单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-04-09	Aspartame increases the risk of liver cancer through CASP1 protein: A comprehensive network analysis insights 2025-Apr-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118089 PMID:40139029	research paper	本研究通过综合网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序分析，系统探讨了阿斯巴甜对肝脏的潜在致癌风险及其机制	首次将网络毒理学、孟德尔随机化、分子动力学和单细胞RNA测序技术结合，系统研究阿斯巴甜的致癌机制，并发现CASP1蛋白是其关键作用靶点	研究结果需要后续实验验证，且样本来源和数量未明确说明	评估阿斯巴甜的潜在致癌风险并探索其分子机制	阿斯巴甜及其对肝脏的毒性作用	network toxicology	liver cancer	network toxicology, mendelian randomization, molecular dynamics, single-cell RNA sequencing	NA	molecular interaction data, genetic data, single-cell transcriptomics data	NA
4702	2025-04-09	In Situ Graphene-Seq: Spatial Transcriptomics and Chronic Electrophysiological Characterization of Tissue Microenvironments 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645278 PMID:40196689	研究论文	本研究介绍了一种名为原位石墨烯测序（graphene-seq）的新型平台，该平台将慢性电生理学与基于成像的空间分辨3D转录组学无缝整合，以克服当前多模态方法的长期限制	开发了一种独特的平台，首次将慢性电生理学与空间分辨3D转录组学无缝整合，提供了对细胞微环境的全面多模态分析	NA	研究细胞功能与分子身份之间复杂的相互作用，以及组织微环境如何塑造细胞行为和分子状态	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞和内皮细胞共培养物	生物医学工程	NA	原位石墨烯测序（graphene-seq），慢性电生理学，成像为基础的空间分辨3D转录组学	NA	电生理记录，光学成像，基因表达数据	NA
4703	2025-04-09	Lignature: A Comprehensive Database of Ligand Signatures to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.22.644770 PMID:40196598	研究论文	本文介绍了Lignature，一个包含362种人类配体的细胞内转录组特征的综合数据库，用于预测细胞间通讯	Lignature显著扩展了具有可用细胞内反应特征的配体库，并提供了基因和通路水平的特征	NA	开发一个全面的配体特征数据库，以预测配体-受体相互作用	人类配体的转录组特征	生物信息学	NA	转录组数据分析	NA	转录组数据	362种人类配体
4704	2025-04-09	Streptococcus lutetiensis inhibits CD8+ IL17A+ TRM cells and leads to gastric cancer progression and poor prognosis 2025-Feb-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00810-2 PMID:39924593	research paper	研究揭示了胃微生物群中Streptococcus lutetiensis通过抑制IL17信号和减少CD8IL17A组织驻留记忆T细胞的数量，促进胃癌进展的机制	首次发现Streptococcus lutetiensis在胃癌组织中的富集及其通过Nrf2介导的氧化应激反应抑制抗肿瘤免疫的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的临床验证仍需进一步研究	探究胃微生物群对胃癌进展及免疫调控的影响	胃癌患者的肿瘤组织和小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16s rRNA测序和单细胞RNA测序	小鼠模型	基因测序数据和流式细胞术数据	胃癌患者的肿瘤组织样本和小鼠模型
4705	2025-04-09	Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC 2025-Feb, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15139 PMID:39315471	研究论文	该研究整合了12种程序性细胞死亡（PCD）模式，构建了一个新的生物标志物——细胞死亡指数（CDI），用于口腔鳞状细胞癌（OSCC）的预后评估和治疗预测	首次整合多种PCD模式构建CDI，并验证其在OSCC预后和治疗预测中的有效性	研究结果需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发新的生物标志物以预测OSCC的预后和治疗敏感性	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	多个独立患者队列
4706	2025-04-09	Applications of Nanotechnology for Spatial Omics: Biological Structures and Functions at Nanoscale Resolution 2025-01-14, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c11505 PMID:39704725	综述	本文综述了纳米技术在空间组学中的应用，特别是在纳米尺度分辨率下研究生物结构和功能	探讨了纳米技术如何克服传统空间组学方法的局限性，提高分辨率和通量	未具体提及研究的样本量或实验验证的详细数据	综述纳米技术在空间组学中的应用及其对提高分辨率和通量的贡献	生物分子（核酸、蛋白质、脂质和代谢物）在组织或细胞中的分布	空间组学	NA	超分辨率显微镜、质谱成像、微流控芯片、DNA条形码	NA	空间图像	NA
4707	2025-04-09	Transcriptomics in the Study of Antiviral Innate Immunity 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4108-8_10 PMID:39192121	研究论文	本章介绍了多种转录组学技术在抗病毒天然免疫中的应用、意义及实验流程	介绍了单细胞测序和空间转录组学等新兴技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	NA	探讨转录组学技术在抗病毒天然免疫研究中的应用	抗病毒天然免疫	分子生物学	NA	微阵列、RNA测序、单细胞测序、空间转录组学	NA	RNA分子	NA
4708	2025-04-09	Tcf21 as a founder transcription factor in specifying Foxd1 cells to the juxtaglomerular cell lineage 2025-Jan-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00235.2024 PMID:39589156	research paper	该研究探讨了转录因子Tcf21在Foxd1祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化过程中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期胚胎阶段对JG细胞谱系分化的调控作用，并整合了scRNA-seq和scATAC-seq技术进行时空动态分析	研究仅在小鼠模型中进行，未验证人类肾脏发育中的保守性	阐明Tcf21在肾脏发育过程中调控JG细胞分化的分子机制	Foxd1阳性基质祖细胞及其分化的肾小球旁细胞	developmental biology	肾脏发育异常	scRNA-seq, scATAC-seq, 免疫染色, 原位杂交	小鼠基因敲除模型	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	2054个GFP阳性基质谱系细胞（来自E12、E18、P5、P30阶段小鼠肾脏）
4709	2025-04-09	Identification of Alzheimer's disease biomarkers and their immune function characterization 2025, Archives of medical science : AMS IF:3.0Q1 DOI:10.5114/aoms/188721 PMID:40190307	research paper	本研究通过多组学方法研究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫特征	利用机器学习和单细胞RNA测序技术筛选出五个新的生物标志物，并揭示了它们在AD免疫微环境中的作用	研究依赖于公开数据集，样本量可能有限，且未进行实验验证	探究阿尔茨海默病的生物标志物及其免疫机制	阿尔茨海默病患者和正常样本的RNA-seq和scRNA-seq数据	生物信息学	阿尔茨海默病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	RNA-seq数据	来自公开数据集GSE122063、GSE97760、GSM4996463和GSM4996462的样本
4710	2025-04-09	Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation 2024-12-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13231991 PMID:39682739	研究论文	通过单细胞RNA测序分析气液界面培养对人肺类器官上皮细胞分化的影响	揭示了气液界面培养在促进纤毛细胞分化和减少基底细胞方面的显著效果，并识别了上皮细胞分化的关键信号	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的普遍性	识别影响上皮细胞分化的关键因素，开发体外呼吸模型	人肺类器官中的上皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
4711	2025-04-09	Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-Oct-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069864 PMID:39167456	研究论文	通过整合多组学方法在肺部研究中发现asporin在肺动脉高压中的保护作用	利用最大的多中心PAH肺生物库，结合多种组学数据，发现asporin作为新的保护性靶点	获取人类PAH肺样本较为困难	揭示肺动脉高压(PAH)的病理生物学机制	肺动脉高压(PAH)患者和对照组的肺组织	生物医学研究	肺动脉高压	转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学	NA	转录组数据、临床病理数据	96例PAH患者和52例对照组的肺组织样本
4712	2025-04-09	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文研究了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）过程中，通过热灭活尼帕病毒（NiV）以确保样本安全性的方法，同时不影响样本质量和下游分析结果	首次验证了在scRNA-seq流程中加入额外热灭活步骤对尼帕病毒的有效灭活作用，且不影响样本质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业化的微流控分区scRNA-seq平台，其他BSL-4病原体或平台可能需要额外验证	开发适用于BSL-4病原体的安全scRNA-seq工作流程	尼帕病毒（NiV）感染的细胞样本	病毒学与单细胞测序技术	尼帕病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了商业化的微流控分区scRNA-seq平台
4713	2025-04-08	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Apr-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了PQQ在减少氧化应激和逆转衰老相关表型方面的作用，并鉴定了关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫系统衰老中的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习程序	单细胞转录组数据	小鼠模型中的脾脏和骨髓细胞
4714	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
4715	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
4716	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
4717	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)
4718	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
4719	2025-04-07	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤(ATI)严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多组学数据探索其表达及富集的生物通路	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小(n=44)	开发非侵入性ATI生物标志物用于早期检测和药物研发	肾病患者血浆样本	生物标志物研究	急性肾小管损伤/肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	主要队列434名活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP(n=44)、ARIC(n=4610)和CHROME(n=268)
4720	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量