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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4701 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis establishes a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in neuroblastoma
2025-Jul-01, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03023-y
PMID:40591170
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序分析,建立了神经母细胞瘤中癌症相关成纤维细胞的预后预测模型 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序构建CAF相关预后特征,为神经母细胞瘤提供新的预后预测工具和免疫治疗策略基因组证据 | 样本量相对有限(8个单细胞样本),需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建癌症相关成纤维细胞相关预后模型并评估神经母细胞瘤患者的免疫状态 | 神经母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,免疫组化 | LASSO Cox回归模型,列线图 | 基因表达数据,临床数据 | 8个单细胞RNA测序样本,多个公共数据库的bulk RNA测序数据 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4702 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell sequencing analysis, bioinformatics analysis, and Mendelian randomization analysis to explore FABP4 prediction of prognosis and immune microenvironment in patients with lung squamous cell carcinoma
2025-Jul-01, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02774-y
PMID:40591173
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研究论文 | 通过整合单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析,探索FABP4在肺鳞癌预后和免疫微环境中的预测作用 | 首次结合单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析,识别FABP4作为肺鳞癌预后和免疫微环境的关键预测分子 | NA | 寻找能够预测肺鳞癌发病、患者预后及肿瘤免疫微环境的风险因素 | 肺鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞测序分析, 生物信息学分析, 孟德尔随机化分析 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4703 | 2025-10-06 |
Klf5-adjacent super-enhancer functions as a 3D genome structure-dependent transcriptional driver to safeguard ESC identity
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60389-x
PMID:40592854
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研究论文 | 本研究揭示了Klf5邻近超级增强子通过3D基因组结构依赖的转录调控机制维持胚胎干细胞身份 | 首次发现K5aSE通过染色质环化激活四个远端基因,并证明CTCF介导的拓扑关联域对维持该超级增强子功能至关重要 | 研究主要聚焦于Klf5邻近超级增强子,其他超级增强子的类似机制仍需进一步验证 | 探索超级增强子与主转录因子在胚胎干细胞命运决定中的调控机制 | 小鼠胚胎干细胞和拟胚体 | 表观遗传学 | NA | 多组学整合分析(H3K27ac、Hi-C、scRNA-seq)、CRISPRa、3D基因组筛选 | NA | 表观基因组数据、三维基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、染色质构象捕获 | NA | NA |
4704 | 2025-10-06 |
Identification of pyroptosis related genes and subtypes in atherosclerosis using multiomic and single cell analysis
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-04398-2
PMID:40592922
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研究论文 | 本研究通过多组学和单细胞分析识别动脉粥样硬化中焦亡相关基因并定义疾病亚型 | 首次整合转录组学、单细胞RNA测序和机器学习构建多组学框架,发现TREM2在巨噬细胞脂质积累和焦亡中的双重作用 | NA | 阐明焦亡在动脉粥样硬化进展中的分子机制和治疗潜力 | 动脉粥样硬化患者样本、体外和体内模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组学, 单细胞RNA测序, 机器学习 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4705 | 2025-10-06 |
Integrated eQTL-pQTL Mendelian randomization and single-cell sequencing reveal therapeutic targets in ovarian clear cell cancer
2025-Jul-01, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03043-8
PMID:40593373
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研究论文 | 通过整合eQTL-pQTL孟德尔随机化和单细胞测序技术,识别卵巢透明细胞癌的潜在治疗靶点 | 首次结合eQTL-pQTL孟德尔随机化与单细胞测序分析卵巢透明细胞癌,发现PPP1R14A和PTGS2两个潜在治疗靶点 | 需要进一步研究验证这些发现并阐明潜在机制 | 寻找卵巢透明细胞癌的新治疗靶点 | 卵巢透明细胞癌(OCCC)患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞测序,孟德尔随机化,共定位分析,药物筛选,分子对接 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据,单细胞测序数据 | eQTLGen联盟和deCODE的大规模GWAS队列数据,GEO数据库单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,全基因组关联分析 | NA | NA |
4706 | 2025-10-06 |
Spatially resolved C1QC+ macrophage-CD4+ T cell niche in colorectal cancer microenvironment: implications for immunotherapy response
2025-Jul-01, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00811-2
PMID:40593467
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研究论文 | 本研究通过空间多组学技术揭示了结直肠癌微环境中C1QC+巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间共定位对免疫治疗反应的影响 | 首次构建了包含314,774个细胞的空间免疫图谱,发现C1QC+组织驻留巨噬细胞与CD4+ T细胞的空间共定位是免疫治疗响应的关键特征 | 样本量相对有限(空间转录组仅9例),且主要关注转移性结直肠癌患者 | 阐明结直肠癌空间肿瘤微环境特征及其与免疫治疗反应的关系 | 接受免疫治疗的转移性结直肠癌患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 空间多组学,成像质谱流式,空间蛋白质组学,空间转录组学,单细胞RNA测序,批量RNA测序,批量蛋白质组学 | NA | 空间多组学数据,单细胞数据,批量测序数据 | 成像质谱流式50例,空间蛋白质组学50例,空间转录组学9例 | NA | 空间多组学,单细胞RNA测序,批量RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4707 | 2025-10-06 |
Production of live monkeys and their genetically matched embryonic stem cells from single embryos
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60694-5
PMID:40593544
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研究论文 | 本研究通过胚胎分割技术成功培育出活体猴及其基因匹配的自体胚胎干细胞 | 首次通过胚胎分割同时获得活体猴子和基因匹配的自体胚胎干细胞,并创建了基因匹配的aESCs、iPSCs和ntESCs组合 | 研究样本数量有限,仅从三个猴子胚胎中成功获得活体猴和干细胞 | 开发基因匹配的干细胞用于再生医学,解决免疫排斥问题 | 非人灵长类动物(猴子)胚胎和人类分割胚胎 | 再生医学 | NA | 胚胎分割技术,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个猴子胚胎,1个人类分割胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4708 | 2025-10-06 |
An improved reference library and method for accurate cell-type deconvolution of bulk-tissue miRNA data
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60521-x
PMID:40593558
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研究论文 | 开发了一种改进的miRNA表达参考库和解卷积工具,用于准确估计复杂组织中的细胞类型比例 | 创建了新型miRNA表达参考库和专门针对miRNA数据的解卷积计算方法 | 当前单细胞RNA-Seq协议在miRNA表达定量方面存在滞后,且大多数miRNA分析样本缺乏匹配的mRNA表达或DNA甲基化数据 | 开发计算方法来估计批量组织miRNA数据中的细胞类型比例 | 复杂组织中的细胞类型组成 | 生物信息学 | 癌症、传染病 | miRNA测序、细胞类型解卷积 | NA | miRNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、批量miRNA测序 | NA | NA |
4709 | 2025-10-06 |
Different tumour-resident memory T-cell subsets regulate responses to anti-PD-1 and anti-CTLA-4 cancer immunotherapies
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60657-w
PMID:40593647
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研究论文 | 本研究揭示了不同肿瘤驻留记忆T细胞亚群在抗PD-1和抗CTLA-4免疫疗法中的调控作用 | 首次发现CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞分别特异性调控抗PD-1和抗CTLA-4免疫疗法的疗效 | 研究主要基于临床前小鼠模型,人类数据验证仍需扩大样本量 | 探究肿瘤驻留记忆T细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制 | 肿瘤浸润淋巴细胞,特别是CD103+CD8+ T细胞和CD49a+CD4+ T细胞亚群 | 免疫肿瘤学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 临床前小鼠模型和人类黑色素瘤患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4710 | 2025-10-06 |
GPerturb: Gaussian process modelling of single-cell perturbation data
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61165-7
PMID:40593897
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研究论文 | 提出一种基于高斯过程的稀疏扰动回归模型GPerturb,用于估计单细胞水平的基因扰动效应 | 采用高斯过程建模单细胞扰动数据,能够分离信号与噪声,捕获稀疏可解释的效应,并提供不确定性估计 | NA | 揭示基因表达与扰动之间的复杂依赖关系,推进单细胞水平基因调控的理解 | 单细胞RNA测序和CRISPR筛选数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选 | 高斯过程 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4711 | 2025-10-06 |
Systematic screening of metabolic pathways to identify two breast cancer subtypes with divergent immune characteristics
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05179-7
PMID:40594370
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研究论文 | 通过代谢通路分析识别乳腺癌的两种代谢亚型及其免疫特征差异 | 建立了基于代谢通路的乳腺癌代谢分型系统(BCMSS),首次系统评估代谢通路在乳腺癌异质性中的作用 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要前瞻性研究验证临床实用性 | 识别乳腺癌代谢亚型并分析其免疫特征和临床意义 | 乳腺癌患者和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,空间RNA测序 | 随机森林,共识聚类 | 基因表达数据,单细胞数据,空间转录组数据 | TCGA发现队列1094例,9个独立验证队列总计超过4000例 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq,空间RNA-seq | NA | NA |
4712 | 2025-10-06 |
Single cell sequencing and computational findings reveal anti-estrogen receptor-positive breast cancer roles of formononetin
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06133-3
PMID:40594685
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和网络药理学方法揭示芒柄花素在抗ER阳性乳腺癌中的作用机制 | 首次在单细胞水平采用系统生物学方法研究芒柄花素的靶点及其抗ER阳性乳腺癌机制 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 确定芒柄花素在ER阳性乳腺癌中的靶点和分子机制 | ER阳性乳腺癌细胞和正常乳腺组织中的基质细胞、上皮细胞、成纤维细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和巨噬细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, 网络药理学 | 系统生物学方法 | 单细胞测序数据 | 未在摘要中明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4713 | 2025-10-06 |
Causal effects of brain subregion gene expression on inflammatory bowel diseases revealed by Mendelian randomization and single cell analysis
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08633-8
PMID:40594700
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞分析揭示脑部亚区基因表达对炎症性肠病的因果效应 | 整合脑部和肠道单细胞RNA测序与基因组eQTLs进行跨组学分析,识别关键基因的细胞来源 | eQTL样本量显著影响显著关联的检测,组织间直接定量比较需谨慎解释 | 探究脑-肠轴在炎症性肠病发病机制中的作用 | 13个脑部亚区和结肠表达数量性状位点与炎症性肠病 | 生物信息学 | 炎症性肠病 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 跨组学分析, 全表型关联研究 | NA | 基因组eQTLs, 单细胞RNA测序数据 | 多个独立队列(IIBDGC, UKB, FinnGen) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4714 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq analysis of mouse carotid artery under disturbed flow and human carotid plaques identifies key cell populations in atherosclerosis development
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07395-7
PMID:40594772
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析扰动血流下小鼠颈动脉和人类颈动脉斑块,揭示了动脉粥样硬化发展中的关键细胞群 | 首次系统性地结合小鼠扰动血流模型和人类颈动脉斑块样本的单细胞RNA测序数据,识别出CD36阳性内皮细胞、VEGFA巨噬细胞和外膜成纤维细胞在动脉粥样硬化中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏实验验证 | 探索扰动血流如何通过影响细胞功能加重动脉粥样硬化 | 小鼠颈动脉和人类颈动脉斑块 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 功能富集分析, 代谢通量分析, 转录组噪声分析 | Seurat, scFEA, CellChat, Cytosig | 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO和SRA数据库的多个数据集(GSE159677, GSE43292, GSE163154, GSE41571, PRJNA722117) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4715 | 2025-10-06 |
Identification of clusters related to programmed cell death and potential prognostic biomarkers for immunotherapy response in endometrial cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06672-9
PMID:40595063
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研究论文 | 本研究通过整合程序性细胞死亡通路和多组学数据,识别了子宫内膜癌的两种亚型并开发了预后评分系统 | 首次整合多种PCD通路构建子宫内膜癌预后评分系统,并利用单细胞RNA测序分析肿瘤异质性 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发预测子宫内膜癌免疫治疗反应和预后的生物标志物 | 子宫内膜癌患者 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 预后评分模型 | 基因组数据,转录组数据 | TCGA-EC和GEO数据库中的子宫内膜癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4716 | 2025-10-06 |
Potential role of TNFRSF12A in linking glioblastoma and alzheimer's disease via shared tumour suppressor pathways
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08000-7
PMID:40595248
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研究论文 | 通过整合分析发现TNFRSF12A在胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病中共同失调,可能通过肿瘤抑制通路连接两种疾病 | 首次通过多组学方法系统筛选并验证TNFRSF12A作为胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病的交叉疾病候选基因 | 仅进行了部分功能验证,需要进一步的机制研究 | 探索肿瘤抑制基因在神经退行性疾病和癌症中的共同分子机制 | 胶质母细胞瘤和阿尔茨海默病 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤,阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化,转录组分析,单细胞RNA测序,细胞间通讯推断,体外验证 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 1,217个肿瘤抑制基因 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
4717 | 2025-10-06 |
Reprogramming of human urine cells into cardiomyocytes via a small molecule cocktail in xeno-free conditions
2025-Jul-01, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-00963-y
PMID:40595290
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研究论文 | 本研究通过小分子组合在无外源成分条件下将人尿源细胞重编程为功能性心肌样细胞 | 首次在无外源成分条件下使用15种小分子组合将人尿源细胞直接重编程为心肌样细胞 | 重编程效率为15.08%,仍有提升空间 | 开发用于心脏修复的可扩展自体细胞来源 | 人尿源细胞(hUCs)和小鼠及猪的心肌梗死模型 | 再生医学 | 心肌梗死 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 透射电子显微镜, qPCR, 膜片钳记录, 细胞内钙测量 | NA | 基因表达数据, 电生理数据, 影像数据 | 人尿源细胞及小鼠和猪心肌梗死模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4718 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals BMP4-BMPR2 signaling promotes radiation resistance in hematopoietic stem cells following injury
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60557-z
PMID:40595466
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了BMP4-BMPR2信号通路在促进造血干细胞辐射抗性中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示BMPR2+造血干细胞作为辐射抵抗亚群的特征及其通过调控H3K27me3修饰维持自我更新能力的表观遗传机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用价值需进一步验证 | 探究电离辐射后造血干细胞异质性及骨髓微环境的分子调控机制 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs)及骨髓微环境 | 单细胞组学 | 造血系统损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠造血干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4719 | 2025-10-06 |
Single cell transcriptomics of human kidney organoid endothelium reveals vessel growth processes and arterial maturation upon transplantation
2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-025-00418-x
PMID:40595660
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人肾脏类器官内皮细胞在移植后的血管生长过程和动脉成熟机制 | 首次在鸡胚胎移植模型中系统分析人肾脏类器官内皮细胞的分子景观,发现静脉向动脉表型转变的关键过程 | 研究基于鸡胚胎移植模型,与人体内环境存在差异;样本量相对有限 | 探究人肾脏类器官内皮细胞在移植后的分子变化和血管化机制 | 人诱导多能干细胞来源的肾脏类器官内皮细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约12,000个类器官内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4720 | 2025-10-06 |
Unraveling the role of HIF2α in melanoma progression and epithelial-mesenchymal transition
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02384-2
PMID:40595758
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和体外实验揭示了HIF2α在黑色素瘤进展和上皮-间质转化中的关键作用 | 首次系统阐明HIF2α通过调节肿瘤微环境和代谢通路促进黑色素瘤进展的机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要更多体内实验验证 | 探索HIF2α在黑色素瘤进展和上皮-间质转化中的作用机制 | 黑色素瘤患者样本和A375细胞系 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 实时PCR, 配体-受体相互作用分析, 富集分析 | NA | 转录组数据, 基因表达数据 | 黑色素瘤患者样本和对照组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |