单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-06-10	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境差异	首次使用NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）技术对早期皮肤SCC的侵袭和前恶性部分的基因表达模式进行空间转录组学比较	样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤SCC从前期病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤SCC组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	17例早期皮肤SCC患者的组织样本
462	2025-06-10	DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70361 PMID:40468620	研究论文	研究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞表型转换的作用	揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬，进而促进成纤维细胞表型转换和外膜重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中的作用机制	血管外膜成纤维细胞(AFs)	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠(具体数量未明确说明)
463	2025-06-10	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	研究论文	本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的机制	首次系统性地揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏发育中进行验证	探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制	心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、Pdgfra-CreER控制的DTA系统	NA	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
464	2025-06-10	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	研究论文	本研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞(iPSCs)生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以研究Stargardt病的发病机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病(ABCA4基因突变相关)的发病机制和视网膜发育过程	从患者iPSCs生成的视网膜类器官	遗传病研究	Stargardt病(遗传性视网膜变性)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSCs)技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本
465	2025-06-10	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证	探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观基因组数据	多种小鼠干细胞系
466	2025-06-10	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	research paper	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing	NA	RNA-seq data	767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型
467	2025-06-10	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的优势和局限性	首次构建猕猴免疫参考图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	无监督聚类在功能不同的T细胞和NK细胞亚群中可能导致系统性混合，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记基因	准确解读单细胞RNA测序数据，理解其与免疫细胞功能和谱系定义的差异和限制	猕猴免疫细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织猕猴样本（具体数量未提及）
468	2025-06-10	Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653038 PMID:40463045	research paper	提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动	开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白	依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态	开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯	人和小鼠的细胞	computational biology	endometriosis, endometrial carcinoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	scCellFie	transcriptomic data	约3000万个细胞图谱
469	2025-06-10	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	research paper	该研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤的转录组学特征，揭示了细胞亚群的变化可能影响修复机制	研究仅关注了中老年小鼠，未涵盖更老龄的动物模型	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体
470	2025-06-10	Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653730 PMID:40463227	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体	结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径	研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物	区分化疗后细胞的静止和衰老状态，并研究其转录组特征	化疗处理后的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 时间推移成像	伪时间轨迹分析	转录组数据, 图像数据	NA
471	2025-06-10	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-05-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	research paper	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了影响重编程效率的关键转录因子和信号通路	重编程过程的随机性限制了其效率，且研究仅针对特定转录因子和信号通路	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
472	2025-06-10	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究甘蔗花叶病毒（SCMV）早期系统性感染玉米时，病毒积累与细胞内基因表达变化的共变模式	首次在单细胞水平上揭示了SCMV早期系统性感染玉米时的基因表达变化与病毒积累的关系，并鉴定了多个潜在的抗病毒或促病毒因子	研究仅关注早期系统性感染阶段（症状出现前），未涉及感染后期或症状表现阶段	探究植物病原体早期系统性感染过程中，病毒积累与宿主基因表达变化的关联	玉米叶片细胞与甘蔗花叶病毒（SCMV）	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	SCMV感染的玉米叶片细胞（具体数量未提及）
473	2025-06-10	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-May-07, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推算单细胞基因表达轨迹的方法	通过降维、转移概率矩阵计算、样条插值和解卷积四个计算步骤，推算单细胞基因表达轨迹	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能无法完全捕捉细胞间的动态变化	研究单细胞基因表达轨迹的推算方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
474	2025-06-10	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证	探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究
475	2025-06-10	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	NA	探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元及脑组织	神经科学	脑缺血	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验	氧糖剥夺模型(OGD/R)	实验数据	小鼠神经元及脑组织
476	2025-06-10	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用图神经网络的消息传递层分层框架，支持跨多种单细胞和空间组学数据集的细胞注释	未明确提及具体局限性，但暗示现有高质量scRNA-seq参考和标记集的稀缺性可能影响性能	开发一种高效准确的细胞类型注释方法，解决现有工具在scATAC-seq和空间转录组数据中表现不佳的问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间组学	图神经网络	单细胞测序数据、空间组学数据	包含329种细胞类型、2497个基因标记、28种组织类型的人类和植物数据集
477	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
478	2025-06-10	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制	建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪性肝病	转录组分析	LASSO回归	转录组数据	六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集
479	2025-06-10	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用	挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性	未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨	探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致	癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据	肿瘤生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
480	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA