单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4721	2025-03-29	Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding 2025-Mar-06, Biology DOI:10.3390/biology14030269 PMID:40136525	research paper	该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用	首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用	样本量较小（28例患者），且为观察性研究	揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点	烧伤患者血清及体外肺组织模型	分子病理学	烧伤	scRNA-seq, 微阵列转录组分析	体外肺组织模型	转录组数据, 血清蛋白数据	28例烧伤患者
4722	2025-03-29	Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway 2025-Feb-25, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030147 PMID:40136401	研究论文	本研究旨在识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，以深入了解青光眼的病理生理学	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出CTTNBP2和MGARP作为小梁网细胞的标志物，以及JAM2、PODXL和IFI27作为Schlemm管内皮细胞的新生物标志物	研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证，且样本来源和数量未明确说明	识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，为青光眼的靶向治疗奠定基础	人类小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞	生物医学研究	青光眼	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qPCR	NA	基因表达数据	NA
4723	2025-03-29	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Feb-01, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	首次在肝母细胞瘤中发现了肿瘤细胞的分化连续谱，并揭示了Wnt信号通过上调midkine表达来改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸的新机制	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤肿瘤微环境	肿瘤微环境	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、免疫荧光图像	15例单细胞/核RNA测序样本、22例空间转录组样本、7例多重免疫荧光染色样本、110例RNA-seq验证队列（包括肝母细胞瘤、非肿瘤和胎儿肝脏样本）
4724	2025-03-29	Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06149-3 PMID:39871369	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，揭示了乳头状颅咽管瘤中细胞信号传导的主要通信机制	首次在乳头状颅咽管瘤中发现了成纤维细胞的存在，并揭示了上皮细胞与成纤维细胞之间通过Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路进行通信的关键作用	样本量较小（5个单细胞RNA测序样本和11个批量RNA测序肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号传导通信机制	乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞	生物信息学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	CellChat包（R软件）	RNA测序数据	5个单细胞RNA测序样本，11个肿瘤样本和5个正常对照的批量RNA测序数据
4725	2025-03-29	Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84553-3 PMID:39753728	研究论文	本研究通过生物信息学方法和体外实验，全面分析了SMAD3基因在泛癌中的表达、预后及免疫预测价值，并验证其在肝细胞癌中的功能	首次系统评估SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值，并发现其与RNAm6A甲基化相关基因的关联	研究主要依赖生物信息学分析，体外实验仅针对肝细胞癌进行验证	评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	泛癌数据集及肝细胞癌样本	生物信息学	泛癌（包括肝细胞癌）	生物信息学分析、体外实验	NA	基因组数据、表达数据、甲基化数据	来自TCGA、GTEx等多个数据库的泛癌数据集
4726	2025-03-29	Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84820-3 PMID:39753882	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法，识别了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）的共同生物标志物CCL2，并探讨了其相关基因的富集通路和表达差异	首次使用WGCNA和机器学习方法识别IPF和SSc的共同生物标志物CCL2，并通过单细胞RNA测序揭示了CCL2在不同细胞类型中的表达差异	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索IPF和SSc的共同生物标志物及其相关机制	特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）患者	生物信息学	肺纤维化, 系统性硬化症	WGCNA, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	机器学习	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的数据集
4727	2025-03-29	Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843 PMID:40144021	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习，研究前列腺癌中组蛋白修饰的全局特征及其对肿瘤异质性的影响	开发了综合机器学习组蛋白修饰评分（CMLHMS），用于根据组蛋白修饰模式将前列腺癌分为两种亚型，并揭示了与治疗反应相关的潜在治疗靶点	研究可能受限于样本量或数据集的多样性，且未在独立队列中验证CMLHMS模型的普适性	探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用，并开发新的分类模型以指导精准治疗	前列腺癌（PCa）患者及其组蛋白修饰模式	机器学习	前列腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、药物敏感性分析	CMLHMS（综合机器学习组蛋白修饰评分）	多组学数据、单细胞RNA测序数据	NA
4728	2025-03-29	The role of TRAF2 in pan-cancer revealed by integrating informatics and experimental validation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1563435 PMID:40144665	研究论文	通过整合信息学和实验验证揭示了TRAF2在泛癌中的作用	揭示了TRAF2在多种癌症中的突变和过表达情况，及其与肿瘤微环境中免疫检查点基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，体内实验仅针对肝细胞癌，未涵盖所有癌症类型	探讨TRAF2在癌症预后和免疫治疗中的潜在作用	TRAF2基因及其在多种癌症中的表达和功能	生物信息学与肿瘤免疫学	肝癌及其他多种癌症	数据库分析（HPA、TIMER 2.0、TCGA、cBioPortal、GSCA、LinkedOmics）、单细胞测序、免疫荧光染色、siRNA敲除	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、突变数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	多种癌症的肿瘤组织和正常组织样本（具体数量未明确提及）
4729	2025-03-29	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本文研究了内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的作用	发现内皮PHD1、PHD2和PHD3的同时失活会通过诱导糖酵解促进肾脏不良修复，并揭示了MCT4抑制剂syrosingopine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的验证有限	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据	小鼠和人类肾脏样本
4730	2025-03-29	Cholinergic Neuronal Activity Promotes Diffuse Midline Glioma Growth through Muscarinic Signaling 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.21.614235 PMID:39386427	研究论文	研究发现胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤的生长	揭示了胆碱能神经元远程投射通过M1和M3胆碱能受体促进DMG生长的机制，并发现其对健康OPC的类似增殖效应	未详细探讨其他神经调节神经元亚群在DMG进展中的潜在作用	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响	胆碱能神经元和弥漫性中线胶质瘤细胞	神经科学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、共培养实验	小鼠模型和hiPSC衍生神经元模型	基因表达数据和细胞增殖数据	原发性患者DMG样本和小鼠模型
4731	2025-03-29	Cross-expression analysis reveals patterns of coordinated gene expression in spatial transcriptomics 2024-Sep-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	research paper	该研究提出了一种名为交叉表达的新框架，用于发现邻近细胞间协调表达的基因对	引入了交叉表达框架，能够量化空间相邻细胞间的协调基因表达，从而在单细胞分辨率下理解组织基因表达程序	NA	研究邻近细胞如何协调其基因表达	空间转录组数据中的基因对	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
4732	2025-03-29	IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition 2024-Sep, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01304-0 PMID:39261656	研究论文	本研究探讨了IKKε在心肌梗死后炎症中的调控作用及其对心脏修复的影响	揭示了IKKε通过调控巨噬细胞-肌成纤维细胞转变(MMT)影响心肌梗死后的心脏修复过程，并发现5-氮杂胞苷(5-Aza)可恢复p-p38水平并减少MMT	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究IKKε在心肌梗死后炎症反应和心脏修复中的作用机制	IKKε敲除小鼠和野生型小鼠的心脏巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和磷酸化蛋白阵列技术	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据和蛋白质磷酸化数据	未明确说明具体样本数量，使用IKKε敲除小鼠和野生型小鼠进行实验
4733	2025-03-29	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	本研究探讨了FGF受体在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用及其对粘液纤毛清除功能的影响	首次揭示了FGFR/MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用，并提出了通过抑制FGFRs来改善粘液纤毛功能障碍的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CF气道上皮细胞衰老的分子机制及其对疾病进展的影响	非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及人原代细胞、细胞系和动物模型
4734	2025-03-29	Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107703 PMID:37701814	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究小鼠膀胱癌中性别特异性转录特征及其预后相关性	首次在小鼠膀胱癌模型中应用单细胞RNA测序技术，揭示了性别特异性转录特征及其与人类膀胱癌数据的关联	研究仅基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探究膀胱癌中性别差异的生物学基础及其临床意义	小鼠BBN诱导的膀胱癌模型及人类BLCA数据集	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠BBN诱导的肿瘤样本及多个人类BLCA数据集
4735	2025-03-29	Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease 2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.12.23295440 PMID:37745408	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，比较了原发性年龄相关tau病变（PART）和阿尔茨海默病（AD）中CA1锥体神经元的转录变化	发现了与神经元内tau病理相关的两种新型基因表达特征，并揭示了PART和AD在tau病理相关的转录变化上的相似性	样本量较小（PART和AD各6例，对照4例），且仅研究了海马CA1区的神经元	探究PART和AD中tau病理相关的分子变化及其相似性	CA1锥体神经元（有/无tau病理）	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病/原发性年龄相关tau病变	GeoMx空间转录组学	NA	mRNA表达数据	6例PART患者、6例AD患者和4例对照
4736	2025-03-29	Transgenic ferret models define pulmonary ionocyte diversity and function 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06549-9 PMID:37730992	研究论文	研究通过转基因雪貂模型探索肺离子细胞的多样性和功能	首次使用条件性遗传雪貂模型研究肺离子细胞生物学和功能，揭示了离子细胞在囊性纤维化中的关键作用	研究仅限于雪貂模型，尚未在人类中验证	阐明肺离子细胞在气道中的生物学功能和囊性纤维化中的作用	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂	生物医学研究	囊性纤维化	条件性遗传模型、单细胞转录组学、体内谱系追踪	FOXI1-Cre::ROSA-TG, FOXI1-KO, FOXI1-Cre::CFTR	基因表达数据、生理功能数据	转基因雪貂模型和囊性纤维化雪貂
4737	2025-03-29	Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome 2023-06-15, The New England journal of medicine DOI:10.1056/NEJMoa2202318 PMID:37256972	研究论文	研究STAT4基因的功能获得性变异与自身炎症综合征对鲁索替尼反应的影响	首次发现STAT4基因的功能获得性变异与致残性全硬化性硬斑病(DPM)相关，并证明JAK抑制剂鲁索替尼能改善该病的炎症表型	研究样本量较小(仅4名患者)，且缺乏长期随访数据	探究DPM的遗传学病因和潜在治疗方法	来自三个无亲缘关系家庭的4名DPM患者	医学遗传学	自身炎症综合征	基因组测序、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	4名患者(来自3个家庭)
4738	2025-03-29	Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium 2023-Jun, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978 PMID:37080141	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了单细胞真核生物草履虫在细胞分裂过程中调控的关键基因	首次在草履虫中揭示了细胞分裂过程中上调基因的功能关联，并鉴定了可能在此过程中起关键作用的枢纽基因	研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum这一特定物种，结论在其他纤毛虫中的普适性需要进一步验证	探究纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制	Paramecium cf. multimicronucleatum细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	加权基因共表达网络分析(WGCNA)	基因表达数据	未明确说明样本数量的草履虫细胞
4739	2025-03-29	A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells 2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538465 PMID:37163054	研究论文	本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液（PBS-M），用于提高高盐海洋生物细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）质量	提出了一种新型缓冲液PBS-M，显著减少细胞死亡和环境mRNA，从而揭示以往无法检测的细胞状态	研究仅针对海鞘血细胞进行了验证，未涉及其他海洋生物细胞	优化单细胞RNA测序技术，使其适用于高盐环境下的海洋生物细胞	海鞘血细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为海鞘血细胞
4740	2025-03-29	Ageing hallmarks exhibit organ-specific temporal signatures 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2499-y PMID:32669715	research paper	该研究通过小鼠多个器官的RNA测序和血浆蛋白质组学分析，揭示了衰老过程中基因表达的线性和非线性变化及其在器官间的异同	首次在整体生物水平上分析了衰老的动态过程，揭示了不同器官间衰老标志物表达的时间特征和同步性差异	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	理解衰老过程中不同器官的分子变化特征及其相互关系	Mus musculus（小鼠）的17个器官和血浆	生物医学	老年疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 血浆蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	10个不同年龄点的小鼠多个器官和血浆样本