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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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461 | 2025-10-05 |
gwSPADE: gene frequency-weighted reference-free deconvolution in spatial transcriptomics
2025-Sep-23, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf966
PMID:41002029
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研究论文 | 提出一种名为gwSPADE的基因频率加权无参考空间转录组解卷积方法 | 开发了无需外部单细胞参考数据的空间转录组解卷积方法,采用基因频率加权方案和主题模型 | NA | 解决空间转录组数据中细胞类型组成的准确解卷积问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 主题模型 | 基因计数矩阵 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
462 | 2025-10-05 |
Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma
2025-Sep-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307
PMID:41016295
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研究论文 | 本研究揭示了双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化,将肝细胞癌的肿瘤微环境从免疫抑制状态转变为免疫激活状态 | 首次发现双氢青蒿素通过YAP1抑制组蛋白乳酸化的新机制,并证明其能重塑肝癌免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探索双氢青蒿素改变肝细胞癌肿瘤微环境免疫状态的具体机制 | 肝细胞癌小鼠模型和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化,Western blot,免疫荧光,代谢流分析,共免疫沉淀,细胞因子芯片,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,免疫细胞表型数据 | 多种免疫缺陷小鼠模型(NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+ T细胞清除小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
463 | 2025-10-05 |
Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary
2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.16.676655
PMID:41000831
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研究论文 | 本研究使用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育和成年期的单细胞尺度空间转录组图谱 | 首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下,通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了近单细胞分辨率的空间基因表达分析 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及其他物种验证 | 探究卵巢发育过程中的空间模式调控机制 | 发育中和成年小鼠卵巢 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 8个关键胎儿期和出生后时间点的小鼠卵巢样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10X Genomics Visium HD空间转录组学平台 |
464 | 2025-10-05 |
Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy
2025-Sep-16, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757
PMID:40967330
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研究论文 | 本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡缓解脓毒症诱导心肌病的机制 | 首次在单细胞水平揭示HSP90aa1+毛细血管内皮细胞在脓毒症心肌病中的异质性,并阐明HSP90AA1通过NF-κB信号通路调控坏死性凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;未探讨其他潜在信号通路的参与 | 探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病中的作用机制 | 小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, Western blot, 免疫荧光, ELISA, 经胸超声心动图 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | 未明确样本数量的小鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
465 | 2025-10-05 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics-Based Research Reveals Association Between M2a Macrophages and Tumor Spread through Air Spaces in Lung Adenocarcinoma
2025-Sep-12, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.07.017
PMID:40946801
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术探索M2a巨噬细胞与肺腺癌气腔播散的关系 | 创新性地结合单细胞RNA测序和数字空间分析空间转录组学测序技术,首次系统研究M2a巨噬细胞通过CCL17/CCR4轴促进β-catenin信号通路影响STAS的机制 | NA | 探索肺腺癌中特定类型肿瘤相关巨噬细胞影响气腔播散发生发展的机制 | 肺腺癌肿瘤微环境中的M2a巨噬细胞和气腔播散现象 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学测序 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | 数字空间分析空间转录组学测序 |
466 | 2025-10-05 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
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研究论文 | 本研究利用三维肝脏切片培养系统探究了白细胞介素-4在肝脏细胞重编程和再生中的作用 | 首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养模型中系统研究IL-4的促再生作用,并采用纵向单细胞转录组学分析 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程机制 | 小鼠肝脏切片(包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏) | 单细胞生物学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序,免疫组织化学染色,ATP检测 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
467 | 2025-10-05 |
Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells
2025-Sep-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaf205
PMID:40828965
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研究论文 | 本研究通过泛基因组图谱平台分析全球2409头牛的SNP和SV变异,揭示结构变异在牛群改良和适应性进化中的关键作用 | 首次在牛基因组中发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记,并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异 | 研究主要基于82个品种的2409个个体,可能未覆盖所有牛种遗传多样性 | 探究结构变异在全球牛群种群结构和表型形成中的作用 | 来自82个品种的2409头全球牛个体 | 基因组学 | NA | 泛基因组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,单细胞转录组数据 | 2409个个体,82个品种 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
468 | 2025-10-05 |
Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE)
2025-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475
PMID:40971965
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研究论文 | 提出了一种名为MouSSE的新方法,用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测和估计细胞因子活性 | 开发了专门针对小鼠数据的细胞因子活性估计方法,使用经过修改的方差调整马氏距离技术,支持正负基因权重 | 方法主要针对小鼠数据,在人类数据中的适用性可能需要进一步验证 | 开发准确的小鼠单细胞水平细胞因子活性估计方法 | 小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、癌症、感染反应 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法 | VAM(方差调整马氏距离)技术 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
469 | 2025-10-05 |
Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial
2025-Sep, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70141
PMID:41002119
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研究论文 | 评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应的I期临床试验 | 首次使用装载超抑制因子IκBα的工程化细胞外囊泡进行NF-κB靶向治疗的人体临床试验 | 单中心研究、样本量较小(18名志愿者)、仅评估短期效果 | 评估ILB-202在人体中的安全性和抗炎作用 | 18名健康志愿者 | NA | 炎症性疾病、自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据 | 18名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
470 | 2025-10-05 |
Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.11.02.514917
PMID:40950142
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研究论文 | 介绍Tensor-cell2cell v2计算工具,用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化 | 首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯,保留各模态通讯评分的独立性和数据结构 | NA | 开发能够解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具 | 脑类器官发育过程中的细胞通讯 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学,耦合张量分量分析 | 张量分解模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
471 | 2025-10-05 |
Sex-related variations in liver homeostasis and disease: From zonation dynamics to clinical implications
2025-Aug-20, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.007
PMID:40846185
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综述 | 本文探讨肝脏性别二态性在区域异质性、代谢功能和疾病易感性方面的表现及其临床意义 | 整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学新技术揭示肝脏功能区化与性别差异的关联机制 | 未明确说明具体研究样本量和数据来源的局限性 | 阐明性别因素在肝脏稳态和疾病发生发展中的作用机制 | 人类肝脏组织及其区域异质性(汇管区与中央静脉区) | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学, 数字孪生模型 | 数字孪生模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
472 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics identifies an increased Ly6G- neutrophil population and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638715
PMID:40027777
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示烟草味电子烟暴露导致小鼠肺部Ly6G-中性粒细胞群增加和T细胞毒性增强 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统分析不同口味电子烟暴露下肺部免疫细胞的性别特异性变化 | 样本量较小(每组每性别仅2只小鼠),且仅观察了急性暴露效应 | 确定电子烟暴露对肺部免疫景观的影响 | C57BL/6J小鼠肺部细胞 | 单细胞转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,细胞因子数据 | 71,725个细胞,每组每性别2只小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
473 | 2025-10-05 |
An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation
2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.01.662364
PMID:40631080
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研究论文 | 提出一种基于深度图表示学习的框架DeepSAS,用于从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性 | 开发了首个结合深度图表示学习和实验验证的本征框架,能够稳健地识别衰老细胞类型及其相关基因 | NA | 解析衰老细胞的异质性及其相关基因,增进对衰老和年龄相关疾病的理解 | 健康眼部细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞 | 机器学习 | 年龄相关疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 深度图表示学习 | 单细胞RNA-seq数据,空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学验证平台 |
474 | 2025-10-05 |
cp_measure: API-first feature extraction for image-based profiling workflows
2025-Jul-01, ArXiv
PMID:41019218
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研究论文 | 开发了一个名为cp_measure的Python库,用于从生物图像中提取特征以支持基于图像的细胞分析工作流 | 将CellProfiler的核心测量功能提取为模块化、API优先的工具,实现程序化特征提取 | NA | 开发适用于机器学习工作流的自动化、可重复图像分析工具 | 生物图像中的细胞和其他实体 | 计算机视觉 | NA | 图像分析,特征提取 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学,3D成像 | NA | NA |
475 | 2025-10-05 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了前庭毛细胞动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征 | 首次发现前庭动纤毛同时具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征,并证实其具有自主运动能力 | 动纤毛的具体结构和功能机制仍需进一步研究 | 阐明前庭毛细胞动纤毛的分子特征和功能特性 | 前庭毛细胞和耳蜗毛细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫染色,活体成像 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 成年前庭和耳蜗毛细胞,斑马鱼和人类前庭毛细胞,牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
476 | 2025-10-05 |
Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653262
PMID:40661452
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研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示慢性髓系白血病微观和宏观状态的演化过程 | 建立理论框架解释离散疾病表型在单细胞尺度隐藏而在聚合宏观水平显现的机制 | NA | 探索单细胞与批量转录组学中癌症特异性信息内容,解析疾病定义状态如何从嘈杂单细胞数据中产生 | 慢性髓系白血病(CML)进展过程 | 单细胞组学 | 慢性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 状态转换理论 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
477 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制 | 首次整合单细胞核基因组学与空间转录组学技术,在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;样本量相对有限(36个大脑) | 阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞作用机制 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间转录组数据 | 36个小鼠大脑(超过500,000个细胞),12个脑切片 | NA | 单细胞核基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
478 | 2025-10-05 |
p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development
2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637463
PMID:39990386
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5过渡的机制 | 首次发现p63在釉质器官发育中借用皮肤发育的Krt8-to-Krt5过渡机制 | 研究仅基于小鼠切牙模型,早期p63敲除小鼠的发育停滞限制了更全面功能研究 | 探究p63在釉质器官细胞分化中的具体作用机制 | 小鼠切牙釉质器官上皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 轨迹重建, 比较转录组分析, 染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 小鼠切牙样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
479 | 2025-10-05 |
3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.639192
PMID:40060607
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研究论文 | 利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织,揭示嗅觉通路的分子结构 | 首次使用3D空间转录组学技术绘制了嗅球的全面分子图谱,揭示了嗅球对称性组织的新原理 | 研究仅限于小鼠模型,未在其他物种中验证 | 研究脊椎动物大脑对称性组织的分子基础 | 小鼠嗅球组织 | 空间转录组学 | NA | 3D空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 近一千个分子特征不同的肾小球 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
480 | 2025-10-05 |
Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0332988
PMID:41004487
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研究论文 | 通过多组学分析研究胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型 | 首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用,建立了基于PRG的新型预后特征,并通过单细胞RNA测序和体外实验验证关键基因COL8A1的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和预后价值 | 胃腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃腺癌 | 多组学分析,转录组学,基因组学,单细胞RNA测序,western blot,集落形成,CCK-8,Transwell实验 | 机器学习算法,无监督聚类 | 转录组数据,基因组数据,临床数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |