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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4761 | 2026-01-01 |
Integrative bulk and single-cell transcriptome analyses reveal integrated stress response-related biomarkers in periodontitis with experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1705047
PMID:41459503
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研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞转录组分析,揭示了牙周炎中与整合应激反应相关的生物标志物 | 首次整合批量与单细胞RNA测序数据,识别出BTG2、DERL3、FOS、HSPA13和YOD1作为牙周炎的新型生物标志物,并确定T细胞为关键细胞类型 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,实验验证仅限于RT-qPCR,缺乏更深入的体内功能验证 | 探究整合应激反应相关生物标志物在牙周炎发病机制中的作用 | 牙周炎相关的转录组数据及候选生物标志物 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 机器学习 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4762 | 2026-01-01 |
Macrophage polarization: molecular mechanisms, disease implications, and targeted therapeutic strategies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1732718
PMID:41459510
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综述 | 本文综述了巨噬细胞极化的分子机制、疾病意义及靶向治疗策略 | 超越经典的M1/M2二分法,强调极化状态的连续性和动态性,并整合代谢重编程、表观遗传机制及新兴治疗策略 | 临床转化面临脱靶效应、递送效率低、微环境依赖性等挑战 | 探讨巨噬细胞极化的分子基础及其在疾病中的作用,并综述靶向治疗策略 | 巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞组学、空间转录组学、计算建模、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4763 | 2026-01-01 |
Single-cell and bulk transcriptomics reveal a CD8+ T-cell gene signature predicting prognosis in diffuse large B-cell lymphoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1685541
PMID:41459519
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,建立了一个CD8⁺ T细胞相关的预后特征,用于预测弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的生存和CAR-T疗法疗效 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据分析DLBCL中CD8⁺ T细胞的异质性,并构建了一个基于CD8⁺ T细胞基因的预后模型,该模型能有效分层患者风险并预测CAR-T治疗反应 | 研究样本量相对有限(单细胞数据来自29个样本),且为回顾性分析,需要进一步的前瞻性验证 | 揭示DLBCL中CD8⁺ T细胞的异质性,并开发一个预后基因特征以预测患者生存和治疗反应 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者样本中的CD8⁺ T细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | LASSO回归, 多变量Cox分析 | 转录组数据 | 单细胞数据来自29个样本(28名个体),包括DLBCL和反应性淋巴结/扁桃体样本;批量RNA-seq数据集未指定具体样本数 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4764 | 2026-01-01 |
Identification and validation of biomarkers related to centrosome replication in ulcerative colitis based on bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing and experiments
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1627926
PMID:41459538
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研究论文 | 本研究通过整合批量转录组、单细胞RNA测序和实验验证,识别并验证了与溃疡性结肠炎中中心体复制相关的六个生物标志物 | 首次结合批量转录组、单细胞RNA测序和多种机器学习算法,系统性地识别并验证了与中心体扩增相关的基因在溃疡性结肠炎中的生物标志物作用 | 研究主要依赖于公共数据库数据,样本来源可能有限;实验验证部分可能未涵盖所有已识别的生物标志物 | 探究中心体扩增相关基因在溃疡性结肠炎进展中的相关性并识别潜在生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者样本与对照样本 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 批量转录组测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 免疫组织化学 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4765 | 2026-01-01 |
Macrophage activation of the TREM2-DAP12-SYK pathway shapes the adipose tissue microenvironment in obesity and unveils the therapeutic potential of natural compounds egcg and SMRR
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1694985
PMID:41459526
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研究论文 | 本研究通过整合批量转录组学和单细胞RNA-seq数据,揭示了肥胖中脂肪组织微环境的巨噬细胞异质性,并发现TREM2-DAP12-SYK通路在肥胖相关巨噬细胞状态中的关键作用,同时评估了天然化合物EGCG和SMRR的治疗潜力 | 整合批量与单细胞转录组数据识别BMI相关基因模块和巨噬细胞调控程序,揭示TREM2-DAP12-SYK轴在肥胖相关巨噬细胞状态中的核心功能障碍,并首次评估天然化合物EGCG和SMRR通过重新激活该通路缓解肥胖的疗效 | 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制细节需进一步实验确认,且动物模型结果向人类转化的有效性有待验证 | 阐明肥胖中脂肪组织免疫代谢失衡的关键驱动因素,并开发靶向干预策略 | 人类脂肪组织样本(批量转录组n=434,单细胞RNA-seq 24个样本)和高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型 | 数字病理学 | 肥胖 | 批量转录组学,单细胞RNA-seq | 细胞特异性网络,亚型特异性基因调控网络,伪时间轨迹分析,细胞间通讯分析,分子对接 | 转录组数据 | 批量转录组434个样本,单细胞RNA-seq 24个脂肪组织样本共194,608个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4766 | 2026-01-01 |
Deep learning-aided inter-species-comparison reveals shared and distinct molecular patterns in cynomolgus monkey and humans following non-specific T cell activation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1603716
PMID:41459534
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学数据和深度学习技术,比较了食蟹猴与人类在非特异性T细胞激活后的免疫反应分子模式 | 开发了一个整合变分自编码器、细胞间通讯、差异基因表达和通路富集分析的跨物种时间序列分析计算框架 | 仅使用了两个生物学重复,样本量较小;研究仅关注了PBMCs,未涉及组织特异性免疫反应 | 比较食蟹猴与人类在免疫激活后的共享和差异分子特征,以改进临床前动物模型向人类条件的转化 | 食蟹猴和健康人类的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据 | 两个物种各两个生物学重复,在基线、刺激后0小时、6小时和24小时四个时间点采样 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4767 | 2026-01-01 |
Construction of a prognostic model for colorectal cancer liver metastasis based on single-cell transcriptomics and regulation of the MIF pathway
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1588514
PMID:41127012
|
研究论文 | 本研究基于单细胞转录组学数据,构建了结直肠癌肝转移的预后模型,并探讨了MIF通路在转移过程中的调控作用 | 结合单细胞转录组学与批量RNA-seq数据,识别了结直肠癌肝转移过程中上皮细胞的关键基因表达变化,并构建了一个新的预后风险模型 | 研究数据主要来源于公共数据库(GEO和TCGA),需要进一步的独立队列和实验验证来确认模型的普适性 | 构建结直肠癌肝转移的预后模型并阐明MIF通路在转移中的作用机制 | 结直肠癌患者样本(含肝转移) | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 预后风险模型 | 转录组数据 | 来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4768 | 2026-01-01 |
Correction: Construction of a prognostic model for colorectal cancer liver metastasis based on single-cell transcriptomics and regulation of the MIF pathway
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1731870
PMID:41473439
|
correction | 本文是对一篇关于基于单细胞转录组学构建结直肠癌肝转移预后模型及调控MIF通路研究的文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | 结直肠癌肝转移 | 单细胞转录组学 | 预后模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4769 | 2026-01-01 |
Longitudinal multi-functional analysis identified responses of T cells, B cells, and monocytes as hallmarks of immunotherapy tolerance in patients with merkel cell carcinoma
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0293922
PMID:37983224
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了默克尔细胞癌患者外周血中免疫细胞的动态变化,揭示了免疫治疗耐受的机制 | 采用纵向多组学方法,结合单细胞RNA测序和批量RNA数据验证,识别了T细胞耗竭、B细胞失调和单细胞亚群变化作为免疫逃逸的关键标志 | 样本量较小(仅基于四名患者的时间点数据),且主要依赖外周血分析,可能未完全反映肿瘤微环境的变化 | 探究默克尔细胞癌患者免疫治疗耐受的细胞机制和免疫逃逸条件 | 默克尔细胞癌患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌(默克尔细胞癌) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四名患者的外周血样本,采集自四个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4770 | 2026-01-01 |
High-Throughput Monitoring of Bacterial Cell Density in Nanoliter Droplets: Label-Free Detection of Unmodified Gram-Positive and Gram-Negative Bacteria
2021-01-19, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c03408
PMID:33301291
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研究论文 | 本文介绍了一种基于纳米液滴散射光的高通量、无标记细菌检测方法,适用于革兰氏阳性和阴性细菌 | 开发了无需基因修饰或化学标记的高通量无标记细菌检测技术,利用纳米液滴散射光测量实现细菌增殖的可靠检测 | 未在摘要中明确说明具体局限性 | 开发适用于临床、研究和工业领域多种细菌菌株的高通量微液滴分析技术 | 未修饰的革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌 | 微生物分析技术 | NA | 液滴微流控技术、散射光测量 | NA | 光学信号数据(散射光、荧光) | NA | NA | 液滴微流控 | NA | 纳米液滴封装系统 |
| 4771 | 2025-12-31 |
Breaking barriers: epithelial-mesenchymal transition role in melanoma invasion and resistance
2026-Feb-01, Melanoma research
IF:1.5Q4
DOI:10.1097/CMR.0000000000001068
PMID:41222312
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综述 | 本综述探讨了上皮-间质转化(EMT)在黑色素瘤侵袭和耐药中的核心作用 | 详细阐述了EMT在黑色素瘤中的分子机制,包括转录因子、信号通路、表观遗传和非编码RNA调控,并强调了EMT与肿瘤微环境的相互作用及作为预后生物标志物的潜力 | 存在EMT异质性和临床前模型不足的局限性 | 阐明EMT在黑色素瘤进展、转移和耐药中的角色,以推动治疗策略发展 | 黑色素瘤细胞及其EMT过程 | NA | 黑色素瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞分析, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4772 | 2025-12-31 |
Revealing Inhibition of Gastric Cancer Occurrence and Metastasis by GPX3 Through Single-Cell Transcriptomics and Organoid Multimodal Technologies
2026-Jan, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70057
PMID:41118587
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学结合类器官多模态技术,揭示了GPX3在抑制胃癌发生和转移中的作用 | 首次结合单细胞转录组分析和类器官模型,系统性地揭示了GPX3作为胃癌转移的潜在抑制因子及其在体内外实验中的功能验证 | 样本量相对较小(3个原发肿瘤、1个癌旁组织、6个转移样本),且主要基于公共数据集GSE163558进行分析 | 阐明驱动胃癌转移的关键因子,并探索其作为治疗靶点的潜力 | 胃癌细胞、患者来源的胃癌类器官、裸鼠肝转移模型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10个样本(3个原发GC、1个癌旁、6个GC转移样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4773 | 2025-12-31 |
Prognostic Significance of LGALS3BP in Triple-Negative Breast Cancer: Implications for Immune Infiltration and Therapeutic Response
2026-Jan, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70536
PMID:41467329
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转录组分析,鉴定出LGALS3BP作为三阴性乳腺癌中关键的脂质相关巨噬细胞标志物,并探讨其与免疫浸润、治疗反应及预后的关联 | 首次将LGALS3BP识别为三阴性乳腺癌中脂质相关巨噬细胞的关键预后标志物,并揭示了其与免疫浸润和免疫治疗反应的直接联系 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能有限,需进一步临床队列验证 | 识别三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的新型预后标志物,并探索其免疫调节功能 | 三阴性乳腺癌患者样本,特别是肿瘤微环境中的脂质相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4774 | 2025-12-31 |
Nanoplastics in Duckweed: Single-Cell Responses and Recovery
2025-Dec-30, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c15989
PMID:41400345
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、酶活性测定和铕掺杂纳米塑料示踪技术,全面探究了浮萍对聚苯乙烯纳米塑料在环境相关剂量和高剂量下的响应与恢复过程 | 首次在单细胞分辨率下揭示了浮萍对纳米塑料的细胞类型特异性响应机制,并整合纳米示踪技术量化了吸收与排泄过程 | 研究仅针对聚苯乙烯纳米塑料和浮萍模型,其他类型纳米塑料或水生植物的响应机制仍需进一步探究 | 阐明水生植物对纳米塑料污染的响应与恢复分子机制 | 浮萍(水生植物模型) | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学,酶活性测定,纳米示踪技术 | NA | 单细胞转录组数据,酶活性数据,示踪定量数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq) |
| 4775 | 2025-12-31 |
Distinct Single-Cell Expression Pattern of the Soluble Epoxide Hydrolase and Cytochrome p450 Epoxygenases in Human and Mouse Small Intestinal Epithelia
2025-Dec-25, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554251403631
PMID:41449646
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和原位杂交技术,首次绘制了人和小鼠小肠上皮细胞中参与多不饱和脂肪酸代谢的细胞色素P450环氧合酶和可溶性环氧化物水解酶的单细胞表达图谱 | 首次提供了小肠上皮细胞中CYP-sEH轴酶的高分辨率单细胞表达图谱,揭示了其在人和小鼠中的物种特异性表达模式,并观察到其在辐射损伤再生模型中的动态变化 | 研究主要基于转录组数据,酶蛋白的表达和活性需要进一步验证;功能研究尚不充分 | 阐明多不饱和脂肪酸代谢酶在小肠上皮中的细胞类型特异性表达模式及其在黏膜屏障稳态中的潜在功能 | 人和小鼠的小肠上皮细胞 | 单细胞组学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序,RNAscope原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据,原位杂交图像数据 | 未明确指定具体样本数量,使用了公开可用的单细胞RNA测序数据集和实验模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4776 | 2025-12-31 |
Influenza A infection accelerates disease-associated microglia formation during physiological aging
2025-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693336
PMID:41415465
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研究论文 | 本研究探讨了甲型流感病毒感染如何加速生理性衰老过程中疾病相关小胶质细胞的形成 | 首次揭示了非神经侵袭性流感肺炎可诱导大脑小胶质细胞的转录反应,驱动疾病相关小胶质细胞的过早扩增,并阐明了其代谢特征和空间分布模式 | 研究主要使用雄性小鼠模型,未考虑性别差异;人类样本分析仅限于中额回区域 | 探究流感感染对大脑免疫细胞(特别是小胶质细胞)在衰老过程中的影响机制 | 年轻、中年和老年雄性小鼠的大脑免疫细胞;正常老年人、超级老人和痴呆患者的中额回组织 | 神经免疫学 | 老年性疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 不同年龄段的雄性小鼠;人类中额回组织样本(包括正常老年人、超级老人和痴呆患者) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 4777 | 2025-12-31 |
Multimodal analysis defines GNG4 as a distinguishing feature of germinal center-positioned CD4 T follicular helper cells in humans
2025-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.10.693235
PMID:41427421
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研究论文 | 本文通过多模态单细胞测序和空间转录组学,揭示了人类生发中心定位的CD4 T滤泡辅助细胞中GNG4作为区分特征的关键作用 | 首次结合trimodal单细胞测序和空间转录组学,将GNG4鉴定为人类生发中心内活化Tfh细胞的标志性特征,其特异性优于传统GC相关标记 | 研究主要基于扁桃体和外周血样本,可能未涵盖其他淋巴组织或疾病状态下的Tfh细胞异质性 | 阐明人类Tfh细胞的功能异质性及其在生发中心微环境中的分子特征 | 人类扁桃体和外周血中的CD4 T滤泡辅助细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | trimodal单细胞测序、光谱流式细胞术、空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据(表观基因组、转录组、蛋白质组)及空间转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及人类扁桃体和外周血样本 | NA | 单细胞多组学测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 4778 | 2025-12-31 |
Building dynamical models of multi-step state transitions from single cell gene expression trajectories
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693064
PMID:41415381
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为NetDes的计算方法,用于从单细胞基因表达轨迹中推断核心转录因子调控网络并构建基于ODE的动态模型 | NetDes整合了自上而下和自下而上的系统生物学方法,能够在一个动态模型中捕获顺序状态转换,相比现有方法具有优势 | 未在摘要中明确说明 | 研究多步细胞状态转换(如细胞分化和疾病进展)的调控机制 | 单细胞基因表达轨迹,包括人类iPSC分化过程中的时间序列scRNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | ODE-based dynamical models | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4779 | 2025-12-31 |
Heat-shock pathway activation by TRC051384 protects spiral ganglion neurons from noise-induced hearing loss
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.693048
PMID:41415422
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和空间转录组学发现噪声暴露会诱导螺旋神经元及其支持细胞内质网伴侣和蛋白酶体亚基的短暂上调,并证实小分子化合物TRC051384可通过激活热休克转录因子Hsf1来保护螺旋神经元免受噪声性听力损失 | 首次在噪声性听力损失模型中揭示螺旋神经元的蛋白毒性应激是关键驱动因素,并发现激活HSF1是一种有前景的治疗策略 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证;TRC051384的长期安全性和疗效需进一步评估 | 探究噪声性听力损失的分子机制并开发保护螺旋神经元的治疗策略 | 小鼠耳蜗螺旋神经元及其支持细胞 | 空间转录组学 | 噪声性听力损失 | RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, RNA测序 | NA | NA |
| 4780 | 2025-12-31 |
Plasma cell identity escape drives resistance to anti-BCMA T-cell-redirecting therapy in multiple myeloma
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.08.692978
PMID:41415462
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研究论文 | 本文通过全基因组测序和单细胞RNA测序,揭示了多发性骨髓瘤患者对靶向BCMA的T细胞重定向疗法产生原发性耐药的细胞和分子机制,包括基因组复杂性和浆细胞身份逃逸现象 | 首次提出“浆细胞身份逃逸”概念,并发现其与高增殖特征、BCMA表达降低及CD8 T细胞免疫失调相关,通过临床队列和临床前模型验证了这些机制 | 研究样本量相对有限(102例复发患者),且主要关注原发性耐药,对继发性耐药机制探讨不足,临床前模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 探究多发性骨髓瘤患者对靶向BCMA的CAR-T和T细胞衔接子疗法产生原发性耐药的机制 | 接受抗BCMA CAR-T或T细胞衔接子治疗的复发多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 102例复发多发性骨髓瘤患者 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |