分析,功能富集分析 | 转录组数据,临床数据 | 82例胸膜间皮瘤病例 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
4789 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts
2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.6.83
PMID:40576432
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了兔眼巩膜发育过程的细胞图谱,揭示了成纤维细胞的异质性和细胞间通讯网络 | 首次构建兔巩膜发育的单细胞转录组图谱,发现成纤维细胞亚型异质性、ECM重塑机制和跨物种保守特征 | 仅使用新西兰兔作为研究对象,样本时间点有限 | 阐明巩膜发育过程中成纤维细胞的异质性、分化轨迹和细胞间通讯 | 新西兰兔巩膜组织 | 单细胞转录组学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序 | VIA, CellChat, AUCell, CACIMAR, hdWGCNA | 单细胞转录组数据 | 胚胎期25天和出生后7天、21天、180天四个发育阶段的兔巩膜组织 | BGI | 单细胞RNA测序 | BGISEQ-2000, DNBelab C Series Kit | DNBelab C系列单细胞RNA测序建库试剂盒,BGISEQ-2000测序平台 |
4790 | 2025-10-06 |
Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases
2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae688
PMID:39672802
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验揭示了系统性硬化症及相关风湿性疾病中巨噬细胞通过高表达Fcγ受体增强吞噬活性和促炎反应的机制 | 首次在系统性硬化症中鉴定出FCGR3Ahi皮肤巨噬细胞和FCN1hi肺巨噬细胞的促吞噬表型,并证实FcγRI和FcγRII是驱动吞噬活性和IL-6炎症的关键因素 | 研究样本来源有限,主要依赖公共数据库和体外培养模型,缺乏在体功能验证 | 探究系统性硬化症及相关风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型及其分子机制 | 健康对照和系统性硬化症、类风湿关节炎、银屑病关节炎、中轴型脊柱关节炎患者的皮肤、肺组织巨噬细胞及单核源性巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 系统性硬化症及相关风湿性疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, Western blot, RT-qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质印迹数据, 基因表达数据 | 使用公共数据集GSE138669/GSE212109,包含健康对照和SSc患者的皮肤和肺巨噬细胞;体外培养来自多种风湿病患者CD14+单核细胞分化的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4791 | 2025-10-06 |
Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3
2025-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf035
PMID:40184040
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子Batf3通过促进肺驻留记忆CD4+T细胞发育来调控过敏性气道炎症的机制 | 首次发现Batf3缺陷小鼠缺乏表达Cxcr6的肺驻留CD4+T细胞亚群,并证明该转录因子对过敏原特异性CD4+记忆T细胞在肺脏积累的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;长期哮喘模型的分子机制仍需进一步探索 | 探究肺脏驻留记忆T细胞积累的细胞和分子机制 | 小鼠肺脏CD4+驻留记忆T细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Batf3缺陷小鼠和对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4792 | 2025-10-06 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因标记技术揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的机制 | 首次系统阐明了心脏成纤维细胞在发育过程中通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制 | 研究主要聚焦于发育阶段,对成年心脏中成纤维细胞功能的验证相对有限 | 探究心脏成纤维细胞在心脏发育过程中对心肌和血管系统的调控作用 | 小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心脏发育缺陷 | 单细胞mRNA测序(scRNA-seq), RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 单细胞转录组数据, 组织染色图像 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4793 | 2025-10-06 |
Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618
PMID:40279247
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研究论文 | 本研究揭示了病理α-突触核蛋白通过失调m6A甲基转移酶METTL3驱动小胶质细胞神经炎症的机制 | 首次发现METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中表达上调并发挥关键调控作用 | 未明确METTL3调控神经炎症的具体下游分子机制 | 探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制 | 人源小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者尸检组织 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 亚细胞定位研究, 功能分析 | NA | RNA测序数据, 蛋白质定位数据 | 人源细胞模型和神经退行性疾病患者尸检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4794 | 2025-10-06 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
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研究论文 | 开发了一种多界遗传条形码系统CloneSelect,可通过CRISPR碱基编辑实现特定表型细胞克隆的精准分离 | 首创多界遗传条形码系统,利用barcode特异性CRISPR碱基编辑触发报告基因表达来实现目标克隆分离 | NA | 开发能够从复杂细胞群体中分离特定表型细胞克隆的技术方法 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 生物技术 | NA | DNA条形码标记、CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据、表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4795 | 2025-10-06 |
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564177
PMID:37961650
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研究论文 | 本研究通过工程化小鼠延迟愈合模型,揭示了机械不稳定性通过免疫-纤维化轴驱动长骨再生障碍的机制 | 开发了可调节髓内钉模型模拟人类肥大性骨不连,首次建立机械不稳定性与免疫-基质细胞互作的直接联系 | 动物模型仍需进一步验证与人类临床情况的一致性 | 探究机械不稳定性对骨再生障碍的免疫学机制 | 小鼠长骨骨折模型 | 骨再生生物学 | 骨不连/骨折愈合障碍 | 空间转录组学,系统性免疫分析,生物力学测试 | 多变量建模 | 基因表达数据,免疫细胞表型数据,生物力学数据 | 未明确具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4796 | 2025-10-06 |
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf298
PMID:40579791
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据的两阶段插补方法scTsI,有效处理丢失事件并提升下游分析性能 | 开发两阶段插补算法,第一阶段利用邻近细胞和基因信息插补零值,第二阶段通过脊回归和批量RNA-seq数据约束调整插补值,保持高表达值不变且避免引入新噪声 | 未明确说明方法在极稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 脊回归 | 基因表达矩阵 | 多种模拟和真实数据集 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4797 | 2025-10-06 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
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研究论文 | 提出DeepExDC方法用于单细胞Hi-C数据中A/B区室差异分析 | 开发首个可解释的一维卷积神经网络,用于单细胞水平全基因组范围的染色质区室变化分析,无需分布假设和差异模式限制 | 单细胞水平区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 分析不同条件下单细胞基因组区室化变化 | 单细胞Hi-C数据中的A/B染色质区室 | 计算生物学 | NA | 单细胞Hi-C,scRNA-seq,scATAC-seq | 1D CNN | Hi-C接触矩阵 | NA | NA | 单细胞Hi-C,单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
4798 | 2025-10-06 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
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综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法,重点讨论了数据分析挑战和算法进展 | 系统梳理了单细胞动态数据分析的四大关键任务,并展望了生物技术与人工智能算法融合的前景 | 作为综述文章,未涉及具体实验验证和原始数据分析 | 探讨单细胞动态数据的计算分析方法及其在生命机制研究中的应用 | 单细胞动态测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4799 | 2025-10-06 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
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研究论文 | 提出了一种基于单调深度学习框架的保序批次效应校正方法 | 在批次效应校正方法中首次引入保序特性,通过单调深度学习网络保持基因表达数据的原始顺序关系 | 未提及方法的具体计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发具有保序特性的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4800 | 2025-10-06 |
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573739
PMID:38260586
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研究论文 | 提出一种名为SORBET的几何深度学习框架,用于分析空间转录组学和蛋白质组学数据以实现可解释的样本分类 | 首个在空间转录组学数据上进行表型预测的方法,采用图卷积网络直接分析完整空间剖面数据,无需将细胞特征压缩为有限注释 | NA | 通过整合空间信息和多重分子数据来准确预测表型,特别是在临床环境中 | 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 | 空间组学 | 黑色素瘤,非小细胞肺癌,结直肠癌 | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 图卷积网络(GCN) | 空间分子数据 | NA | Nanostring, Fluidigm, Akoya Biosciences | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | CosMx, Imaging Mass Cytometry(IMC), CODEX | CosMx空间转录组学平台, Imaging Mass Cytometry技术, CODEX共检测索引技术 |