单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4781	2025-02-02	Single-cell sequencing has revealed a more complex array of thymic epithelial cells 2024-10, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2024.106904 PMID:39117004	综述	本文综述了单细胞测序在揭示胸腺上皮细胞分类中的最新见解，包括正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	利用单细胞测序技术揭示了胸腺上皮细胞的更复杂分类，特别是在正常和肿瘤胸腺中的细胞类型	NA	探讨单细胞测序在胸腺上皮细胞分类中的应用	胸腺上皮细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
4782	2025-02-02	Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla 2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024 PMID:38918066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，创建了小鼠腹外侧延髓（VLM）细胞的全面数据集，揭示了VLM中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织	首次通过单细胞RNA测序技术，系统地识别了VLM中23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型，并验证了脊髓投射神经元的丰富性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	揭示腹外侧延髓（VLM）中神经元和星形胶质细胞的分子和细胞组织，以更好地理解VLM在重要功能和运动控制中的作用	小鼠腹外侧延髓（VLM）中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	114,805个VLM细胞
4783	2025-02-02	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-Dec, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本文介绍了一种高通量单细胞RNA表达谱分析方法，用于识别人类周细胞标记物	使用了一种名为EasySci的高通量、低成本单细胞转录组测序方法，识别了人类周细胞的特异性基因标记物，并验证了这些标记物在人类脑组织中的表达	在其他人类器官（如肾脏、肺、肝脏、肌肉）中，免疫组织化学未显示出相同的周细胞样染色模式	识别和优化一种普遍可用的组织学标记物，用于人类脑中的周细胞	人类和小鼠脑组织中的周细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（EasySci）、免疫印迹、免疫组织化学	NA	RNA表达谱、免疫组织化学图像	人类和小鼠脑组织样本，以及其他人类器官（肾脏、肺、肝脏、肌肉）的探索性样本
4784	2025-02-02	Genetic control of the dynamic transcriptional response to immune stimuli and glucocorticoids at single-cell resolution 2023-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.276765.122 PMID:37442575	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了96名非裔美国儿童外周血单核细胞对糖皮质激素的转录反应动态	提出了新的统计方法来计算基因表达变异性的均值独立度量，并基于对角线性判别分析开发了基因表达反应动态的新度量	研究样本仅限于非裔美国儿童，可能限制了结果的普适性	研究糖皮质激素对免疫刺激的转录反应的动态调控机制	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞	基因组学	免疫相关疾病	单细胞RNA测序	对角线性判别分析	单细胞RNA测序数据	96名非裔美国儿童的外周血单核细胞
4785	2025-02-02	Systematic Comparison of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Models Identifies a Conserved Highly Plastic Basal Cell State 2022-Oct-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1742 PMID:35952360	研究论文	本文通过单细胞基因组学方法，研究了胰腺导管腺癌（PDAC）在不同生长条件下的细胞异质性，发现了一种高度可塑性的基底细胞状态	揭示了PDAC中基底细胞状态的高度可塑性及其在促进肿瘤内异质性中的作用	研究主要依赖于体外和体内模型，可能无法完全反映人类PDAC的复杂性	理解PDAC中细胞多样性的机制	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞基因组学	NA	单细胞转录组数据	多种体外和体内模型
4786	2025-02-01	Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer 2025-Jan-30, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374 PMID:39884837	研究论文	本研究揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）分子亚型身份的转录调控机制，特别是糖皮质激素受体（GR）激动剂通过GATA6抑制经典转录程序的作用	发现了GR激动剂通过与GATA6相互作用抑制经典转录程序的新机制，并利用多种高通量测序技术揭示了GATA6在调控经典特异性转录中的作用	研究主要依赖于体外实验和单细胞测序数据，尚未在临床环境中验证GR激动剂的治疗效果	揭示PDAC分子亚型身份的转录调控机制	胰腺导管腺癌（PDAC）的经典和基底分子亚型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq、dCas9	NA	RNA-seq、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq	NA
4787	2025-02-01	Roles of central nervous system resident and recruited macrophages in the brain barrier system 2025-Jan-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00986 PMID:39885670	综述	本文综述了大脑屏障系统中巨噬细胞的起源、发育、重要分子和功能，特别是小胶质细胞和边界相关巨噬细胞	强调了单细胞测序技术和重要细胞标志物的进展，展望了未来研究大脑屏障系统中驻留和招募巨噬细胞的先进方法	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献进行综述	探讨大脑屏障系统中巨噬细胞的作用及其在神经免疫学中的重要性	大脑屏障系统中的巨噬细胞，包括小胶质细胞和边界相关巨噬细胞	神经免疫学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
4788	2025-02-01	Single-cell transcriptomics of bronchoalveolar lavage during PRRSV infection with different virulence 2025-Jan-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54676-2 PMID:39875369	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，评估了不同毒力PRRSV感染期间支气管肺泡灌洗液中免疫细胞组成的变化及其临床结果	揭示了高毒力和中等毒力PRRSV感染在肺损伤时间点、免疫细胞组成变化及机制上的差异，特别是发现了抗炎M2样巨噬细胞在肺恢复中的作用	研究主要关注PRRSV感染，结果可能不直接适用于其他呼吸道病毒感染	理解PRRSV不同毒力水平对免疫细胞组成和临床结果的影响，以促进疾病管理和疫苗开发	支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	生物信息学	猪繁殖与呼吸综合征	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4789	2025-02-01	RASGRF2 as a potential pathogenic gene mediating the progression of alcoholic hepatitis to alcohol-related cirrhosis and hepatocellular carcinoma 2025-Jan-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01853-4 PMID:39875737	研究论文	本研究通过多转录组数据库分析，确定了酒精性肝炎（AH）和肝细胞癌（HCC）之间的潜在共享基因，并验证了RASGRF2作为核心共享基因的作用	首次通过多转录组数据库和机器学习算法筛选出AH和HCC之间的共享基因，并验证了RASGRF2在AH向酒精性肝硬化（AC）和HCC进展中的致病作用	研究主要依赖于转录组数据和体外实验，缺乏体内实验验证	确定AH和HCC之间的共享基因，并验证其在疾病进展中的作用	酒精性肝炎（AH）、酒精性肝硬化（AC）和肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝细胞癌	转录组分析、免疫浸润分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	机器学习算法	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	多个转录组数据库和独立验证队列的数据
4790	2025-02-01	Prognostic models of immune-related cell death and stress unveil mechanisms driving macrophage phenotypic evolution in colorectal cancer 2025-Jan-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06143-9 PMID:39875913	研究论文	本文构建了一个与免疫相关的细胞死亡和应激（ICDS）预后模型，揭示了肿瘤细胞通过铜死亡下调GAL3ST4表达以抑制M2样巨噬细胞极化的机制	首次构建了ICDS预后模型，并揭示了肿瘤细胞通过铜死亡调控巨噬细胞极化的新机制	研究主要基于转录组数据，缺乏更多实验验证	揭示结直肠癌中免疫细胞浸润、程序性细胞死亡和应激之间的复杂相互作用，以指导治疗策略和改善患者预后	结直肠癌患者的转录组数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、生化实验	机器学习模型	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的大量结直肠癌样本
4791	2025-02-01	UBE2J1 is identified as a novel plasma cell-related gene involved in the prognosis of high-grade serous ovarian cancer 2025-Jan-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06135-9 PMID:39876019	研究论文	本研究通过单细胞测序数据识别了高浆液性卵巢癌（HGSOC）中的关键免疫细胞类型，并揭示了UBE2J1作为HGSOC的新型预后标志物和致癌基因	首次将UBE2J1识别为HGSOC的新型预后标志物和致癌基因，揭示了其在细胞增殖、侵袭、迁移和肿瘤生长中的关键作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立验证队列	识别HGSOC中的关键免疫细胞标志物并探索其在肿瘤进展和治疗反应中的作用	高浆液性卵巢癌（HGSOC）患者和细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、CCK-8、Transwell、克隆形成、伤口愈合、免疫荧光和体内肿瘤生长实验	NA	单细胞测序数据、批量测序数据	来自GEO和TCGA数据库的HGSOC样本
4792	2025-02-01	Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-Jan-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了Ush2a基因敲除小鼠模型，并进行了听觉脑干反应测试、视网膜电图、HE染色和视网膜单细胞RNA测序，以探索Usher综合征中视网膜退化的机制	成功构建了Ush2a基因敲除小鼠模型，并首次通过单细胞RNA测序构建了视网膜细胞的初步调控图谱	在20个月大的Ush2a基因敲除小鼠中未发现明显的视网膜形态和电生理表型	探索Usher综合征中视网膜退化的分子机制	Ush2a基因敲除小鼠和野生型小鼠	遗传学	Usher综合征	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	Ush2a基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	Ush2a基因敲除小鼠和野生型小鼠
4793	2025-02-01	Integrating representation learning, permutation, and optimization to detect lineage-related gene expression patterns 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56388-7 PMID:39870610	研究论文	本文开发了一种名为PORCELAN的方法，用于识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，并应用于小鼠肺癌模型和胚胎发育的单细胞RNA测序数据	PORCELAN方法结合了表示学习、排列和优化技术，能够识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，为研究细胞状态记忆提供了新工具	方法主要应用于小鼠模型和C. elegans的胚胎发育数据，尚未在更广泛的生物系统中验证	研究细胞谱系相关的基因表达模式，特别是在肺癌进展和胚胎发育中的细胞状态记忆	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	表示学习、排列和优化	单细胞RNA测序数据	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育数据
4794	2025-02-01	Computational Identification of Migrating T cells in Spatial Transcriptomics Data 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619870 PMID:39484480	研究论文	本研究开发了一种名为ReMiTT的计算方法，利用空间转录组数据追踪T细胞在肿瘤组织中的迁移模式	ReMiTT方法首次利用空间转录组数据追踪T细胞迁移，揭示了迁移路径上的关键基因和通路	研究主要基于计算模型，缺乏实验验证	研究T细胞在肿瘤微环境中的迁移模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	T细胞	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	ReMiTT	空间转录组数据	多个肿瘤样本
4795	2025-02-01	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	本文介绍了EukPhylo v1.0，一个模块化、用户友好的工具包，用于通过系统发育信息的数据整理和分析多样化的真核生物谱系	EukPhylo v1.0提供了一个模块化的管道，能够通过系统发育信息进行污染去除、同源基因家族估计以及多序列比对和基因树的生成，解决了微真核生物特别是不可培养谱系在系统发育分析中的挑战	尽管EukPhylo v1.0在数据整理和分析方面表现出色，但其依赖于用户提供的基因家族数据集，可能限制了其在某些特定研究中的适用性	旨在通过开发EukPhylo v1.0工具包，改进真核生物系统发育分析的数据整理和分析方法	多样化的真核生物、细菌和古菌	生物信息学	NA	单细胞测序、系统发育分析	NA	基因序列数据	1,000种多样化的真核生物、细菌和古菌
4796	2025-02-01	The Role of Dectin-1-Akt-RNF146 Pathway in β-Glucan Induced Immune Trained State of Monocyte in Sepsis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482213 PMID:39881796	研究论文	本文探讨了Dectin-1-Akt-RNF146通路在β-葡聚糖诱导的单核细胞免疫训练状态中的作用，特别是在脓毒症中的应用	揭示了RNF146和Akt在脓毒症免疫抑制期的作用，并发现β-葡聚糖预处理可通过Dectin-1-Akt-mTOR通路逆转免疫抑制，促进免疫训练状态	研究主要基于小鼠模型和细胞系，尚未在人类患者中进行验证	研究脓毒症中免疫训练状态的分子机制及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞、脓毒症小鼠模型及小鼠单核/巨噬细胞系RAW264.7	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠双打击模型、RAW264.7细胞系	RNA测序数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血单核细胞、小鼠模型及RAW264.7细胞系
4797	2025-02-01	Therapeutic potential and mechanisms of umbilical cord mesenchymal stem cells differentiating into tendon cells and promotion of rotator cuff tendon-bone healing 2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering IF:6.7Q1 DOI:10.1177/20417314251315185 PMID:39882545	研究论文	本文探讨了脐带间充质干细胞（UCMSCs）分化为肌腱细胞的机制及其在促进肩袖肌腱-骨愈合中的潜力	通过单细胞测序分析分化过程中的关键细胞亚群和信号通路，并发现Hes1基因的过表达显著促进了UCMSCs向肌腱细胞的分化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	探索UCMSCs分化为肌腱细胞的机制及其在肩袖损伤修复中的应用	脐带间充质干细胞（UCMSCs）和肩袖肌腱损伤	细胞治疗	肩袖损伤	单细胞测序	动物模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
4798	2025-02-01	TNFα has differential effects on the transcriptome profile of selected populations in murine cartilage 2024-Dec, Osteoarthritis and cartilage open DOI:10.1016/j.ocarto.2024.100528 PMID:39494399	研究论文	本文研究了肿瘤坏死因子α（TNFα）对小鼠软骨细胞转录组的影响，特别是在总RNA和单细胞分辨率下的差异	通过单细胞RNA测序技术，揭示了TNFα对不同细胞群体的转录组影响，特别是对炎症反应和基质生物合成的抑制作用	研究仅限于新生C57BL/6小鼠的软骨细胞，可能不适用于其他物种或年龄段的细胞	探讨TNFα在软骨细胞炎症反应中的作用	新生C57BL/6小鼠的软骨细胞	生物信息学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	14,239个细胞和24,320个基因
4799	2025-02-01	Spatial resolution of the head and neck cancer tumor microenvironment to identify tumor and stromal features associated with therapy response 2024-10, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12811 PMID:39048134	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，解析头颈癌肿瘤微环境中的特征，以识别与治疗反应相关的肿瘤和基质特征	首次结合NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler和Akoya PhenoCycler-Fusion技术，对头颈癌肿瘤微环境进行高精度空间转录组和蛋白质组分析，揭示了与免疫治疗反应相关的生物标志物	样本量较小，仅包含12名患者的25个肿瘤核心，可能限制结果的普适性	识别头颈癌肿瘤微环境中与免疫治疗反应相关的生物标志物	头颈癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	头颈癌	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, Akoya PhenoCycler-Fusion	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	12名患者的25个肿瘤核心
4800	2025-02-01	Computational estimation of clonal diversity in autoimmunity 2024-09, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.12801 PMID:39010261	综述	本文综述了当前用于从单细胞T细胞受体和B细胞受体测序中测量多样性的方法，并讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病发现和治疗创新中的突破	讨论了单细胞测序和多样性估计在自身免疫性疾病研究中的应用及其重要性	NA	探讨适应性免疫系统中多样性的测量和解释方法，及其在自身免疫性疾病中的作用	单细胞T细胞受体和B细胞受体测序数据	生物信息学	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	测序数据	NA