单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-08-04	Basophils Play a Protective Role in the Recovery of Skin Barrier Function from Mechanical Injury in Mice 2024-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.024 PMID:38286187	研究论文	本研究探讨了嗜碱性粒细胞在小鼠皮肤机械损伤后屏障功能恢复中的保护作用	揭示了嗜碱性粒细胞通过下调Il17a表达对抗IL-17A对皮肤屏障功能恢复的负面影响的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中得到验证	探究皮肤机械损伤后屏障功能恢复的分子机制	小鼠皮肤机械损伤模型	免疫学	皮肤损伤	单细胞RNA测序、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明小鼠数量
462	2025-08-04	Spock2 Functions as a Key Time-Series Gene of Endothelial Cells in Sepsis-Induced Cardiomyopathy 2024-Aug-01, Journal of cardiovascular pharmacology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/FJC.0000000000001577 PMID:39115722	研究论文	本研究探讨了脓毒症诱导的心肌病中内皮细胞的关键时间序列基因Spock2的功能	通过时间序列分析和单细胞测序数据，鉴定了内皮细胞特异性时间依赖性差异表达基因Spock2，并验证了其在脓毒症中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证不足	研究脓毒症诱导的心肌病的发病机制	脓毒症小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	分子生物学	心血管疾病	转录组分析、单细胞测序、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	GSE171546和GSE207363数据集中的小鼠样本和人脐静脉内皮细胞
463	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	研究论文	本文介绍了一种名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动评估减少轨迹推断分析中的不确定性和决策负担	未提及具体的数据集限制或框架的适用范围	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
464	2025-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞，揭示早期大脑发育的功能相关生物标志物及其调控网络	利用scRNA-seq技术识别早期神经元发育中的差异表达基因，并通过富集分析和构建基因调控网络揭示其功能角色和相互作用	研究仅基于体外培养的hESCs分化数据，可能无法完全反映体内发育的复杂性	阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录动态	人类胚胎干细胞（hESCs）及其分化过程中的神经元	生物信息学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	hESCs体外分化至神经元第26天（D26）和第54天（D54）的scRNA-seq数据
465	2025-08-04	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	本文介绍了一种名为EMOGEA的框架，用于分析RNA-seq数据，该框架结合了测量不确定性，并特别适用于监测动态现象的数据	EMOGEA框架通过结合测量不确定性和特殊的时间序列数据建模方法，提供了对RNA-seq数据的更优分析，特别适用于低表达量转录本的研究	NA	改进RNA-seq数据的分析方法，特别是在时间序列和低表达量基因的研究中	时间序列RNA-seq数据，包括批量样本和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	EMOGEA	RNA-seq数据	斑马鱼胚胎发育的RNA-seq研究和小鼠植入前胚胎的scRNA-seq研究
466	2025-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种名为IGAN的新方法，用于推断细胞间通讯（CCC）及其上下游通路	首次能够估计两个特定空间相邻单细胞之间的基因关联/网络，并探索配体/受体的上下游通路	NA	理解细胞间通讯的调控机制	细胞间通讯及其基因关联网络	空间转录组学	NA	空间转录组学	IGAN	空间转录组数据	多个公共数据集
467	2025-08-04	Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae209 PMID:38706317	research paper	该研究提出了一种基于双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，以解决数据稀疏性和技术噪声问题	提出了scBFP方法，通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系进行数据插补和去噪	依赖于初始噪声数据构建的图结构，可能存在噪声传播风险	解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图特征传播	基因表达数据	NA
468	2025-08-04	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本研究探讨了β细胞中Jagged1表达对肥胖小鼠胰岛Notch活性和胰岛素分泌缺陷的影响	揭示了Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的增加及其对Notch信号的影响，并探索了Jagged1中和抗体的潜在治疗价值	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究肥胖小鼠和2型糖尿病患者中β细胞Jagged1表达对Notch信号和胰岛素分泌功能的影响	高脂饮食喂养的小鼠、瘦素受体缺陷小鼠(db/db)以及2型糖尿病患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)实验	诱导性β细胞特异性Jag1转基因小鼠(β-Jag1TG)和功能丧失小鼠(iβ-Jag1KO)	基因表达数据、生理功能测试数据	高脂饮食喂养小鼠、db/db小鼠和2型糖尿病患者的胰岛样本
469	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572214 PMID:38187768	research paper	本文介绍了一个名为Escort的框架，用于评估单细胞RNA测序数据是否适合进行轨迹推断，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法减少轨迹推断中的不确定性和决策负担	未提及具体的性能比较或实际应用案例	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
470	2025-08-04	Mitochondrial integrated stress response controls lung epithelial cell fate 2023-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06423-8 PMID:37558881	研究论文	本研究探讨了线粒体综合应激反应在肺上皮细胞命运调控中的作用	揭示了线粒体复合物I通过NAD再生调控细胞命运的新机制，并发现酵母NADH脱氢酶可挽救发育缺陷	研究主要基于小鼠模型，人类细胞中的适用性尚需验证	探究肺上皮细胞命运决定的代谢调控机制	小鼠肺上皮细胞（AT1和AT2细胞）	细胞生物学	肺发育异常	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠）
471	2025-08-03	Spatial Transcriptomic Analysis Reveals HDAC Inhibition Modulates Microglial Dynamics to Protect Against Ischemic Stroke in Mice 2025-Sep, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70035 PMID:40415727	研究论文	本研究通过空间转录组学分析揭示了HDAC抑制剂通过调节小胶质细胞动态来保护小鼠免受缺血性中风的损伤	首次揭示了HDAC抑制剂通过表观遗传调控改变小胶质细胞的转录组景观和形态表型，促使其向神经保护型转变	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索表观遗传干预调节小胶质细胞活性在缺血性中风中的治疗潜力	小鼠缺血性中风模型中的小胶质细胞	神经科学	缺血性中风	空间转录组学、3D形态重建技术	啮齿动物中风模型	转录组数据、形态数据	NA
472	2025-08-03	Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion 2025-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383 PMID:40614878	综述	本文综述了胶质母细胞瘤（GBM）中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响	探讨了灌注差异如何影响GBM的肿瘤内异质性，特别是免疫调节和治疗抵抗方面，并讨论了针对灌注诱导异质性的新兴治疗策略	NA	解码灌注在胶质母细胞瘤空间异质性中的作用，以改善治疗策略	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞和空间转录组学	NA	分子和遗传数据	NA
473	2025-08-03	Proteomic profiling of nasal fluids and serum for type 2 nasal polyps diagnosis 2025-Aug, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，识别鼻息肉中的炎症内型和复发模式，为T2 CRSwNP提供简单无创的诊断方法	结合蛋白质组学与机器学习，首次系统性评估鼻液和血清中蛋白质表达对T2 CRSwNP的预测价值，并鉴定出四个关键生物标志物	样本量相对较小（82例患者），且需要进一步验证生物标志物在其他人群中的适用性	评估鼻液和血清中蛋白质表达对T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（T2 CRSwNP）的预测价值	82例T2和非T2 CRSwNP患者的鼻液和血清样本	机器学习	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	邻近延伸分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序、逆转录定量聚合酶链反应	LASSO回归	蛋白质表达数据	82例患者
474	2025-08-03	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Aug, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间分辨转录组学，揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不清楚	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间分辨转录组学	NA	转录组数据	NA
475	2025-08-03	Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk 2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009 PMID:40514331	研究论文	通过整合外显子测序和机器学习方法，识别出MICB和干扰素通路基因作为系统性硬化症(SSc)的风险因素	结合外显子测序(ES)、进化作用-机器学习(EAML)框架、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和表达数量性状位点(eQTL)分析，识别新的蛋白质编码变异和致病通路	研究主要基于高加索人群和欧洲人群，可能限制了结果的普适性	识别系统性硬化症(SSc)的新型蛋白质编码变异和致病通路	2,559例SSc患者和893例对照(高加索人群)，以及9,846例SSc患者和18,333例对照(欧洲人群)	复杂疾病遗传学	系统性硬化症(SSc)	外显子测序(ES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析	进化作用-机器学习(EAML)	基因组数据、RNA测序数据	初始研究2,559例病例和893例对照，验证阶段9,846例病例和18,333例对照
476	2025-08-03	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Aug, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中根瘤器官发生的分子和细胞机制，特别关注豆科植物亚科	通过比较根瘤和侧根的发育，探讨了导致它们进化分化的调控变化，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具	主要关注豆科植物亚科，可能不适用于所有固氮植物	探索固氮共生中根瘤器官发生的调控机制及其进化历史	豆科植物亚科中的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、高级成像技术、系统基因组学	NA	转录组数据、成像数据	NA
477	2025-08-03	The Critical Role of APOE+ Macrophages in the Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70731 PMID:40736341	研究论文	本研究探讨了APOE+巨噬细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调节功能及其临床意义	通过单细胞转录组分析揭示了APOE+巨噬细胞的独特亚群，并开发了一个与APOE+巨噬细胞相关的风险模型（ARM），该模型在预后预测中表现出最高准确度	NA	阐明APOE+巨噬细胞在肺腺癌免疫微环境中的作用及其对预后的影响	肺腺癌肿瘤微环境中的APOE+巨噬细胞	数字病理学	肺腺癌	单细胞转录组分析，CellChat分析，多重免疫荧光分析	RSF和Ridge结合的机器学习模型	转录组数据，突变数据，免疫荧光数据	七个公共队列和三个前瞻性免疫治疗队列
478	2025-08-03	Lymph-node-derived stem-like but not tumor-tissue-resident CD8+ T cells fuel anticancer immunity 2025-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02219-2 PMID:40730900	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和遗传小鼠模型，系统分析了肿瘤和肿瘤引流淋巴结中细胞毒性T细胞的异质性和功能	发现淋巴结来源的干细胞样CD8+ T细胞而非肿瘤组织驻留的CD8+ T细胞在抗肿瘤免疫中起关键作用，并揭示了TGFβ在这一过程中的核心调控作用	研究主要基于小鼠模型，人类癌症中的发现需要进一步验证	阐明不同类型CD8+ T细胞在肿瘤控制和免疫检查点阻断治疗中的相对贡献	肿瘤和肿瘤引流淋巴结中的CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
479	2025-08-03	Use of integrated spatial transcriptomics and histopathological analysis in adamantinomatous craniopharyngiomas to identify stromal cells as a new cellular source of leukemia inhibitory factor 2025-Aug-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2025.4.JNS243146 PMID:40749237	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和组织病理学分析，鉴定出基质细胞作为白血病抑制因子（LIF）的新细胞来源，并探讨了其在颅咽管瘤（ACP）中的作用	首次证实了ACP中的LIF主要来源于肿瘤微环境基质细胞，并揭示了LIF/LIFR通过PI3K-AKT信号通路在肿瘤干细胞自我更新中的作用	样本量相对较小（39例ACP），且未进行功能验证实验	探索LIF在ACP中的空间分布、细胞来源及潜在生物学功能，为开发新的ACP治疗方法提供依据	39例颅咽管瘤（ACP）患者样本	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞测序、空间转录组分析、免疫组织化学、免疫荧光分析	NA	转录组数据、影像数据、组织病理学数据	39例ACP肿瘤样本
480	2025-08-03	Dysregulation of Rho-Associated Coiled-Coil Protein Kinase1 Depletes Neural Stem Cell Pool and Impairs Hippocampal Neurogenesis After Traumatic Brain Injury 2025-Aug-01, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70093 PMID:40749978	研究论文	研究创伤性脑损伤（TBI）后海马神经发生障碍的分子机制，特别是ROCK1在神经干细胞（NSCs）池耗竭和认知功能障碍中的作用	首次揭示了ROCK1在TBI后海马神经干细胞池过度激活和神经发生障碍中的关键作用，并提出了ROCK1-AKT信号轴的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TBI后海马神经发生障碍的分子机制及潜在治疗策略	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除（CKO）	Nestin-GFP报告小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型