单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 39702 篇文献,本页显示第 461 - 480 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
461 2026-05-21
Contrastive graph regularized non-negative matrix factorization for domain identification of spatial transcriptomics
2026-May-20, Journal of the Royal Society, Interface
研究论文 提出对比图正则化非负矩阵分解模型用于空间转录组学的域识别,实现可解释的降维和空间结构保留 首次将对比学习与图正则化非负矩阵分解相结合,通过构建正负样本对同时利用基因表达相似性和空间邻近性,增强特征表示和空间结构保留,提升模型的可解释性 未提及局限性,但可能依赖于高质量空间转录组数据,且对比学习框架的计算复杂度较高 开发一种可解释的降维方法,用于空间转录组学中的空间域自动识别和生物学相关区域发现 空间转录组学数据中的空间域和生物功能区域 机器学习 NA 空间转录组学 非负矩阵分解 基因表达数据 三个公开空间转录组数据集 NA 空间转录组学 NA NA
462 2026-05-21
PFAS is associated with perineural invasion in triple-negative breast cancer with a potential role for Cathepsin D dysregulation: a multi-omics and experimental study
2026-May-20, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
研究论文 整合多组学数据,探究全氟和多氟烷基物质(PFAS)与三阴性乳腺癌(TNBC)中神经侵袭(PNI)的关联,并验证组织蛋白酶D(CTSD)的作用 首次揭示PFAS暴露与TNBC中PNI的关联,并证明CTSD为该关联的中介因子;利用多组学数据构建基于CTSD的预后模型,发现天然抑制剂Aurantio-obtusin 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限、机制验证仅基于体外实验、PFAS暴露剂量与真实环境差异等 阐明PFAS暴露在TNBC中促进神经侵袭的分子机制,并开发预后标志物和潜在治疗策略 三阴性乳腺癌患者样本及细胞系 机器学习, 数字病理学 三阴性乳腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟 CNN(卷积神经网络), 机器学习预后模型 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质结构数据 TCGA-BRCA和METABRIC队列及多个单细胞RNA-seq数据集,具体样本数未提供 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA 使用Seurat、Monocle2、CellChat等工具进行单细胞分析
463 2026-05-21
Single-cell atlas reveals the key role of pro-inflammatory IREB2⁺ microglia subsets in the microenvironment of Alzheimer's disease
2026-May-20, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2
研究论文 通过单细胞图谱揭示IREB2⁺小胶质细胞亚群在阿尔茨海默病微环境中的促炎作用 首次鉴定出IREB2⁺小胶质细胞亚群(IREB2⁺ MC C1)在阿尔茨海默病中显著扩增并呈现促炎状态,阐明了IREB2通过NF-κB通路同时驱动小胶质细胞激活和神经元炎症反应的双重作用机制 未详细说明样本来源及规模,功能验证仅在SH-SY5Y细胞系中完成,缺乏体内实验验证IREB2靶向治疗效果的证据 探究铁响应元件结合蛋白2(IREB2)在阿尔茨海默病相关神经炎症中的功能角色 阿尔茨海默病患者脑组织中的小胶质细胞亚群及SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞系 机器学习和计算生物学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序、siRNA介导的基因敲低 非负矩阵分解(NMF)和细胞间通讯算法 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
464 2026-05-21
Decoding the breast cancer microenvironment by spatial multi-omics: from architecture to clinical translation
2026-May-20, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2
综述 通过空间多组学技术解码乳腺癌微环境,从结构到临床转化的全面综述 综合讨论空间转录组学、空间蛋白质组学和新兴代谢组学在乳腺癌微环境中的应用,强调从静态分子清单向高分辨率空间图谱的转变,并构建基于肿瘤-免疫界面距离的预后模型 多模态数据整合、批次效应、高成本以及临床实施中缺乏标准化方案 评估空间多组学技术在乳腺癌研究中的进展、挑战及临床转化潜力 乳腺癌肿瘤微环境,包括肿瘤细胞异质性、基质细胞亚型、免疫细胞拓扑结构和三级淋巴结构 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 代谢组学 NA 图像, 文本 NA NA 空间转录组学, 空间蛋白质组学 NA NA
465 2026-05-21
SSR4 sustains Tertiary Lymphoid Structures by Regulation Quality Control of N-linked Glycosylation During B-cell Differentiation Into Plasmacyte in Colorectal Cancer
2026-May-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
research paper 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序,研究SSR4在结直肠癌中如何通过调控N-连接糖基化的质量控制来维持三级淋巴结构(TLS)功能 首次揭示SSR4作为TRAP复合体组分在B细胞分化中渐进诱导,通过调控BAFFR的N-糖基化维持B细胞活化和TLS依赖性抗肿瘤免疫,并发现其在抗PD-1治疗应答中的上调作用 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人体内具体调控机制及临床转化效果仍需进一步验证 阐明维持肿瘤内三级淋巴结构(TLS)中B细胞分化和抗体产生的内在调控程序 结直肠癌患者肿瘤组织中的B细胞及三级淋巴结构 machine learning colorectal cancer spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing NA spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data 结直肠癌组织样本,具体数量未提供 10x Genomics single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序,10x Visium 用于空间转录组学
466 2026-05-21
SIRT6-Mediated Deacetylation of ATF3 Promotes Silica-Induced Lung Fibrosis by Enhancing its Nuclear Import via Binding to Importin α
2026-May-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 研究发现SIRT6介导的ATF3去乙酰化通过增强其与importin α的结合促进核输入,从而驱动矽肺相关肺纤维化 首次揭示SIRT6介导的ATF3去乙酰化通过importin α介导的核输入促进巨噬细胞衰老及矽肺纤维化的全新机制,并发现伊曲康唑可作为潜在治疗靶点 未明确提及具体局限性 探究巨噬细胞衰老在矽肺纤维化中的作用机制及潜在治疗靶点 健康与矽肺患者及小鼠肺组织中的巨噬细胞 数字病理学 矽肺(肺纤维化) 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 人类和小鼠肺组织样本(健康与矽肺) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
467 2026-05-21
RGS proteins: Potential regulators of mouse melanopsin's signaling phototransduction cascade across ipRGC subtypes
2026-May-19, Biophysical journal IF:3.2Q2
研究论文 本研究揭示了RGS蛋白在调控小鼠黑视素信号转导级联反应中,不同ipRGC亚型可能通过特异性RGS蛋白组合影响G蛋白信号通路,从而实现单一GPCR在不同细胞类型中启动不同光转导级联的机制 首次发现ipRGC亚型选择性富集特定RGS蛋白(M1亚型富集Rgs16,M4亚型富集Rgs5和Rgs11),并证明RGS蛋白的亚型特异性组合可差异调控Gα信号,从而可能解释单一GPCR如何在不同细胞中启动不同信号通路 研究主要在异源表达系统和离体视网膜中进行,缺乏体内功能验证;RGS蛋白对Gα信号的调控机制及其在完整视觉行为中的作用尚需进一步研究 探究单一G蛋白偶联受体黑视素如何在不同ipRGC亚型中启动不同光转导级联的潜在机制 小鼠视网膜中的固有光敏视网膜神经节细胞(ipRGC)亚型(M1和M4亚型)及异源表达小鼠黑视素的HEK293细胞 神经科学,分子生物学 NA 异源表达系统,单细胞转录组学元分析,RNAscope,DREADD-Gs激活,膜片钳电生理 NA 单细胞转录组数据,电生理数据,异源表达数据 使用小鼠视网膜样本(具体数量未在摘要中说明),以及HEK293细胞 NA 单细胞RNA-seq NA 使用单细胞转录组学元分析和RNAscope技术(具体平台未提及)
468 2026-05-21
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-May-19, Cell reports. Medicine
研究论文 对12种癌症类型373个样本进行泛癌空间转录组分析,揭示肿瘤空间微环境的异质性 首次大规模泛癌空间转录组分析,识别出56个局部细胞程序和13个重现性微环境,并发现肿瘤细胞和巨噬细胞的基因表达高度依赖于其空间位置 样本量和癌症类型覆盖仍有局限,部分微环境的临床关联需进一步验证 系统解析肿瘤空间微环境的异质性及其对临床结局的影响 12种癌症类型的373个肿瘤样本 数字病理学 多种癌症(泛癌) 空间转录组学 NA 空间转录组数据 373个肿瘤样本(12种癌症类型) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组平台
469 2026-05-21
Targeting noncanonical nuclear factor kappa B signalling in CYLD cutaneous syndrome by selective inhibition of IκB kinase alpha
2026-May-19, The British journal of dermatology
研究论文 研究CCS皮肤肿瘤中非经典NF-κB信号通路,并评估选择性IKKα抑制剂的治疗潜力 首次揭示CCS肿瘤角质形成细胞中非经典NF-κB信号的异常激活,并鉴定IKKα作为可药靶点,使用新型高选择性IKKα抑制剂SU1644在患者来源肿瘤球模型中证实其降低细胞活力 研究主要基于体外模型,缺乏体内实验验证;IKKα抑制剂SU1644的临床安全性及疗效需进一步评估 探索CCS肿瘤中NF-κB信号通路异常,寻找可药靶点 CCS患者皮肤肿瘤细胞及肿瘤角质形成细胞 生物信息学 CYLD皮肤综合征 转录组学, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 CCS患者来源的肿瘤细胞和正常皮肤细胞 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序
470 2026-05-21
Accurate delineation of cellular niches via integrated spatial transcriptomics and histological imaging with SYMOL
2026-May-19, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 提出SYMOL框架,通过整合空间转录组学与组织学成像(多通道免疫组化及H&E染色),实现细胞微环境的精确划分 首次提出统一的自监督多模态框架SYMOL,能够同时整合空间坐标、基因表达和组织学图像,并利用多个预训练大视觉模型提取特征,实现高效的跨模态表示学习 NA 开发一种有效整合空间转录组学和组织学图像的方法,提升细胞微环境识别和多模态整合能力 公开空间转录组数据集(包含多通道IHC和H&E图像) 计算病理学 肺癌 空间转录组学 自监督多模态框架 图像、基因表达数据 多个公开空间转录组数据集(具体数量未说明) NA 空间转录组学 NA NA
471 2026-05-21
Senescent-like neutrophils shape angiogenic immunosuppressive niches in colorectal cancer liver metastasis
2026-May-19, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序揭示结直肠癌肝转移中肿瘤相关中性粒细胞的转录组图谱,并发现衰老样中性粒细胞通过促进血管生成和招募免疫抑制巨噬细胞形成免疫抑制微环境 首次在单细胞和空间水平系统描绘结直肠癌肝转移中肿瘤相关中性粒细胞的转录图谱,并鉴定出以糖酵解特征和衰老表型为特征的终末分化促肿瘤中性粒细胞亚群(TAN1),揭示BHLHE40在葡萄糖剥夺驱动的TAN1生成中的关键作用 未提及明显局限性 阐明结直肠癌肝转移中肿瘤相关中性粒细胞的异质性和功能 结直肠癌肝转移肿瘤组织中的中性粒细胞 数字病理学 结直肠癌肝转移 单细胞RNA测序,空间增强分辨率组学测序 NA 单细胞转录组数据,空间转录组数据 结直肠癌肝转移患者样本(具体数量未提及) 10x Genomics,华大基因 单细胞RNA测序,空间转录组学 10x Chromium,华大基因Stereo-seq 10x Chromium单细胞RNA测序,华大基因Stereo-seq空间转录组学
472 2026-05-21
Integrative multi-omics and experimental validation reveal UBE2C as a central hub gene and prognostic biomarker in hepatocellular carcinoma
2026-May-19, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 通过整合多组学数据和实验验证,确定UBE2C为肝细胞癌的关键中枢基因和预后生物标志物 首次结合空间转录组学和单细胞转录组学揭示UBE2C在肝细胞癌免疫微环境中的作用,并构建基于UBE2C的预后列线图 UBE2C在肝细胞癌免疫景观中的影响尚未完全阐明,且结果需在大规模前瞻性队列中进一步验证 探究UBE2C在肝细胞癌免疫微环境中的作用及其作为预后和免疫治疗分层生物标志物的潜力 肝细胞癌患者组织样本、细胞系及皮下肿瘤模型 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNA-seq, 定量逆转录PCR, 免疫印迹 NA 转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 TCGA、GEO、CPTAC数据库的公共数据集,单细胞转录组数据库,以及HCC组织样本和细胞系 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 10x Chromium, Illumina NovaSeq 10x Chromium Single Cell 3',空间转录组学FFPE
473 2026-05-21
High-salt diet in macrophage-associated metabolic disorders: Mechanisms and therapeutic implications
2026-May-19, Chinese medical journal IF:7.5Q1
review 总结了高盐饮食通过调节巨噬细胞极化、代谢重编程和表观遗传印记,在肥胖相关2型糖尿病等代谢紊乱中促进慢性炎症和胰岛素抵抗的机制及潜在治疗策略 系统阐述了高盐饮食通过p38/MAPK、NF-κB和NLRP3炎症小体通路驱动巨噬细胞向M1促炎表型极化及糖酵解代谢转变,并协调组蛋白修饰、DNA甲基化和非编码RNA等表观遗传机制形成持续“代谢记忆”的创新观点 未提及具体研究的局限性,但未来需通过谱系追踪、单细胞测序和空间多组学技术进一步验证机制并推进精准医学发展 探讨高盐饮食在巨噬细胞相关代谢紊乱中的作用机制及治疗意义 巨噬细胞与代谢组织(脂肪、肝脏、胰腺、肠道)中的相互作用 machine learning cardiovascular disease NA NA NA NA NA NA NA NA
474 2026-05-21
Stem cell activity is linked to a transient acquisition of pluripotency during callus proliferation
2026-May-19, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析,揭示愈伤组织形成过程中多能性获得是短暂的,并由WOX5-TAA1模块的干细胞活性调控 首次发现愈伤组织多能性获得是短暂的,并识别出WOX5-TAA1模块在干细胞活性中的关键作用,以及愈伤组织发育的连续程序 未说明 研究植物体细胞重编程过程中多能性获得的动态机制 拟南芥的愈伤组织细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组分析 NA 单细胞转录组数据 多能性和非多能性愈伤组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞测序平台
475 2026-05-21
Single-cell transcriptomics reveals anti-inflammatory effects of prednisolone on the hepatic niche in biliary atresia
2026-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 单细胞转录组揭示泼尼松龙对胆道闭锁肝脏微环境的抗炎作用机制 首次通过单细胞RNA测序解析泼尼松龙在胆道闭锁模型中对肝星状细胞和巨噬细胞亚群的特异性调控,发现Nr3c1-Klf7基因调控网络介导的HSC静息-激活转换及Fosl1-Hnf1b调控的促炎性肌成纤维细胞亚群MFB-2 研究基于小鼠模型,需进一步在临床样本中验证;泼尼松龙耐药性MFB-2亚群的机制尚未完全阐明 阐明泼尼松龙治疗胆道闭锁的细胞和分子机制 恒河猴轮状病毒诱导的胆道闭锁小鼠模型及胆道闭锁患者肝脏样本 单细胞转录组学 胆道闭锁 单细胞RNA测序、免疫组织化学 NA 单细胞基因表达数据 小鼠肝脏样本(感染后第21天和第28天),每组注射PBS或泼尼松龙 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
476 2026-05-21
E2F-mediated activation of mTORC1 through the ubiquitin-proteasome system promotes lung adenocarcinoma progression
2026-May-19, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 通过整合TCGA/GEO数据集和单细胞RNA-seq数据,发现E2F8通过泛素-蛋白酶体系统激活mTORC1通路,促进肺腺癌进展 首次揭示E2F8通过转录激活E3连接酶WWP1,介导TSC1的K48连接多聚泛素化降解,从而维持mTORC1信号通路的分子机制,并鉴定出E2F8-WWP1-TSC1-mTORC1轴作为肺腺癌的可靶向调控回路 尚未明确E2F8在肺腺癌中上调的上游调控机制,以及该轴在其他肺癌亚型或临床样本中的验证 探究肺腺癌中mTORC1异常激活的分子机制及其与E2F转录因子的关联 TCGA/GEO数据集中的肺腺癌样本、PC-9和H1975细胞系及异种移植瘤模型 分子生物学 肺癌 单细胞RNA测序、RNA-seq、免疫印迹、免疫组化 NA 转录组数据、单细胞转录组数据 TCGA/GEO公共数据库肺腺癌样本及实验室单细胞RNA-seq样本(具体数量未明确提及) Illumina 单细胞RNA-seq Illumina NovaSeq 用于单细胞RNA测序的Illumina平台(具体配置未详述)
477 2026-05-21
Osteoblast-derived CAR3 synergizing with collagen and bone sialoprotein enhances bone formation
2026-May-19, International journal of oral science IF:10.8Q1
研究论文 成骨细胞分泌的碳酸酐酶III(CAR3)通过与胶原和骨唾液蛋白协同作用,促进骨形成和修复 首次发现并阐明成骨细胞特异性表达的CAR3在骨骼发育和内稳态中的关键作用,揭示其通过形成三元复合物促进胶原纤维内矿化的新机制 NA 探究CAR3在成骨细胞谱系细胞中的功能及其在骨骼发育和修复中的作用机制 小鼠颅骨和长骨组织、Prx1谱系细胞、三种细胞成骨细胞 数字病理学 骨质疏松症 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠颅骨和长骨样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
478 2026-05-21
Inferring stochastic dynamics by biophysical Neural ODE using single-cell transcriptomics
2026-May-19, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 提出一种名为DynNet的深度学习方法,整合神经ODE与生物物理模型,从单细胞转录组数据推断随机动力学 将神经ODE与生物物理模型和基因表达动力学先验知识相结合,实现可解释的细胞命运随机动力学推断 主要依赖合成数据和有限实验数据验证,未见大规模临床应用或跨物种泛化性评估 开发从静态单细胞转录组数据推断细胞命运随机动力学的计算方法 合成数据及肝细胞分化、上皮间质转化(EMT)实验数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序 神经ODE 基因表达数据 未明确提及具体样本量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
479 2026-05-21
HELIX: a scalable model for predicting context-dependent regulation of RNA splicing and isoform usage
2026-May-19, Nature computational science IF:12.0Q1
研究论文 开发了一种名为HELIX的可扩展模型,用于预测RNA剪接和异构体使用的上下文依赖性调节 通过整合前体mRNA序列和RNA结合蛋白表达谱的深度学习框架,同时预测组织和条件特异性剪接模式及转录异构体使用,并在训练中结合短读和长读RNA测序数据,实现了更高准确性 NA 解决上下文依赖性可变剪接的复杂调控预测难题 RNA剪接模式、转录异构体使用、组织特异性剪接定量性状位点、患者特异性剪接失调 机器学习 结肠癌 RNA-seq,长读测序,短读测序 分层深度学习 序列数据、表达谱数据 结肠癌队列 NA 单细胞RNA测序,短读RNA测序,长读RNA测序 NA NA
480 2026-05-21
Stroke-induced gut microbiome dysbiosis accelerates Alzheimer's disease progression
2026-May-19, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1
研究论文 揭示中风后肠道微生物失调加速阿尔茨海默病进展的机制 首次证明中风诱导的肠道微生物组是阿尔茨海默病相关病理的关键驱动因素,通过粪便移植和单细胞空间转录组学揭示脑肠轴作用 主要基于小鼠模型,人体验证有限;使用年轻小鼠而非老年模型,可能影响临床转化 探究中风后肠道微生物失调如何加速阿尔茨海默病进展的生物学机制 中风患者粪便微生物、三转基因阿尔茨海默病小鼠(3xTg-AD) 数字病理学 阿尔茨海默病、脑血管疾病 粪便微生物移植、单细胞空间转录组学 NA 空间转录组数据 未明确提供具体样本数量,涉及中风患者和健康供体粪便样本及小鼠模型 NA 单细胞空间转录组学 NA NA
回到顶部