单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-05-19	Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging 2025-May-15, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03566-z PMID:40375324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老半月板中Atf3+衰老软骨细胞的关键作用及其通过ANGPTL4通路驱动的退化机制	首次鉴定出Atf3+衰老软骨细胞作为衰老半月板中的关键致病细胞群，并发现其通过ANGPTL4-SDC4信号轴驱动退化	研究仅基于大鼠模型，人类半月板衰老的机制可能有所不同	阐明衰老半月板的细胞和分子机制，寻找年龄相关性半月板退化的治疗靶点	年轻(12周)和老年(24个月)大鼠的半月板组织	生物医学研究	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，免疫组化	NA	基因表达数据，组织学数据	年轻和老年大鼠的半月板组织(具体数量未明确说明)
4702	2025-05-19	Characterization and prognostic of CD8 + TIM3 + CD101 + T cells in glioblastoma multiforme 2025-May-15, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01390-1 PMID:40375334	research paper	该研究旨在表征GBM中CD8+TIM3+CD101+T细胞（CCT细胞）的差异表达基因，建立GBM的预后模型并探索其临床意义	揭示了CCT细胞在GBM中的关键作用，并开发了一个包含22个基因特征的预后模型，为GBM的免疫逃逸机制提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究GBM中CCT细胞的基因表达特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	GBM患者中的CCT细胞	digital pathology	glioblastoma multiforme	单细胞RNA测序，全基因组表达谱分析	LASSO回归	基因表达数据，临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的数据
4703	2025-05-19	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-May, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	研究COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录调控失调的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录失调的关联，并提出了甲基化可能对基因表达产生长期影响的机制	样本量相对较小，长期随访数据有限，需要更大规模的独立队列验证	探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻部细胞	分子生物学	COVID-19	酶促DNA甲基化组测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	甲基化数据和转录组数据	COVID-19患者19人(scRNA-seq 14人)，对照组14人(scRNA-seq 10人)，随访3个月7人，12个月5人，独立验证队列15人
4704	2025-05-19	Single-cell RNA sequencing of bone marrow reveals the immune response mechanisms of lymphocytes under avian leukosis virus subgroup J infection 2025-May, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104995 PMID:40121758	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析鸡骨髓淋巴细胞在禽白血病病毒J亚型感染下的免疫应答机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析ALV-J感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制，鉴定了18个不同的细胞簇，并揭示了关键基因和信号通路	仅针对ALV-J亚型进行研究，未涵盖其他ALV亚型；样本来源仅限于鸡骨髓淋巴细胞	探究禽白血病病毒J亚型感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制	鸡骨髓淋巴细胞	生物信息学	禽白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Ingenuity Pathway Analysis (IPA)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了18个不同的细胞簇
4705	2025-05-19	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过基因捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	发现了脊髓中独立的神经集合分别编码机械性和热痛，并揭示了多模态Gal抑制性神经元在疼痛传递中的门控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	基因捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	小鼠疼痛模型	基因表达数据、行为数据	成年小鼠脊髓组织
4706	2025-05-19	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本	未提及样本量是否足够大，以及是否考虑了其他潜在影响因素	理解HIV感染免疫无应答者的免疫功能障碍机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
4707	2025-05-19	Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105685 PMID:40222104	research paper	研究通过单细胞转录组测序和生物信息学分析，揭示了棘阿米巴角膜炎（AK）中的免疫逃逸机制，并开发了一种双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白以增强中性粒细胞招募	首次揭示了棘阿米巴角膜炎中的免疫逃逸机制，并开发了一种新型的双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白，该蛋白在体外和体内均显示出强大的结合亲和力和趋化能力	样本量较小（仅9例患者），且研究结果需要在更大规模的临床研究中进一步验证	改善棘阿米巴角膜炎的治疗效果，通过免疫疗法增强中性粒细胞招募	棘阿米巴角膜炎患者、真菌性角膜炎患者和细菌性角膜炎患者的角膜组织	免疫学	棘阿米巴角膜炎	单细胞转录组测序、生物信息学分析、CellChat分析	NA	转录组数据	9例患者（3例AK患者，3例真菌性角膜炎患者，3例细菌性角膜炎患者）
4708	2025-05-19	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育能力调控中的作用，揭示了其缺乏导致卵巢早衰的机制	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键基因，并通过体内外实验阐明其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的机制	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控中的作用及其与卵巢早衰的关系	人类颗粒细胞、小鼠卵巢组织和卵母细胞	生殖医学	卵巢早衰	RNA测序、单细胞转录组分析、基因负荷分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	基因测序数据、转录组数据	人类POI患者和对照组的NGS队列、小鼠模型
4709	2025-05-19	Single-cell spatial transcriptomics of tertiary lymphoid organ-like structures in human atherosclerotic plaques 2025-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00639-9 PMID:40295810	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了人类动脉粥样硬化斑块中的三级淋巴器官样结构及其在疾病中的作用	首次提供了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官（PTLOs）的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了其细胞组成和功能	研究主要基于观察性数据，PTLOs在动脉粥样硬化中的确切作用机制仍需进一步实验验证	探索人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其临床意义	人类动脉粥样硬化斑块中的细胞类型和三级淋巴器官样结构	数字病理学	心血管疾病	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	人类动脉粥样硬化斑块样本（具体数量未提及）
4710	2025-05-19	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）的细胞特异性表达及其对细菌感染的转录反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制保留的重复基因对的细胞特异性表达及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后基因表达的功能和进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的重复基因对（ohnologs）	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
4711	2025-05-19	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	该研究揭示了GPSM1/CSF1信号在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药的新策略	首次发现GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化促进抗PD-1耐药，并鉴定出USP9X作为稳定GPSM1的关键因子	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用机制并寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	原位结直肠癌异种移植小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、细胞图像数据	抗PD-1耐药结直肠癌患者肿瘤样本及C57BL/6小鼠模型
4712	2025-05-19	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	该研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应模式，特别是NK细胞反应和炎症反应的差异	样本量相对较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，健康对照17例），且仅分析了血液样本	比较婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、细胞因子数据	RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例
4713	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
4714	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
4715	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
4716	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
4717	2025-05-19	Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560206 PMID:37873200	research paper	该研究探讨了核心bHLH转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始、迁移和细胞类型调控中的作用	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞异质性和层级结构中的调控机制，以及它们在肿瘤形成和迁移中的动态作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBM中的具体机制仍需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤发生和发展中的功能	胶质母细胞瘤（GBM）和胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
4718	2025-05-18	Faecalibacterium prausnitzii prevents age-related heart failure by suppressing ferroptosis in cardiomyocytes through butyrate-mediated LCN2 regulation 2025-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2025.2505119 PMID:40364435	研究论文	本研究探讨了老年肠道微生物群变化与心力衰竭（HF）之间的潜在联系，发现Faecalibacterium prausnitzii及其代谢产物丁酸盐通过抑制心肌细胞铁死亡来预防老年相关心力衰竭	首次揭示了老年肠道微生物群通过铁死亡机制影响心力衰竭，并提出Faecalibacterium prausnitzii和丁酸盐作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探索老年肠道微生物群变化与心力衰竭之间的关系及其潜在机制	老年心力衰竭患者、大鼠模型、心肌细胞	微生物组学与心血管疾病	心血管疾病	16S rRNA测序、PCR定量、单细胞测序、基因编辑技术	动物模型（大鼠）	测序数据、PCR数据、单细胞数据	老年心力衰竭患者和健康老年人的肠道微生物样本、大鼠模型
4719	2025-05-18	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-May-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	研究探讨了瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，特别是梭杆菌属（Fusobacterium nucleatum）如何通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TAN）重塑肿瘤免疫微环境	揭示了F. nucleatum通过激活IL17/NF-κB/RelB信号通路诱导TAN招募，并促进TAN向促肿瘤亚型分化，进而增强PD-L1表达和免疫逃逸的机制	研究主要基于小鼠模型和人类胃癌组织样本，尚未在更广泛的临床环境中验证	探究瘤内微生物群对胃癌免疫微环境的影响及其在免疫逃逸中的作用	胃癌组织和瘤内微生物群，特别是Fusobacterium nucleatum	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据，组织样本	人类胃癌组织样本和小鼠模型
4720	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing of Ewing Sarcoma Tumors Demonstrates Transcriptional Heterogeneity and Clonal Evolution 2025-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2040 PMID:40029262	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化	首次在尤文肉瘤中应用单细胞RNA测序揭示转录异质性和克隆进化，并鉴定出TSPAN8作为潜在治疗靶点	样本量较小（7例未治疗患者），需要更大规模研究验证发现	探究尤文肉瘤肿瘤的转录异质性和克隆进化特征，寻找新的治疗靶点	尤文肉瘤肿瘤组织、循环肿瘤细胞(CTC)及其微环境	癌症基因组学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、免疫荧光	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	7例未治疗尤文肉瘤患者的肿瘤样本及循环肿瘤细胞