单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术揭示了晚期肝细胞癌患者对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种不同反应模式	首次定义了晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种分子亚型（'免疫活性型'和'血管生成驱动型'），并揭示了治疗耐药的主要特征	研究样本量相对有限（n=422），且未进行前瞻性验证	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的分子机制和耐药特征	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（其中317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗单药治疗，58例接受索拉非尼治疗）
462	2025-06-04	MBD2 promotes epithelial-to-mesenchymal transition (EMT) and ARDS-related pulmonary fibrosis by modulating FZD2 2025-06, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167798 PMID:40081619	研究论文	本研究探讨了MBD2在急性呼吸窘迫综合征(ARDS)相关肺纤维化发病机制中的作用及其潜在机制	首次揭示了MBD2通过调控FZD2表达促进上皮-间质转化(EMT)和ARDS相关肺纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明MBD2在ARDS相关肺纤维化中的分子机制	野生型和MBD2敲除小鼠、MLE-12细胞、原代人II型肺泡上皮细胞、人类肺纤维化样本	分子病理学	肺纤维化/ARDS	RNA-Seq、ChIP、单细胞测序、免疫组化(IHC)、免疫荧光、Western blot	小鼠ARDS模型、体外EMT模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	小鼠模型、人类肺纤维化样本(具体数量未明确说明)
463	2025-06-04	Identification of NETs-related genes as diagnostic biomarkers in ischemic stroke using RNA sequencing and single-cell analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10117-z PMID:40107980	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞分析，识别了与中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）相关的基因，作为缺血性卒中的诊断生物标志物	首次将NETs相关基因（Ceacam3、Tnf、Selp、Fcgr4）与缺血性卒中进展联系起来，并通过单细胞数据验证了这些基因在中性粒细胞中的表达	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明NETs在缺血性卒中进展中的作用，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	缺血性卒中小鼠模型及其中性粒细胞胞外诱捕网相关基因	生物信息学	缺血性卒中	RNA测序、单细胞RNA测序	limma包、Seurat包	RNA测序数据、单细胞数据	未明确提及样本数量，但使用了MCAO小鼠模型
464	2025-06-04	Single-cell multiome reveals root hair-specific responses to salt stress 2025-Jun, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70160 PMID:40269556	研究论文	利用单细胞测序技术，研究非结球白菜根尖在盐胁迫下的转录和染色质可及性变化，揭示盐胁迫对根毛分化和铁转运的影响	首次构建了非结球白菜根尖在正常和盐胁迫条件下的单细胞转录和染色质可及性图谱，揭示了盐胁迫通过影响BcIRT2基因表达干扰铁转运的机制	研究仅针对非结球白菜，未验证其他作物中的普适性	探究植物对盐胁迫的响应机制，为培育耐盐作物提供理论基础	非结球白菜根尖细胞	植物分子生物学	NA	单细胞多组学测序	NA	单细胞转录组和染色质可及性数据	未明确说明样本数量（非结球白菜根尖细胞）
465	2025-06-04	Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Jun, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10130-2 PMID:40274661	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，用于评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	结合大量和单细胞RNA测序数据，建立氧化应激相关评分模型，并识别出关键转录因子TFAP2B	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	开发基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Lasso回归, 多变量Cox回归	RNA-seq数据, 临床信息	NA
466	2025-06-04	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞组成和分子机制	首次在绵羊乳腺中应用单细胞转录组学技术，揭示了哺乳期间细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化的分子机制	研究仅针对产后60天和150天两个时间点，未能涵盖整个哺乳周期	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子变化机制	绵羊乳腺组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
467	2025-06-04	KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095 PMID:40354856	研究论文	本研究通过生物信息学方法鉴定了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的内质网应激反应蛋白，并评估了其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统鉴定了32种与DFU相关的差异表达内质网应激蛋白，并发现KDELR3和YOD1蛋白具有重要诊断价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证这些蛋白在DFU中的具体作用机制	寻找糖尿病足溃疡的新型生物标志物和治疗靶点	糖尿病足溃疡患者组织样本	生物信息学	糖尿病足溃疡	生物信息学分析、WGCNA、机器学习、分子对接、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、qRT-PCR	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的DFU数据集
468	2025-06-04	The Potential Role of Monocyte-Derived Macrophages in Preventing Malarial Parasitemic Recrudescence in a Mouse Model 2025-Jun, Parasite immunology IF:1.4Q3 DOI:10.1111/pim.70010 PMID:40459245	研究论文	探讨单核细胞来源的巨噬细胞在小鼠模型中预防疟疾寄生虫血症复发的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析脾脏吞噬细胞在疟疾感染急性期和复发期的变化，揭示了单核细胞来源的巨噬细胞在控制寄生虫血症复发中的潜在保护作用	CCR2小鼠模型中未观察到单核细胞向巨噬细胞的转变，可能限制了机制的全面理解	研究疟疾寄生虫血症复发的免疫控制机制	小鼠模型中的单核细胞来源的巨噬细胞和疟原虫	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明
469	2025-06-04	TRAF3 as a potential diagnostic biomarker for recurrent pregnancy loss: insights from single-cell transcriptomics and machine learning 2025-May-31, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07742-6 PMID:40450232	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和机器学习技术，探索了复发性流产（RPL）的潜在机制，重点关注蜕膜自然杀伤细胞（dNK）和TRAF3基因的作用	首次将TRAF3基因作为RPL的诊断标志物和治疗靶点，并开发了一个包含TRAF3及其他九个基因的高效诊断模型	研究样本量未明确说明，且需要进一步验证TRAF3作为治疗靶点的有效性	探索RPL的潜在机制，并寻找诊断标志物和治疗靶点	复发性流产（RPL）患者和正常妊娠（NP）的蜕膜组织	数字病理学	复发性流产	单细胞转录组分析、机器学习、WGCNA、RT-PCR、免疫组化、分子对接分析	机器学习模型	转录组数据	NA
470	2025-06-04	Temporally resolved single-cell RNA sequencing reveals protective and pathological responses during herpes simplex virus CNS infection 2025-May-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03471-x PMID:40450318	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了单纯疱疹病毒中枢神经系统感染期间的保护性和病理性反应	识别了一类具有抗病毒和促炎特性的病毒激活小胶质细胞亚群，并揭示了单核细胞在病毒感染脑部病理过程中的关键驱动作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类样本的验证尚未进行	探究HSV-1感染中枢神经系统时的免疫反应机制	HSV-1感染的小鼠脑干组织	单细胞转录组学	单纯疱疹病毒感染	单细胞RNA测序, GeoMx空间转录组学	NA	转录组数据	HSV-1感染的小鼠脑干组织样本
471	2025-06-04	siHIF-1α-Loaded Micellar Nanoparticles Inhibit M1 Macrophage Activation to Ameliorate Chronic Rhinosinusitis 2025-May-31, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.433 PMID:40456494	研究论文	研究负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过调节巨噬细胞极化和铁死亡来改善慢性鼻窦炎的分子机制	首次提出使用负载siHIF-1α的胶束纳米颗粒通过抑制HIF-1α/TFRC-ROS轴来减轻慢性鼻窦炎的炎症和免疫失调	需要进一步验证长期安全性和临床转化	探索慢性鼻窦炎的新型治疗方法	慢性鼻窦炎小鼠模型和Raw264.7巨噬细胞	纳米医学	慢性鼻窦炎	转录组分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因检测、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	GSE10406数据集中的基因数据、慢性鼻窦炎小鼠模型
472	2025-06-04	Human endothelial cells promote a human neural stem cell type B phenotype via Notch signaling 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60194-6 PMID:40447618	research paper	研究发现人类内皮细胞通过Notch信号通路促进人类神经干细胞B型表型	首次揭示了人类内皮细胞通过Notch信号通路促进神经干细胞B型表型的机制，并鉴定了S100A6和LeX作为人类B型细胞的标记物	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证这些发现	探究人类内皮细胞与神经干细胞之间的相互作用机制	人类内皮细胞(hECs)和神经干细胞(hNSPCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	人类神经干细胞和内皮细胞样本
473	2025-06-04	Immunogenicity and cellular response of a herpes zoster virus gEgI fusion protein adjuvanted with CpG-emulsion in mice 2025-May-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03423-w PMID:40448056	研究论文	研究评估了一种新型疱疹病毒gEgI融合蛋白疫苗在小鼠中的免疫原性和细胞反应	开发了gEgI融合蛋白疫苗，并使用新型复合佐剂XUA09C，显示出比现有疫苗Shingrix更强的T细胞反应和免疫激活	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证效果	开发更安全、更易获取的带状疱疹疫苗	成年小鼠、VZV预免疫小鼠和老年小鼠	疫苗开发	带状疱疹	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	多组小鼠（具体数量未提及）
474	2025-06-04	Multiplex imaging reveals novel patterns of MRTFA/B activation in the breast cancer microenvironment 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06559-3 PMID:40448123	research paper	该研究通过多重成像技术揭示了MRTFA/B在乳腺癌微环境中的新激活模式	首次在人类肿瘤中发现MRTFA/B在癌细胞中同时激活，并在不同组织学亚型和肿瘤微环境细胞中表现出不同的表达模式，特别是在非裔美国患者的转移性肿瘤中MRTFA表达升高	研究主要基于组织微阵列和公共数据库分析，可能受到样本来源和数据质量的限制	评估MRTFA/B转录因子对乳腺癌及其肿瘤微环境细胞的致瘤和转移影响	乳腺癌组织微阵列中的肿瘤细胞和肿瘤微环境细胞（内皮细胞和抗原呈递细胞）	digital pathology	breast cancer	multiplexed immunofluorescence, bioinformatics analysis, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq data	两个乳腺癌组织微阵列（CHTN_BrCaProg3和TMA BCWG UIC-001-TMA），包含来自芝加哥西区和南区患者的原发肿瘤和淋巴结转移样本
475	2025-06-04	Ocular immune privilege in action: The living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-May-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115780 PMID:40450686	research paper	该研究探讨了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因签名影响葡萄膜炎原性T细胞	使用单细胞转录组学和功能验证揭示了Tregs和无能细胞的独特表型，以及它们从共同增殖前体平行而非顺序分化的轨迹	研究主要基于体内免疫特权模型，可能不完全反映人类眼部免疫反应的全部复杂性	揭示眼部免疫特权的分子机制，为自身免疫效应细胞的沉默或癌症、疫苗接种或慢性感染中T细胞无反应性的逆转提供策略	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3调节性T细胞（Tregs）和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
476	2025-06-04	CCR5-mediated dynamic maintenance of resident memory T cells in the respiratory tract 2025-May-30, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2920-y PMID:40459692	研究论文	本研究探讨了CCR5介导的呼吸道组织中驻留记忆T细胞的动态维持机制	通过条形码谱系追踪和单细胞转录组分析，发现了一种独特的CD69CD103病毒特异性CD8 T细胞群体，并揭示了CCR5-CCL5轴在促进肺到引流淋巴结迁移中的作用	研究主要关注流感感染模型，可能不适用于其他病原体或组织	阐明呼吸道组织中驻留记忆T细胞的维持机制	CD8 T细胞在呼吸道和引流淋巴结中的动态分布和功能	免疫学	流感	条形码谱系追踪, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型中的T细胞分析
477	2025-06-04	Single-cell analyses identify monocyte gene expression profiles that influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2025-May-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59833-9 PMID:40442100	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响	首次发现CD14+单核细胞活性和IL1B表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系，并揭示了IL1B通过激活NF-κB影响病毒库的机制	样本量较小（14名男性），且研究对象仅限于急性感染期开始ART治疗的男性	研究宿主基因表达对HIV-1病毒库大小的影响	急性感染期开始ART治疗的男性HIV-1感染者	生物医学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA®）	NA	RNA测序数据	14名男性（初始队列）和38名男性（验证队列）
478	2025-06-04	A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics 2025-May-29, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02707-1 PMID:40442373	research paper	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于整合组织病理学和转录组学数据	OmiCLIP是首个将H&E图像和转录组学数据整合的基础模型，通过将转录组数据转化为'句子'形式，实现了两者的有效连接	模型性能依赖于训练数据的质量和数量，且目前仅适用于Visium数据	开发一个能够整合组织病理学和转录组学数据的计算模型	组织病理学图像和空间转录组学数据	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	OmiCLIP	image, transcriptomic data	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
479	2025-06-04	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-May-29, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特征在限制结核分枝杆菌中的作用机制	通过构建单克隆抗体库并筛选具有限制结核分枝杆菌活性的抗体，揭示了Fc效应功能在限制结核分枝杆菌中的作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组有关	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究抗体在结核分枝杆菌控制中的作用机制	结核分枝杆菌及其与抗体的相互作用	免疫学	结核病	单克隆抗体技术、单细胞转录组学	NA	NA	NA
480	2025-06-04	In vivo CRISPRi screen reveals lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2025-May-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.038 PMID:40441291	研究论文	本研究通过CRISPRi筛选揭示了在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）肿瘤生长中起关键作用的长链非编码RNA（lncRNA）组合	首次通过伪批量分析单细胞测序数据确定了在角质形成细胞亚群中特异性表达的lncRNA组合，并通过CRISPR干扰筛选和异种移植模型验证了这些lncRNA对cSCC生长的影响	研究主要基于体外和异种移植模型，未涉及人体临床试验	揭示lncRNA在皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）	癌症研究	皮肤癌	单细胞测序、CRISPR干扰筛选	异种移植模型	测序数据	来自正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据