单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4721	2025-01-19	Single-Cell RNA-Sequencing Reveals Heterogeneity and Transcriptional Dynamics in Porcine Circulating CD8+ T Cells 2024-04-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080692 PMID:38667307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了猪外周血循环CD8+ T细胞的异质性和转录动态	首次全面描述了猪CD8+ T细胞亚型的异质性和分化轨迹，并鉴定了潜在的转录调控因子	研究主要集中于猪的外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态下的CD8+ T细胞	研究猪免疫系统中CD8+ T细胞的异质性和功能	猪外周血中的CD8+ T细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	猪外周血样本
4722	2025-01-19	Single-Cell DNA Sequencing Reveals an Evolutionary Pattern of CHIP in Transplant Eligible Multiple Myeloma Patients 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080657 PMID:38667272	研究论文	本文通过单细胞DNA测序技术研究了多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式	首次在多发性骨髓瘤患者中使用高吞吐量单细胞DNA测序技术，揭示了CHIP的进化模式和与治疗反应的关系	样本量较小，仅包括12名患者，且仅对部分患者进行了纵向样本分析	研究多发性骨髓瘤患者中克隆性造血现象（CHIP）的进化模式及其与治疗反应的关系	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞DNA测序	NA	DNA序列数据	12名多发性骨髓瘤患者，其中4名患者有纵向样本
4723	2025-01-19	Potential Roles of Specific Subclasses of Premotor Interneurons in Spinal Cord Function Recovery after Traumatic Spinal Cord Injury in Adults 2024-04-09, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13080652 PMID:38667267	综述	本文回顾了在成人创伤性脊髓损伤后，前运动中间神经元在形成新的脊髓内回路中的作用，并强调了研究人员在分类这些细胞群体时遇到的困难	本文强调了单细胞RNA测序和转录组实验在成人脊髓中间神经元分类中的重要性，指出了传统基于胚胎发育转录因子差异表达的方法在成人中的局限性	目前的研究在明确参与运动功能恢复的特定中间神经元群体身份方面仍存在困难	探讨成人创伤性脊髓损伤后，特定亚类前运动中间神经元在脊髓功能恢复中的潜在作用	成人创伤性脊髓损伤后的前运动中间神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序, 转录组实验	NA	RNA测序数据, 转录组数据	NA
4724	2025-01-19	Brooklyn plots to identify co-expression dysregulation in single cell sequencing 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad112 PMID:38213836	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据检测基因组相关相邻基因共表达全局变化的方法，并开发了一个软件包来生成和测试非随机性	创新点在于使用'Brooklyn plots'来识别同一染色体上显著共表达的基因百分比，并发现扩张型心肌病心肌细胞中开放染色质模式的改变	局限性在于该方法主要适用于单细胞数据，可能不适用于批量数据集	研究目的是检测单细胞RNA测序数据中基因组相关相邻基因共表达的全局变化	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4725	2025-01-19	Expansion spatial transcriptomics 2023-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01911-1 PMID:37349575	研究论文	本文介绍了一种扩展空间转录组学方法，通过组织清除和扩展来提高空间分辨率，并在小鼠脑样本中展示了其效果	通过组织清除和扩展技术克服了传统捕获阵列空间分辨率受限的问题，实现了更高的空间分辨率	目前仅在小鼠脑样本中进行了验证，尚未在其他组织或物种中广泛应用	提高空间转录组学的空间分辨率，以更精确地解析组织中的基因表达	小鼠脑组织	空间转录组学	NA	扩展空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠脑样本
4726	2025-01-19	Generation and Functional Analysis of Defective Viral Genomes during SARS-CoV-2 Infection 2023-06-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00250-23 PMID:37074178	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2感染过程中缺陷病毒基因组（DVGs）的生成及其与宿主抗病毒免疫反应的关系	首次揭示了SARS-CoV-2 DVGs在自然感染中的干扰素刺激活性，并确定了DVG重组的新热点	需要进一步研究DVG生成的机制及其如何调节宿主反应和感染结果	探讨SARS-CoV-2感染过程中DVGs的生成和功能	COVID-19患者的感染和尸检肺组织	病毒学	COVID-19	RNA-seq, NGS	NA	RNA-seq数据	COVID-19患者的感染和尸检肺组织样本
4727	2025-01-19	scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis 2023-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216149 PMID:36990268	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术分析，揭示了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	首次全面探索了iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的作用，并揭示了α-半乳糖神经酰胺（αGC）激活iNKT细胞后对肿瘤微环境中免疫细胞的全局变化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索iNKT细胞在胰腺癌肝转移中的抗肿瘤免疫作用	胰腺癌肝转移小鼠模型中的iNKT细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），成像质谱流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，成像质谱流式细胞术数据	超过30,000个免疫细胞
4728	2025-01-19	Preparation of noninfectious scRNAseq samples from SARS-CoV-2-infected epithelial cells 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281898 PMID:36827401	研究论文	本文描述了一种从SARS-CoV-2感染的上皮细胞中制备非传染性单细胞RNA测序（scRNAseq）样本的方法	提出了一种在BSL2设施中安全进行scRNAseq分析的方法，使更多研究人员能够进行SARS-CoV-2细胞的分子分析	需要进一步验证该方法在其他类型细胞和病毒中的适用性	开发一种安全的方法，用于在较低生物安全级别的实验室中研究SARS-CoV-2感染的细胞	SARS-CoV-2感染的非洲绿猴肾上皮细胞（Vero-E6）和分化在气液界面上的人肺上皮细胞	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA数据	非洲绿猴肾上皮细胞和人肺上皮细胞
4729	2025-01-19	Isolation of myeloid cells from mouse brain tumors for single-cell RNA-seq analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100957 PMID:34825218	研究论文	本文描述了一种从小鼠脑肿瘤中快速分离髓系细胞用于单细胞RNA测序分析的协议	提出了一种无需细胞分选即可从小鼠小脑肿瘤中快速分离髓系细胞的方法，以减少细胞损伤	未提及样本量或实验结果的局限性	开发一种用于单细胞RNA测序的髓系细胞分离协议	小鼠脑肿瘤中的髓系细胞	单细胞RNA测序	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	未明确提及样本量
4730	2025-01-19	Multi-omic evaluation of metabolic alterations in multiple sclerosis identifies shifts in aromatic amino acid metabolism 2021-10-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100424 PMID:34755135	研究论文	本研究通过多组学方法评估多发性硬化症（MS）中的代谢变化，特别关注芳香族氨基酸代谢的转变	首次大规模评估MS患者与健康对照之间的代谢组差异，并结合单细胞RNA测序数据探讨代谢变化与细胞基因表达的关系	研究样本量相对较大，但仍需进一步扩大样本以验证结果的普遍性	探讨多发性硬化症患者的代谢变化及其与疾病残疾程度的关系	多发性硬化症患者（PwMS）和健康对照（HC）	代谢组学	多发性硬化症	代谢组学分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢组数据，单细胞RNA测序数据	多发性硬化症患者样本637个，健康对照样本317个
4731	2025-01-19	Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers 2021-05-17, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-021-00269-2 PMID:34001262	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠快肌纤维的基因表达模式	引入了全细胞流式分选方法进行单细胞RNA测序，扩展了已知的纤维类型特异性基因库	在763个肌纤维中，仅有171个细胞达到最优质量，样本利用率较低	探索全细胞流式分选方法在单肌纤维类型中的应用，以生成深度表达模式	小鼠快肌纤维（flexor digitorum brevis muscle）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	763个完整和碎片化的肌纤维
4732	2025-01-19	Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets 2020-04-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15821-9 PMID:32321923	研究论文	本文研究了下一代测序中的读取污染问题，特别是在GTEx和其他RNA-seq数据集中的污染情况	揭示了GTEx数据集中48种组织中26种存在胰腺富集基因的变异共表达簇，并发现样本污染与同日测序的样本密切相关	研究主要依赖于GTEx数据集，可能无法完全代表所有RNA-seq数据的污染情况	了解导致RNA-seq数据污染的因素及其对分析的影响	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集
4733	2025-01-19	Transcriptional characterisation of human lung cells identifies novel mesenchymal lineage markers 2020-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00746-2019 PMID:31619469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，鉴定了人类胎儿肺组织中的多种间充质细胞系，并提供了新的间充质细胞系标记物	鉴定了人类胎儿肺组织中的多种间充质细胞系，并提供了新的间充质细胞系标记物，特别是与气道和血管平滑肌细胞相关的标记物	研究仅限于胎儿肺组织，未涉及成人肺组织或其他物种	研究人类肺组织中间充质细胞的多样性和特异性	人类胎儿肺组织	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序、免疫组织化学、原位杂交	NA	RNA测序数据	胎儿人类肺组织样本
4734	2025-01-18	Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation 2024-Oct, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01932-8 PMID:39169233	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了乳腺癌基因工程小鼠模型中的基因编辑现象，揭示了肿瘤如何通过编辑基因表达来逃避免疫监视，并探讨了抑制DNA甲基化如何逆转这一过程	首次在全基因组范围内研究了早期肿瘤发生过程中的基因编辑现象，并发现抑制DNA甲基化可以逆转肿瘤对免疫基因的抑制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探讨肿瘤如何通过基因编辑逃避免疫监视，并寻找逆转这一过程的方法	乳腺癌基因工程小鼠模型中的肿瘤细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型（GEMM）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及乳腺癌和黑色素瘤的植入肿瘤
4735	2025-01-18	Macrophages preserve endothelial cell specialization in the adrenal gland to modulate aldosterone secretion and blood pressure 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114395 PMID:38941187	研究论文	本文探讨了巨噬细胞在肾上腺中如何通过维持毛细血管的特殊化来调节醛固酮分泌和血压	揭示了巨噬细胞通过VEGF-A信号维持肾上腺毛细血管的特殊化，进而调节醛固酮分泌和血压的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究巨噬细胞在肾上腺功能和血压调节中的作用	肾上腺中的巨噬细胞和毛细血管	生物医学	高血压	单细胞转录组学、功能表型分析	小鼠模型	基因表达数据、生理数据	小鼠模型和人类醛固酮产生腺瘤样本
4736	2025-01-18	Insulin and leptin oscillations license food-entrained browning and metabolic flexibility 2024-07-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114390 PMID:38900636	研究论文	本文探讨了定时喂食如何通过胰岛素和瘦素的振荡促进皮下白色脂肪组织（sWAT）的褐变和代谢灵活性	揭示了定时喂食通过胰岛素和瘦素的振荡调控sWAT褐变和能量消耗的机制，并发现神经支配在此过程中的必要性	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探究定时喂食如何通过激素振荡调控脂肪组织褐变和代谢灵活性	皮下白色脂肪组织（sWAT）和棕色脂肪组织（BAT）	代谢研究	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞表型数据	NA
4737	2025-01-16	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	通过多组学方法揭示了CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞的差异表达基因，并构建了基于14个预后基因的风险评分模型	研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	阐明胃癌的分子机制，探索新的生物标志物和治疗策略	胃癌患者的CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞	生物信息学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
4738	2025-01-16	c-JUN interacts with HDAC1 as a potential combinatorial therapeutic target in acute myeloid leukemia 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113927 PMID:39721452	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HDAC1在急性髓性白血病（AML）中的致癌作用，并验证了c-JUN与HDAC1的潜在调控关系	首次在单细胞水平上识别了AML中HSC-Prog的特定基因特征，并通过实验验证了c-JUN与HDAC1的相互作用及其在AML治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	探索AML的潜在治疗靶点和有效治疗策略	急性髓性白血病（AML）患者和小鼠模型	生物医学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）、流式细胞术、活体成像（IVIS、iSMAART）	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	AML患者样本和小鼠模型
4739	2025-01-16	Elucidating cardiomyocyte heterogeneity and maturation dynamics through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111596 PMID:39811652	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术分析了新生小鼠心脏细胞，绘制了详细的心肌细胞亚群转录图谱，揭示了心肌细胞成熟状态的连续性和空间分布	通过单细胞和空间转录组学技术，首次详细描绘了心肌细胞的异质性和成熟动态，识别了关键的过渡性心肌细胞亚群，为心脏再生治疗提供了新的靶点	研究仅限于新生小鼠心脏，未涉及成年或其他物种的心脏细胞	阐明心肌细胞的异质性和成熟动态，以促进心脏再生医学研究	新生小鼠心脏的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	新生小鼠心脏细胞
4740	2025-01-16	Predictive value of dendritic cell-related genes for prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025-Jan-14, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03642-z PMID:39810206	研究论文	本研究通过筛选树突状细胞相关基因，构建了一个预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的预后标志物	创新性地建立了基于深度学习的预测模型DCRGS，用于预测肺腺癌患者的预后，并展示了其在临床管理中的潜在应用	研究依赖于特定数据集，可能需要在更广泛的患者群体中进行验证	预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、实时定量PCR（q-PCR）	深度学习模型	RNA测序数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量