单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4781	2025-01-31	From Genes to Clinical Practice: Exploring the Genomic Underpinnings of Endometrial Cancer 2025-Jan-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020320 PMID:39858102	综述	本文探讨了子宫内膜癌（EC）的基因组基础，从基因到临床实践的转化	整合了单细胞基因组学和空间转录组学等多组学技术，提供了识别新型生物标志物和治疗靶点的全面视角	患者反应存在变异性，基因组数据整合到临床工作流程中仍存在挑战，以及伦理考虑	探索子宫内膜癌的基因组基础，以改善诊断、治疗和患者预后	子宫内膜癌（EC）	基因组学	子宫内膜癌	单细胞基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据	NA
4782	2025-01-31	Integrative Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies a Macrophage-Related Prognostic Signature for Predicting Prognosis and Therapy Responses in Colorectal Cancer 2025-Jan-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020811 PMID:39859524	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，并构建了一个由15个具有预后价值的巨噬细胞相关基因组成的预后标志物（MRPS），用于预测结直肠癌患者的预后和治疗反应	整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个新的巨噬细胞相关预后标志物（MRPS），并验证了其在多个数据集中的预测性能，同时揭示了其在巨噬细胞分化中的潜在作用	研究未明确说明样本的具体来源和数量，且未进行大规模临床试验验证MRPS的临床应用效果	识别与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，构建预后标志物以预测患者预后和治疗反应	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	机器学习框架	RNA测序数据	NA
4783	2025-01-31	Novel Assignment of Gene Markers to Hematological and Immune Cells Based on Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020805 PMID:39859519	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，研究了人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并开发了一种优化的计算工作流程来分析大规模单细胞RNA测序数据集	开发了一种优化的计算工作流程，用于分析大规模单细胞RNA测序数据集，并提出了新的基因标记来区分特定的细胞类型	未提及具体的研究局限性	研究人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并找到最佳的基因标记来定义每个细胞群体	骨髓和外周血中的不同细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林（Random Forest）	单细胞RNA测序数据	分析了三个不同的单细胞数据集
4784	2025-01-31	Cellular Senescence in Hepatocellular Carcinoma: Immune Microenvironment Insights via Machine Learning and In Vitro Experiments 2025-Jan-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020773 PMID:39859485	研究论文	本研究通过机器学习和体外实验探讨了肝细胞癌（HCC）中细胞衰老在免疫微环境中的作用	利用三种机器学习方法（KNN、SVM、RF）识别了八个关键的HCC细胞衰老标志物（HCC-CSMs），并通过单细胞RNA测序数据研究了免疫微环境	研究主要基于体外实验和机器学习模型，尚未进行大规模临床验证	探讨细胞衰老在HCC免疫微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境	机器学习	肝癌	RNA干扰、单细胞RNA测序、共培养实验	KNN、SVM、RF	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体外实验和单细胞RNA测序数据
4785	2025-01-31	Primitive to visceral endoderm maturation is essential for mouse epiblast survival beyond implantation 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111671 PMID:39868030	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胚胎植入后原始内胚层向内脏内胚层转变的分子机制及其对胚胎外胚层存活的重要性	揭示了BMP信号通路的激活和Sox7表达的短暂增加在原始内胚层向内脏内胚层转变中的关键作用，并发现Hnf1b基因缺陷导致的内脏内胚层发育延迟和营养运输途径的严重失调	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他哺乳动物或人类胚胎	探讨小鼠胚胎植入后原始内胚层向内脏内胚层转变的分子机制及其对胚胎外胚层存活的影响	小鼠胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	胚胎日龄5.0的小鼠胚胎
4786	2025-01-31	Investigation of Exome-Wide Tumor Heterogeneity on Colorectal Tissue-Based Single Cells 2025-Jan-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020737 PMID:39859451	研究论文	本文通过单细胞测序工作流程研究了结直肠癌组织中的肿瘤异质性	首次在单细胞水平上研究结直肠癌的肿瘤异质性，并比较了全外显子组测序、cfDNA测序和单细胞测序方法的性能	研究局限于结直肠癌组织，未涉及其他类型的癌症	研究结直肠癌组织中的肿瘤异质性模式	健康结肠组织、肿瘤相关正常组织和结直肠癌组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、全外显子组测序、cfDNA测序	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及健康结肠组织、肿瘤相关正常组织和结直肠癌组织
4787	2025-01-31	SwarmMAP: Swarm Learning for Decentralized Cell Type Annotation in Single Cell Sequencing Data 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632775 PMID:39868099	研究论文	本文介绍了SwarmMAP，一种使用Swarm Learning在单细胞测序数据中分散训练机器学习模型进行细胞类型分类的方法	SwarmMAP采用Swarm Learning技术，在不交换原始数据的情况下，实现了跨数据集的细胞类型注释标准化和自动化	NA	开发一种隐私保护的方法，用于标准化和自动化单细胞测序数据中的细胞类型注释	人类心脏、肺和乳腺的单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序	Swarm Learning	单细胞测序数据	人类心脏、肺和乳腺数据集
4788	2025-01-31	PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway in alveolar macrophages: Mechanisms of lipid dysregulation and therapeutic targets in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e41628 PMID:39866448	研究论文	本文研究了肺泡巨噬细胞中的PPARG/SPP1/CD44信号通路在特发性肺纤维化（IPF）中的脂质代谢失调机制及其治疗靶点	提出了肺泡巨噬细胞中PPARG/SPP1/CD44信号通路的新机制，并发现了几种靶向PPARG的草药化合物作为潜在治疗机会	研究主要基于RNA-seq数据分析，缺乏实验验证	探讨特发性肺纤维化（IPF）中脂质代谢失调的分子机制及其治疗靶点	肺泡巨噬细胞（AMs）	机器学习和生物信息学	特发性肺纤维化（IPF）	RNA-seq	机器学习	RNA-seq数据	12个bulk RNA-seq数据集和2个单细胞RNA-seq数据集
4789	2025-01-31	The Progression of Mycosis Fungoides During Treatment with Mogamulizumab: A BIO-MUSE Case Study of the Tumor and Immune Response in Peripheral Blood and Tissue 2025-Jan-14, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010186 PMID:39857770	研究论文	本文通过BIO-MUSE试验的一个案例研究，探讨了在Mogamulizumab治疗期间蕈样肉芽肿（MF）的进展，并揭示了疾病进展相关的独特分子特征	结合组织和血液的多组学分析，揭示了疾病进展的分子机制，并提出了恶性克隆和免疫反应共同研究的策略	研究仅基于一个患者的案例，样本量有限，可能无法推广到所有MF患者	探索蕈样肉芽肿（MF）在治疗期间的进展机制，以改善患者预后和精准医学的发展	一名蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	蕈样肉芽肿	10×基因组学单细胞RNA测序、T细胞受体测序、GeoMx数字空间分析	NA	RNA测序数据、空间分析数据	一名患者的多个时间点的血液和组织样本
4790	2025-01-31	Debiasing Sinkhorn divergence in optimal transport of cellular dynamics 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632566 PMID:39868085	研究论文	本文通过最优传输算法分析单细胞RNA-seq数据，探讨细胞分化、谱系决定和重编程的发育机制，并利用Sinkhorn散度平衡算法偏差	提出使用Sinkhorn散度来平衡最优传输算法中的熵正则化偏差，从而改善细胞动态轨迹的预测	Sinkhorn散度的有效性依赖于时间点的稀疏性，对于某些特定细胞类型或时间点稀疏的情况，其优势不明显	研究单细胞RNA-seq数据中细胞动态的最优传输问题，并优化其预测准确性	小鼠胚胎成纤维细胞和表皮形态发生的单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq分析	最优传输算法	单细胞RNA-seq数据	涉及小鼠胚胎成纤维细胞和表皮形态发生的单细胞数据，具体样本规模未明确说明
4791	2025-01-31	Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632860 PMID:39868116	研究论文	本文通过细菌单细胞RNA测序技术，研究了人类病原菌在噬菌体感染下的转录组变化，揭示了细菌群体中不同细胞对噬菌体感染的异质性反应	首次在单细胞水平上量化了噬菌体感染的异步进程，并重建了感染时间线，发现了未感染细菌亚群及其保护性宿主因子	研究仅限于一种人类病原菌和一种裂解性噬菌体，未涉及其他细菌或噬菌体类型	探究细菌群体中个体细胞对噬菌体感染的异质性防御机制及其组合效应	人类病原菌及其在噬菌体感染下的单细胞转录组	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约50,000个细胞
4792	2025-01-31	Single-Cell RNA-Seq Uncovers Robust Glial Cell Transcriptional Changes in Methamphetamine-Administered Mice 2025-Jan-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020649 PMID:39859365	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了甲基苯丙胺对小鼠胶质细胞转录组的深远影响	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析甲基苯丙胺对小鼠皮质区域胶质细胞转录组的影响，揭示了多个关键通路和转录因子的显著失调	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未探讨这些转录变化对神经功能的直接影响	探讨甲基苯丙胺如何破坏胶质细胞功能，并参与神经发育和神经退行性过程	小鼠皮质区域的胶质细胞	生物信息学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4000个胶质细胞相关基因的转录组数据
4793	2025-01-28	Identifying MTHFD1 and LGALS4 as Potential Therapeutic Targets in Prostate Cancer Through Multi-Omics Mendelian Randomization Analysis 2025-Jan-13, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13010185 PMID:39857769	研究论文	本研究通过多组学孟德尔随机化分析，识别出MTHFD1和LGALS4作为前列腺癌的潜在治疗靶点	首次通过整合eQTL和pQTL数据，结合多种MR分析方法，识别出MTHFD1和LGALS4作为前列腺癌的潜在治疗靶点，并在多组学水平上提供了证据	需要未来的实验来评估这些候选蛋白的实用性和有效性	改善前列腺癌的诊断和治疗前景，通过药物靶点筛选	前列腺癌	生物信息学	前列腺癌	eQTL分析, pQTL分析, 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据	eQTLGen Consortium, UK Biobank Proteome Plasma Proteins (UKB-PPP), deCODE health datasets, TCGA, GSE176031数据集
4794	2025-01-28	Exploring RNA-Seq Data Analysis Through Visualization Techniques and Tools: A Systematic Review of Opportunities and Limitations for Clinical Applications 2025-Jan-12, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010056 PMID:39851330	综述	本文系统回顾了RNA测序数据分析中的可视化技术和工具，探讨了其在临床应用中的机会和限制	提供了RNA-seq数据可视化技术和工具的全面概述，特别是针对不同类型RNA-seq数据的可视化方法	仅包括2017年至2024年间发表的英文全文研究，可能遗漏了其他语言或更早期的重要研究	探讨RNA-seq数据可视化技术在临床推理中的应用及其潜力	RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	126项研究，其中33项符合纳入标准
4795	2025-01-28	Identification of Downregulated MECR Gene in Parkinson's Disease Through Integrated Transcriptomic Analysis and Validation 2025-Jan-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020550 PMID:39859268	研究论文	本研究通过整合转录组分析，识别了与帕金森病相关的脂质代谢基因，并验证了MECR基因的下调	首次整合微阵列和单细胞RNA测序数据，识别并验证了MECR基因在帕金森病中的下调，并探索了其潜在的治疗途径	研究结果需要进一步的实验验证和临床研究来确认其治疗潜力	识别与帕金森病相关的脂质代谢基因，并探索其治疗潜力	帕金森病患者和健康对照的转录组数据	生物信息学	帕金森病	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习算法	转录组数据	帕金森病患者和健康对照的样本
4796	2025-01-31	Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models 2025-Jan-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020204 PMID:39857986	研究论文	本文研究了在胰腺导管腺癌（PDAC）模型中，通过阻断LIF和PD-L1结合化疗来增强治疗效果	首次评估了化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在PDAC模型中的抗肿瘤效果，并发现该联合疗法显著提高了治疗效果	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	探索化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在PDAC中的抗肿瘤效果	胰腺导管腺癌（PDAC）模型	癌症研究	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据、基因表达数据	临床前PDAC模型
4797	2025-01-31	CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data 2025-Jan-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739 PMID:39788105	研究论文	本文介绍了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于在单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序	CSI-GEP方法在真实和模拟的单细胞RNA测序数据集中能够恢复真实的基因表达程序，显著优于包括基于GPT的神经网络在内的前沿方法	NA	开发一种可扩展且一致的无监督学习方法，用于单细胞RNA测序数据的基因表达程序恢复	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督学习	单细胞RNA测序数据	220万个小鼠脑细胞和人类肿瘤及细胞系的整合单细胞RNA测序图谱
4798	2025-01-31	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的丢失事件问题	CCI方法通过基因采样子集进行聚类，并利用相似细胞的信息来插补基因表达水平，提高了下游分析的性能	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下缺乏鲁棒性	解决scRNA-seq数据中的丢失事件问题，提高数据插补的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	scRNA-seq	共识聚类	基因表达数据	NA
4799	2025-01-31	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本文通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，该机制由一个顺式调控元件决定	揭示了Capsella果实形状决定的分子机制，发现了一个由生长素诱导的机制，并确定了一个关键的顺式调控元件	研究主要集中于Capsella果实，可能不适用于其他植物或器官的形态发生	研究Capsella果实形状决定的分子机制	Capsella果实	植物生物学	NA	全器官活细胞成像, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	图像, RNA序列数据	NA
4800	2025-01-31	Ex Vivo Regional Gene Therapy Compared to Recombinant BMP-2 for the Treatment of Critical-Size Bone Defects: An In Vivo Single-Cell RNA-Sequencing Study 2025-Jan-01, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010029 PMID:39851303	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了区域基因治疗与重组BMP-2在治疗临界大小骨缺损中的效果	首次使用单细胞RNA测序技术分析了区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的细胞和转录机制差异	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	比较区域基因治疗与重组BMP-2在骨再生中的效果及其机制	六只大鼠的临界大小股骨缺损	数字病理	骨缺损	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	六只大鼠，每组2393个过滤细胞