单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-05-01	Clonal GZMK+CD8+ T cells are identified as a hallmark of the pathogenesis of cGVHD-induced bronchiolitis obliterans syndrome after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-Feb, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105535 PMID:39740295	研究论文	本研究通过多种技术手段发现并验证了GZMK+CD8+ T细胞在cGVHD-BOS发病机制中的关键作用	首次鉴定出GZMK+CD8+ T细胞作为cGVHD-BOS的新型细胞标志物，并发现其通过诱导纤维化蛋白表达促进疾病进展	样本量相对有限（22例cGVHD患者和11例对照），需要在更大规模临床样本中验证	探索慢性移植物抗宿主病相关闭塞性细支气管炎综合征（cGVHD-BOS）的发病机制	异基因造血干细胞移植后患者和小鼠模型	免疫病理学	移植物抗宿主病/闭塞性细支气管炎综合征	质谱流式细胞术(CyTOF)、RNA测序、定量细胞因子阵列、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞V(D)J测序	cGVHD-BOS小鼠模型	血液样本、单细胞转录组数据	33例allo-HSCT患者（22例cGVHD+11例对照）+小鼠模型
462	2025-05-01	β-Catenin mediated TAM phenotype promotes pancreatic cancer metastasis via the OSM/STAT3/LOXL2 axis 2025-Feb, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101096 PMID:39740539	研究论文	本文研究了β-连环蛋白通过调节肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的表型和功能，促进胰腺导管腺癌（PDAC）转移的分子机制	发现了一个新的β-连环蛋白/OSM-STAT3/LOXL2信号轴，揭示了β-连环蛋白在调节TAM功能和表型中的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有限	探究TAMs促进PDAC进展的分子机制，特别是β-连环蛋白信号在调节TAM表型和功能中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 体外共培养系统, 体内肺转移模型	THP-1来源的巨噬细胞, Panc02肺转移模型	基因表达数据, 单细胞数据	PDAC标本及THP-1来源的巨噬细胞
463	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of esophageal squamous cell carcinoma with lymph node metastases 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01369-x PMID:39741182	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究食管鳞状细胞癌淋巴结转移的细胞和分子特征	首次结合单细胞测序、空间转录组学和多重免疫组化技术全面分析ESCC淋巴结转移的细胞亚群和分子机制	样本量较小（仅12例患者），需要更大规模研究验证发现	阐明食管鳞状细胞癌淋巴结转移的细胞和分子机制	12例转移性ESCC患者的原发肿瘤样本、癌旁组织、转移和非转移淋巴结	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，空间转录组学(ST)，多重免疫组化(mIHC)	NA	单细胞转录组数据，空间转录组数据，免疫组化数据	12例ESCC患者的161,333个细胞
464	2025-05-01	CD300E+ macrophages facilitate liver regeneration after splenectomy in decompensated cirrhotic patients 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01371-3 PMID:39741181	研究论文	本研究探讨了脾切除术后CD300E+巨噬细胞在肝硬化患者肝再生中的作用	首次揭示了CD300E+巨噬细胞通过分泌NAMPT促进肝细胞NAD合成，从而促进肝再生的机制	样本量较小（54例患者），且仅进行了3对肝脏组织的单细胞RNA测序	探索脾切除术后肝硬化患者肝再生的免疫微环境变化	肝硬化患者和小鼠模型	免疫学	肝硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠肝硬化模型	临床数据和单细胞RNA测序数据	54例失代偿期肝硬化患者和3对肝脏组织样本
465	2025-05-01	SPOCK2 controls the proliferation and function of immature pancreatic β-cells through MMP2 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01380-2 PMID:39741186	research paper	该研究揭示了SPOCK2通过MMP2调控未成熟胰腺β细胞的增殖和功能	首次发现SPOCK2作为细胞外基质蛋白抑制未成熟β细胞增殖，并阐明其通过MMP2-β-integrin-FAK-c-JUN通路发挥作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索调控干细胞来源β细胞增殖和功能的分子机制	人多能干细胞衍生的β细胞(SC-β-cells)	干细胞生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 双向表达调控	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用SC-β-cells进行实验
466	2025-05-01	Brain-wide cell-type-specific transcriptomic signatures of healthy ageing in mice 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08350-8 PMID:39743592	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，系统描绘了小鼠大脑中与健康衰老相关的细胞类型特异性转录组变化	提供了包含约120万个高质量单细胞转录组的全面数据集，揭示了14个偏向衰老的细胞簇及2449个差异表达基因，并发现下丘脑第三脑室可能是小鼠大脑衰老的中心	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究哺乳动物大脑中不同类型细胞对衰老的差异敏感性及转录组变化	年轻和老年小鼠的脑细胞（来自前脑、中脑和后脑）	单细胞转录组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约120万个高质量单细胞转录组（来自年轻和老年小鼠）
467	2025-05-01	Genetic associations between immune-related plasma proteins and neurodegenerative diseases 2025-Feb, Neurological research IF:1.7Q4 DOI:10.1080/01616412.2024.2448745 PMID:39743746	research paper	本研究通过整合GWAS数据和血浆蛋白质组分析，探讨了免疫相关血浆蛋白与神经退行性疾病风险之间的关联	首次系统地评估了免疫相关血浆蛋白对多种神经退行性疾病风险的直接影响，并利用单细胞RNA测序数据分析了蛋白表达水平	研究主要基于GWAS数据，可能无法完全捕捉蛋白质与疾病之间的复杂因果关系	探究免疫相关血浆蛋白与神经退行性疾病风险之间的遗传关联	阿尔茨海默病(AD)、帕金森病(PD)、肌萎缩侧索硬化症(ALS)和多发性硬化症(MS)	基因组学	神经退行性疾病	GWAS, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 蛋白质组数据	4907种免疫相关血浆蛋白的GWAS数据
468	2025-05-01	Single-Cell Transcriptomics Identifies Selective Lineage-Specific Regulation of Genes in Aortic Smooth Muscle Cells in Mice 2025-Feb, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321482 PMID:39744838	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，识别了小鼠主动脉平滑肌细胞中特定谱系基因的选择性调控	首次揭示了控制近端胸主动脉中CNC和SHF来源的平滑肌细胞之间存在有限的但独特的转录组差异	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚待验证	探究不同谱系来源的主动脉平滑肌细胞在转录调控上的差异	小鼠近端胸主动脉的平滑肌细胞	单细胞转录组学	胸主动脉疾病	单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	14周龄SHF追踪和CNC追踪的雄性小鼠的主动脉根部和升主动脉分离细胞
469	2025-05-01	mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis 2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00189.2024 PMID:39745695	研究论文	本研究探讨了mTOR信号通路在TGF-β诱导的人肺成纤维细胞代谢重编程中的作用及其在肺纤维化中的意义	首次全面揭示了mTOR和ATF4在调控肺成纤维细胞多种代谢通路中的作用，并发现这些通路在IPF患者病理性成纤维细胞中的表达增加	研究主要基于体外细胞实验和公开数据库分析，缺乏直接的体内功能验证	探究mTOR信号通路在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用机制	人肺成纤维细胞和IPF患者的肺组织样本	分子生物学	肺纤维化	RNA测序、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析	NA	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量，使用了公共单细胞RNA-seq数据集
470	2025-05-01	Circulatory age-associated B cells: Their distinct transcriptomic characteristics and clinical significance in drug-naïve patients with rheumatoid arthritis 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110425 PMID:39746429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了类风湿性关节炎（RA）患者外周血中的B细胞亚群，特别关注了年龄相关B细胞（ABCs）的转录组特征及其临床意义	首次揭示了ABCs在RA中的髓系样表型特征及其与疾病活动的相关性，并提出了SYK作为关键调控因子	研究样本仅限于未接受药物治疗的RA患者，未验证ABCs作为生物标志物的长期预测价值	探究ABCs在RA发病机制中的作用及其作为疾病活动标志物的潜力	未接受药物治疗的RA患者外周血中的B细胞亚群	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、网络分析	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的RA患者外周血样本
471	2025-05-01	Cardiac conduction system regeneration prevents arrhythmias after myocardial infarction 2025-Feb, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00586-x PMID:39753976	research paper	该研究探讨了心肌梗死后心脏传导系统再生与心律失常的关系	揭示了新生儿小鼠心脏再生过程中传导系统的恢复机制，以及非再生阶段病理性重塑的差异	研究主要基于小鼠模型，人类心脏的再生能力可能不同	研究心肌梗死后心脏传导系统再生与心律失常的机制	新生儿小鼠心脏和人类心脏	心血管疾病研究	心血管疾病	scRNA-seq, 组织透明化全器官成像	小鼠模型	基因表达数据, 影像数据	NA
472	2025-05-01	Inferring multi-slice spatially resolved gene expression from H&E-stained histology images with STMCL 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.016 PMID:39755346	research paper	提出了一种名为STMCL的新型多模态对比学习框架，用于从H&E染色的组织学图像中推断空间基因表达	STMCL整合了组织学图像、基因表达特征和位置信息，能够更准确地预测空间基因表达谱，并捕捉癌症特异性高表达基因	NA	开发一种成本效益高的方法，用于从H&E染色的组织学图像中预测空间基因表达	空间基因表达谱	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, deep learning	multimodal contrastive learning framework (STMCL)	image, gene expression data	四种由10X Genomics平台生成的多切片空间转录组数据集
473	2025-05-01	Sonic Hedgehog signaling regulates the optimal differentiation pace from early-stage mesoderm to cardiogenic mesoderm in mice 2025-Feb, Development, growth & differentiation DOI:10.1111/dgd.12955 PMID:39783159	研究论文	本研究揭示了Sonic Hedgehog（Shh）信号在小鼠心脏发育早期阶段中调控心脏分化速度的作用	阐明了Shh信号通过抑制T细胞过早分化为Mesp1新生中胚层细胞来调控心脏分化速度的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异	探究Shh信号在心脏发育最早阶段的作用机制	小鼠早期中胚层细胞和心脏中胚层细胞	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
474	2025-05-01	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal heterogeneity characteristics and specific cell subtype regulators in growth hormone-secreting pituitary adenomas 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002178 PMID:39784532	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析揭示了生长激素分泌型垂体腺瘤的异质性特征及特定细胞亚型调控因子	首次构建了GHPA的单细胞和空间转录组图谱，鉴定了16种肿瘤细胞亚型及三种恶性倾向亚型，并发现特定转录因子可能调控细胞恶性倾向	样本量相对较小（10例GHPA样本），且仅部分样本进行了空间转录组测序	识别GHPA的肿瘤异质性和预后相关标志物	生长激素分泌型垂体腺瘤（GHPA）	数字病理学	垂体腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	单细胞转录组数据，空间转录组数据	10例GHPA样本（其中4例进行了空间转录组测序）和4例正常垂体样本作为对照
475	2025-05-01	Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma 2025-Feb, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002 PMID:39787746	研究论文	利用空间转录组学分析HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌肿瘤微环境的显著差异	首次在外阴鳞状细胞癌中应用空间转录组学技术，揭示了HPV依赖性和非依赖性肿瘤在免疫细胞组成和基因表达上的显著差异	样本量较小（仅4例早期VSCC病例），可能影响结果的普遍性	探索HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌的肿瘤微环境差异	HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌患者组织样本	数字病理学	外阴鳞状细胞癌	10× Genomics Visium空间转录组学平台，CIBERSORTx细胞类型推断	NA	空间转录组数据	4例早期VSCC病例（2例HPV依赖性，2例非依赖性）的28,183个Visium检测点
476	2025-05-01	Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02036-7 PMID:39779958	研究论文	本文开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析	开发了PERFF-seq方法，解决了传统流式分选需要高保真抗体的限制，并能够基于RNA转录本丰度富集稀有细胞状态	方法依赖于特定RNA转录本的丰度，可能不适用于所有细胞类型或状态	开发一种新方法以富集和分析稀有细胞状态	免疫细胞群和脑组织中的细胞核	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA FlowFISH	NA	RNA测序数据	免疫细胞群（n=184,126个细胞），脑组织（n=33,145个细胞核）
477	2025-05-01	Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia 2025-Feb, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03407-7 PMID:39775038	研究论文	通过多组学策略揭示了严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞和分子特征	首次使用多组学方法（包括单细胞RNA测序和空间转录组学）全面解析严重子痫前期患者的蜕膜化抵抗机制	样本量相对较小（sPE患者11例，对照12例），需要在更大样本中验证发现	探究严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的分子机制	严重子痫前期患者和对照组的子宫内膜组织	生殖医学	子痫前期	scRNA-seq, 空间转录组学, 激光捕获显微切割/质谱	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据	23例子宫内膜样本（11例sPE患者，12例对照）
478	2025-05-01	The epitranscriptional factor PCIF1 orchestrates CD8+ T cell ferroptosis and activation to control antitumor immunity 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02047-w PMID:39762445	研究论文	研究发现RNA N 2'-O-二甲基腺苷（mA）甲基转移酶PCIF1负调控CD8 T细胞的抗肿瘤反应	首次揭示PCIF1通过调节mA修饰的靶基因（如Fth1、Slc3a2和Cd69）来抑制CD8 T细胞的铁死亡和激活，从而影响抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证较少	探究PCIF1在CD8 T细胞抗肿瘤免疫中的作用机制	CD8 T细胞和肿瘤微环境	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、蛋白质组学、mA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠模型和部分临床患者样本
479	2025-05-01	Immunophenotyping of Synovial Tissue in Adolescents Undergoing ACL Reconstruction: What Is the Role of Synovial Inflammation in Arthrofibrosis? 2025-Feb, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465241305411 PMID:39772756	research paper	该研究探讨了前交叉韧带重建（ACLR）后滑膜炎症在关节纤维化中的作用，通过免疫表型分析揭示了不同免疫表型与早期运动范围及关节纤维化风险的相关性	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术对ACLR患者滑膜组织进行免疫表型分析，并发现三种不同的免疫表型与术后运动范围和关节纤维化风险相关	样本量较小（n=17），证据水平为4级（病例系列研究）	探究滑膜炎症在ACLR后关节纤维化中的作用机制	10-18岁接受初次ACLR的患者	digital pathology	关节疾病	流式细胞术，单细胞RNA测序	主成分分析（PCA）	生物组织样本	17例ACLR患者
480	2025-05-01	Multimodal transcriptomics reveal neurogenic aging trajectories and age-related regional inflammation in the dentate gyrus 2025-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01848-4 PMID:39762661	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了齿状回（DG）神经源性细胞及其周围微环境的转录组特征，以及随年龄增长的分子变化	整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了神经源性衰老轨迹及年龄相关的区域炎症	研究主要关注齿状回，未涉及其他脑区	探究齿状回神经源性细胞及其微环境在衰老过程中的分子变化	齿状回（DG）的神经干细胞（NSCs）及其周围微环境	神经科学	老年性疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA