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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-05-08 |
HIF1 inhibition targets tumoral and myeloid cells, and is a promising therapy for metastatic castration-resistant prostate cancer
2026-Mar-27, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08590-8
PMID:41896221
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示HIF1抑制靶向肿瘤和髓系细胞,为转移性去势抵抗性前列腺癌提供有前景的治疗策略 | 首次结合单细胞和空间转录组学揭示HIF1信号在PTEN/TP53缺失的前列腺癌中调控髓系细胞浸润和转移微环境,并提出HIF1抑制优于直接髓系细胞阻断的治疗效果 | 仅在小鼠模型中进行验证,需在人类样本和临床试验中进一步确认 | 阐明HIF1信号在转移性去势抵抗性前列腺癌中的肿瘤和免疫微环境调控机制 | PTEN和TP53双敲除的前列腺癌小鼠模型及肿瘤相关髓系细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、免疫组化 | NA | 转录组数据 | 小鼠前列腺肿瘤组织样本及肝转移灶 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 462 | 2026-05-08 |
Tumor-infiltrating immature innate lymphoid cells in colorectal cancer are biased toward ILC1/tissue-resident NK cell differentiation
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71085-9
PMID:41896575
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析结直肠癌及腹膜转移瘤中肿瘤浸润未成熟固有淋巴样细胞的分化偏向 | 首次揭示结直肠癌腹膜转移瘤中存在未成熟固有淋巴样细胞群体,并发现其向ILC1/组织驻留NK细胞分化的转录偏向 | 未提供具体局限性信息 | 探索结直肠癌及腹膜转移中固有淋巴样细胞的功能和分化机制 | 结直肠癌及腹膜转移患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,分化实验 | NA | 基因表达数据 | 11例患者用于单细胞RNA测序,8例用于流式细胞术,24例用于分化实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 463 | 2026-05-08 |
Unraveling Circadian Rhythm Disorder-Related Gene Signatures and Molecular Subtypes in Ulcerative Colitis: An Analysis of Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2026-Mar-27, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040383
PMID:42074501
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研究论文 | 通过整合批量与单细胞转录组数据,揭示昼夜节律紊乱相关基因特征及溃疡性结肠炎的分子亚型 | 首次建立昼夜节律紊乱与溃疡性结肠炎发病之间的强关联,并基于此开发了高风险预测模型及分子亚型 | 需要进一步的临床验证来确认模型的预测准确性 | 研究昼夜节律紊乱在溃疡性结肠炎中的作用及意义 | 溃疡性结肠炎患者和小鼠模型 | 自然语言处理 | 溃疡性结肠炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RT-PCR | Lasso, SVM-RFE, 随机森林 | 转录组数据 | 五个独立UC队列的批量测序数据 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 464 | 2026-05-08 |
Spatial and Functional Immune Profiling Identifies Impaired Vascular Repair in Human Myocardial Infarction
2026-Mar-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines14040755
PMID:42072296
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研究论文 | 通过对人类心肌梗死组织的空间转录组学和功能性分析,揭示CD8 T细胞和抗原呈递细胞在梗死区域的动态相互作用以及内皮祖细胞功能障碍对血管修复的影响 | 首次在人类心肌梗死样本中结合空间转录组学和功能性检测,绘制免疫-基质细胞在梗死区域的时空动态图谱,发现抗原呈递细胞驱动的CD8 T细胞募集及内皮祖细胞功能障碍是血管修复受损的关键特征 | 样本量较小(仅纳入少数患者),且空间分析局限于两个时间点(梗死后第2天和第6天),可能未能捕捉到完整的免疫-血管修复动态过程 | 阐明人类心肌梗死后免疫-基质细胞的空间互作及其对血管修复的影响 | 人类心肌梗死组织(梗死后第2天和第6天)及外周血样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 流式细胞术, 内皮祖细胞集落形成实验 | NA | 基因表达数据, 细胞组成数据, 信号通路数据 | 有限数量的心肌梗死患者组织及外周血样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 465 | 2026-05-08 |
Cellular Senescence in Neurodegeneration: From Cell Types to Therapeutic Opportunities
2026-Mar-26, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines14040758
PMID:42072300
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综述 | 综述了细胞衰老在中枢神经系统神经退行性疾病中的作用,包括其机制、检测方法和治疗策略 | 特别强调了SASP在神经炎症、血管功能障碍和神经组织损伤中的角色,以及使用机器学习工具和转录组学方法改进衰老细胞检测的准确性 | 常用的衰老标志物特异性有限,存在假阳性检测风险;针对衰老细胞的治疗策略(如senolytics和senomorphics)存在临床挑战和局限性 | 探讨细胞衰老在神经退行性疾病发病中的作用,并总结相关治疗机会 | 中枢神经系统中的衰老细胞、神经退行性疾病(阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症) | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症 | qRT-PCR、ELISA、RNA测序、单细胞RNA测序 | 机器学习 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 466 | 2026-05-08 |
Transcriptional Heterogeneity of Cardiac Remodeling Between Type 1 and Type 2 Diabetes
2026-Mar-25, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines14040746
PMID:42072287
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research paper | 本研究结合RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了1型和2型糖尿病导致的心脏重塑在转录组水平上的异同,发现两型糖尿病在通路变化上比基因变化更具一致性 | 首次系统比较1型和2型糖尿病心脏重塑的转录异质性,揭示两型糖尿病在信号通路层面比基因层面具有更高的一致性,并针对内皮细胞、巨噬细胞和成纤维细胞三类细胞进行深入分析 | 仅使用小鼠模型,未在人体样本中验证;未详细说明样本量和重复次数;缺乏功能验证实验 | 探究1型和2型糖尿病心脏重塑的转录异质性,识别共享和特异性的基因及通路变化 | 1型糖尿病和2型糖尿病小鼠模型的心脏组织 | digital pathology | cardiovascular disease | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | NA | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 467 | 2026-05-08 |
A single-cell transcriptome atlas reveals the transcriptionally earliest state in rice callus
2026-Mar-25, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-026-08596-6
PMID:41882557
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研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示水稻愈伤组织转录最早期的细胞状态 | 首次利用单细胞RNA测序构建水稻胚性和分化愈伤组织的转录组图谱,鉴定出愈伤组织创始细胞和茎尖分生细胞分别代表胚性和分化愈伤组织的最早期转录状态 | NA | 解析水稻愈伤组织发育过程中细胞命运转变的初始状态和调控因子 | 水稻(Oryza sativa L.)胚性和分化愈伤组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 水稻胚性和分化愈伤组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 468 | 2026-05-08 |
The expression characteristics of miR-206-3p in musculoskeletal tissue and its clinical significance
2026-Mar-25, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-026-06785-5
PMID:41882698
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研究论文 | 探讨miR-206-3p在骨肌组织中的表达特征及其与老年骨肌减少症患者临床参数的相关性 | 挑战了miR-206传统上被视为肌肉特异性分子的观点,发现其在骨-肌肉祖细胞中共表达,并作为骨肌交互的关键分子枢纽 | 未明确说明局限性,但研究基于老年髋部骨折患者的前瞻性队列,可能限制普适性 | 阐明miR-206-3p在骨肌组织中的表达模式和细胞特异性,及其与肌力、步速和骨密度的相关性 | 158例老年髋部骨折患者(79例骨肌减少症和79例对照)的骨肌组织样本 | 数字病理学 | 老年疾病 | qRT-PCR, 原位杂交, scRNA-seq | NA | 图像与序列数据 | 158例患者(79例骨肌减少症,79例对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 469 | 2026-05-08 |
Deep Single-Cell Transcriptomic Profiling of Bovine Milk Somatic Cells Revealed Expression of Stem Cell Related Transcription Factors
2026-Mar-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040365
PMID:42074484
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研究论文 | 利用深度单细胞转录组测序技术解析牛乳体细胞中干细胞相关转录因子的表达 | 通过深度单细胞RNA测序揭示了低深度测序未能检测的稀有转录因子,强调了测序深度对解析细胞转录状态和功能异质性的重要性 | 仅包含两头泌乳中期荷斯坦奶牛的数据,样本量有限 | 进一步表征牛乳体细胞的单细胞转录组,重点关注高分辨率基因表达谱和细胞异质性 | 两头健康泌乳中期的荷斯坦奶牛的牛乳体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2头荷斯坦奶牛 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的微流控平台进行单细胞转录组测序 |
| 470 | 2026-05-08 |
Elevation of liver elasticity following radiofrequency ablation reflects neutrophil-mediated abscopal effect in liver cancer
2026-Mar-23, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101824
PMID:41881314
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研究论文 | 该研究探讨了肝癌射频消融术后肝脏弹性值升高与中性粒细胞介导的远隔效应之间的关系 | 首次发现射频消融术后肝脏剪切波弹性成像(SWE)值动态变化可作为中性粒细胞介导免疫应答的非侵入性生物标志物,并验证CD40激动剂联合治疗可增强抗肿瘤免疫 | 研究主要基于单中心临床数据和动物模型,未来需多中心验证及长期随访数据 | 探究射频消融术后SWE值变化与中性粒细胞免疫应答的关联,并开发辅助治疗策略 | 肝细胞癌(HCC)患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 图像 | 102例患者和4-6只/组小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 471 | 2026-05-08 |
Integrated machine learning and multi-omics analysis identifies ALOX5 as a potential therapeutic target for tubulointerstitial inflammation in diabetic kidney disease
2026-Mar-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-44445-0
PMID:41857149
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研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习方法,识别ALOX5作为糖尿病肾病肾小管间质性炎症的潜在治疗靶点 | 首次综合运用多组学数据、机器学习和单细胞测序技术,揭示ALOX5在肾小管间质性炎症中的关键作用,并筛选出天然小分子和厚朴酚作为潜在抑制剂 | ALOX5的具体免疫调控机制仍需进一步验证,且研究主要基于计算分析和体外实验,缺乏体内实验证据 | 识别糖尿病肾病肾小管组织中的关键炎症生物标志物并阐明其免疫调控机制 | 糖尿病肾病患者的肾小管组织及浸润的巨噬细胞 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 转录组测序,单细胞测序,多重免疫组化 | LASSO,随机森林 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个GEO转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 472 | 2026-05-08 |
Celcomen: spatial causal disentanglement for single-cell and tissue perturbation modeling
2026-Mar-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69856-5
PMID:41851134
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研究论文 | Celcomen通过生成图神经网络在空间转录组学数据中解构细胞内和细胞间基因调控程序 | 首次将数学因果关系框架应用于空间转录组学,实现虚拟组织的扰动模型生成后扰动反事实数据 | NA | 建模疾病和治疗引起的单细胞空间分辨组织反应 | 人类胶质母细胞瘤、人类胎儿脾脏和小鼠肺癌样本 | 机器学习 | 多发性疾病 | 空间转录组学 | 生成图神经网络 | 空间转录组数据 | 人类胶质母细胞瘤样本、人类胎儿脾脏样本和小鼠肺癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 473 | 2026-05-08 |
Dynamics of phage-host interactions in Bacteroides fragilis resolved by single-cell transcriptomics
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70381-8
PMID:41839859
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研究论文 | 利用细菌单细胞RNA测序技术解析脆弱拟杆菌与裂解性噬菌体相互作用的动态过程,揭示了感染异质性和细菌防御机制 | 首次将细菌单细胞RNA测序应用于噬菌体-宿主相互作用研究,能够在单一时间点捕捉感染异步进程并重建时间线,同时发现未被感染的细菌亚群及其基因表达差异 | 实验仅在体外培养条件下进行,未涉及体内复杂环境;约50,000个细胞的样本量可能不足以捕捉所有低频变异 | 利用单细胞转录组学揭示裂解性噬菌体感染细菌过程中细胞水平的异质性及细菌防御机制 | 人类病原体脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)及其裂解性噬菌体 | 单细胞转录组学 | NA | 细菌单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约50,000个来自感染培养物的细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 474 | 2026-05-08 |
Illuminating cell states by a comprehensive and interpretable single cell foundation model
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70071-5
PMID:41839876
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研究论文 | 引入CellVQ模型,通过大规模单细胞数据集和单细胞离散化模块,提升泛化能力和可解释性 | 提出单细胞离散化模块将高维稀疏数据转化为细胞编码,并开发CellVQ-Graph工具整合多模态数据构建知识图谱 | 实际应用中仍面临数据稀疏性和异质性的挑战 | 开发一个真正适用且可泛化的单细胞基础模型,提高数据表示、泛化能力和可解释性 | 单细胞测序数据及多模态数据(基因、细胞通讯、注释) | 机器学习 | 非特定疾病 | 单细胞测序 | CellVQ基础模型 | 单细胞数据、基因、细胞通讯、注释 | 6800万细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2026-05-08 |
scTWAS: a powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2026-Mar-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70374-7
PMID:41820391
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research paper | 提出scTWAS统计框架,利用单细胞数据进行细胞类型特异性转录组全关联研究 | 首次开发针对单细胞数据的TWAS方法,通过潜变量模型和矩估计应对单细胞数据的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | 未明确提及局限性 | 开发一种使用单细胞数据进行细胞类型特异性TWAS的统计方法 | 血液和脑组织中的单细胞数据,29种血液学特征和三种免疫相关疾病,以及阿尔茨海默病 | machine learning | 阿尔茨海默病,免疫相关疾病 | scRNA-seq | 潜变量模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2026-05-08 |
CRISPR-based functional genomics for dissecting therapeutic dependency in primary acute myeloid leukemia samples
2026-Mar-05, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.02.003
PMID:41759529
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研究论文 | 开发了一种优化的CRISPR平台,用于在原代急性髓系白血病样本中进行功能基因组学分析,以解析治疗依赖性 | 首次将CRISPR功能基因组学直接应用于原代急性髓系白血病患者样本,结合体外和体内CRISPR-Cas9敲除及CRISPRi筛选,并集成Perturb-seq技术解析调控网络和细胞异质性 | 主要依赖患者来源的异种移植模型和原代样本,可能无法完全模拟体内微环境;筛选结果需要进一步临床验证 | 建立一种通用且稳健的框架,利用CRISPR功能基因组学直接解析原代AML患者样本中的癌症依赖性和细胞异质性 | 原发性急性髓系白血病样本,包括患者来源的异种移植模型和原代样本 | 功能基因组学 | 急性髓系白血病 | CRISPR-Cas9, CRISPRi, Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 477 | 2026-05-08 |
Robust and efficient annotation of cell states through gene signature scoring
2026-03-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280926.125
PMID:41708334
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研究论文 | 系统评估现有基因签名评分方法并开发调整邻居评分算法,显著提高单细胞RNA测序数据中细胞状态注释的准确性和稳定性 | 提出调整邻居评分算法,通过增强对照基因选择显著改善分数稳定性和跨签名可比性,实现与监督方法相当的无监督细胞状态注释 | 未明确说明,但可能依赖先验的基因签名定义,且在高度异质性数据中的泛化性能有待进一步验证 | 开发稳健高效的基因签名评分框架,改进单细胞RNA测序分析中的无监督细胞状态注释 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集中的细胞状态 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 调整邻居评分 | 单细胞转录组数据 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 478 | 2026-05-08 |
GSTA1 Conferred Tolerance to Osimertinib and Provided Strategies to Overcome Drug-Tolerant Persister in EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma
2026-03, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.10.001
PMID:41076079
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析EGFR突变肺腺癌患者样本,揭示了GSTA1在奥希替尼耐药持久性细胞中的作用及克服策略 | 首次阐明RSPH1-CALML4-GSTA1调控轴及PROS1-AXL信号通路在药物耐受持久性细胞形成中的机制,并提出GSTA1抑制剂curzerene联合奥希替尼的可行治疗方案 | 药物耐受持久性细胞形成机制尚不完全清楚,限制TKI治疗后耐受状态或耐药出现时的治疗选择 | 解析EGFR-TKI诱导的药物耐受持久性细胞的细胞和转录组特征,探索克服药物耐受和耐药的新策略 | 接受一线奥希替尼治疗的肺腺癌患者样本(包括基线、药物耐受持久性状态和稳定耐药状态) | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 479 | 2026-05-08 |
Evaluating the toxicological effects of PET-MPs exposure on atherosclerosis through integrated network toxicology analysis and experimental validation
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04963-6
PMID:41540215
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研究论文 | 通过综合网络毒理学分析和实验验证,探究聚对苯二甲酸乙二醇酯微塑料(PET-MPs)暴露对动脉粥样硬化的毒理学效应 | 首次结合网络毒理学分析与实验验证,系统揭示PET-MPs诱导动脉粥样硬化的潜在毒理学机制,利用单细胞RNA测序数据和分子对接技术深入分析核心靶点 | 尚未明确说明研究的局限性 | 阐明PET-MPs暴露导致动脉粥样硬化的毒理学机制 | PET-MPs的潜在靶点及动脉粥样硬化相关靶点 | 生物信息学 | 动脉粥样硬化 | RNA-seq、单细胞RNA测序、分子对接、PCR | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据 | NA | NA | RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | GEO数据库中获取的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 |
| 480 | 2026-05-08 |
Multifunctional LepR⁺ skeletal stem/progenitor cells for bone and marrow homeostasis
2026-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-026-01698-z
PMID:41711875
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综述 | 综述了LepR⁺骨骼干/祖细胞在骨与骨髓稳态中的多功能作用及研究进展 | 通过先进遗传标记和单细胞转录组学揭示了LepR⁺ SSPCs在发育、衰老和骨折愈合中的谱系可塑性和功能动态 | NA | 总结LepR⁺骨骼干/祖细胞的研究历史与最新进展,强调其在稳态和病理条件下的功能 | LepR⁺骨骼干/祖细胞 | 机器学习 | NA | Cre/loxP遗传小鼠模型、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序平台 |