单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-11	Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.003 PMID:40010349	研究论文	该研究通过建立人类肠道类器官中BEST4/CA7细胞的培养协议，揭示了这些细胞在电解质平衡和免疫反应中的作用，特别是在细菌感染引起的腹泻中的关键功能	首次在人类肠道类器官中培养出BEST4/CA7细胞，并揭示了其在细菌毒素引起的腹泻中的CFTR介导的液体分泌机制	由于BEST4/CA7细胞在小鼠中不存在，且缺乏人类体外模型，研究受到一定限制	探索BEST4/CA7细胞在电解质平衡和免疫反应中的功能	人类肠道中的BEST4/CA7细胞	细胞生物学	腹泻	单细胞RNA测序	人类肠道类器官	NA	NA
462	2025-05-11	Knowledge of the genetics of human pain gained over the last decade from next-generation sequencing 2025-Apr, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107667 PMID:39988004	review	本文回顾了过去十年中利用下一代测序（NGS）技术在人类疼痛遗传学领域取得的进展	揭示了SCN9A和NTRK1等基因的突变谱，开发了基于NGS的预测模型，并发现了非编码RNA的新治疗途径	面临复杂数据分析和罕见遗传变异功能未知的挑战	探索疼痛感知的分子和细胞基础，改善个性化疼痛管理	人类疼痛相关基因和遗传变异	遗传学	疼痛相关疾病（如遗传性感觉神经病变、骨关节炎、类风湿性关节炎）	NGS（下一代测序）、单细胞转录组学	NGS-based classifier	基因组数据、转录组数据	NA
463	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing reveals ECM remodeling-tumor stiffness-FAK as a key driver of vestibular schwannoma progression 2025-Apr, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102730 PMID:39988022	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了细胞外基质重塑-肿瘤硬度-FAK在前庭神经鞘瘤进展中的关键作用	首次揭示了ECM重塑-肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的机制，并验证了FAK作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究肿瘤硬度-FAK信号通路在前庭神经鞘瘤进展中的作用	前庭神经鞘瘤(VS)	肿瘤生物学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
464	2025-05-11	Network-based analysis of Alzheimer's Disease genes using multi-omics network integration with graph diffusion 2025-Apr, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2025.104797 PMID:39993589	research paper	该研究通过整合多组学网络数据，分析阿尔茨海默病基因的网络特性，挑战了传统认为AD基因主要是网络中心节点的观点	利用多组学网络整合和图扩散方法构建高质量网络，发现AD基因并非总是高度中心化的节点，而是分布在不同的中心性四分位数中	研究仅关注已知AD基因的网络特性，可能忽略了其他潜在相关基因	探究阿尔茨海默病基因在生物网络中的特性	阿尔茨海默病相关基因	生物信息学	阿尔茨海默病	microarray, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序	图扩散方法	基因表达数据	NA
465	2025-05-11	A novel coarsened graph learning method for scalable single-cell data analysis 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109873 PMID:39999493	研究论文	提出了一种名为FACH的新型图粗化学习方法，用于可扩展的单细胞数据分析	利用特征感知的图粗化哈希技术（FACH），结合局部敏感哈希，显著提高了单细胞数据处理的效率和适应性	未明确提及具体局限性	解决大规模单细胞数据图表示的计算挑战，提高分析效率和准确性	单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术	图神经网络	单细胞数据	未明确提及具体样本量，但提到在Baron Human数据集上达到88.1%的分类准确率
466	2025-05-11	Enhanced single-cell RNA-seq embedding through gene expression and data-driven gene-gene interaction integration 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109880 PMID:39999494	研究论文	提出了一种新的单细胞RNA测序嵌入方法，整合基因表达谱和数据驱动的基因-基因相互作用	通过构建Cell-Leaf Graph和K-Nearest Neighbor Graph，结合图神经网络，更全面地表示细胞状态	未提及具体的技术实现细节或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据的嵌入质量，以更好地理解细胞异质性和功能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	随机森林模型, 图神经网络	基因表达数据	多个数据集（未提及具体数量）
467	2025-05-11	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	review	该综述讨论了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以增强重编程效率并扩展从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型库	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
468	2025-05-11	Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991 PMID:40258090	research paper	提出了一种名为iSORT的迁移学习方法，通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据来解析细胞的空间组织	iSORT能够以单细胞尺度发现空间模式，识别驱动模式的空间组织基因（SOGs），并利用SpaRNA速度概念推断伪生长轨迹	NA	解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞模式	人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎和人类发育心脏等生物系统	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	神经网络	基因表达数据、空间位置数据	多种生物系统样本，包括正常和动脉粥样硬化动脉
469	2025-05-11	Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855 PMID:39996324	research paper	研究PPARδ在急性肺损伤中通过STAT1/CXCL10信号通路调节血管高通透性的作用	揭示了PPARδ通过抑制CXCL10介导的血管高通透性在急性肺损伤中的新抗炎作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究PPARδ在维持血管内皮屏障完整性中的作用及其机制	内皮细胞选择性PPARδ敲除小鼠和同窝对照小鼠	分子生物学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	PpardEC-KO和PpardEC-WT小鼠
470	2025-05-11	Positive Prognostic Overall Survival Impacts of Methylated TGFB2 and MGMT in Adult Glioblastoma Patients 2025-Mar-27, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17071122 PMID:40338274	research paper	探讨了TGFB2和MGMT基因甲基化对成人胶质母细胞瘤患者总体生存期的积极影响	首次发现TGFB2和MGMT基因甲基化水平升高可预测胶质母细胞瘤患者总体生存期改善，尤其在年轻成年男性患者中效果显著	研究基于TCGA数据集，可能需要更多独立数据集验证	评估TGFB2和MGMT基因甲基化对胶质母细胞瘤患者预后的影响	成人胶质母细胞瘤患者	digital pathology	glioblastoma	甲基化分析，单细胞RNA-seq	Cox比例风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胶质母细胞瘤患者样本
471	2025-05-11	eIF3f promotes tumour malignancy by remodelling fatty acid biosynthesis in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-26, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.045 PMID:40154622	research paper	本研究探讨了eIF3f在肝细胞癌（HCC）中通过调节脂肪酸生物合成促进肿瘤恶性化的机制	揭示了eIF3f通过K48连接的去泛素化稳定ACSL4，促进脂肪酸生物合成和肿瘤恶性化的新机制	需要进一步的临床研究来验证eIF3f靶向治疗在人类患者中的疗效	阐明HCC中脂肪酸代谢的分子机制，为精准治疗提供潜在靶点	肝细胞癌（HCC）组织和肿瘤微环境	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、代谢流分析、透射电子显微镜、飞行时间质谱流式细胞术、多重免疫组化	多物种模型	RNA测序数据、代谢数据、蛋白质数据、影像数据	未明确说明样本数量，但使用了HCC组织和多种实验模型
472	2025-05-11	Sox9 and nuclear factor I transcription factors regulate the timing of neurogenesis and ependymal maturation in dopamine progenitors 2025-Mar-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204421 PMID:39995267	research paper	研究Sox9和核因子I转录因子如何调节多巴胺祖细胞中神经发生和室管膜细胞成熟的时间	揭示了Sox9和核因子I转录因子在多巴胺祖细胞G0期进入和室管膜细胞成熟中的关键作用	未探讨这些转录因子在其他类型祖细胞中的作用	阐明多巴胺祖细胞中神经发生和细胞成熟的时间调控机制	中脑多巴胺神经元祖细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、组织学分析	NA	基因表达数据、组织图像	不同胚胎阶段的中脑多巴胺祖细胞
473	2025-05-11	Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress 2025-Mar-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655 PMID:39992808	research paper	通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析，研究急性和慢性压力诱导的小鼠抑郁样行为模型中海马区糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性	首次在急性和慢性压力诱导的抑郁样行为模型中，系统分析了海马区糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性，并鉴定了相关的糖基化基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索压力相关抑郁的糖基化机制	小鼠海马区	糖生物学	抑郁症	N-糖蛋白组学、蛋白质组学、ScRNA-seq	小鼠抑郁样行为模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	对照、急性压力影响(AS)和慢性轻度压力影响(CMS)的小鼠海马区样本
474	2025-05-11	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	research paper	提出一种计算方法来加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别，利用机器学习整合单细胞RNA测序数据和其他特征	首次展示仅基于单细胞RNA测序数据的模型能稳健预测与自闭症谱系障碍（ASD）、发育性和癫痫性脑病（DEE）以及发育迟缓（DD）相关的基因，并发现单等位基因和双等位基因在人类发育皮层中的表达模式差异	未提及具体样本量或数据来源的详细限制	加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别	神经发育障碍（NDD）风险基因	machine learning	neurodevelopmental disorder	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	semi-supervised machine learning framework (mantis-ml)	RNA测序数据和其他特征数据	NA
475	2025-05-11	Saltiness Enhancement of Soy Peptides by Modulating Amiloride-Insensitive Salt-Responsive Cells and Interacting with Cell Membranes 2025-Mar-05, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12256 PMID:39993222	研究论文	本研究探讨大豆肽E、DG和9AA通过调节非阿米洛利敏感性盐响应细胞和与细胞膜相互作用增强咸味的机制	揭示了大豆肽E和DG通过氢键和水桥与TMC4形成更稳定的结合，以及肽E通过其N端谷氨酸吸附到脂质体上间接调节味觉受体功能的机制	研究仅针对三种大豆肽，未涵盖其他可能具有咸味增强效果的肽类	探究大豆肽增强咸味的分子机制及其在食品工业中减盐应用的潜力	大豆肽E (EDEGEQPRPF)、DG (DEGEQPRPFP) 和 9AA (DEGEQPRPF)	食品科学	NA	感官评价、钙成像、单细胞RNA测序、分子动力学模拟	NA	生物分子相互作用数据、感官评价数据、基因表达数据	三种大豆肽(具体样本量未明确说明)
476	2025-05-11	COME: contrastive mapping learning for spatial reconstruction of single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf083 PMID:39992219	研究论文	提出了一种名为COME的对比映射学习方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复空间信息	通过对比映射学习在ST和scRNA-seq数据之间建立联系，有效捕获细胞-斑点关系并恢复scRNA-seq数据的空间信息	未明确提及具体限制	从单细胞RNA测序数据中恢复丢失的空间信息	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组(ST)	对比映射学习	基因表达数据	未明确提及具体样本量
477	2025-05-11	Scupa: single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf090 PMID:39999031	research paper	开发了一种名为Scupa的计算方法，用于全面评估免疫细胞的极化状态	首次提出了一种系统性评估单细胞RNA测序数据中细胞因子驱动极化的计算方法	NA	评估免疫细胞在细胞因子驱动下的极化状态	免疫细胞	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	Universal Cell Embeddings	single-cell RNA sequencing data	14种免疫细胞类型
478	2025-05-11	Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415557122 PMID:40009641	研究论文	研究探讨了辐射诱导的细胞可塑性如何为胶质母细胞瘤（GBM）的分化治疗创造条件，以及forskolin在联合治疗中的作用	利用辐射诱导的多能性状态，结合forskolin改变胶质瘤细胞的命运，提出了一种新的分化治疗方法	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤的新型治疗方法，提高患者生存率	胶质母细胞瘤细胞和小鼠模型	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	体外胶质瘤细胞和小鼠模型
479	2025-05-11	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	research paper	该研究揭示了红细胞祖细胞（EPCs）在脾脏与肿瘤之间的相互作用中抑制肿瘤免疫并促进肿瘤进展的机制	首次发现EPCs在脾脏与肿瘤之间建立了一种先前未被认识的连接，通过分泌肝素结合生长因子调节PD-L1介导的免疫抑制，并通过CCL5/CCR5轴迁移至肿瘤，削弱局部抗肿瘤免疫	研究主要关注头颈部鳞状细胞癌患者，可能不适用于其他类型的癌症	探索肿瘤发展过程中系统性免疫的动态变化及其对免疫治疗的影响	红细胞祖细胞（EPCs）、脾脏与肿瘤的相互作用	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及头颈部鳞状细胞癌患者
480	2025-05-11	Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter 2025-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01878-6 PMID:39994409	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠前脑灰质和白质星形胶质细胞的异质性，揭示了白质星形胶质细胞的区域特异性分子特性	首次揭示了白质星形胶质细胞与灰质星形胶质细胞的显著差异，并发现白质星形胶质细胞具有区域特异性分子特性，特别是胼胝体白质可能持续产生星形胶质细胞	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证所有发现	探索白质星形胶质细胞的异质性及其与灰质星形胶质细胞的区别	小鼠前脑灰质和白质（特别是胼胝体）的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠前脑组织样本