单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4701	2025-03-11	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步协议，适用于生成高质量的单细胞多组学数据集	提供了从鼠类和人类胸腺以及鼠类骨骼和骨髓中分离基质细胞的详细步骤，并讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未明确提及研究的局限性	研究造血器官中基质细胞的分离方法，以生成高质量的单细胞多组学数据集	鼠类和人类的胸腺、鼠类的骨骼和骨髓	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本数量
4702	2025-03-11	Early clinical outcomes and molecular smooth muscle cell phenotyping using a prophylactic aortic arch replacement strategy in Loeys-Dietz syndrome 2023-11, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jtcvs.2023.07.023 PMID:37500053	研究论文	本研究评估了在Loeys-Dietz综合征患者中预防性主动脉弓置换策略的临床风险和血流动力学后果，并表征了Loeys-Dietz综合征动脉瘤和正常大小下游主动脉的平滑肌细胞表型	首次在Loeys-Dietz综合征患者中结合预防性主动脉弓置换和保留瓣膜的主动脉根部置换手术，并通过单细胞RNA测序和四维磁共振成像技术详细分析了平滑肌细胞表型和血流动力学变化	样本量较小（Loeys-Dietz综合征患者n=8），且随访时间较短（中位随访时间为2年）	评估预防性主动脉弓置换策略在Loeys-Dietz综合征中的临床效果和血流动力学影响，并研究平滑肌细胞表型的变化	Loeys-Dietz综合征患者（n=8）、Marfan综合征患者（n=5）和无主动脉病变的对照组患者（n=5）	心血管疾病	Loeys-Dietz综合征	四维磁共振成像、单细胞RNA测序	NA	影像数据、RNA测序数据	Loeys-Dietz综合征患者8人，Marfan综合征患者5人，无主动脉病变的对照组5人
4703	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
4704	2025-03-10	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Feb-27, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病和健康小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨糖尿病角膜病变（DK）中免疫微环境的变化及其在病理过程中的作用	糖尿病和健康小鼠的角膜免疫细胞	生物信息学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和健康小鼠的角膜样本
4705	2025-03-10	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	本文探讨了灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达和基因调控的变化	通过新的技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序，动态和复杂地理解星形胶质细胞	主要关注灵长类动物，未涉及其他哺乳动物的星形胶质细胞进化	理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的作用及其在神经系统疾病中的角色	灵长类动物中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4706	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
4707	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
4708	2025-03-09	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Mar-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	研究论文	本研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞在其中的潜在作用机制	研究样本量相对有限，且未涵盖所有可能的CHIP突变类型	探讨JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病	心肌梗死	数字滴PCR、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体
4709	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
4710	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
4711	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
4712	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
4713	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠
4714	2024-08-07	[Research progress of single-cell RNA sequencing in airway type 2 inflammatory diseases] 2023-12-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20230413-00169 PMID:38186104	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4715	2025-03-08	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Mar-07, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增强对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的具体作用，为开发靶向治疗策略提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应克服这些限制，改进细胞类型注释，并扩展至纵向和临床数据	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增强对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4716	2025-03-08	A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging 2025-Mar-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70032 PMID:40051066	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本中的免疫细胞，揭示了年龄对睾丸免疫细胞的影响	首次系统地描述了人类睾丸在衰老过程中免疫细胞的变化，特别是单核细胞和MRC1组织驻留巨噬细胞的年龄相关变化	样本量相对较小，且仅涵盖了21至69岁的年龄范围，可能无法全面反映所有年龄段的免疫变化	研究衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制	人类睾丸样本中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本
4717	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
4718	2025-03-08	Increased ocular plasma cells induce damaging α-synuclein+ microglia in autoimmune uveitis 2025-Feb-25, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.007 PMID:40015479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了自身免疫性葡萄膜炎（AIU）中α-突触核蛋白阳性小胶质细胞的主要损伤作用，并发现眼内浸润的浆细胞通过表达炎症因子促进这些细胞的产生	首次识别出MUC1浆细胞作为主要致病亚型，并揭示了Rab1A小G蛋白在浆细胞生存和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究较少，可能限制了结果的普适性	探索自身免疫性葡萄膜炎中免疫细胞亚群及其对视网膜损伤的贡献，以开发有效治疗方法	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）患者的浆细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	EAU小鼠模型和VKH患者的浆细胞样本
4719	2025-03-08	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	研究论文	本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成现实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法	研究主要基于模拟数据，实际应用中的效果可能需要进一步验证	评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性	单核多组学实验中的解复用方法	生物信息学	NA	单核多组学测序	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
4720	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本