单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4781	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
4782	2025-01-28	Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics 2024-Dec-18, Brain structure & function IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00429-024-02865-6 PMID:39692769	研究论文	本文通过空间转录组学技术揭示了人类胎儿大脑皮层早期发育中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异	首次在转录组水平上深入研究了人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域的细胞结构特征，并保留了空间信息	研究仅关注了15个孕周后的胎儿大脑发育，未涵盖其他关键发育阶段	探讨人类胎儿额叶发育过程中背侧和眶基底区域在细胞结构上的差异及其分子机制	人类胎儿额叶的背侧和眶基底区域	空间转录组学	NA	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)	NA	基因表达数据	15个孕周后的胎儿大脑样本
4783	2025-01-28	Association of Synovial Innate Immune Exhaustion With Worse Pain in Knee Osteoarthritis 2024-Dec-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43089 PMID:39690716	研究论文	本研究探讨了膝关节骨关节炎（OA）患者滑膜先天免疫细胞耗竭与更严重疼痛之间的关联	首次揭示了滑膜先天免疫调节细胞在OA疼痛中的作用，特别是免疫调节性巨噬细胞的耗竭和功能障碍与更严重疼痛的关联	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序部分仅涉及8名患者	识别与膝关节OA患者更严重疼痛相关的滑膜先天免疫细胞亚群和病理生理机制	122名轻度至重度膝关节OA疼痛患者的滑膜组织活检	生物医学研究	骨关节炎	空间转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	组织活检、转录组数据、蛋白质组数据	122名患者（其中32名用于空间转录组学和蛋白质组学分析，8名用于单细胞RNA测序）
4784	2025-01-28	Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007 PMID:39395421	研究论文	本文研究了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）中髓系细胞的作用及其受组蛋白突变影响的转录特征	揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤中的肿瘤促进作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗机会	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用仍需进一步验证	探讨髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及其受组蛋白突变影响的机制	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）和弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	肿瘤学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	小鼠模型和人类pHGG样本
4785	2025-01-28	Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells 2024-11-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004 PMID:39476842	研究论文	本文探讨了mRNA多聚腺苷化和N6-甲基腺苷（m6A）修饰如何维持抗体分泌细胞（ASCs）中IgG1抗体的产生	揭示了m6A修饰和YTHDF1在维持IgG1抗体转录本稳态中的新机制	研究主要基于小鼠模型和系统性红斑狼疮患者，可能不适用于其他疾病或物种	研究RNA转录后修饰对抗体稳态的影响	抗体分泌细胞（ASCs）和IgG1抗体	分子生物学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	系统性红斑狼疮患者和小鼠模型
4786	2025-01-28	Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade 2024-Nov-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012 PMID:39423817	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐药的机制，并探讨了CTLA4阻断在克服TKI耐药中的潜力	研究发现TKI治疗提高了T细胞中免疫检查点CTLA4的表达，揭示了肿瘤源性HMGB1在TKI响应中的免疫调节作用，并展示了CTLA4阻断与TKI联合治疗在TKI耐药模型中的增强效果	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨肺癌脑转移中TKI耐药的机制，并寻找克服耐药的治疗策略	肺癌脑转移患者和小鼠模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多样遗传背景和TKI治疗历史的肺癌脑转移样本
4787	2025-01-28	Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants 2024-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181561 PMID:39329745	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在植物科学中的应用，并探讨了其潜力和挑战	首次全面回顾了scRNA-seq在植物科学中的研究进展，并提出了五个数据库以帮助识别不同细胞类型的表达标记基因	scRNA-seq在植物科学中的全部潜力尚未完全阐明，且存在一些潜在问题和挑战	探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用，并为未来研究提供理论基础	植物组织，特别是模式植物、作物和木材	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4788	2025-01-28	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	研究论文	本文介绍了一种新型的非侵入性小鼠模型，用于研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了该模型在发育延迟和运动缺陷方面的表现，以及单核细胞中炎症通路的激活	该模型首次将妊娠晚期的母体免疫激活（MIA）与出生后的缺氧相结合，模拟HIE的发病机制，并揭示了微胶质细胞中炎症基因的上调	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，且HIE在临床上具有异质性，导致人类中的结果多种多样	研究新生儿缺氧缺血性脑病（HIE）的发病机制及其对发育和运动功能的影响	小鼠模型	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
4789	2025-01-28	Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency 2024-09-12, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181529 PMID:39329713	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序和批量RNA测序数据整合，揭示了外周血γδ T细胞的表型和分子特征，并发现了一个与潜伏性结核感染相关的CD81bright γδ T细胞群体	首次在大规模结核病数据集中通过单细胞分辨率进行深度免疫分析，发现了一个独特的CD81bright γδ T细胞群体，并揭示了其在免疫信号传导和免疫反应调节中的特殊作用	研究主要集中在外周血γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞或组织中的γδ T细胞	探索γδ T细胞在结核病保护或疾病进展中的作用	外周血γδ T细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	大规模结核病数据集
4790	2025-01-28	Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer 2024-09-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181518 PMID:39329702	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，探讨了乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯	首次通过整合分析和单细胞RNA测序数据，全面描述了乳腺癌肿瘤微环境的组成和动态相互作用，并揭示了免疫浸润程度与临床结果之间的关联	研究结果主要基于RNA测序数据，未涉及其他类型的数据验证	探讨乳腺癌肿瘤微环境中的免疫景观和细胞间通讯，以提供患者分层的预后信息	乳腺癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4791	2025-01-28	Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis 2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560183 PMID:37873090	研究论文	本研究旨在识别滑液中的常驻滑膜巨噬细胞（RSM），并展示其迁移能力及可能引发慢性炎症反应的功能变化	首次在滑液中识别出RSM，并通过单细胞RNA测序揭示了这些细胞与CD56+细胞毒性树突状细胞和IDO+ M2巨噬细胞的转录相关性	研究样本量有限，且主要依赖于体外实验验证	探讨RSM在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用	人类患者，特别是表现为未分化关节炎的患者	免疫学	关节炎	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	细胞数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及多临床环境下的患者
4792	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4793	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
4794	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
4795	2025-01-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-Jan-25, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	本文介绍了HemaScope，一个专门用于分析造血细胞单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的生物信息学工具包	HemaScope工具包结合了scRNA-seq和ST技术的优势，提供了模块化设计，能够处理造血细胞的特异性特征，如谱系归属评估、细胞周期预测和标记基因收集	未明确提及具体限制	开发一个用户友好的工具包，用于分析造血细胞的单细胞和空间转录组学数据	造血细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	案例研究中使用了人类骨髓细胞图谱、小鼠急性髓性白血病细胞、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤的微环境
4796	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
4797	2025-01-27	Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling 2025-Jan-23, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2803-1 PMID:39862345	研究论文	本文介绍了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，通过小分子优化，有效生成毛细胞和支持细胞，用于药物发现和毛细胞保护机制研究	提出了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，无需多步扩展和强制分化协议，能够高效生成毛细胞和支持细胞	研究中未提及样本的具体数量，可能限制了结果的广泛适用性	开发一种高效的内耳类器官系统，用于毛细胞生成和药物毒性反应建模	哺乳动物耳蜗中的毛细胞	生物医学工程	听力损失	单细胞RNA测序	内耳类器官系统	RNA测序数据	NA
4798	2025-01-27	Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells 2025-Jan-22, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2760-4 PMID:39862344	研究论文	本研究探讨了TSC2突变细胞与淋巴管内皮细胞（LECs）之间的相互作用，以及雷帕霉素对此相互作用的影响，旨在为淋巴管平滑肌瘤病（LAM）治疗寻找新靶点	揭示了VEGF-D/VEGFR3在LAM细胞与LECs相互作用中的关键作用，并发现雷帕霉素与VEGFR3抑制剂的协同效应，为LAM及其他TSC2突变疾病的治疗提供了新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探索LAM细胞与LECs的相互作用及其治疗潜力	TSC2缺失细胞和淋巴管内皮细胞（LECs）	肿瘤学	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞测序、异种移植模型	NA	细胞培养数据、测序数据	NA
4799	2025-01-27	Invasive growth of brain metastases is linked to CHI3L1 release from pSTAT3-positive astrocytes 2024-06-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae013 PMID:38271182	研究论文	本文探讨了pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞（RAs）对脑转移瘤（BrM）侵袭模式的影响，并评估了STAT3抑制或RA特异性STAT3基因消融对BrM生长的影响	揭示了pSTAT3阳性RAs通过分泌CHI3L1驱动BrM侵袭性生长，并提出了STAT3和CHI3L1作为治疗高度侵袭性BrM的潜在靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在临床环境中验证其治疗效果	研究pSTAT3阳性RAs对脑转移瘤侵袭模式的影响，并探索其作为STAT3抑制治疗预测生物标志物的潜力	人类和患者来源的异种移植（PDX）脑转移瘤、同源和转基因小鼠模型	数字病理学	脑转移瘤	免疫组织化学、单细胞RNA测序、脑切片-肿瘤共培养实验	PDX模型、同源小鼠模型、转基因小鼠模型	图像、RNA测序数据	人类和PDX脑转移瘤样本、小鼠模型
4800	2025-01-26	Epigenomics-guided precision oncology: Chromatin variants in prostate tumor evolution 2025-Jan-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35327 PMID:39853587	review	本文探讨了表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，特别是染色质变异如何促进肿瘤进化和治疗抵抗	提出了染色质变异作为表观基因组异质性的基本单位，并探讨了其在指导精准肿瘤学新时代中的潜力	主要基于现有研究的综述，缺乏新的实验数据支持	探索表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，以改善患者治疗效果	前列腺癌细胞中的染色质变异	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序和液体活检表观基因组分析	NA	表观基因组数据	NA