单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4781	2025-01-06	CD206+ Trem2+ macrophage accumulation in the murine knee joint after injury is associated with protection against post-traumatic osteoarthritis in MRL/MpJ mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312587 PMID:39752388	研究论文	本文研究了小鼠膝关节损伤后CD206+ Trem2+巨噬细胞的积累与MRL/MpJ小鼠对创伤后骨关节炎的保护作用之间的关系	通过单细胞RNA测序技术，揭示了MRL/MpJ小鼠在创伤后骨关节炎中表现出更强的抗炎反应，特别是CD206+ Trem2+巨噬细胞的富集	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨创伤后骨关节炎（PTOA）发展或消退的分子机制	C57BL/6J（B6）和MRL/MpJ（MRL）小鼠的膝关节	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	C57BL/6J（B6）和MRL/MpJ（MRL）小鼠的膝关节样本
4782	2025-01-06	Uncovering NK cell sabotage in gut diseases via single cell transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0315981 PMID:39752457	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了自然杀伤（NK）细胞在肠道疾病中的破坏作用，并比较了溃疡性结肠炎（UC）和结直肠癌（CRC）的免疫病理反应	首次通过单细胞RNA测序数据集分析了UC和CRC患者结肠组织中的免疫细胞特征，并揭示了UC和CRC中NK细胞介导的免疫反应及其特异性通路	研究样本量未明确说明，且未探讨其他免疫细胞在UC和CRC中的潜在作用	揭示UC和CRC的免疫微环境及NK细胞介导的免疫反应，为免疫治疗提供潜在靶点	健康供体、UC患者和CRC患者的结肠组织	单细胞转录组学	溃疡性结肠炎、结直肠癌	单细胞RNA测序、免疫染色、激光共聚焦显微镜	NA	单细胞RNA测序数据、图像数据	未明确说明
4783	2025-01-06	Macrophage HERC6 Promotes NAFLD: Integrated Analyses of Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptome 2025-Jan-01, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073344957241222151713 PMID:39754760	研究论文	本研究探讨了HERC6相关免疫反应与非酒精性脂肪肝病（NAFLD）之间的关系，并筛选了新型治疗药物	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，揭示了HERC6在NAFLD中的关键作用，并筛选出潜在治疗药物	研究主要依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索HERC6相关免疫反应与NAFLD的关系，并筛选治疗药物	NAFLD患者及肥胖患者的肝脏样本	生物信息学	非酒精性脂肪肝病	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、药物敏感性评估	NA	RNA测序数据	公开数据集GSE168933和GSE83452中的肝脏样本
4784	2025-01-06	Multi-omics approach reveals TGF-β signaling-driven senescence in periodontium stem cells 2024-Dec-30, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.037 PMID:39743213	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了TGF-β信号驱动的牙周膜干细胞衰老机制	首次提供了小鼠颌骨组织的空间转录组图谱，并揭示了DNA甲基化在TGF-β1诱导的牙周膜干细胞衰老中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类牙周膜干细胞，可能需要在更广泛的样本中进行验证	阐明TGF-β1在牙周膜干细胞衰老中的作用及其分子机制，以推动对年龄相关牙周疾病的理解和靶向治疗策略的开发	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞	生物医学	牙周疾病	空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	转录组数据、DNA甲基化数据	小鼠颌骨组织和人类牙周膜干细胞
4785	2025-01-06	Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy 2024-Dec-07, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001 PMID:39653186	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了韧带黄韧带（LF）肥大中的细胞比例和信号通路，揭示了成纤维细胞异质性及向肌成纤维细胞的转分化过程	首次在LF肥大中识别出成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程，并发现了新的信号通路如GAS和GRN	样本量较小，仅来自3名患者，可能限制了结果的普遍性	研究LF肥大的细胞比例和信号通路，以理解其与腰椎管狭窄症（LSCS）的关联	韧带黄韧带（LF）组织	单细胞分析	腰椎管狭窄症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3名患者的LF组织
4786	2025-01-06	Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut 2024-Nov-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919 PMID:39471175	研究论文	本文描述了从人和小鼠的肌间神经节中分离出高度神经源性的胶质细胞，这些细胞在培养和移植到肠道后能够生成功能性神经元	提出了新的分离方法，能够从肌间神经节中富集高度神经源性的肠神经干细胞，相比传统方法生成更高纯度的神经元	NA	研究肠神经干细胞疗法在神经肠道疾病中的应用潜力	人和小鼠的肌间神经节中的肠胶质细胞	神经科学	神经肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人和小鼠的肌间神经节样本
4787	2025-01-06	Online-adjusted evolutionary biclustering algorithm to identify significant modules in gene expression data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae681 PMID:39749664	研究论文	本文提出了一种新的基于进化的双聚类算法OAEVOB，用于高效处理大规模基因表达数据	OAEVOB算法引入了在线调整功能，通过更新突变概率和交叉参数来有效识别显著基因群组	现有算法未解决对不同基因表达数据源的泛化问题	开发一种可靠的创新方法，用于深入分析生物数据并确保基于准确信息做出决策	基因表达数据	机器学习	癌症	DNA微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序	进化算法	基因表达数据	六个来自不同测序数据源的基因表达数据集
4788	2025-01-06	BACT: nonparametric Bayesian cell typing for single-cell spatial transcriptomics data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae689 PMID:39751646	研究论文	本文提出了一种非参数贝叶斯模型BACT，用于单细胞空间转录组数据的细胞类型分析	BACT模型无需预先指定细胞类型数量，能够自动从数据中学习细胞类型数量，并利用非参数Potts先验引入邻近细胞的空间依赖性	NA	解决现有细胞空间聚类方法需要预先指定细胞类型数量的问题	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞空间转录组技术	非参数贝叶斯模型	基因表达数据和空间坐标数据	三个单细胞空间转录组数据集
4789	2025-01-06	scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma 2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae120 PMID:38814679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性，揭示了未成熟的中性粒细胞在严重哮喘炎症中的扩张及其表达中性粒细胞和嗜酸性粒细胞标记物的现象	首次在人类粒细胞中证实了造血灵活性，并揭示了哮喘炎症中未成熟中性粒细胞向嗜酸性粒细胞表型分化的机制	研究主要集中于哮喘患者，未涉及其他疾病状态下的粒细胞行为	探讨人类粒细胞在哮喘炎症中的发育灵活性及其在嗜酸性粒细胞发育和过敏性疾病中的重要性	人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞	生物信息学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及样本数量，但涉及人类骨髓和循环中的中性粒细胞和嗜酸性粒细胞
4790	2025-01-06	Engineered T cell therapy for central nervous system injury 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07906-y PMID:39232158	研究论文	本文探讨了工程化T细胞疗法在中枢神经系统损伤中的应用，通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠和人类脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增及其抗原特异性	利用mRNA基础的T细胞受体重构技术生成工程化瞬时自身免疫T细胞，展示了其在CNS损伤模型中的显著神经保护效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和效果尚需进一步验证	开发针对中枢神经系统损伤的免疫介导细胞疗法	小鼠和人类的脊髓损伤相关T细胞	生物医学工程	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，mRNA基础的T细胞受体重构	NA	RNA序列数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠和人类样本
4791	2025-01-06	MNMST: topology of cell networks leverages identification of spatial domains from spatial transcriptomics data 2024-05-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03272-0 PMID:38783355	研究论文	本文提出了一种多层网络模型MNMST，用于通过联合学习识别空间转录组数据中的空间域	利用细胞网络的拓扑结构精确表征和区分空间域，提高了空间域的识别和可解释性，超越了现有基线方法	未提及具体局限性	提高空间转录组数据中空间域的识别和可解释性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	多层网络模型	空间转录组数据	NA
4792	2025-01-06	Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020276 PMID:37729611	研究论文	本研究通过整合单细胞水平的ATAC-seq和RNA-seq技术，分析了t(11;14)多发性骨髓瘤（MM）的表观遗传调控和转录组特征，并探讨了其对BCL2抑制剂venetoclax的依赖性	首次在原发性MM细胞中整合单细胞ATAC-seq和RNA-seq分析，深入解析了t(11;14) MM的表观遗传调控组和转录组特征及其与venetoclax耐药性的关系	研究主要聚焦于t(11;14) MM，未涵盖其他类型的多发性骨髓瘤	揭示t(11;14)多发性骨髓瘤对BCL2抑制剂的依赖性及其表观遗传调控机制	t(11;14)多发性骨髓瘤患者	表观遗传学	多发性骨髓瘤	ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞测序数据	原发性MM样本
4793	2025-01-06	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胸腺中CD4和CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑	使用单细胞RNA测序技术对小鼠胸腺细胞选择中间体进行分类，揭示了核心受体基因表达的时序模式及其对TCR信号强度的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	理解CD4/CD8谱系选择中核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺细胞选择中间体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
4794	2025-01-05	Spatial transcriptomics in bone mechanomics: Exploring the mechanoregulation of fracture healing in the era of spatial omics 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp8496 PMID:39742473	研究论文	本文介绍了一种基于空间转录组学的“力学组学”平台，用于探索骨折愈合中的机械调控机制	该平台整合了时间序列的体内微计算机断层扫描、空间转录组学和微有限元分析，能够在空间上解析细胞分子特征与其局部体内机械环境的关系	NA	研究骨折愈合过程中细胞对局部机械应力的转录组反应	骨折部位的细胞	数字病理学	骨折	空间转录组学、微计算机断层扫描、微有限元分析	NA	空间转录组数据、图像数据	NA
4795	2025-01-05	A joint analysis of single cell transcriptomics and proteomics using transformer 2025-Jan-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00484-9 PMID:39743530	研究论文	本文提出了一种基于Transformer编码器层的深度学习框架scTEL，用于从单细胞RNA测序数据预测未观察到的蛋白质表达	scTEL模型通过计算方式显著降低了蛋白质表达测序的实验成本，并提供了一个统一框架来整合多个CITE-seq数据集	未提及具体局限性	揭示细胞异质性，降低蛋白质表达测序的实验成本	单细胞RNA和蛋白质表达数据	机器学习	NA	CITE-seq, scRNA-seq	Transformer	RNA和蛋白质表达数据	公共CITE-seq数据集
4796	2025-01-05	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，揭示了与神经系统疾病相关的免疫细胞群体	发现了一种新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅在脑脊液中出现，并且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的结合，可能存在数据一致性和样本代表性的问题	阐明神经系统疾病的病理生理学，特别是脑脊液中的免疫细胞群体	脑脊液和血液样本中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	139名受试者，包括135份脑脊液样本和58份血液样本
4797	2025-01-02	Single-cell sequencing analysis reveals cetuximab resistance mechanism and salvage strategy in colorectal cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70151 PMID:39739554	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4798	2025-01-05	CircMVP promotes METTL3 activation mediated CTNNB1 m6A modification in the inhibition of colorectal cancer in B7-H3 dependence antitumor immunity 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105324 PMID:39744434	研究论文	本研究探讨了环状RNA circMVP在结直肠癌（CRC）中通过促进METTL3激活介导的CTNNB1 m6A修饰，抑制B7-H3依赖的抗肿瘤免疫反应的机制	揭示了circMVP通过METTL3介导的m6A修饰调控β-catenin表达，进而影响B7-H3依赖的抗肿瘤免疫反应的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	阐明circRNA与结直肠癌抗肿瘤免疫抑制之间的调控关系	结直肠癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	结直肠癌	qRT-PCR、RNA pull-down、单细胞RNA测序、EMSA、RNA免疫沉淀、染色质免疫沉淀、多核糖体分析	NA	RNA测序数据、临床样本数据	结直肠癌患者样本和细胞系
4799	2025-01-05	Genetically Predicted Immune Cell Traits Mediate the Causal Association Between Plasma Metabolites and Colorectal Cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.101011 PMID:39744475	研究论文	本研究通过两步两样本孟德尔随机化方法，评估了1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌之间的因果关系，并探讨了免疫细胞特征在其中的中介作用	首次使用两步两样本孟德尔随机化方法，结合单细胞RNA测序技术，揭示了血浆代谢物通过特定免疫细胞特征影响结直肠癌的因果机制	研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且样本量虽大但具体样本类型未明确说明	探讨血浆代谢物与结直肠癌之间的因果关系，以及免疫细胞特征在其中的中介作用	1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌	生物信息学	结直肠癌	两步两样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)汇总数据、单细胞RNA测序数据	NA（未明确说明具体样本数量，但涉及1400种血浆代谢物和731种免疫细胞特征）
4800	2025-01-05	Mitochondrial Gene Scoring System: Predicting Prognosis and Precision Therapy for TACE Non-Response in Hepatocellular Carcinoma Patients 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103946 PMID:39744494	研究论文	本文开发了两个独立的线粒体评分系统，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和经动脉化疗栓塞（TACE）无反应的可能性	开发了两个独立的线粒体评分系统（RPS和RDS），用于预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性，并探索了TACE无反应患者的替代疗法	未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性	预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性，并探索替代疗法	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO Cox回归分析、LASSO逻辑回归分析	基因数据	NA