单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-06-09	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在急性胰腺炎中的保护作用及其在致癌KRAS存在下促进胰腺上皮内瘤变（PanIN）进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎和胰腺癌早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、cerulein诱导的AP小鼠模型、胰腺特异性条件性HBP1敲除小鼠	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型、诱导性HBP1过表达的人胰腺导管上皮细胞
462	2025-06-09	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	通过单细胞转录组测序揭示早期T细胞前体淋巴细胞白血病中成熟浆细胞样树突状细胞增殖的克隆起源	首次报告了与淋巴恶性肿瘤相关的MPDCP病例，并利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与pDCs之间的转录连续性	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP在淋巴恶性肿瘤中的存在及其与淋巴细胞分化和发育的潜在联系	一名69岁男性患者，诊断为早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病伴MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1例患者
463	2025-06-09	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-May, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	research paper	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇，并构建了一个风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者的不良预后与免疫微环境及治疗反应的关系，并通过单细胞RNA测序发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索LMRGs与DLBCL预后及免疫微环境的关系，构建风险预后模型	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	digital pathology	lymphoma	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的样本
464	2025-06-09	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物，鉴定出6个具有诊断意义的hub基因	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者和大鼠模型的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个公共数据集(GSE46224和GSE116250)和大鼠模型
465	2025-06-09	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	该研究通过单细胞RNA和TCR库分析，识别了病毒特异性T细胞的标记物	发现了7个上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，并验证了其在早期分离病毒抗原反应性T细胞中的准确性	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证标记物的适用性	识别用于抗原特异性T细胞鉴定的生物标记物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞和CD3/CD8 T细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
466	2025-06-09	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-May, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过整合多组数据集和可解释的机器学习方法，揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）诊断、分型和免疫微环境重塑中的关键作用	首次将PANoptosis（一种由细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡协同作用的过程）与NAFLD的诊断和分型联系起来，并构建了高准确度的诊断模型（AUC=0.976）	研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有NAFLD亚型的多样性	探索PANoptosis在NAFLD中的诊断价值和治疗潜力	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	诊断模型	基因表达数据、单细胞数据	多个数据集整合（具体样本数未明确说明）
467	2025-06-09	M-band wavelet-based multi-view clustering of cells 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013060 PMID:40408513	研究论文	本文提出了一种基于M-band小波的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据多视图聚类方法(WMC)，用于细胞类型、身份和功能状态的多视图聚类	该方法首次将M-band小波分析与UMAP相结合应用于scRNA-seq数据，能够以高分辨率发现稀有细胞类型	未提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	开发新的scRNA-seq数据分析方法以提高细胞类型鉴别的分辨率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	小波分析, UMAP	基因表达数据	一组单细胞测序数据集(未说明具体数量)
468	2025-06-09	Ectopic Expansion of Pulmonary Vasculature in Fibrotic Lung Disease and Lung Adenocarcinoma Marked by Proangiogenic COL15A1+ Endothelial Cells 2025-Apr, Pulmonary circulation IF:2.2Q3 DOI:10.1002/pul2.70102 PMID:40463493	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了多种进行性间质性肺疾病（ILD）和非小细胞肺癌（NSCLC）中血管内皮细胞（EC）群体的共同和独特特征	识别了在ILD和NSCLC中扩展的两种EC亚型'Bronch-1'和'Bronch-2'，并发现支气管循环的扩张是ILD和NSCLC中血管细胞组成的最显著变化之一	样本量相对较小，特别是NSCLC样本仅有8例	比较多种肺疾病中血管内皮细胞群体的特征，探索支气管血管在疾病进展中的作用	健康肺组织、间质性肺疾病（ILD）、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer, idiopathic pulmonary fibrosis	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	健康肺组织59例，ILD 97例，COPD 22例，NSCLC 8例
469	2025-06-09	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	research paper	该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间变异基因（SVGs）	使用Empirical Bayes技术消除技术偏差（均值-方差关系），从而更准确地优先排序SVGs	NA	解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，提高SVGs识别的准确性	空间分辨转录组学数据	生物信息学	NA	Empirical Bayes技术	NA	空间转录组学数据	模拟和真实空间转录组学数据
470	2025-06-09	Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02737-0 PMID:38849478	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的26基因模型，用于从单细胞转录组中识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+T细胞	利用机器学习模型快速识别新抗原反应性T细胞及其T细胞受体，克服了传统方法耗时且复杂的缺点	NA	开发一种高效识别新抗原反应性T细胞的方法，以促进癌症免疫治疗	胃肠道癌症患者肿瘤浸润的新抗原反应性CD8+T细胞	机器学习	胃肠道癌症	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	数千个肿瘤浸润淋巴细胞
471	2025-06-09	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的分步协议，适用于生成高质量单细胞多组学数据集	提供了针对小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离协议，讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未提及具体样本量或实验重复次数	开发从造血器官中分离高质量基质细胞的标准化方法	小鼠和人类胸腺、小鼠骨骼和骨髓中的基质细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	NA
472	2025-06-09	Feasibility of whole RNA sequencing from single-cell mRNA amplification 2013, Genetics research international DOI:10.1155/2013/724124 PMID:24455282	research paper	探讨单细胞RNA测序技术在基因组医学中的可行性	展示了单细胞RNA测序技术在检测基因剪接和高通量基因表达分析中的能力，相比差异显示技术能检测到更多的基因	灵敏度为76%，特异性为55%，且存在部分基因表达缺失（2/8基因）	评估单细胞RNA测序技术在基因组医学中的应用潜力	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤和遗传疾病诊断中的应用	基因组学	肿瘤和遗传疾病	RNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
473	2025-06-08	Habitual Exercise Modulates Neuroimmune Interaction to Mitigate Aortic Stiffness 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325656 PMID:40304034	research paper	研究探讨了习惯性运动如何通过调节神经免疫相互作用来减轻主动脉硬化	揭示了运动通过调节交感神经与免疫细胞的相互作用减轻主动脉硬化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究运动对主动脉硬化中神经免疫相互作用的调节作用	C57BL/6小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序，免疫组化，基因敲除	小鼠模型	基因表达数据，免疫组化数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6小鼠进行实验
474	2025-06-08	Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance 2025-Jun-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284 PMID:40478933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的滑液免疫景观，揭示了治疗抵抗性患者中免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调的现象	首次在治疗抵抗性银屑病关节炎患者中发现免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调，并通过体内外实验验证了选择性免疫蛋白酶体抑制剂的治疗效果	样本量相对较小（41例PsA患者和9例OA对照），且研究结果需要在更大规模队列中验证	探索银屑病关节炎治疗抵抗性的免疫学机制并寻找新的治疗靶点	银屑病关节炎患者和骨关节炎对照患者的滑液免疫细胞	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照
475	2025-06-08	RORγt is crucial for gut homeostasis by regulating the expression of HB-EGF rather than IL-22 in activated ILC3s 2025-Jun-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115793 PMID:40478733	research paper	该研究探讨了RORγt在调节ILC3s中HB-EGF表达而非IL-22表达中的关键作用，及其对肠道稳态的影响	通过单细胞RNA测序分析揭示了RORγt在ILC3激活中的基本参与，并发现RORγt缺失后ILC3仍能维持肠道健康	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	阐明RORγt在ILC3s中的具体作用及其对肠道稳态的影响	ILC3s及其产生的HB-EGF和IL-22	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，Il22Rosa26Rorc小鼠模型	NA	基因表达数据	NA
476	2025-06-08	Widespread and cell-type-specific transcriptomic reorganization following mild traumatic brain injury 2025-Jun-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115795 PMID:40478731	研究论文	该研究通过小鼠模型和空间转录组学技术，探讨了轻度创伤性脑损伤（TBI）后大脑的广泛和细胞类型特异性转录组重组	使用CHIMERA TBI模型和空间转录组学技术，首次在亚急性期系统地识别了TBI的跨脑区和细胞类型特异性转录组特征	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类TBI的复杂性	理解轻度创伤性脑损伤（TBI）如何改变大脑的转录组	小鼠大脑	神经科学	创伤性脑损伤	空间转录组学	CHIMERA TBI模型	转录组数据	多只小鼠
477	2025-06-08	Olaparib and Radiotherapy Induce Type I Interferon- and CD8+ T Cell-Dependent Sensitization to Immunotherapy in Pancreatic Cancer 2025-Jun-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0210 PMID:39688341	研究论文	该研究探讨了PARP抑制剂奥拉帕尼联合放疗如何通过诱导I型干扰素和CD8+ T细胞依赖的免疫反应，增强胰腺癌对免疫治疗的敏感性	揭示了奥拉帕尼增强放疗诱导的I型干扰素介导的免疫信号和适应性免疫反应的新机制，为胰腺癌免疫治疗提供了新策略	研究主要基于免疫健全模型，临床转化效果需进一步验证	探究奥拉帕尼联合放疗对胰腺癌免疫治疗的增敏作用及其机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化(IHC)、流式细胞术	NA	基因表达数据、免疫细胞表型数据	免疫健全小鼠模型（具体数量未明确说明）
478	2025-06-08	The high efficacy of claudin18.2-targeted CAR-T cell therapy in advanced pancreatic cancer with an antibody-dependent safety strategy 2025-Jun-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.012 PMID:39797399	研究论文	本研究报道了利用表达tEGFR的claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌的高效性，并探索了抗体依赖性安全策略控制副作用的可行性	首次展示了claudin18.2靶向CAR-T细胞在胰腺癌中的显著抗肿瘤活性，并创新性地采用抗体依赖性安全开关策略控制脱靶毒性	样本量较小（仅3例患者），且观察到对正常胃黏膜的脱靶毒性	评估claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌的疗效和安全性	3例晚期胰腺癌患者	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	CAR-T细胞治疗、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、测序数据	3例晚期胰腺癌患者
479	2025-06-08	Activity-dependent development of the body's touch receptors 2025-Jun-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.015 PMID:40381613	research paper	研究发现神经元活动在体感神经元发育中的作用，特别是Piezo2和Na1.6通道对机械感受器终末器官形成的影响	揭示了机械刺激引发的神经元活动在早期生命中对机械感受器终末器官成熟的关键作用	研究主要关注Piezo2和Na1.6通道，可能还有其他未被发现的机制参与这一过程	探究神经元活动在体感神经元发育中的作用	体感神经元和机械感受器终末器官	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
480	2025-06-08	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy 2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04083-3 PMID:40464813	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的机制，重点关注CXCL13+ T细胞亚群的作用	首次构建了宫颈鳞状细胞癌患者在同步放化疗前的肿瘤微环境细胞图谱，并发现CXCL13+ T细胞亚群在非复发肿瘤中显著增加，揭示了其与肿瘤相关巨噬细胞和癌相关成纤维细胞的相互作用	样本量较小（仅6例患者），且仅分析了同步放化疗前的肿瘤微环境	探究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的细胞和分子机制	宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	digital pathology	cervical cancer	single-cell RNA sequencing	random forest	RNA-seq data	6例宫颈鳞状细胞癌患者（3例复发，3例未复发）