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当前共找到 39812 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-05-27 |
The rule of three: structural diversity, differential expression and distinct regulatory output of three MALT paralogues in salmonid fish
2026-May-14, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111397
PMID:42134735
|
research paper | 本文研究了虹鳟鱼中三种MALT旁系同源基因的结构多样性、差异表达及其对免疫信号通路的调控作用 | 首次揭示了三种MALT旁系同源基因在鱼类中的组织特异性表达模式、结构差异（Malt3缺少死亡结构域）以及它们对NF-κB信号通路的启动子特异性激活和免疫调控的协同效应 | 研究仅使用CHSE-214细胞作为异源系统进行过表达实验，尚需在生理相关系统中进行进一步验证 | 探索虹鳟鱼中三种MALT旁系同源基因的功能差异及其对先天免疫信号调控的贡献 | 虹鳟鱼三种MALT旁系同源基因（Malt1、Malt2、Malt3） | 免疫学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 荧光素酶报告基因检测, 过表达实验 | NA | 转录组数据 | 虹鳟鱼组织样本及CHSE-214细胞系 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 利用公开的bulk和单细胞RNA-seq数据集进行分析 |
| 462 | 2026-05-27 |
Scalable genotyping in fixed transcriptomes resolves clonal heterogeneity via single-cell sequencing
2026-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.11.717967
PMID:41993258
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研究论文 | 介绍了一种名为GIFT的新方法，可在单细胞水平同时检测数百个靶向遗传变异和全转录组图谱 | 核心创新在于利用相邻单链DNA探针间的缺口填充反应对原生转录本序列进行条形码标记，实现高度特异的靶向突变检测，并适用于FFPE组织 | NA | 开发一种可扩展的单细胞基因分型方法，以耦合转录状态与体细胞突变 | 来自35名骨髓增殖性肿瘤患者的超过70万个细胞 | 单细胞基因组学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA-seq, 靶向基因分型 | NA | 单细胞转录组数据 | 35名骨髓增殖性肿瘤患者的超过70万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 463 | 2026-05-27 |
Flow Matching for Count Data
2026-May-08, ArXiv
PMID:42147731
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研究论文 | 提出了一种基于流匹配的计数数据生成框架 count-FM，利用连续时间生灭过程实现高维计数数据在批次或时间点之间的分布映射 | 首次将流匹配框架扩展到计数数据场景，采用连续时间生灭过程与局部单位跳变模拟计数空间中的过渡，实现免模拟训练的条件转移率学习，无需将计数转化为连续空间或分类状态 | 未提及对极大规模计数数据或异常值处理的鲁棒性，可能受限于计算资源需求 | 开发适用于高维计数数据的生成模型，实现无条件生成、分布转移和条件生成任务 | 单细胞RNA测序数据（scRNA-seq）和神经尖峰序列数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 流匹配模型（flow-matching） | 计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 464 | 2026-05-27 |
Charting spatial ligand-target activity using Renoir
2026-05-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72388-7
PMID:42086556
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研究论文 | 提出Renoir方法，用于在空间转录组数据中绘制配体-靶基因活性图谱，揭示组织微环境中的细胞间通讯 | 首次实现空间拓扑上配体-靶基因活性映射，能解析特定空间生态位中的配体-下游靶标关系，并识别具有不同配体-靶标相互作用的细胞生态位 | 未提及具体局限性 | 开发一种方法以在空间转录组数据中推断配体对下游靶基因的影响，并识别特定空间生态位中的细胞间相互作用 | 发育到疾病状态的各种空间转录组数据集，包括胎儿肝脏和肝细胞癌组织 | 计算机视觉, 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | 多个空间转录组数据集，涵盖不同分辨率和发育阶段至疾病状态 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 465 | 2026-05-27 |
Beyond the Cell Atlas: Functional Communities as the Essential Pathologic Units Driving Kidney Disease
2026-May-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001023
PMID:41563353
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综述 | 提出“功能社群”作为肾脏疾病核心病理单位的概念框架，并探讨其在空间与多组学技术下的应用前景 | 首次将空间约束的多细胞互作“功能社群”定义为肾脏疾病的根本病理单位，超越传统单细胞图谱，整合人工智能与多组学构建虚拟模型以模拟细胞动态互作 | 尚未提供大规模实证验证，关键技术挑战如空间分辨率、多模态数据整合和虚拟模型的可预测性需进一步解决 | 推动对肾脏疾病病理机制的理解，从离散细胞状态转向多细胞功能社群，以指导新型诊断与治疗策略 | 肾脏疾病的病理微环境，包括三种典型病理社群：适应不良修复微环境、促纤维化微环境和组织破坏性免疫微环境 | 自然语言处理 | 肾脏疾病 | 空间转录组学、多组学技术、人工智能 | NA | NA | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE |
| 466 | 2026-05-27 |
α -Klotho Promotes Cell Death and Suppresses Inflammation through TNF-Cellular Inhibitor of Apoptosis Protein 1 Signaling in Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease
2026-May-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000940
PMID:41563399
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研究论文 | 该研究发现α-Klotho蛋白在常染色体显性多囊肾病中通过TNF-细胞凋亡抑制蛋白1信号通路促进细胞死亡并抑制炎症 | 首次阐明了α-Klotho在ADPKD中的未知作用和机制，揭示其通过结合并 destabilizing 细胞凋亡抑制蛋白1发挥促凋亡和抗炎功能 | 结果基于Pkd1突变小鼠模型，需要进一步在人类患者样本中验证 | 研究α-Klotho在常染色体显性多囊肾病中的角色和作用机制 | Pkd1突变小鼠以及转α-Klotho基因的Pkd1-HOMO-KLTg小鼠 | 机器学习和数字病理学 | 常染色体显性多囊肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Pkd1突变小鼠和Pkd1-HOMO-KLTg转基因小鼠的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 467 | 2026-05-27 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify immune-stromal interactions in cardiac allograft vasculopathy
2026-May, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-026-00813-7
PMID:42151633
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学整合分析，鉴定心脏同种异体移植血管病变（CAV）中免疫-基质细胞相互作用 | 首次在人体冠状动脉中结合单细胞RNA测序和空间转录组学，全面刻画CAV新内膜微环境，并发现IFN信号作为潜在治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 阐明心脏同种异体移植血管病变（CAV）的关键细胞和分子机制 | 人体冠状动脉组织和CAV小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包括CAV、动脉粥样硬化性冠状动脉疾病和非疾病对照的人体冠状动脉组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞RNA测序和空间转录组学平台，用于分析人体冠状动脉组织 |
| 468 | 2026-05-27 |
Single-Cell Characterization of Terminal States and State-Specific Transcriptional Regulatory Networks in Hepatocellular Carcinoma
2026-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71214
PMID:42186138
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据，建立整合细胞命运动态与转录调控网络的框架，揭示肝细胞癌的终末细胞状态及其特异性转录调控网络 | 首次通过整合CellRank命运推断和SCENIC调控网络重建，识别出肝细胞癌的三种终末细胞状态（免疫激活、代谢、增殖型），并阐明其沿分化连续体形成及核心调控因子 | 未提及具体限制 | 探究肝细胞癌肿瘤细胞在命运轨迹中的状态转变及其转录调控机制 | 肝细胞癌肿瘤细胞 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | CellRank, SCENIC | 基因表达数据 | NA（基于公开单细胞RNA测序数据及TCGA-LIHC批量转录组数据） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 469 | 2026-05-27 |
Single-cell transcriptomics reveals lateral transfers of multiple functional genes from prokaryotes to free-living ciliated protists in detrital food webs
2026-May, Marine life science & technology
IF:5.8Q1
DOI:10.1007/s42995-026-00382-5
PMID:42186547
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了自由生活的原生生物在碎屑食物网中通过水平基因转移从原核生物获取多个功能性基因的机制 | 首次在自由生活的厌氧纤毛虫APM类群中基于单细胞转录组进行全基因组水平基因转移筛选，发现63个候选原核水平转移基因，其中多个形成降解复杂有机物的互联通路，并首次记录CPR细菌到真核生物的水平转移事件 | 研究基于有限的数据集（9种APM纤毛虫的36个组学数据集），且候选基因的功能预测主要依赖生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探索侧向基因转移在自由生活的原生生物厌氧环境适应中的进化意义和生态角色 | 9种土壤/沉积物中的APM纤毛虫（包括Armophorea、Muranotrichea和Parablepharismea类群） | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | 36个组学数据集，涵盖9种APM纤毛虫 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 470 | 2026-05-27 |
Exploring the CeRNA landscape in plants: advances, methods, and challenges
2026-Apr-20, TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik
DOI:10.1007/s00122-025-05135-z
PMID:42008014
|
综述 | 本文综述了植物中竞争性内源RNA机制的研究进展，探讨了其与动物ceRNA的差异、在应激响应中的作用以及结合前沿技术的研究方法 | 总结了植物ceRNA与动物ceRNA在序列特征、相互作用模式和功能上的关键差异，并提出了结合单细胞测序和空间转录组学等前沿技术与多组学工具的综合研究方法 | 现有生物信息学工具预测准确性有限，且植物复杂组织中的功能验证存在困难 | 揭示植物ceRNA网络的调控机制，填补转录后调控的知识空白，并为作物改良提供新策略 | 植物中的竞争性内源RNA及其调控网络 | 自然语言处理 | NA | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 471 | 2026-05-27 |
A single-cell and spatial transcriptomic atlas of human tuberculous constrictive pericardium
2026-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106233
PMID:41875497
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研究论文 | 对人类结核性缩窄性心包炎进行了单细胞和空间转录组图谱分析 | 首次构建了结核性缩窄性心包炎的人体心包单细胞和空间转录组图谱，揭示了与肉芽肿形成、血管重塑和纤维化激活相关的异质性转录程序，并识别了MMP9+巨噬细胞、CCL19+成纤维细胞和S100A4+内皮细胞等关键细胞类型及其空间组织 | 样本量有限（6例患者和3例正常对照），可能无法完全代表疾病异质性；仅通过观察性分析提出细胞间相互作用，功能性验证尚需进一步研究 | 阐明结核性缩窄性心包炎中肉芽肿性炎症与心包纤维化之间的细胞结构和细胞间信号回路 | 手术切除的结核性缩窄性心包炎患者和正常对照的心包组织 | 数字病理学 | 结核病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 6例结核性缩窄性心包炎患者和3例正常对照的81,634个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 472 | 2026-04-12 |
Spatial Transcriptomics of the Cyst Microenvironment in an Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Model
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001050
PMID:41920711
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 473 | 2026-05-27 |
STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712359
PMID:41890059
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研究论文 | 提出了一种名为 STiLE 的自动组织微阵列解阵工具，用于空间转录组学，仅基于细胞质心坐标实现高效解阵 | STiLE 无需组织学图像，仅使用细胞质心坐标即可完成解阵，对染色质量差和光照不均等伪影具有鲁棒性，并且平台无关 | NA | 开发一种自动化的组织微阵列解阵方法，克服现有方法依赖图像数据且不支持空间转录组学平台坐标输出的局限 | 组织微阵列样本中的细胞 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 细胞质心坐标 | 11个公共组织微阵列样本（每张载玻片含50-150个组织芯）及396个合成数据集 | Vizgen, 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx | NA |
| 474 | 2026-05-27 |
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712496
PMID:41889815
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研究论文 | 提出单细胞APEX-seq方法，在亚细胞分辨率下绘制转录组图谱，并识别细胞间相互作用的调控因子 | 首次将APEX邻近标记与单细胞RNA测序结合，实现在单细胞水平上对亚细胞转录组的空间定位，解决了传统单细胞测序无法解析RNA亚细胞分布的问题 | 该方法依赖APEX标记效率，可能受限于探针设计和RNA回收率；目前仅应用于共培养体系，在复杂组织中的适用性待验证 | 开发单细胞分辨率的亚细胞转录组测序技术，以发现细胞间相互作用的新型调控因子 | 肿瘤-巨噬细胞共培养体系以及HER2+肿瘤细胞与CAR-T细胞的共培养体系 | 单细胞组学 | 肿瘤 | APEX-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据（RNA） | CAR-T细胞与HER2+肿瘤细胞共培养样本（短期和长期共培养） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium液滴系统结合APEX标记的内质网相关转录组捕获 |
| 475 | 2026-05-27 |
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712502
PMID:41889847
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研究论文 | 研究发现了结肠中一种稀有且表达T细胞因子4阴性（Lin-）的上皮干细胞群，该细胞在肠道屏障修复和APC缺失驱动的结肠肿瘤发生中发挥重要作用 | 首次鉴定出非隐窝基部柱状细胞的Lin-干细胞群，并证明其在APC单倍剂量不足背景下作为结肠肿瘤起源细胞的独特作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证该干细胞群的存在与功能 | 探究肠道上皮屏障稳态维持及APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中的新型干细胞机制 | 小鼠结肠上皮组织中的稀有干细胞群体 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序，谱系追踪，免疫组织化学 | NA | 测序数据，图像 | 小鼠结肠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 476 | 2026-05-27 |
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712369
PMID:41889971
|
研究论文 | 提出一种无需外部参考数据的高分辨率空间转录组细胞注释方法Binary-SPA | 无需单细胞RNA测序参考数据集即可实现高精度细胞类型注释，通过两阶段策略结合二分类和锚点标签转移，消除了对外部参考数据的依赖 | 依赖预定义标记基因集，可能在某些组织或条件下标记基因定义不完整 | 开发一种不依赖外部参考数据的空间转录组细胞注释方法 | 高分辨率空间转录组数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 二分类器和锚点标签转移 | 空间转录组数据 | 包含骨髓活检等多种组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 477 | 2026-05-27 |
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712161
PMID:41890078
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research paper | 提出PalmaClust，一个基于帕尔马比率的图融合框架，用于在单细胞RNA测序数据中稳健检测超稀有细胞类型 | 首次将社会学中用于衡量尾部不平等的帕尔马比率引入单细胞RNA测序稀有细胞类型检测，通过融合基于不同基因选择统计量（帕尔马比率、基尼指数、法诺因子）的多个K近邻图，实现了对超稀有细胞群体的灵敏识别和校准置信度 | 文本未提及明确局限性，但可能依赖公共数据集的基准测试，缺乏对真实复杂组织样本的广泛验证 | 开发一种可扩展且统计稳健的方法，用于在单细胞RNA测序数据中灵敏检测稀有细胞群，同时提供校准置信度和可解释的分子特征 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞群，包括短暂祖细胞、治疗耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 | machine learning | NA | scRNA-seq, graph-fusion clustering | KNN, graph-fusion | gene expression data | 多个公共单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2026-05-27 |
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712262
PMID:41889846
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研究论文 | 以NUP98-KDM5A为模型，研究染色体易位产生的融合蛋白如何通过染色质互作形成凝聚体并驱动致白血病基因表达 | 揭示了NUP98-KDM5A通过结合H3K4me3形成胶状凝聚体，并利用局部H3K4me3密度实现基因靶向选择性的机制，为理解染色质相关凝聚体解读表观遗传景观提供了通用框架 | 未提及 | 阐明NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚体行为的基本原理 | NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病中的基因表达调控 | 机器学习 | 白血病 | 细胞成像、体外重建、基因组分析、单细胞测序 | NA | 图像、基因表达数据、单细胞测序数据 | 来自患者的单细胞测序数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 479 | 2026-05-27 |
Melanocyte loss dominates the vitiligo transcriptome: a rank-based meta-analysis
2026-Mar-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.02.07.26345817
PMID:41728299
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研究论文 | 通过对六项独立转录组研究的秩次元分析，确定了白癜风中黑素细胞丢失的一致特征 | 首次通过秩次元分析方法整合多项转录组研究，识别出白癜风皮损中黑素细胞丢失的一致特征，并发现新的候选黑素细胞标记物 | 免疫激活的异质性可能受采样方法和疾病特征影响，需要进一步研究 | 识别白癜风的共识转录组特征 | 白癜风皮损样本 | 机器学习 | 白癜风 | RNA-seq 和 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 115个样本，包括微阵列、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2026-05-27 |
Gsx2 regulates oligodendrocyte precursor formation in the zebrafish spinal cord
2026-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.01.001
PMID:41491310
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研究论文 | 利用斑马鱼模型研究Gsx2基因通过单细胞多组学数据调控脊髓少突胶质前体细胞形成的作用机制 | 首次在斑马鱼脊髓中发现Gsx2在少突胶质前体细胞前体（pre-OPCs）中特异性表达，并通过基因敲除实验证明其调控OPC形成的时间窗口 | 仅基于斑马鱼模型验证，未在哺乳动物系统中进行功能验证；结论准确性和物种间保守性有待进一步确认 | 阐明神经前体细胞向少突胶质细胞谱系特化的分子调控机制，尤其关注Gsx2基因的功能 | 斑马鱼脊髓中的神经前体细胞（NPCs）及少突胶质前体细胞（OPCs） | 生物信息学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | 基因组编辑数据, 单细胞转录组数据, 单核表观组数据 | 斑马鱼gsx2纯合突变体胚胎及对照胚胎（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |