单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-08-04	Spatial pattern enhanced cellular and tissue recognition for spatial transcriptomics 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf106 PMID:40746376	研究论文	开发了一种名为SPECTRUM的空间模式增强细胞和组织识别统一方法，用于空间转录组学数据分析	结合了已知的细胞类型特异性标记和空间加权方法，用于细胞类型识别和空间群落检测	未明确提及具体限制	提升空间转录组学数据分析的准确性和深度	空间转录组学数据中的细胞和组织	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	SPECTRUM	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
462	2025-08-04	Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss 2025-Aug-02, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03580-9 PMID:40751792	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了m5C相关基因与复发性流产(RPL)发病机制之间的关系	首次将RPL患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，开发了高精度的RPL诊断模型	样本量较小(48例子宫内膜组织样本)，且机制研究仍需进一步实验验证	探索m5C相关基因与复发性流产发病机制的关联	复发性流产患者的子宫内膜组织样本	生物信息学	复发性流产	GEO数据查询、机器学习、scRNA-seq	多种ML方法(未指定具体模型)	基因表达数据	48例子宫内膜组织样本(24例RPL患者)
463	2025-08-04	Comprehensive Single-Cell RNA Atlas of Human Laryngeal Normal, Preneoplastic, and Tumorigenic States 2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良性和恶性状态过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织标本	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和治疗干预提供潜在靶点	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	36例患者(包含VCP、VCL和LSCC), 共计318,907个细胞和12,679个空间转录组位点
464	2025-08-04	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫图谱	首次使用单细胞RNA和T细胞受体测序技术全面分析帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，揭示了疾病特异性免疫特征和潜在生物标志物	样本量相对较小(10名健康对照和14名帕金森病患者)，且仅分析了外周血单个核细胞	探索帕金森病患者外周免疫特征，寻找早期诊断生物标志物和潜在治疗靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	24名参与者(10名健康对照和14名帕金森病患者)的78,876个细胞
465	2025-08-04	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Aug-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	研究论文	通过单细胞转录组分析研究化疗诱导的精原细胞耗竭对青春期前人类睾丸中精原细胞分化状态及标记物表达的影响	首次在青春期前男孩睾丸中确认仅存在未分化精原细胞，并发现化疗诱导的精原细胞耗竭会减少ID4、FGFR3和KIT蛋白的表达	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及化疗对其影响	青春期前男孩睾丸组织样本	生殖医学	癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩睾丸样本（0-17岁）、14个生物库对照样本（0.6-13.1岁）、31个癌症患儿睾丸组织样本（0.7-13.1岁）
466	2025-08-04	Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279886.124 PMID:40623818	研究论文	本文比较了八种广泛使用的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据批次校正方法，并提出了一种新方法来评估这些方法在校正过程中对数据的改变程度	提出了一种新的评估方法，用于测量批次校正方法在精细尺度上对数据的改变程度，包括细胞间距离和细胞簇效应	研究仅针对八种批次校正方法进行评估，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较不同批次校正方法在scRNA-seq数据分析中的表现	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
467	2025-08-04	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	research paper	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确3D空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	现有方法通常过于专注于单一模态或分辨率，阻碍了对多层生物异质性的全面捕捉	开发一个多切片联合分析框架，以精确重建3D空间域并深入分析疾病病理	组织切片和病理数据集	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics (ST), H&E imaging	graph attention autoencoder	image, pathological data	连续的组织切片和病理数据集
468	2025-08-04	Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data 2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012029 PMID:40744664	研究论文	开发了一种利用单细胞测序数据筛选肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型的集成系统	提出了一种快速组装TCR的方法，并开发了HLA敲除的HEK-293T细胞作为抗原呈递细胞，以及Jurkat NFAT-GFP报告细胞系用于筛选抗原反应性TCRs	仅在小规模HPV16特异性TCRs筛选中验证了系统效能，样本量有限	推进TCR-T免疫治疗，开发高效、可扩展的方法识别肿瘤特异性TCRs	肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型	免疫治疗	宫颈癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	来自HPV16阳性宫颈癌患者的已发表数据集
469	2025-08-04	Integrative network pharmacology and multi-omics reveal anisodamine hydrobromide's multi-target mechanisms in sepsis 2025-Jul-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13187-w PMID:40744980	研究论文	本文通过整合网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟和单细胞转录组学，揭示了氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制	首次整合多种技术方法揭示氢溴酸山莨菪碱在脓毒症中的多靶点作用机制，并发现ELANE和CCL5作为核心调控因子	研究结果需要进一步的临床验证	阐明氢溴酸山莨菪碱在脓毒症治疗中的作用机制	氢溴酸山莨菪碱及其在脓毒症中的作用靶点	网络药理学与多组学分析	脓毒症	网络药理学、机器学习、免疫学分析、分子模拟、单细胞转录组学	生存模型（AUC: 0.72-0.95）	多组学数据（转录组、蛋白质相互作用网络等）	NA
470	2025-08-04	Multi-omics analysis unveiled fibroblast-mediated pathogenesis in male genital lichen sclerosus 2025-Jul-31, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01453-3 PMID:40745572	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了成纤维细胞在男性生殖器硬化性苔藓发病机制中的关键作用	首次构建了男性生殖器硬化性苔藓的全面细胞图谱，揭示了成纤维细胞通过胶原-CD44轴和APP-CD74信号通路与T细胞及角质形成细胞的相互作用机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步功能验证	阐明男性生殖器硬化性苔藓的发病机制和潜在组织学生物标志物	男性生殖器硬化性苔藓患者组织样本	数字病理学	皮肤病/硬化性苔藓	多组学分析（包括单细胞RNA测序和全基因组关联研究）	NA	基因组数据/转录组数据	NA
471	2025-08-04	Single-cell sequencing-based study of ferroptosis mechanisms in heat stroke: identification of key biomarkers and dynamic analysis of the immune microenvironment 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02188-3 PMID:40745616	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
472	2025-08-04	G protein-coupled estrogen receptor promotes human extravillous trophoblast invasion via YAP-Snail-mediated CYR61 expression 2025-Jul-29, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112033 PMID:40744331	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）通过YAP-Snail介导的CYR61表达促进人类绒毛外滋养细胞（EVT）侵袭的分子机制	发现了一个新的GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴，该轴调控EVT侵袭，并提示该通路的失调可能与子痫前期（PE）中滋养细胞侵袭缺陷有关	未明确GPER-YAP-Snail-CYR61信号轴在PE患者中的具体调控机制及其临床应用潜力	探究GPER如何通过调控CYR61表达来促进EVT细胞的侵袭	人类绒毛外滋养细胞（EVT）	分子生物学	子痫前期	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	HTR-8/SVneo细胞和原代人类EVT细胞
473	2025-08-04	Comprehensive single-cell transcriptomic analysis reveals fibroblast subpopulations and the prognostic association of COMT in prostate cancer progression， COMT ， COMT 2025-Jul-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10624-8 PMID:40721434	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示前列腺癌中成纤维细胞亚群及COMT在癌症进展中的预后关联	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序鉴定出三种不同的成纤维细胞亚群，并发现COMT作为肿瘤微环境的关键调节因子和预后标志物	需要进一步研究验证COMT在前列腺癌进展和治疗抵抗中的机制作用	探索前列腺癌中成纤维细胞的分子特征及COMT表达的预后意义	前列腺癌样本中的成纤维细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光检测	Cox回归模型	RNA测序数据, 临床数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的前列腺癌样本
474	2025-08-04	Negative pressure mechanical signal increases the phosphorylation of eNOS Ser1177 by upregulating HSP90 expression to promote wound angiogenesis 2025-Jul-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.041 PMID:40721022	研究论文	本研究探讨了负压伤口治疗（NPWT）通过上调HSP90表达促进伤口血管生成的生物力学机制	揭示了GNAS/CREB1/HSP90轴在NPWT诱导的机械刺激中的作用机制，为治疗干预提供了新靶点	研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	阐明负压伤口治疗促进血管生成的生物力学机制	伤口血管生成过程及相关分子机制	生物医学工程	慢性伤口	单细胞测序、Ch-IP、Co-IP、分子对接	大鼠背部伤口模型	分子生物学数据	未明确说明
475	2025-08-04	Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension 2025-Jul-21, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936 PMID:40686216	研究论文	通过单细胞转录组学分析系统性硬化症相关肺动脉高压（SSc-PAH）与特发性肺动脉高压（IPAH）的肺部组织，揭示其病理生物学差异及精准靶向治疗机会	首次在单细胞水平比较SSc-PAH与IPAH的基因表达模式，发现独特的致病机制和潜在治疗靶点	样本量较小（每组仅4例），需更大规模研究验证	探究SSc-PAH与IPAH的分子差异以开发精准治疗方案	肺动脉高压患者的肺部组织（SSc-PAH、IPAH及失败供体对照）	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex平台）	Seurat（数据标准化/聚类/差异表达分析）	单细胞转录组数据	12例（4 SSc-PAH、4 IPAH、4失败供体）
476	2025-08-04	DNFE: Directed network flow entropy for detecting tipping points during biological processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013336 PMID:40729372	research paper	提出了一种名为DNFE的方法，用于在生物过程中检测临界点及其驱动网络	开发了基于有向网络的流熵方法（DNFE），能够处理高维小样本数据，特别是单细胞数据，并在识别临界状态和动态网络生物标志物方面表现出色	未明确提及方法的计算复杂度或在大规模数据集上的实际应用限制	识别生物过程中的临界点及其驱动网络，以预防或延迟灾难性结果	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和批量数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNFE	omics数据	六个真实数据集，包括三个单细胞数据集、两个批量肿瘤数据集和一个血液数据集
477	2025-08-04	Phenotypic Analysis of Nasal CD69+ CD4+ Tissue-Resident Memory T Cells in Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Jul, Journal of rhinology : official journal of the Korean Rhinologic Society DOI:10.18787/jr.2025.00025 PMID:40744699	研究论文	本研究分析了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者鼻腔CD69+ CD4+组织驻留记忆T细胞的表型和功能特征	首次详细描述了嗜酸性慢性鼻窦炎患者鼻腔CD69+ CD103- CD4+ T细胞的表型特征及其与疾病严重程度的关系	样本来源仅限于接受内窥镜鼻窦手术的患者，可能无法代表所有患者群体	阐明嗜酸性慢性鼻窦炎发病机制中组织驻留记忆T细胞的作用	嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻腔组织和外周血样本	免疫学	慢性鼻窦炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	接受内窥镜鼻窦手术的嗜酸性慢性鼻窦炎患者样本
478	2025-08-04	A Reflux Linked GATA Factor Fulcrum Dictates Lineage Commitment Through GPRC5B During the Esophageal Dysplastic Transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生转变过程中的作用机制	发现了GATA因子在食管腺癌发展中的关键作用，并识别了GATA诱导的GPRC5B作为功能性标记物和可能的驱动因子	研究主要基于体外实验和芯片器官模型，需要进一步的体内验证	阐明GATA家族成员在Barrett食管向食管腺癌转变过程中的分子机制	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）和癌症基因组图谱数据	癌症生物学	食管腺癌	RNA测序、shRNA或CRISPR介导的基因沉默、空间转录组学、芯片器官研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	癌症基因组图谱中的EAC病例、食管细胞系和病变来源的ASCs
479	2025-08-04	Distinct single-cell transcriptional profile in CD4+ T-lymphocytes among obese children with asthma 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00270.2024 PMID:39868576	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童CD4+ T细胞的转录组差异	首次在单细胞水平揭示了肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的独特转录特征，发现了与严重哮喘相关的新通路	样本量较小（仅8名参与者），需要在更大队列中验证发现	探究肥胖哮喘儿童CD4+ T细胞的分子特征及其与哮喘严重程度的关系	肥胖哮喘儿童与正常体重哮喘儿童的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	8名参与者（4名肥胖哮喘儿童和4名正常体重哮喘儿童）
480	2025-08-04	Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1648294 PMID:40746726	研究论文	本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在治疗鼻咽癌中的分子机制	首次采用单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术解析QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间靶向定位，并发现其通过多靶点调控发挥抗肿瘤作用	研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏临床疗效验证	阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制	鼻咽癌细胞及肿瘤微环境	计算药理学	鼻咽癌	网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本量（基于体外实验和计算分析）