单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4721	2025-01-23	Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409990 PMID:39605181	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的新框架GRNPT，用于从单细胞RNA测序轨迹中推断基因调控网络，并整合了大型语言模型的嵌入和时序卷积网络自编码器	GRNPT框架结合了大型语言模型和深度学习技术，能够从公开的生物数据中提取知识，并在训练数据有限的情况下显著优于现有的监督和无监督方法	NA	提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer, 时序卷积网络（TCN）自编码器	基因表达数据	NA
4722	2025-01-23	Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410081 PMID:39605202	研究论文	本文介绍了一种名为stDCL的双图对比学习方法，用于在空间转录组数据中识别空间域并解释基因调控	stDCL通过图嵌入自编码器自适应地结合基因表达数据和空间信息，提出双图对比学习来训练模型，确保潜在嵌入表示与实际空间分布紧密相似并展现聚类相似性	当前方法在区域识别时往往无法同时表征空间结构和基因调控，限制了空间解剖和基因解释的能力	开发一种能够准确捕捉外部空间异质性并解释内部基因调控的方法，以理解组织微环境中的潜在生物学机制	空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学	双图对比学习	基因表达数据和空间信息	复杂皮层数据集
4723	2025-01-23	PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510 PMID:39647740	研究论文	本研究探讨了PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态来改善胆汁淤积性肝损伤的机制	揭示了PPARα激动剂通过抑制炎症反应、减少中性粒细胞浸润和促进M2样巨噬细胞极化来缓解胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨PPARα激动剂在胆汁淤积性肝损伤中的免疫调节机制	小鼠模型中的肝脏巨噬细胞	NA	肝病	CyTOF分析、scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠模型
4724	2025-01-23	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文介绍了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过抑制这些因子实现结直肠癌细胞向正常样肠上皮细胞的重编程	提出了BENEIN计算框架，首次识别出MYB、HDAC2和FOXA2作为主调控因子，并通过实验验证了它们同时抑制能够诱导结直肠癌细胞向正常细胞分化	研究主要基于人类大肠单细胞转录组数据，未涉及其他类型癌症或组织	研究细胞分化轨迹中的主调控因子，并探索其在癌症逆转中的应用	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	计算生物学	结直肠癌	单细胞转录组测序	布尔网络推断与控制（BENEIN）	单细胞转录组数据	NA
4725	2025-01-23	Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645 PMID:39667460	研究论文	本文通过转录组分析识别了与幽门螺杆菌感染相关的胃癌诊断核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1	利用随机森林模型评估免疫相关诊断基因，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞浸润分析验证这些基因在幽门螺杆菌相关胃癌中的关键作用	研究主要依赖于公开的基因表达数据，缺乏大规模临床样本验证	识别幽门螺杆菌感染与胃癌之间的诊断基因和机制	幽门螺杆菌感染相关的胃癌	生物信息学	胃癌	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、随机森林模型、单细胞RNA测序	随机森林模型	基因表达数据	75个基因，15个免疫相关基因
4726	2025-01-23	Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis 2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.15494 PMID:39592394	研究论文	本研究利用10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组技术，识别了酒精性肝炎（AH）中的肝细胞群体及其相关的转录组和蛋白质组变化	首次使用空间转录组和蛋白质组技术全面分析酒精性肝炎中的细胞群体和分子变化，揭示了疾病相关的细胞可塑性和分子特征	样本量较小（AH患者n=2，非ALD对照组n=2），可能影响结果的普遍性	识别酒精性肝炎中的肝细胞群体及其分子变化，以发现新的治疗靶点	酒精性肝炎患者和非酒精性肝病对照者的肝组织	数字病理学	酒精性肝炎	10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组分析	NA	空间转录组和蛋白质组数据	4个样本（2个AH患者，2个非ALD对照）
4727	2025-01-23	Construction of a neutrophil extracellular trap formation-related gene model for predicting the survival of lung adenocarcinoma patients and their response to immunotherapy 2024-Dec-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-463 PMID:39830760	研究论文	本研究构建了一个基于中性粒细胞胞外陷阱形成相关基因（NFRGs）的预后模型，用于预测肺腺癌（LUAD）患者的生存和免疫治疗反应	首次使用NFRGs构建预测LUAD患者生存和免疫治疗反应的预后模型，并验证了其有效性	研究依赖于TCGA和GEO数据集，需要进一步的外部验证和临床实验来确认模型的普适性	构建一个基于NFRGs的预后签名，用于分层LUAD患者并指导个体化管理策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，RT-qPCR	LASSO Cox回归模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据集中的LUAD患者样本
4728	2025-01-23	Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03354-3 PMID:39567718	研究论文	本研究通过组织学和高维成像技术，结合单细胞转录组学数据，揭示了马拉维人群中致命性COVID-19肺病的独特细胞特征	首次在非洲背景下，结合HIV、疟疾等环境暴露因素，研究COVID-19的细胞机制，并揭示了与欧美和亚洲人群不同的免疫和炎症机制	样本量较小（COVID-19患者9例，非COVID-19患者7例），且仅针对马拉维人群，可能限制了结果的普适性	研究COVID-19在非洲人群中的细胞机制，特别是HIV和疟疾等环境暴露对疾病病理生物学的影响	马拉维成年人的肺、血液和鼻腔细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学、高维成像	NA	单细胞转录组数据、组织学图像	16例（COVID-19患者9例，非COVID-19患者7例）
4729	2025-01-22	An Integrative Approach to Precision Pre-implantation Genetic Diagnosis by Investigating Single-cell Sequencing, Polygenic Risk Assessment, Artificial Intelligence-guided Embryo Selection and Genome Editing in Embryos with COL4A1 c.1537G>A Mutation 2024 Oct-Dec, Journal of human reproductive sciences DOI:10.4103/jhrs.jhrs_145_24 PMID:39831092	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4730	2025-01-23	Spatial transcriptomics elucidates medulla niche supporting germinal center response in myasthenia gravis-associated thymoma 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114677 PMID:39180749	研究论文	本研究通过空间转录组分析胸腺瘤和胸腺增生样本，揭示了与重症肌无力（MG）相关的胸腺髓质微环境特征	首次使用空间转录组技术详细描述了MG相关胸腺瘤中髓质区域的特定化学因子模式和免疫细胞组成，并发现MG特异性生发中心结构	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	探讨重症肌无力（MG）与胸腺异常之间的病理联系	胸腺瘤和胸腺增生样本	数字病理学	重症肌无力	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
4731	2025-01-23	Regulatory mechanisms orchestrating cellular diversity of Cd36+ olfactory sensory neurons revealed by scRNA-seq and scATAC-seq analysis 2024-09-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114671 PMID:39215999	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）分析，揭示了Cd36+嗅觉感觉神经元（OSNs）的细胞多样性调控机制	首次揭示了Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元在未成熟阶段的差异，并确定了Mef2a和Hdac9作为发育分歧的重要调控因子	研究主要聚焦于Cd36+嗅觉感觉神经元，未全面探讨其他类型嗅觉感觉神经元的调控机制	探究嗅觉感觉神经元中Cd36表达的调控机制及其对细胞多样性的影响	Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	未明确提及样本数量
4732	2025-01-23	DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508 PMID:39018244	研究论文	本文通过建立DCX基因敲除雪貂模型，揭示了DCX在神经祖细胞增殖和放射状胶质纤维延伸中的关键作用，并利用单核RNA测序和空间转录组学技术，提供了无脑回皮层详细图谱	首次建立DCX基因敲除雪貂模型，该模型能准确复制人类无脑回畸形的关键特征，并揭示了DCX在神经发育中的具体作用机制	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类无脑回畸形的所有复杂性和多样性	研究无脑回畸形的细胞和分子机制，以及DCX基因在神经发育中的作用	DCX基因敲除雪貂模型	神经科学	无脑回畸形	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	DCX基因敲除雪貂模型	基因表达数据，空间转录组数据	NA
4733	2025-01-23	Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524 PMID:39046878	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了苔藓植物Physcomitrium patens从2D到3D生长的基因表达动态	首次在单细胞分辨率下揭示了苔藓植物从2D到3D生长转变的分子特征和细胞异质性	研究仅针对Physcomitrium patens，结果可能不适用于其他植物物种	研究苔藓植物从2D到3D生长转变的分子机制	苔藓植物Physcomitrium patens	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过17,000个单细胞，涵盖所有主要营养组织
4734	2025-01-23	Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593 PMID:39102335	研究论文	本文介绍了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法，用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因的比例	开发了一种新的时间分辨单细胞RNA测序方法，能够测量基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，并揭示了SAGA和Mediator Tail在激活启动子中的重要作用	研究仅限于酿酒酵母，未涉及其他生物体	研究基因特异性转录噪声和活跃基因的比例，以及SAGA和Mediator Tail在转录调控中的作用	酿酒酵母	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
4735	2025-01-23	Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613 PMID:39116206	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌（NSCLC）患者脑脊液中的脂质相关巨噬细胞与奥希替尼耐药及软脑膜转移的关系	发现了一种特定亚型的巨噬细胞（RNASE1_M）与奥希替尼耐药和软脑膜转移的发展相关，并揭示了其通过Midkine（MDK）调节的机制	研究样本量有限，且主要集中于EGFR突变型NSCLC患者，可能不适用于其他类型的肺癌	探讨非小细胞肺癌患者中脂质相关巨噬细胞在奥希替尼耐药和软脑膜转移中的作用	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EGFR突变型非小细胞肺癌患者的脑脊液样本
4736	2025-01-23	A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586 PMID:39137113	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胎儿小脑在妊娠18-25周期间的发育过程，揭示了正常和异常发育的分子特征	首次在妊娠晚期第二孕期的人类胎儿小脑中识别了增殖性UBC祖细胞的分布，并描绘了从ARGs到BGPs的两条发育轨迹，同时识别了ORGs作为原始少突胶质细胞祖细胞的来源	研究仅限于妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本，未涵盖其他发育阶段或其他类型的小脑异常	研究人类胎儿小脑在妊娠晚期第二孕期的正常和异常发育过程	人类胎儿小脑样本	生物信息学	唐氏综合症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	妊娠18-25周的人类胎儿小脑样本
4737	2025-01-23	Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells 2024-08-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629 PMID:39146183	研究论文	本文研究了人类多能干细胞（hPSCs）衍生的库普弗细胞（KCs）的发育，并展示了hPSC-肝窦内皮细胞（LSECs）在支持这些细胞稳定移植中的作用	首次展示了hPSC-LSECs能够支持hPSC-YS-巨噬细胞的稳定移植，并通过单细胞RNA测序揭示了移植的YS-巨噬细胞的基因特征	研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类体内的复杂环境	研究人类库普弗细胞的发育过程及其功能	人类多能干细胞（hPSCs）及其衍生的库普弗细胞（KCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4738	2025-01-23	Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development 2024-07-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13131142 PMID:38994994	研究论文	本文研究了ATOH7在人类神经视网膜发育中的调控作用及其靶基因和通路	通过创建ATOH7敲除和eGFP表达的人诱导多能干细胞（hiPSCs），并分化为早期视网膜类器官，结合CUT&RUN-seq和RNA-seq技术，鉴定了ATOH7调控的靶基因和通路	研究中使用的类器官模型可能无法完全模拟体内环境，且人类突变较为罕见，样本量有限	探讨ATOH7在人类神经视网膜发育中的功能及其调控机制	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其分化的早期视网膜类器官	生物医学	视神经发育不全（ONH）和原发性玻璃体持续增生（PHPVAR）	CUT&RUN-seq, RNA-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
4739	2025-01-23	ScRNA-Seq Analyses Define the Role of GATA3 in iNKT Cell Effector Lineage Differentiation 2024-06-20, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121073 PMID:38920701	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞转录组分析，探讨了转录因子GATA-3在不变自然杀伤T细胞（iNKT）效应谱系分化中的关键作用	首次详细揭示了GATA-3在iNKT细胞分化中的具体影响，特别是其对iNKT2和iNKT17细胞亚群的缺失及iNKT1细胞分布的改变	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨GATA-3在iNKT细胞效应谱系分化中的具体作用	小鼠的iNKT细胞	免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	小鼠胸腺iNKT细胞
4740	2025-01-23	Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema 2024-06-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13121028 PMID:38920656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了脂肪水肿中三种不同的脂肪细胞群体	首次在脂肪水肿中识别出三种具有独特基因特征的脂肪细胞亚群	样本量较小，且仅针对西方人群	研究脂肪水肿的病理机制	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本	生物信息学	脂肪水肿	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脂肪水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本