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当前共找到 37441 篇文献，本页显示第 4781 - 4800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4781 | 2025-12-31 |
OddSNP: a predictive framework for optimizing multiplexed single-cell RNA-seq experiments
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.692882
PMID:41415468
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研究论文 | 开发了一个名为OddSNP的预测框架，用于优化多重单细胞RNA测序实验的设计 | 提出了SNP-信息含量（SNP-IC）这一可量化的新指标，能够基于简单的未混合先导数据准确预测基于基因型的分型成功率 | 未明确说明该框架在不同组织类型或疾病模型中的普适性验证情况 | 为单细胞RNA测序中的供体多重实验提供可靠的实验设计指导 | 干细胞和类器官模型 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 基因型数据、测序数据 | 多个大规模数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4782 | 2025-12-31 |
Early skin seeding regulatory T cells modulate PPARγ-dependent skin pigmentation
2025-Dec-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66229-2
PMID:41365874
|
研究论文 | 本文探讨了早期皮肤定居调节性T细胞（ETregs）在新生儿皮肤中通过调控PPARγ信号通路，促进毛囊黑素干细胞介导的皮肤色素沉着的作用 | 首次揭示了ETregs在出生后第一周内对皮肤色素沉着的关键调控作用，并明确了PPARγ信号通路在此过程中的核心地位 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来源于对白癜风患者的单细胞转录组分析，需要进一步验证ETregs在人类皮肤发育中的具体机制 | 探究早期皮肤定居调节性T细胞（ETregs）在新生儿皮肤发育中对色素沉着的调控机制 | 小鼠新生儿皮肤组织、人类白癜风患者皮肤组织 | 免疫学与皮肤生物学 | 白癜风 | 单细胞转录组分析、转录组学分析 | NA | 转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4783 | 2025-12-31 |
Copula modeling of gene coexpression in single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692380
PMID:41415412
|
研究论文 | 本文评估了六种Copula模型在单细胞RNA测序数据中模拟基因共表达的能力，发现高斯Copula在准确性和速度之间提供了最佳平衡 | 首次系统评估Copula模型在scRNA-seq数据中模拟基因共表达的应用，比较了不同模型的准确性和效率 | Vine Copula虽具高准确性潜力，但当前实现无法扩展到典型scRNA-seq数据集的大规模 | 开发准确的统计模型来模拟单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Copula模型（包括高斯Copula、Vine Copula等） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4784 | 2025-12-31 |
Phenotypic and functional characterization of tumor-reactive T cells in malignant pleural effusions
2025-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.05.692662
PMID:41415427
|
研究论文 | 本研究通过高维流式细胞术、单细胞RNA测序和T细胞受体测序，对恶性胸腔积液（MPE）中的肿瘤反应性T细胞进行了表型和功能表征，并与肺转移瘤和血液中的T细胞进行比较 | 首次系统比较了MPE、肿瘤和血液中T细胞的组成、转录组和功能特性，发现MPE富含肿瘤反应性T细胞且具有较低的终末耗竭特征和较高的细胞毒性潜力 | 研究仅基于一名黑色素瘤患者的样本，样本量小，结果可能需要更大规模研究验证 | 表征恶性胸腔积液中肿瘤反应性T细胞的表型和功能特性，评估其作为过继性细胞疗法来源的潜力 | 恶性胸腔积液、肺转移瘤和血液中的T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 高维流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、体外激活和细胞毒性实验 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据 | 一名转移性黑色素瘤患者的同步采集的MPE、肺转移瘤和血液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 4785 | 2025-12-31 |
From features to slice: parameter-cloud modeling of spatial transcriptomics for simulation and 3D interpolatory augmentation
2025-Dec-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.04.692251
PMID:41415403
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研究论文 | 本文介绍了FEAST，一个用于空间转录组学数据计算模拟和三维插值增强的计算基础设施 | 提出了参数云建模方法，能够灵活控制空间和转录异质性，捕获高阶基因依赖性，并扩展到三维或对齐感知的上下文 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个用于空间转录组学数据模拟、增强和三维重建的计算平台 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 参数云建模 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4786 | 2025-12-31 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Dec, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
|
研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎滑膜中成纤维样滑膜细胞与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用，促进疾病进展的机制 | 首次结合成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序解析RA滑膜细胞邻域，并发现FLS与巨噬细胞间通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动炎症 | 研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型，人体内的验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究类风湿关节炎滑膜炎症微环境中细胞间相互作用机制及潜在治疗靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量，涉及RA患者滑膜组织与CIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4787 | 2025-12-31 |
Mature tertiary lymphoid structures support B cell-mediated antitumour immunity and are disrupted by neoadjuvant therapy in rectal cancer: a multicentre, retrospective study
2025-Dec, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.106030
PMID:41265130
|
研究论文 | 本研究探讨了成熟三级淋巴结构（mTLS）在直肠癌中的抗肿瘤免疫作用及其受新辅助治疗的影响 | 首次在直肠癌中系统评估mTLS与B细胞介导的免疫特征及预后的关联，并揭示新辅助治疗对TLS的破坏作用 | 回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量有限且需进一步验证 | 阐明mTLS在直肠癌肿瘤免疫微环境中的作用及新辅助治疗的免疫调节效应 | 直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 直肠癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, scBCR-seq, 免疫组化, 多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 组织图像 | 队列1：bulk RNA-seq 123例，免疫组化/多重免疫荧光161例，scRNA-seq/scBCR-seq 10例；队列2：bulk RNA-seq 19例，免疫组化125例 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序, 空间转录组学相关技术 | NA | NA |
| 4788 | 2025-12-31 |
Subpopulation-specific apoptotic responses of hemocytes to decapod iridescent virus 1 in Macrobrachium rosenbergii
2025-Dec, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2025.110685
PMID:40865745
|
研究论文 | 本研究整合流式细胞术和单细胞RNA测序，揭示了罗氏沼虾血细胞亚群对虹彩病毒1型感染的凋亡反应差异 | 首次结合流式细胞术和单细胞RNA测序技术，系统解析了罗氏沼虾血细胞亚群在DIV1感染下的凋亡动态和分化轨迹，揭示了透明细胞的凋亡激活和补偿性分化机制 | 研究主要关注早期感染阶段（24小时），长期感染动态和具体凋亡信号通路的功能验证有待进一步探索 | 探究罗氏沼虾血细胞亚群对虹彩病毒1型感染的凋亡反应差异和免疫机制 | 罗氏沼虾的血细胞亚群，包括无颗粒细胞（透明细胞和前血细胞）、半颗粒细胞和颗粒细胞 | 单细胞组学 | 病毒感染 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4789 | 2025-12-31 |
Stc1-expressing myofibroblasts are a developmentally distinct lineage cleared through intrinsic apoptosis in the neonatal lung
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.12.659126
PMID:40661545
|
研究论文 | 本研究通过构建Stc1谱系标记小鼠，揭示了肺肌成纤维细胞中次级嵴肌成纤维细胞（SCMF）作为一个发育上独特的谱系，其通过内在凋亡在新生儿肺中被清除 | 首次构建了能够特异性标记发育性短暂次级嵴肌成纤维细胞（SCMF）的小鼠品系，并证明SCMF与肺泡管肌成纤维细胞（DMF）是发育上不同的独立谱系 | 研究主要基于小鼠模型，人类肺发育中SCMF的清除机制是否相同尚需验证 | 阐明肺肌成纤维细胞中不同谱系在肺泡发育过程中的独特贡献与命运 | 小鼠肺组织中的次级嵴肌成纤维细胞（SCMF）和肺泡管肌成纤维细胞（DMF） | 发育生物学 | 肺发育异常 | 单细胞RNA测序、胚胎谱系追踪、基因敲除 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据、谱系追踪数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4790 | 2025-12-31 |
A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637538
PMID:39990332
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学和机器学习技术，绘制了小鼠视网膜神经节细胞亚型的完整空间分布图，揭示了其密度和基因表达的特异性 | 首次结合en-face冷冻切片、空间转录组学和机器学习，全面映射所有已知RGC亚型的空间分布，并发现亚型内基因表达沿背腹轴或在ART区域内外存在意外变异 | ART区域与灵长类黄斑的基因谱相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能不同，研究结果可能受物种差异限制 | 探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布特化和基因表达模式，以理解其视觉功能基础 | 小鼠视网膜神经节细胞亚型 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，机器学习 | 机器学习 | 空间转录组数据，图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4791 | 2025-12-31 |
FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635115
PMID:39975391
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为FastCCC的无置换框架，用于单细胞转录组学研究中的细胞间通讯分析，该框架具有可扩展性、鲁棒性，并支持基于参考的分析 | 提出了首个无置换的CCC分析框架，利用快速傅里叶变换卷积解析计算p值；引入了模块化代数运算框架以捕获广泛的CCC模式；构建了首个涵盖19种组织类型、450多种细胞类型、约1600万细胞的人类CCC参考面板 | 未明确提及具体限制，但暗示现有CCC方法在分析复杂数据集时存在能力不足 | 开发一种可扩展、鲁棒且支持参考的单细胞转录组学细胞间通讯分析方法 | 单细胞转录组数据中的细胞间通讯 | 单细胞转录组学 | COVID-19 | 单细胞RNA-seq | 基于快速傅里叶变换的卷积模型 | 单细胞转录组数据 | 约1600万细胞（参考面板） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4792 | 2025-12-31 |
Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia
2024-Oct-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1
PMID:39483903
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了阿尔茨海默病大脑中微胶质细胞的异质性及其与淀粉样斑块的空间分布关系 | 首次整合多队列、多脑区的单细胞与空间转录组学数据，系统绘制了微胶质细胞在阿尔茨海默病中的多样性图谱，并揭示了其状态与淀粉样斑块空间定位的特异性关联 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源和脑区覆盖可能仍存在一定局限性 | 阐明阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录状态异质性及其空间分布特征 | 实验模型和人类大脑中的微胶质细胞，包括阿尔茨海默病患者与对照样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据, 免疫染色图像 | 多队列、多脑区样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4793 | 2025-12-31 |
Novel Populations of Lung Capillary Endothelial Cells and Their Functional Significance
2023-May-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2887159/v1
PMID:37205391
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学技术，在肺毛细血管内皮细胞中发现了五个具有不同分子特征和功能的新细胞群 | 首次识别出五个新的肺毛细血管内皮细胞群，包括表达特定离子转运蛋白的细胞群、具有再生功能的“根”细胞群以及具有血管生成调节能力的细胞群 | 研究主要基于单细胞转录组学数据，需要进一步的体内功能验证 | 探究肺毛细血管内皮细胞的异质性及其在生理和病理过程中的功能 | 肺毛细血管内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4794 | 2025-12-30 |
Integrating Single-Cell Sequencing, Machine Learning, and Molecular Docking to Elucidate the Molecular Network Linking Myocardial Infarction and DEHP Exposure
2026-Jan, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70663
PMID:41459671
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序、机器学习和分子对接技术，揭示了环境塑化剂DEHP通过结合SLC2A3和MMP9等核心基因，在特定免疫细胞中加剧心肌梗死的分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序、机器学习算法集成和分子对接模拟，系统解析了DEHP在心肌梗死中细胞类型特异性的促炎免疫失调网络，并识别出六个核心诊断生物标志物 | 研究主要基于公共转录组数据集和计算预测，缺乏体内或体外实验的直接功能验证 | 阐明DEHP暴露与心肌梗死发病机制之间的细胞类型特异性分子联系 | DEHP（邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯）暴露下的免疫细胞与心肌梗死相关分子靶点 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 分子对接模拟 | 集成机器学习算法（11种算法） | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集（GSE66360, GSE60993, GSE61144, GSE48060, GSE141512, GSE269269），具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4795 | 2025-12-30 |
Multi-modal molecular and spatial profiling reveals NNT as a prognostic biomarker in obesity-associated colorectal cancer
2025-Dec-28, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02339-4
PMID:41457181
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研究论文 | 本研究通过多模态分子和空间分析，识别出NNT作为肥胖相关结直肠癌的潜在预后生物标志物 | 结合转录组数据、临床验证和空间转录组分析，首次在肥胖相关结直肠癌中揭示NNT的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 | 研究依赖于公共数据集和独立队列的验证，可能受样本异质性限制，且空间分析仅针对候选基因 | 识别反映肥胖相关肿瘤特征的分子生物标志物并分层患者预后 | 结直肠癌患者，包括正常、健康体重和肥胖样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 转录组分析、免疫组织化学、空间转录组分析 | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据 | 基于TCGA-COADREAD数据集和独立验证队列，具体样本数未明确 | NA | 空间转录组学 | GeoMx DSP | NA |
| 4796 | 2025-12-30 |
Identification of novel fibroblast subsets in diffuse cutaneous systemic sclerosis
2025-Dec-27, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.11.027
PMID:41457004
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了弥漫性皮肤系统性硬化症中新的成纤维细胞亚群，并探讨了CD9和FHL1的功能作用 | 首次在系统性硬化症中识别出以CD9和FHL1上调为特征的新型成纤维细胞亚群，并揭示了FHL1在细胞外基质产生调控中的功能角色及其与VGLL3的机制联系 | 研究基于培养的皮肤成纤维细胞，可能无法完全反映体内微环境；样本量未明确说明，可能限制统计效力 | 识别系统性硬化症中的新型成纤维细胞亚群并确定其功能作用 | 来自健康供体和弥漫性皮肤系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞 | 单细胞组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序，siRNA敲低实验，蛋白水平验证 | NA | RNA测序数据，蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4797 | 2025-12-30 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal the interaction between PRRX2-driven epithelial cells and SPP1+ macrophages in mediating gemcitabine resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Dec-26, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003966
PMID:41456929
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研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了PRRX2+上皮细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用在介导胰腺导管腺癌吉西他滨耐药中的关键机制 | 首次通过整合单细胞和空间转录组学技术，系统揭示了PRRX2驱动的上皮细胞与SPP1+巨噬细胞通过TGFB1/TGFBR2轴相互作用，促进EMT和ECM重塑，从而介导吉西他滨耐药的新机制 | 研究结论主要基于细胞系和临床样本的体外验证，缺乏体内动物模型的进一步验证，且临床队列样本量可能有限 | 阐明胰腺导管腺癌对吉西他滨产生耐药的分子和细胞机制，以优化治疗策略并改善患者预后 | 胰腺导管腺癌患者样本、PDAC细胞系 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，RNA-seq，免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据，空间转录组数据，图像数据 | 临床队列样本及PDAC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4798 | 2025-12-30 |
Integrating single-cell and bulk RNA-Seq to unravel the molecular mechanisms of airway stenosis
2025-Dec-23, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01794-9
PMID:41432785
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA-Seq数据，揭示了气道狭窄的分子机制，并识别出四个关键基因及其调控通路 | 首次整合单细胞和bulk转录组数据系统研究气道狭窄的分子机制，识别出FAM118A、RCN3、PCSK7和REEP3四个关键促狭窄基因，并阐明了其通过KRAS→PI3K-AKT通路激活成纤维细胞的机制 | NA | 阐明气道狭窄的潜在分子机制 | 气道狭窄组织 | 数字病理学 | 气道狭窄 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-Seq, 分子生物学实验 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4799 | 2025-12-30 |
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2025-Dec-23, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002665
PMID:41457044
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研究论文 | 本研究揭示了脑脊液接触核在脓毒症中通过调节免疫反应发挥保护作用 | 首次证明脑脊液接触核在脓毒症中具有保护作用，并通过单细胞RNA测序技术识别了其调控全身炎症的关键组分 | 研究机制尚未完全阐明，且主要基于小鼠模型，人类中的适用性需进一步验证 | 探究中枢神经系统如何调节免疫功能，特别是在脓毒症中的神经-免疫相互作用 | 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 | 神经免疫学 | 脓毒症 | 免疫荧光检测、化学遗传学激活、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞成像数据 | 脓毒症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4800 | 2025-12-30 |
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Dec-11, ArXiv
PMID:41040798
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HEIST的分层图变换器基础模型，用于处理空间转录组学和蛋白质组学数据 | HEIST通过将组织建模为分层图，结合空间细胞图和基因共表达网络图，并利用基因共表达网络和细胞上下文计算基因嵌入，而非固定基因词汇表，从而能够泛化到包括空间蛋白质组学在内的新型数据类型，无需重新训练 | NA | 开发一个基础模型以整合空间信息和细胞内的复杂遗传及蛋白质组学程序，从而推断细胞内部调控如何适应微环境信号 | 空间转录组学和蛋白质组学数据，涉及22.3M个细胞、124个组织和15个器官 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 分层图变换器 | 空间坐标和细胞内转录或蛋白质计数数据 | 22.3M个细胞，来自124个组织和15个器官 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |