单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-04-25 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
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研究论文 | 通过空间和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境 | 首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的特定免疫浸润模式 | 研究样本可能有限，未明确说明样本数量，且结果需要进一步验证 | 探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明 |
| 462 | 2025-04-25 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
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research paper | 本文介绍了一种名为混沌学习的新颖多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中进行准确预测 | 首次提出混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入到交互式混沌动力系统中，实现对混沌系统的定量预测 | NA | 改变对混沌的传统认知，建立拓扑、混沌和学习之间的桥梁 | 混沌系统及其预测能力 | machine learning | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | NA | 脑电波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集（10个脑电波数据集、4个基准蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集和1个图像数据集）以及Lorenz和Rossler吸引子两个混沌动力系统 |
| 463 | 2025-04-25 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平 | VISTA通过变分推理和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术中基因表达信息缺失的问题 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, SST | 几何深度学习 | 基因表达数据 | 四个SST数据集 |
| 464 | 2025-04-25 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 | 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体识别能力的限制 | 研究样本量较小（n=5新生儿和n=5成人），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行了分析 | 理解新生儿免疫细胞发育特点及其对感染的易感性 | 新生儿和成人的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq） | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人样本 |
| 465 | 2025-04-25 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
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research paper | 该研究探讨了乳腺浸润性小叶癌（ILC）中DNA损伤检查点中介蛋白1（MDC1）的共调节活性与DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联 | 揭示了MDC1在ILC细胞中独特的共调节活性及其与DNA修复功能障碍的关系，并发现这种功能障碍可被PARP抑制剂靶向治疗 | 研究主要基于细胞和动物模型，临床样本数据有限 | 探究ILC中MDC1的共调节活性与DNA修复功能障碍的分子机制及其治疗潜力 | 乳腺浸润性小叶癌（ILC）细胞和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析 | NA | 转录组数据、功能实验数据 | 多个ILC异种移植模型 |
| 466 | 2025-04-25 |
Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells
2025-Mar-17, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498
PMID:40107450
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研究论文 | 本文研究了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝脏祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制 | 发现PPL+CD44Low细胞可以重编程为PPL+CD44High LPCs，并提出PPL在治疗肝纤维化中的潜在应用 | 研究机制尚不完全清楚，且实验主要基于小鼠模型，人类应用的可行性需进一步验证 | 探索PPL在肝纤维化中的作用及其潜在治疗应用 | 肝纤维化患者和小鼠模型中的肝脏祖细胞（LPCs） | 肝脏病理学 | 肝纤维化 | 单细胞测序、腺病毒转染 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 人类肝纤维化患者样本和小鼠模型 |
| 467 | 2025-04-25 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
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research paper | 该研究探讨了高同型半胱氨酸血症（HHcy）饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 研究HHcy诱导的小脑血管疾病中星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的影响 | C57BL/6J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNAseq） | 小鼠饮食模型 | 基因表达数据、免疫组织化学图像 | 7-8周龄的雄性和雌性C57BL/6J小鼠 |
| 468 | 2025-04-25 |
Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.15.643144
PMID:40166175
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研究论文 | 本研究通过分析全基因组DNA甲基化数据，识别了晚发性阿尔茨海默病的两种表观基因组亚型，并探讨了它们的细胞类型特异性和功能影响 | 首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出两种具有不同DNA甲基化模式的表观基因组亚型，并揭示了它们与特定小胶质细胞状态的关联 | 研究基于死后脑组织样本，可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 探索晚发性阿尔茨海默病的分子异质性，为精准医疗提供基础 | 晚发性阿尔茨海默病患者脑组织 | 表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组DNA甲基化分析、RNA测序（包括单细胞RNA测序） | 无监督聚类方法 | 表观遗传数据、转录组数据 | 三个独立队列共831例死后脑组织样本 |
| 469 | 2025-04-25 |
High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.642805
PMID:40166174
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research paper | 介绍了一种基于半透性胶囊（SPCs）的高通量单细胞组学技术，用于多种核酸分析 | SPCs技术支持单细胞长期培养和克隆扩增，克服了液滴微流控系统的基本限制，提供了更高的转录本捕获效率 | NA | 开发一种高效、可扩展的单细胞组学技术，用于研究复杂和异质的生物系统 | 白细胞（特别是造血系统疾病患者的白细胞） | 单细胞组学 | 急性髓系白血病（AML） | 数字PCR、基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、基于FACS的分离 | NA | 核酸序列数据 | 造血系统疾病患者的白细胞样本 |
| 470 | 2025-04-25 |
Intrinsic OASL expression licenses interferon induction during influenza A virus infection
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.14.643375
PMID:40166309
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research paper | 该研究揭示了在甲型流感病毒(IAV)感染期间，固有OASL表达对干扰素诱导的关键作用 | 发现了ISGs（尤其是OASL）的固有表达在促进干扰素诱导中的新作用，并提供了关于先天免疫激活中细胞间异质性调控机制的新见解 | 研究主要关注IAV感染，其他病毒感染情况未涉及 | 识别决定细胞在病毒感染时产生干扰素能力差异的宿主因素 | 甲型流感病毒(IAV)感染的细胞 | 免疫学 | 流感 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 471 | 2025-04-25 |
Investigating pulmonary neutrophil responses to inflammation in mice via flow cytometry
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae189
PMID:39212489
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研究论文 | 本文描述了一种通过流式细胞术评估小鼠肺部中性粒细胞表型的详细实验方案 | 提供了一种详细的实验方案，用于评估由真菌细胞壁颗粒zymosan诱导的无菌炎症小鼠模型中的肺部中性粒细胞表型 | 实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型 | 探索中性粒细胞在肺部生理和病理条件下的复杂功能 | 小鼠肺部中性粒细胞 | NA | 肺部炎症 | 流式细胞术 | NA | 细胞表型数据 | 小鼠模型 |
| 472 | 2025-04-25 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 介绍了一种名为scooby的框架，用于在单细胞分辨率下从DNA序列建模多模态基因组图谱 | 首个在单细胞分辨率下建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入图谱的框架，利用预训练的多组学预测模型Borzoi作为基础模型，并配备了细胞特异性解码器 | 未明确提及具体限制，但可能受限于单细胞多模态技术的复杂性和数据稀疏性 | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞中的基因表达，构建统一的基因调控模型 | 单细胞多模态基因组数据，包括scRNA-seq和scATAC-seq数据 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析 | Borzoi, 细胞特异性解码器 | 基因组序列, 单细胞多模态数据 | 未明确提及具体样本数量，但应用于造血数据集 |
| 473 | 2025-04-25 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示了一种潜在的激活嗅觉干细胞状态 | 结合基因表达和可及染色质图谱，识别了激活干细胞在细胞命运指定阶段的转录异质性，并发现了一组在受伤前就准备好激活的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组和表观基因组数据 | NA |
| 474 | 2025-04-25 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.07.642107
PMID:40161587
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研究论文 | 本研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析了50个肿瘤生物样本中的200多万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来映射肿瘤细胞状态及其周围结构 | 提出了空间动态网络（SDN）概念，揭示了肿瘤细胞状态如何组织成独特的集群或'村庄'，并展示了这些村庄与患者预后的关联 | 研究样本量相对有限（50个肿瘤生物样本），且仅针对肝癌 | 理解肿瘤空间景观及其对肿瘤侵袭性的影响 | 肝癌肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像, 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像, RNA序列数据 | 50个肿瘤生物样本中的200多万个细胞 |
| 475 | 2025-04-25 |
CSsingle: A Unified Tool for Robust Decomposition of Bulk and Spatial Transcriptomic Data Across Diverse Single-Cell References
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.07.588458
PMID:38645128
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研究论文 | 介绍了一种名为CSsingle的新方法，用于增强对大量和空间转录组数据的分解，解决细胞异质性的关键挑战 | CSsingle通过应用细胞大小校正（使用ERCC spike-in对照）来考虑细胞类型间RNA含量的变化，从而实现准确的大量数据反卷积，并支持空间转录组数据的精细分析 | NA | 提高对复杂生物系统和疾病过程的理解，特别是在肿瘤上皮可塑性方面 | 大量和空间转录组数据，以及单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 食管腺癌（EAC）和Barrett食管 | ERCC spike-in对照，scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 超过700个正常和病变的胃食管组织样本 |
| 476 | 2025-04-25 |
In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate
2025-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.10.579748
PMID:38405728
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research paper | 研究探讨了特定气味如何选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生 | 揭示了特定气味经验可以选择性‘放大’特定的嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能 | 研究仅在小鼠中进行，尚未在更广泛的哺乳动物中验证 | 探究嗅觉刺激如何影响嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率 | 小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs） | 神经科学 | NA | scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期标记 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 477 | 2025-04-25 |
Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology
2025-Mar-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1
PMID:40162205
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research paper | 介绍了一个名为Thor的综合计算平台，用于空间转录组学和组织学图像的多模态分析 | Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效整合细胞形态与空间转录组学 | NA | 解决现有计算平台在基因组和图像分析无缝整合方面的不足 | 空间转录组学和组织学图像 | digital pathology | heart failure, breast cancer, bladder cancer | spatial transcriptomics, immunofluorescence staining, Visium HD | anti-shrinking Markov diffusion method | image, genomic data | in-house heart failure patient samples, mouse olfactory bulb, breast cancer samples, in-house bladder cancer sample |
| 478 | 2025-04-25 |
Activation of CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in animal models of alcoholic pancreatitis
2025-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574376
PMID:38903082
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研究论文 | 研究揭示了CREB和Kras*在酒精性慢性胰腺炎(ACP)背景下促进胰腺癌进展的分子机制 | 首次阐明了CREB与致癌Kras G12D/+在ACP背景下协同促进胰腺癌进展的分子机制，并证明靶向CREB可有效抑制肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究CREB和Kras*在酒精性慢性胰腺炎促进胰腺癌进展中的作用机制 | 胰腺腺泡细胞、胰腺导管病变、胰腺癌 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、定量PCR | Ptf1a CreERTM/+;LSL-Kras G12D/+遗传小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织样本 | 多种遗传修饰小鼠模型及人类胰腺疾病(慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌)组织样本 |
| 479 | 2025-04-25 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中基因表达的时空图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序 | 研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究哺乳动物早期大脑发育过程中的基因表达调控机制 | 小鼠胚胎颅神经板 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本 |
| 480 | 2024-10-04 |
Unravelling lipidomic disruptions across multiple tissues in Chd8-mutant ASD mice through integration of lipidomics and single-cell transcriptomics
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332972
PMID:39358004
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |