单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
461	2026-05-29	Neuronal cell populations in circumoral nerve ring of sea cucumber Apostichopus japonicus: Ultrastructure and transcriptional profile 2024-12, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101263 PMID:38850626	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究了仿刺参围口神经环中神经元的超微结构和转录谱，鉴定出六种神经元细胞类型	首次对海参神经元细胞进行单细胞转录组分析，鉴定了六种神经元类型及神经肽前体基因和G蛋白偶联受体的表达模式	仅聚焦于围口神经环区域，未涵盖海参其他神经组织；尚未对鉴定出的神经元类型进行功能验证	阐明海参神经元细胞的类型、分子特征和进化意义	仿刺参（Apostichopus japonicus）围口神经环中的神经元细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
462	2026-05-29	Dual spatial host-bacterial gene expression in Mycobacterium abscessus respiratory infections 2024-10-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06929-5 PMID:39384974	研究论文	该文章展示了在福尔马林固定石蜡包埋组织中利用定制细菌探针进行空间转录组学分析，以同时检测宿主和细菌基因表达的方法	首次在FFPE组织中成功实现宿主和病原体双空间转录组分析，揭示了宿主-病原体相互作用的时空信息	研究基于小鼠模型和特定细菌（脓肿分枝杆菌），可能未涵盖所有感染类型	探索使用定制细菌探针在FFPE组织中进行宿主和病原体空间转录组分析的可行性	慢性感染脓肿分枝杆菌的小鼠肺组织	空间转录组学	分枝杆菌感染	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肺组织样本（具体数量未提供）	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	10x Visium FFPE空间转录组学平台
463	2026-05-29	Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model 2024-10-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06964-2 PMID:39369061	研究论文	提出stImpute方法，利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，基于参考单细胞RNA-seq数据对空间转录组学进行基因表达插补	首次将蛋白质语言模型ESM-2用于构建基因-基因关系网络，结合自编码器和图神经网络提升空间转录组学基因插补准确性和细胞聚类能力	未明确阐述局限性，但依赖参考scRNA-seq数据质量，且仅适用于有限基因检测的空间转录组学技术	开发一种基于基因网络的空间转录组学缺失基因插补方法，提升预测准确性和细胞群体识别能力	图像型空间转录组学数据与参考单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	空间转录组测序、单细胞RNA测序	自编码器、图神经网络	基因表达数据	NA	NA	空间转录组学、单细胞RNA-seq	NA	NA
464	2026-05-29	Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture 2024-10-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06949-1 PMID:39369093	研究论文	结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示整个小鼠胫骨前肌的空间转录组、代谢组和脂质组组织，发现肌纤维类型比例的显著区域化分布	首次结合两种空间组学技术（RNA断层扫描和质谱成像）在全肌肉水平上解析三维空间组织，发现基因表达沿近端-远端轴的意外强烈区域化及代谢差异	仅针对小鼠胫骨前肌进行了分析，尚未验证在其他肌肉或物种中的普遍性	阐明整个骨骼肌组织的完整空间结构，揭示肌纤维类型比例、基因表达和代谢的沿轴区域化分布	小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌的整个肌肉组织	数字病理学	NA	RNA-seq, 质谱成像	NA	图像, 文本	24只小鼠的胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌样本	NA	空间转录组学, 空间代谢组学, 空间脂质组学	NA	RNA tomography（RNA断层扫描）和MSI（质谱成像）
465	2026-05-29	STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data 2024-10, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108127 PMID:38870559	研究论文	提出STPDA框架，利用空间-时间模式分析空间转录组数据，实现基因表达空间动态的高分辨率解析	创新性结合ARMA和LSTM模型同时捕捉全局与局部时空动态，将空间-时间模式整合进下游分析流程，实现配体-受体相互作用识别和细胞类型分类等任务性能超越现有方法	未提及验证数据集多样性及计算资源需求等局限性	开发适用于空间转录组数据下游分析的时空模式计算框架	空间转录组数据中的基因表达时空模式及细胞类型、配体-受体相互作用	机器学习	NA	空间转录组学	ARMA, LSTM	空间转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
466	2026-05-29	Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes 2024-10, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108136 PMID:38924959	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序分析糖尿病小鼠心肌细胞的代谢变化和微环境变化	通过单细胞转录组测序揭示糖尿病诱导的代谢重组及心肌细胞与心肌成纤维细胞、淋巴内皮细胞等微环境成分间配体-受体相互作用改变	仅基于一个公开数据集进行分析，缺乏实验验证；研究对象为小鼠模型，结论向人类转化需进一步验证	探究糖尿病对心肌细胞异质性及细胞间通讯特性的影响	对照组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏	单细胞转录组学	糖尿病性心肌病	单细胞RNA测序	无明确模型应用	基因表达数据	GEO数据库GSE213337数据集，包含糖尿病和对照小鼠心脏组织	NA	单细胞RNA-seq	10x Chromium	NA
467	2026-05-29	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	提出一种结合XGBoost和CNN的新方法XgCPred，用于单细胞RNA-seq数据中的细胞类型分类	首次将XGBoost与CNN集成应用于scRNA-seq细胞类型分类，利用KEGG BRITE数据库中基因层级组织生成基因表达图像表示	未明确提及局限性，但隐含了对不同数据集适应性的潜在挑战	提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型分类的准确性和可靠性	单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	XGBoost, CNN	基因表达图像	多个scRNA-seq数据集，涵盖不同细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
468	2026-05-29	Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins 2024-09, Proteomics. Clinical applications DOI:10.1002/prca.202300075 PMID:38552248	研究论文	使用DIA-MS技术对炎症性肠病（IBD）患者粪便蛋白质组进行综合分析，识别与疾病活动相关的非侵入性生物标志物	首次采用数据非依赖采集（DIA）LC-MS/MS方法系统分析IBD患者的粪便蛋白质组，在两个独立队列中鉴定了523种常见蛋白质，并发现了新的粪便蛋白质与免疫细胞浸润和溃疡/直肠出血等IBD病理标志相关	样本量相对较小（健康对照组25例，UC患者15例，CD患者15例），研究结果需在更大规模队列中验证	识别可用于监测炎症性肠病疾病活动性的非侵入性粪便生物标志物	炎症性肠病（IBD）患者，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者，以及健康对照者	蛋白质组学	炎症性肠病	DIA-MS（数据非依赖采集质谱）	NA	蛋白质质谱数据，单细胞RNA测序数据	队列1：健康5例，UC 5例，CD 5例；队列2：健康20例，UC 10例，CD 10例（共计健康25例，UC 15例，CD 15例）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
469	2026-05-29	Perturbed liver gene zonation in a mouse model of non-alcoholic steatohepatitis 2024-05, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.155830 PMID:38428673	研究论文	结合空间转录组学、批量RNA测序和原位杂交技术，研究非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型中肝脏基因分区模式的扰动	首次在NASH小鼠模型中系统揭示Wnt信号通路调控的肝脏基因分区扰动，发现Rspo3表达区域从中央静脉周围扩展到门静脉周围，并通过AAV介导的过表达和基因敲除实验验证其因果作用	未观察到Rspo3调控对NASH病理特征（脂肪变性、炎症、纤维化）的影响，可能无法直接解释疾病进展	探究NASH疾病状态下肝脏基因分区及其调控因子的变化机制	非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型（对照与NASH模型小鼠）	计算机视觉, 自然语言处理, 空间转录组学	非酒精性脂肪性肝炎	空间转录组学, 批量RNA测序, 原位杂交, AAV介导的基因调控	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	NA（未在摘要中明确样本数量）	NA	空间转录组学, 批量RNA测序	NA	NA
470	2026-05-29	Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer 2024-04, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02598-7 PMID:38332180	research paper	研究化疗免疫联合疗法在膀胱癌中诱导三级淋巴结构形成的协同作用	首次系统揭示免疫治疗和化疗对三级淋巴结构（TLS）形成的各自影响，并证明联合疗法在促进TLS成熟和提高治疗反应率方面具有协同优势	NA	探究免疫治疗联合其他治疗方式能否增强免疫反应，从而改善膀胱癌患者的总体缓解率	膀胱癌患者的肿瘤组织样本及转录组数据	machine learning	bladder cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	包括IMvigor 210研究队列和RJBLC-I2N003队列中的膀胱癌患者	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
471	2026-05-29	Single-cell and spatial transcriptomics reveals that PTPRG activates the m6A methyltransferase VIRMA to block mitophagy-mediated neuronal death in Alzheimer's disease 2024-03, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107098 PMID:38325728	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示PTPRG通过激活m6A甲基转移酶VIRMA阻断线粒体自噬介导的阿尔茨海默病神经元死亡	首次发现PTPRG通过结合并上调m6A甲基转移酶VIRMA抑制PRKN mRNA翻译，从而阻断线粒体自噬导致神经元死亡的信号通路，并阐明小胶质细胞亚群Mic_PTPRG与特定神经元亚群的通讯机制	未提及但可能包括：动物模型与人类AD的差异、实验验证范围有限、样本来源的地理和人口多样性不足	阐明阿尔茨海默病中神经元死亡的起始机制，探索潜在治疗靶点	阿尔茨海默病相关脑区和外周血	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据	85个AD样本和83个对照样本，6只App AD小鼠和6只对照C57Bl/6J小鼠	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
472	2026-05-29	Allosteric inhibitor of SHP2 enhances macrophage endocytosis and bacteria elimination by increasing caveolae activation and protects against bacterial sepsis 2024-03, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107096 PMID:38320736	研究论文	SHP2变构抑制剂通过增强小窝蛋白活化促进巨噬细胞胞吞和细菌清除，保护小鼠免受细菌性脓毒症侵害	首次揭示SHP2变构抑制剂通过维持Cav-1磷酸化增强巨噬细胞胞吞功能以清除细菌，并提出其与抗生素联用可完全保护小鼠免于死亡	未明确说明本研究的局限性	研究巨噬细胞在脓毒症中胞吞功能受损的分子机制，并评估SHP2变构抑制剂作为治疗脓毒症的潜力	脓毒症小鼠和巨噬细胞	机器学习	感染性疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型（大肠杆菌感染或盲肠结扎穿刺诱导脓毒症）	10x Genomics, Illumina	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	10x Chromium, Illumina NovaSeq	10x Chromium单细胞3'试剂盒用于单细胞RNA测序；Illumina NovaSeq用于批量RNA测序
473	2026-05-29	MMP14high macrophages orchestrate progressive pulmonary fibrosis in SR-Ag-induced hypersensitivity pneumonitis 2024-02, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107070 PMID:38218353	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，发现MMP14高表达的巨噬细胞在SR-Ag诱导的过敏性肺炎中驱动进行性肺纤维化	首次鉴定出MMP14高表达的巨噬细胞亚群在纤维化过敏性肺炎中的作用，并揭示其通过外泌体MMP14调控成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未完全阐明人类纤维化过敏性肺炎中MMP14巨噬细胞的具体作用机制及临床转化潜力	探究MMP14高表达巨噬细胞在SR-Ag诱导的纤维化过敏性肺炎中的作用及机制	纤维化过敏性肺炎小鼠模型中的肺巨噬细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	决策树模型	基因表达数据	未明确提及样本量	未明确提及	单细胞RNA测序	未明确提及	未明确提及
474	2026-05-29	Effect of aging on the human myometrium at single-cell resolution 2024-01-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45143-z PMID:38296945	研究论文	利用单细胞/单核RNA测序和空间转录组学，构建了衰老子宫肌层的细胞图谱，揭示了与衰老相关的细胞变化	首次在单细胞分辨率下研究人类子宫肌层衰老，鉴定了23个细胞亚群，并发现了衰老导致的细胞间通讯改变和25条信号通路丧失	样本量有限（20名围绝经期和绝经后女性），可能无法完全代表所有年龄段的女性，且功能性验证不足	研究衰老对人类子宫肌层在单细胞水平的影响	围绝经期和绝经后女性的子宫肌层组织	单细胞生物学	妊娠并发症、分娩并发症	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	20名围绝经期和绝经后女性的186,120个细胞	10x Genomics	单细胞RNA-seq，单核RNA-seq，空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium	10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium Spatial Gene Expression
475	2026-05-29	scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data 2024-01-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45227-w PMID:38291052	研究论文	提出scDisInFact框架，用于多批次多条件单细胞RNA测序数据的解耦学习，同时实现批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测	首次通过解耦学习同时处理批次效应和条件效应，实现三个任务的统一框架	未提及具体局限性，但可能依赖数据质量且真实场景中复杂条件效应可能难以完全解耦	开发一种能够同时处理多批次单细胞RNA测序数据中技术批次效应和生物条件效应的深度学习方法	多批次多条件下的单细胞RNA测序数据，包括不同人口统计组、疾病阶段和药物处理的样本	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架（解耦学习）	单细胞基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
476	2026-05-29	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-01, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	通过蛋白质组学筛选发现S100A8/S100A9是主动脉夹层的临床相关治疗靶点	首次通过蛋白质组学筛选鉴定S100A8/A9为主动脉夹层的新治疗靶点，并验证其通过调节平滑肌细胞表型转换和炎症反应发挥作用的机制	未提及具体局限性	发现主动脉夹层的新型治疗靶点	主动脉夹层患者和对照者的升主动脉样本、小鼠主动脉夹层模型	机器学习	心血管疾病	蛋白质组学分析、ELISA、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、循环蛋白水平、单细胞转录组数据	主动脉夹层患者与对照者样本、小鼠模型样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
477	2026-05-29	Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease 2023-10, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933 PMID:37729957	研究论文	本研究利用单细胞转录组、全转录组、全长转录组和代谢组测序，揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4调控甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡在自身免疫性甲状腺疾病中的作用	首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰调控ATF4表达，从而影响甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死性凋亡的机制，并确定了新的治疗靶点	样本量较小（仅2名HT患者、2名GD患者和1名对照），且未对更大样本进行验证	探讨自身免疫性甲状腺疾病中甲状腺滤泡上皮细胞死亡的分子机制，寻找新的治疗靶点	甲状腺滤泡上皮细胞（ThyFoEp细胞）	数字病理学	自身免疫性甲状腺疾病（格雷夫斯病和桥本甲状腺炎）	单细胞转录组测序、全转录组测序、Oxford Nanopore全基因组测序、代谢组测序	NA	序列数据、代谢物数据	2名桥本甲状腺炎患者、2名格雷夫斯病患者和1名健康对照的甲状腺组织样本	Oxford Nanopore Technologies	单细胞RNA测序、全长转录组测序、代谢组学	Oxford Nanopore测序平台	Oxford Nanopore全长转录组测序
478	2026-05-29	Deciphering the heterogeneity and immunosuppressive function of regulatory T cells in osteosarcoma using single-cell RNA transcriptome 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107417 PMID:37669584	研究论文	利用单细胞RNA转录组解析骨肉瘤中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能	首次在单细胞水平揭示骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性及其通过CXCL信号与成骨细胞、内皮细胞和髓系细胞的相互作用，并构建基于Treg特异性基因的预后模型	未提及具体局限性	探究骨肉瘤微环境中调节性T细胞的异质性和免疫抑制功能，并构建预后模型	骨肉瘤组织与癌旁组织的调节性T细胞	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序, 基因集变异分析, 细胞通讯分析	LASSO回归, 多变量分析	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	未提供具体样本量	NA	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	NA
479	2026-05-29	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	本研究揭示了Netrin-1在子宫内膜癌中上调，使用抗Netrin-1抗体NP137可抑制肿瘤进展和上皮间质转化，并在临床试验中展示初步疗效	首次在临床试验中验证Netrin-1单克隆抗体NP137作为单一药物治疗晚期子宫内膜癌的效果，并揭示其通过抑制上皮间质转化发挥抗肿瘤作用的新机制	临床试验样本量较小（14例），仅体现初步疗效，且未报告长期生存获益和不良反应详细信息	评估Netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的抗肿瘤效果及其作用机制	子宫内膜癌患者和小鼠模型	机器学习	子宫内膜癌	RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	14例晚期子宫内膜癌患者，以及小鼠模型样本	10x Genomics	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序	10x Chromium	用于单细胞RNA测序、空间转录组学以及批量RNA测序的10x Chromium平台
480	2026-05-29	Accelerated cerebromicrovascular senescence contributes to cognitive decline in a mouse model of paclitaxel (Taxol)-induced chemobrain 2023-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13832 PMID:37243381	研究论文	紫杉醇诱导的脑微血管衰老加速小鼠认知衰退，并表明通过药物消除衰老细胞可改善认知功能	首次证明紫杉醇诱导的内皮细胞衰老是化疗脑功能损伤的关键机制，并通过遗传和药物方法消除衰老细胞，验证了其因果关系	研究局限于小鼠模型，临床上对人类化疗脑的转化效果仍需进一步验证	探索紫杉醇（PTX）诱导的认知功能障碍的机制，特别是内皮细胞衰老的作用	p16-3MR转基因小鼠脑微血管内皮细胞	机器学习	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	文本	紫杉醇治疗组与对照组各含多个小鼠，具体数量未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA