单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-07-20	Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations 2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2023.100817 PMID:37602218	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度生成学习模型scVIDR，用于预测单细胞基因表达在化学扰动下的剂量依赖性反应	提出了scVIDR模型，能够比现有模型更好地预测单剂量和多剂量下的细胞反应，并能够为单个细胞分配“伪剂量”值以评估其对化学扰动的敏感性	未明确提及模型在更广泛细胞类型或化学物质中的泛化能力	开发一种能够预测单细胞基因表达在化学扰动下剂量依赖性反应的模型	小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系	机器学习	NA	单细胞测序	VAE（变分自编码器）	基因表达数据	涉及小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系，但未明确样本数量
462	2025-07-20	Tff2 defines transit-amplifying pancreatic acinar progenitors that lack regenerative potential and are protective against Kras-driven carcinogenesis 2023-08-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.002 PMID:37541213	研究论文	本研究通过长期谱系追踪和单细胞RNA测序分析，定义了胰腺中由三叶因子2（Tff2）标记的过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并探讨其在正常稳态和致癌过程中的作用	首次定义了一个新的胰腺过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并揭示了其在抵抗Kras驱动的致癌过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺中得到验证	探讨胰腺中Tff2标记的祖细胞群体在稳态维持和肿瘤发生中的作用	胰腺腺泡细胞中的Tff2表达群体	分子生物学	胰腺癌	长期谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
463	2025-07-20	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	通过整合分析人类颅面发育过程中的转录组动态，识别潜在的疾病相关基因	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，首次系统性地鉴定了239个在颅面发育过程中高表达的基因，并发现了539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖受孕后4-8周的颅面组织，未能覆盖整个发育过程	解析颅面疾病的分子机制并识别相关候选基因	人类颅面组织（受孕后4-8周）	基因组学	颅面畸形	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	多个受孕后4-8周的人类颅面组织样本（具体数量未明确说明）
464	2025-07-20	Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing 2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad449 PMID:37498558	research paper	提出了一种名为SCISSORS的半监督优化框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的子簇	SCISSORS通过轮廓评分和多步骤半监督重新聚类过程，准确分析广泛簇中的子簇，特别针对稀有细胞类型的识别	未明确提及具体局限性，但稀有细胞识别可能受数据质量和初始聚类结果的影响	提高单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞簇	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	半监督学习框架	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
465	2025-07-20	Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing 2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04498-w PMID:36469154	研究论文	通过单细胞RNA测序评估SPP1-CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用	揭示了SPP1-CD44在肝内胆管癌中的免疫抑制功能及其与T细胞增殖的负相关性	样本量较小（仅9名患者），且未进行实验验证	探究SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用	肝内胆管癌患者的肿瘤组织和邻近肝组织	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	CellChat, CytoSig	转录组数据	9名患者的62,770个细胞
466	2025-07-20	Heterogeneity and Functional Analysis of Cardiac Fibroblasts in Heart Development 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551164 PMID:37577541	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序和生物信息学方法分析了心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育中的功能	首次系统比较了心脏成纤维细胞的转录谱，揭示了其异质性，并通过条件性DTA系统消融技术明确了成纤维细胞在不同发育阶段的功能差异	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育过程中的功能	小鼠心脏成纤维细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 单分子原位杂交, DTA系统	NA	基因表达数据	两个小鼠品系在18个发育阶段的成纤维细胞
467	2025-07-20	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	研究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的代谢适应性丧失机制及通过细胞因子工程克服的方法	揭示了CAR-NK细胞在体内演化过程中的代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出了通过IL-15工程化改造部分恢复代谢适应性的创新策略	研究主要基于临床前淋巴瘤模型和少量患者样本，需要更大规模的临床验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制及改进策略	CAR-NK细胞及其与肿瘤的相互作用	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	临床前淋巴瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	临床前模型样本+2例患者样本(1例响应者+1例非响应者)
468	2025-07-20	Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways 2023-07-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007 PMID:37339634	研究论文	该研究探讨了胰腺弹性蛋白酶（PE）如何通过影响机械信号和PAR2通路来改变腺泡细胞与β细胞的通讯，进而影响β细胞存活	首次发现PE在2型糖尿病患者中上调，并通过高通量筛选鉴定出telaprevir作为有效的PE抑制剂，能够提高β细胞存活率并改善葡萄糖耐量	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证telaprevir的效果	探索PE在β细胞存活中的作用，并寻找潜在的治疗糖尿病策略	人类和啮齿动物的β细胞	糖尿病研究	2型糖尿病	高通量筛选、磷酸抗体微阵列、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据、基因表达数据	来自T2D患者的腺泡细胞和胰岛细胞
469	2025-07-20	p38MAPKα Stromal Reprogramming Sensitizes Metastatic Breast Cancer to Immunotherapy 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0907 PMID:36883955	研究论文	本研究探讨了p38MAPKα抑制通过重编程转移性肿瘤微环境，增强乳腺癌对免疫疗法的敏感性	发现p38MAPKα抑制与OX40激动剂联合使用可协同减少转移性生长并提高生存率，同时揭示了该疗法在抗原性乳腺癌中的潜在效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索提高转移性乳腺癌免疫疗法效果的策略	转移性乳腺癌及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
470	2025-07-20	Single-cell transcriptome analysis of xenotransplanted human retinal organoids defines two migratory cell populations of nonretinal origin 2023-05-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.04.004 PMID:37163980	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究异种移植的人类视网膜类器官中两种非视网膜来源的迁移细胞群	发现移植的视网膜类器官细胞中存在非视网膜来源的星形胶质细胞和脑/脊髓样神经前体细胞，这些细胞在培养的类器官中罕见或缺失	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索移植的人类视网膜类器官细胞在受体视网膜中的行为及其潜在治疗应用	人类视网膜类器官细胞和光感受器缺陷小鼠	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	光感受器缺陷小鼠和人类视网膜类器官细胞
471	2025-07-20	Integrated transcriptomics contrasts fatty acid metabolism with hypoxia response in β-cell subpopulations associated with glycemic control 2023-Mar-28, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09232-5 PMID:36978008	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肥胖SM/J小鼠中β细胞亚群的基因表达及其与血糖控制相关的遗传网络	整合单细胞和批量RNA测序数据，识别与肥胖中β细胞功能相关的新亚群和遗传通路	研究仅针对肥胖SM/J小鼠，结果可能不适用于其他模型或人类	探索β细胞异质性及其对糖尿病治疗的影响	肥胖SM/J小鼠的胰腺胰岛β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	肥胖SM/J小鼠的胰腺胰岛β细胞
472	2025-07-20	Extracellular vesicle distribution and localization in skeletal muscle at rest and following disuse atrophy 2023-03-10, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-023-00315-1 PMID:36895061	研究论文	本研究探讨了骨骼肌中细胞外囊泡（EVs）的分布和定位，以及在废用性萎缩后的变化	揭示了骨骼肌EVs的生物发生因子表达和细胞定位，并比较了废用性萎缩对EV浓度的影响	研究未明确EVs在骨骼肌适应性反应中的具体作用机制	研究骨骼肌EVs的生物发生、标记表达、细胞定位及废用性萎缩对其浓度的影响	大鼠和人类的骨骼肌及血清中的EVs	细胞生物学	骨骼肌萎缩	密度梯度超速离心、荧光相关光谱测量、qPCR、scRNA-seq、免疫组织化学、纳米颗粒追踪分析	NA	RNA测序数据、血清EV浓度数据	大鼠和人类模型
473	2025-07-20	A cellular taxonomy of the adult human spinal cord 2023-02-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.007 PMID:36731429	研究论文	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成人人类脊髓的细胞分类学	首次对人类脊髓细胞进行系统分类，并揭示了运动神经元在肌萎缩侧索硬化症（ALS）中的分子特征	研究样本量有限，可能无法完全代表人类脊髓细胞的多样性	揭示人类脊髓细胞的多样性和功能特征，特别是与疾病相关的分子机制	成人人类脊髓细胞	单细胞测序	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
474	2025-07-20	Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment 2023-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011 PMID:36309131	研究论文	本研究探讨了非连接性Claudin-1（CLDN1）作为肝细胞癌（HCC）治疗靶点的潜力，并开发了特异性单克隆抗体以抑制肿瘤生长和重塑肿瘤微环境	首次将非连接性CLDN1作为HCC的治疗靶点进行研究，并开发了特异性单克隆抗体，展示了其在抑制肿瘤生长和重塑肿瘤微环境方面的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力，并开发相关治疗方法	肝细胞癌（HCC）患者来源的细胞系、3D体外模型和异种移植小鼠模型	肿瘤学	肝细胞癌	单克隆抗体技术、单细胞RNA测序	患者来源的异种移植（PDX）模型	基因表达数据、肿瘤生长数据	大量患者来源的细胞系和动物模型
475	2025-07-20	Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016 PMID:36608902	研究论文	研究探讨了肠内分泌细胞（EECs）如何通过调节隐窝代谢来保护干细胞微环境，以响应营养变化	揭示了EECs在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用，以及其对隐窝代谢的调控机制	研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能不完全反映人体内复杂生理环境	探究EECs在调节肠道干细胞微环境代谢中的作用	小鼠肠道上皮细胞和人类肠道类器官	细胞生物学	NA	间接热量测定、1H-NMR代谢组学、线粒体实时成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序	VillinCreERT2小鼠模型、NEUROG3-null人类多能干细胞衍生的肠道类器官	代谢数据、成像数据、单细胞转录组数据	NA
476	2025-07-20	A novel cuproptosis-related gene signature of prognosis and immune microenvironment in head and neck squamous cell carcinoma cancer 2023-Jan, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04471-7 PMID:36376617	研究论文	本研究通过分析头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中铜死亡相关基因(CRGs)的差异表达和遗传变异，构建了预测HNSCC患者生存的CRG风险模型	首次系统评估了HNSCC中CRGs的差异表达和遗传变异，并构建了预测患者生存的CRG风险模型	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探索铜死亡相关基因在HNSCC中的预后价值和免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序、lasso回归、Cox分析	CRG风险模型	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的HNSCC样本
477	2025-07-20	CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis 2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202201537R PMID:36468677	研究论文	该研究探讨了CD73在胰腺炎中通过生成细胞外腺苷促进中性粒细胞介导的组织损伤的解决和抑制化生的作用	揭示了CD73通过生成细胞外腺苷在胰腺炎炎症解决中的关键作用，并提出了CD73增强剂作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺炎中的效果尚需进一步验证	探究CD73在胰腺炎炎症解决和化生抑制中的作用机制	CD73敲除小鼠和野生型C57BL/6小鼠	基础医学研究	胰腺炎	免疫组织化学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织病理学数据	CD73敲除小鼠和野生型小鼠(具体数量未明确说明)
478	2025-07-20	The Simple prEservatioN of Single cElls method for cryopreservation enables the generation of single-cell immune profiles from whole blood 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1271800 PMID:38090590	研究论文	本文介绍了一种名为SENSE的单步冷冻保存全血方法，用于生成高质量的单细胞免疫图谱	开发了SENSE方法，简化了单细胞RNA测序前的样本处理步骤，无需特殊设备或训练有素的人员	仅在6个全血样本中进行了验证，样本量较小	开发一种简化的单细胞冷冻保存方法，促进临床转化研究	全血样本中的单细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	6个全血样本，共22,353个细胞
479	2025-07-20	EasyCellType: marker-based cell-type annotation by automatically querying multiple databases 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad029 PMID:36998720	研究论文	开发了一个名为EasyCellType的用户友好计算工具，用于自动比对输入标记列表与数据库，并提供图形化注释推荐	提出了一个自动化方法，结合两种统计测试（基因集富集分析和改进的Fisher精确检验），并支持自定义数据库和组织类型选择	未提及具体性能比较或在大规模数据集上的验证	简化单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释过程	单细胞RNA测序数据中的细胞标记	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未提及具体样本数量
480	2025-07-20	Processing and cryopreservation of human ureter tissues for single-cell and spatial transcriptomics assays 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101854 PMID:36595885	研究论文	本文描述了处理和冷冻保存人类输尿管组织以进行单细胞和空间转录组学测定的优化协议	优化了从输尿管组织生成、冷冻保存和解冻单细胞悬浮液的协议，以及用于空间基因表达平台的冷冻保存协议	需要参考其他文献以获取完整的协议执行细节	为单细胞RNA测序和空间转录组学提供优化的组织处理和冷冻保存方法	人类输尿管组织	生物医学工程	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA