单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-04-25 |
A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.27.641500
PMID:40196633
|
research paper | 通过单细胞层次泊松因子化（scHPF）分析人类小胶质细胞的异质性，揭示了与阿尔茨海默病相关的转录特征调控因子 | 提出了一个23因子模型来捕捉小胶质细胞的连续基因表达特征，并识别了与阿尔茨海默病相关的转录调控网络 | 研究依赖于死后或神经外科手术中获取的样本，可能无法完全反映活体状态下的情况 | 探索人类小胶质细胞的分子异质性及其在神经退行性疾病中的作用 | 441,088个活体小胶质细胞，来自161名捐赠者的不同脑区 | digital pathology | Alzheimer's disease | single-cell hierarchical Poisson factorization (scHPF), MERFISH | scHPF | single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data | 441,088个小胶质细胞，来自161名捐赠者 |
| 462 | 2025-04-25 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
|
研究论文 | 本研究通过海星作为非脊索动物代表，探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化 | 揭示了海星卵巢中存在与哺乳动物相似的细胞类型及神经内分泌信号系统，支持卵巢细胞类型的脊索前起源假说 | 研究仅基于海星这一单一物种，结论在其他物种中的普适性有待验证 | 探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型及其空间组织 | 进化生物学 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序）与高分辨率3D成像 | NA | 单细胞转录组数据与3D成像数据 | 海星卵巢组织样本 |
| 463 | 2025-04-25 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.03.631250
PMID:39803530
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨了细胞间信号如何影响癌症细胞的表型动态，特别是在上皮-间质转化过程中 | 揭示了细胞间信号在小细胞肺癌中强化单细胞表型转变并维持群体水平肿瘤内异质性的机制 | 研究主要基于计算模型和scRNA-seq数据，缺乏实验验证 | 探索细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性中的作用 | 小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞 | computational biology | lung cancer | scRNA-seq, 数学建模 | dynamical systems model | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 464 | 2025-04-25 |
Developmental molecular signatures define de novo cortico-brainstem circuit for skilled forelimb movement
2025-Mar-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6150344/v1
PMID:40196004
|
research paper | 该研究识别了一种先前未被认识的直接皮质-脑干回路，该回路在发育早期出现并持续到成年期，对成年运动控制至关重要 | 发现了一种新的皮质-脑干神经元（CBN），这些神经元在发育过程中通过表达神经肽Y（Npy）可被前瞻性识别，并揭示了它们在成年运动控制中的关键作用 | NA | 研究皮质-脑干回路在精细运动控制中的作用及其发育分子特征 | 皮质-脑干神经元（CBN）及其在脑干的投射 | 神经科学 | NA | FACS纯化和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 465 | 2025-04-25 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
|
研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，研究了RSV感染的宿主决定因素及宿主反应，包括感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 结合CRISPR筛选和单细胞RNA测序揭示了RSV感染和旁观者激活细胞的转录差异，并识别了多个对病毒感染重要的宿主因子 | 研究结果需要进一步验证和假设测试 | 提高对RSV感染的宿主决定因素和宿主反应的理解 | RSV感染的细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道感染 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA |
| 466 | 2025-04-25 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
|
研究论文 | 比较分析不同脑组织单核RNA测序中核分离方法的效果 | 首次系统比较了三种机制不同的核分离方法对核完整性和后续数据质量的影响 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型 | 评估不同核分离方法对单核RNA测序数据质量和生物学解释的影响 | 脑组织中的细胞核 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 使用三种不同核分离方法的脑组织样本 |
| 467 | 2025-04-25 |
Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.591771
PMID:38746255
|
研究论文 | 通过比较单细胞分析揭示基因组组织对新生转录起源的作用 | 提出了一种新的统计程序识别198个核心基因集，这些基因能高度预测细胞类型身份，同时抵抗跨越2500-3000万年进化的物种特异性差异 | 研究仅限于三种近缘物种，可能不适用于更广泛的物种范围 | 探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的影响 | 三种近缘物种的生殖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-Seq, RNA荧光原位杂交(FISH) | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 三种近缘物种的生殖细胞 |
| 468 | 2025-04-25 |
Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development
2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633065
PMID:39868227
|
research paper | 本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环细降支形成中的作用 | 首次发现近端小管细胞可贡献于Henle环细降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的重要性 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证 | 探究Henle环细降支细胞的发育起源及其形成机制 | 小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环细降支细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 多个非突变发育小鼠肾脏数据集 |
| 469 | 2025-04-25 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
|
research paper | 介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自混合实验的单细胞测序数据 | CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质共轭条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法 | NA | 开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持混合实验的设计 | 单细胞测序数据，特别是来自混合实验的数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 10个细胞融合系 |
| 470 | 2025-04-25 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
|
research paper | 该研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制 | 首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用关系，并确定了胶原信号通路的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证 | 探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育过程中的功能机制 | 小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织 |
| 471 | 2025-04-25 |
scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder
2025-Mar-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6081478/v1
PMID:40166015
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于分析单细胞转录组数据，通过深度混合效应自编码器可视化批次效应 | scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，如预测细胞在不同批次中的表达 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混杂问题 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 自闭症、白血病、心血管疾病 | scRNA-seq | 深度混合效应自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 472 | 2025-04-25 |
Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644194
PMID:40166168
|
research paper | 提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组数据，以保持生物结构单元的完整性 | SOCS方法在时间序列空间转录组数据中保持生物结构单元的完整性，结合基因表达相似性和全局几何结构，提供更准确的轨迹推断 | 未提及具体的数据集或实验验证范围，可能缺乏广泛的适用性验证 | 开发一种能够保持生物结构单元完整性的轨迹推断方法，用于时间序列空间转录组数据 | 时间序列空间转录组数据中的生物结构单元 | computational biology | NA | optimal transport | SOCS | spatial transcriptomics data | NA |
| 473 | 2025-04-25 |
Lineage Tracing Reveals Clone-Specific Responses to Doxorubicin in Triple-Negative Breast Cancer
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643980
PMID:40166195
|
research paper | 使用克隆追踪系统ClonMapper结合单细胞RNA测序技术，研究三阴性乳腺癌对阿霉素的克隆特异性反应 | 揭示了在阿霉素治疗过程中，三阴性乳腺癌中存在两种转录组学上不同的克隆亚群，且克隆对治疗的反应与克隆身份无关 | 研究仅基于模型系统，未涉及临床患者数据 | 阐明三阴性乳腺癌对阿霉素治疗的克隆特异性反应 | 三阴性乳腺癌模型 | digital pathology | breast cancer | scRNA-seq | NA | RNA sequencing data | NA |
| 474 | 2025-04-25 |
Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644147
PMID:40166232
|
研究论文 | 通过空间和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境 | 首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的特定免疫浸润模式 | 研究样本可能有限，未明确说明样本数量，且结果需要进一步验证 | 探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境与癌症的关联 | 成人皮肌炎患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肌炎 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确说明 |
| 475 | 2025-04-25 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
|
research paper | 本文介绍了一种名为混沌学习的新颖多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中进行准确预测 | 首次提出混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入到交互式混沌动力系统中，实现对混沌系统的定量预测 | NA | 改变对混沌的传统认知，建立拓扑、混沌和学习之间的桥梁 | 混沌系统及其预测能力 | machine learning | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | NA | 脑电波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 28个数据集（10个脑电波数据集、4个基准蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集和1个图像数据集）以及Lorenz和Rossler吸引子两个混沌动力系统 |
| 476 | 2025-04-25 |
VISTA Uncovers Missing Gene Expression and Spatial-induced Information for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.26.609718
PMID:40166134
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为VISTA的新方法，用于预测空间转录组数据中未观测基因的表达水平 | VISTA通过变分推理和几何深度学习联合建模scRNA-seq数据和SST数据，并引入不确定性量化 | NA | 解决空间转录组技术中基因表达信息缺失的问题 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, SST | 几何深度学习 | 基因表达数据 | 四个SST数据集 |
| 477 | 2025-04-25 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
|
research paper | 该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足 | 揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体识别能力的限制 | 研究样本量较小（n=5新生儿和n=5成人），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行了分析 | 理解新生儿免疫细胞发育特点及其对感染的易感性 | 新生儿和成人的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq） | NA | 基因表达数据和TCR序列数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人样本 |
| 478 | 2025-04-25 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
|
research paper | 该研究探讨了乳腺浸润性小叶癌（ILC）中DNA损伤检查点中介蛋白1（MDC1）的共调节活性与DNA修复功能障碍及PARP抑制剂敏感性的关联 | 揭示了MDC1在ILC细胞中独特的共调节活性及其与DNA修复功能障碍的关系，并发现这种功能障碍可被PARP抑制剂靶向治疗 | 研究主要基于细胞和动物模型，临床样本数据有限 | 探究ILC中MDC1的共调节活性与DNA修复功能障碍的分子机制及其治疗潜力 | 乳腺浸润性小叶癌（ILC）细胞和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析 | NA | 转录组数据、功能实验数据 | 多个ILC异种移植模型 |
| 479 | 2025-04-25 |
Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells
2025-Mar-17, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498
PMID:40107450
|
研究论文 | 本文研究了periakin（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝脏祖细胞（LPCs）来减轻肝纤维化的机制 | 发现PPL+CD44Low细胞可以重编程为PPL+CD44High LPCs，并提出PPL在治疗肝纤维化中的潜在应用 | 研究机制尚不完全清楚，且实验主要基于小鼠模型，人类应用的可行性需进一步验证 | 探索PPL在肝纤维化中的作用及其潜在治疗应用 | 肝纤维化患者和小鼠模型中的肝脏祖细胞（LPCs） | 肝脏病理学 | 肝纤维化 | 单细胞测序、腺病毒转染 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 人类肝纤维化患者样本和小鼠模型 |
| 480 | 2025-04-25 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of small cerebral vessel disease
2025-Mar-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6198453/v1
PMID:40166012
|
research paper | 该研究探讨了高同型半胱氨酸血症（HHcy）饮食模型中，星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型的性别特异性调控机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 研究HHcy诱导的小脑血管疾病中星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的影响 | C57BL/6J小鼠的星形胶质细胞和微胶质细胞 | 神经科学 | 小脑血管疾病 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNAseq） | 小鼠饮食模型 | 基因表达数据、免疫组织化学图像 | 7-8周龄的雄性和雌性C57BL/6J小鼠 |